genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  227  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67198511--67198556	20	2.3	20	92	0	74	34	4	21	39	1.73
67200444--67200498	15	3.7	15	74	13	60	61	12	14	10	1.56
67200445--67200500	29	1.9	29	85	7	78	60	16	12	10	1.58
67200648--67200677	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
67203531--67203709	27	6.7	27	89	1	254	41	20	7	30	1.79
67203531--67203754	81	2.8	81	83	6	233	40	20	8	30	1.82
67203693--67203753	27	2.3	27	91	0	104	39	21	9	29	1.85
67203732--67204050	27	11.8	27	87	2	365	29	21	8	40	1.82
67205290--67205337	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
67205381--67205439	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
67205490--67205632	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
67205490--67205632	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
67205490--67205633	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
67208040--67208172	46	2.9	47	85	3	171	31	24	21	22	1.98
67210774--67210832	23	2.6	22	76	5	64	27	18	18	35	1.94
67210795--67210852	23	2.4	25	85	8	75	31	18	18	31	1.96
67210808--67210872	25	2.6	25	78	7	69	30	21	23	24	1.99
67211059--67211110	20	2.6	20	78	9	61	36	9	17	36	1.82
67214677--67214747	30	2.3	32	76	11	76	25	18	1	54	1.51
67221434--67221562	27	4.8	27	78	3	118	37	23	9	29	1.86
67221434--67221579	54	2.7	54	79	4	159	39	21	8	29	1.84
67221556--67222008	27	16.7	27	87	2	568	30	20	7	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67225180--67225258	31	2.5	31	91	0	122	17	16	15	50	1.78
67225180--67225267	6	14.3	6	73	17	74	18	15	15	50	1.79
67226924--67227061	43	3.2	43	84	3	181	33	16	22	27	1.96
67228121--67228153	16	2.0	17	88	5	50	30	6	18	45	1.73
67230210--67230242	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
67236012--67236282	49	5.7	50	72	13	191	28	19	29	22	1.98
67244577--67244655	6	12.8	6	72	15	54	49	12	17	20	1.79
67244572--67244655	31	2.7	31	84	1	105	48	13	16	21	1.80
67245081--67245301	27	8.2	27	90	1	345	23	21	20	33	1.97
67245081--67245301	107	2.1	108	90	2	347	23	21	20	33	1.97
67245081--67245295	80	2.7	80	91	1	331	24	21	20	33	1.97
67245128--67245357	107	2.1	107	82	6	270	25	17	21	35	1.95
67245317--67245494	81	2.2	81	83	4	216	30	7	19	42	1.80
67245287--67245467	27	6.7	27	85	3	213	29	8	21	40	1.82
67245340--67245499	27	5.9	27	83	4	135	30	6	21	41	1.79
67245317--67245494	54	3.3	53	79	4	171	30	7	19	42	1.80
67245488--67245763	27	10.3	27	88	0	383	39	9	22	29	1.84
67245778--67245862	27	3.2	25	77	12	80	30	8	21	40	1.82
67247838--67247925	6	14.3	6	73	17	74	47	14	18	19	1.82
67247847--67247925	31	2.5	31	91	0	122	48	13	18	18	1.81
67248351--67248571	27	8.2	27	88	1	327	24	20	20	34	1.97
67248351--67248571	107	2.1	108	88	4	331	24	20	20	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67248351--67248565	80	2.7	80	88	1	313	24	20	20	34	1.96
67248398--67248627	107	2.1	107	81	7	254	26	16	20	36	1.94
67248587--67248764	81	2.2	81	83	4	216	30	7	19	42	1.80
67248557--67248737	27	6.7	27	85	3	213	29	8	21	40	1.82
67248610--67248769	27	5.9	27	83	4	135	30	6	21	41	1.79
67248587--67248764	54	3.3	53	79	4	171	30	7	19	42	1.80
67248758--67249033	27	10.3	27	88	0	392	39	9	21	29	1.86
67249048--67249132	27	3.2	25	77	12	80	30	8	21	40	1.82
67255376--67255502	42	3.0	42	79	6	148	29	14	27	29	1.95
67260195--67260273	39	2.0	39	95	0	140	40	13	24	21	1.90
67268611--67268794	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
67281025--67281121	26	3.7	26	80	4	88	31	26	10	30	1.90
67281232--67281329	49	2.0	50	81	2	117	27	26	15	30	1.96
67283800--67284260	47	9.7	47	86	7	626	29	31	7	31	1.85
67283851--67283928	25	3.2	25	66	23	76	32	30	3	33	1.76
67283800--67284260	49	9.7	47	85	9	569	29	31	7	31	1.85
67283800--67284260	144	3.2	145	93	2	774	29	31	7	31	1.85
67288000--67288264	43	6.2	43	96	0	476	31	32	22	13	1.93
67288246--67288456	40	5.2	42	82	5	202	25	27	22	24	2.00
67288303--67288456	82	1.9	80	86	2	218	25	25	24	24	2.00
67290435--67290512	25	3.2	25	66	23	76	32	30	3	33	1.76
67290384--67290845	47	9.7	49	85	7	548	29	31	7	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67290384--67290845	96	4.8	95	86	7	591	29	31	7	31	1.85
67290384--67290845	145	3.2	145	93	1	774	29	31	7	31	1.85
67293787--67293906	47	2.6	48	81	6	122	30	18	26	24	1.98
67296975--67297025	25	2.0	25	92	0	84	39	9	21	29	1.85
67301158--67301425	47	5.7	47	76	13	209	28	17	29	25	1.97
67301163--67301425	140	1.9	141	83	4	343	28	17	29	25	1.97
67305441--67305565	57	2.2	58	81	5	146	25	16	14	43	1.86
67308938--67308986	26	2.0	26	88	8	75	30	0	6	63	1.19
67310982--67311328	140	2.5	139	80	6	382	51	10	13	23	1.73
67314933--67315115	39	4.6	39	86	0	231	24	21	30	22	1.99
67317388--67317454	16	4.6	14	77	13	57	59	7	0	32	1.25
67317529--67317611	3	27.3	3	73	20	59	65	1	3	30	1.17
67317529--67317612	12	6.8	12	77	16	75	65	1	3	29	1.17
67317534--67317593	18	3.2	18	82	13	75	63	1	3	31	1.20
67318732--67319665	43	21.6	42	64	14	309	20	22	20	36	1.95
67318682--67319705	87	11.9	87	86	3	1268	19	23	20	36	1.95
67319706--67320647	132	7.1	132	91	0	1461	27	23	16	32	1.96
67320641--67321048	88	4.6	88	96	0	710	27	28	17	25	1.98
67320760--67320985	41	5.2	41	63	22	122	30	27	17	24	1.97
67320714--67320944	47	5.2	47	62	23	147	27	29	18	24	1.98
67322907--67322974	9	7.6	9	76	11	68	0	2	13	83	0.75
67322907--67322974	18	3.8	18	80	5	84	0	2	13	83	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67324978--67325017	21	2.0	20	90	5	62	27	2	22	47	1.64
67326354--67326438	43	2.0	43	100	0	170	30	7	16	45	1.74
67328734--67328778	21	2.1	21	87	0	63	44	24	4	26	1.72
67332057--67332095	21	1.9	20	89	5	60	25	2	25	46	1.66
67334017--67334334	48	6.6	49	74	9	296	24	29	19	26	1.98
67334025--67334347	96	3.4	96	90	0	486	25	29	18	26	1.98
67341683--67341930	48	5.2	48	84	0	318	29	16	27	27	1.97
67347827--67348013	48	3.9	48	88	0	275	29	18	25	26	1.98
67350913--67351135	48	4.6	48	78	3	171	25	28	19	26	1.98
67350913--67351122	96	2.2	96	78	5	210	24	28	19	27	1.99
67351876--67351916	21	2.0	21	85	0	55	12	34	29	24	1.91
67354407--67354431	13	1.9	13	100	0	50	8	0	16	76	1.02
67357729--67357886	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
67357729--67357916	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
67361516--67361686	47	3.7	45	76	15	177	26	19	29	24	1.98
67368233--67368380	67	2.2	66	82	8	165	31	17	29	21	1.96
67372440--67372745	47	6.4	47	72	11	180	28	19	27	24	1.99
67372426--67372599	94	1.9	93	84	3	233	27	19	27	25	1.99
67376182--67376222	22	2.0	20	85	9	55	0	24	2	73	0.96
67376228--67376252	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
67384257--67384404	71	2.1	71	87	0	206	41	14	14	29	1.85
67391933--67392065	48	2.8	48	87	0	194	25	19	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67391970--67392145	42	4.0	42	70	12	106	25	17	26	30	1.97
67394451--67394661	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
67394417--67394703	137	2.1	137	98	0	556	31	25	19	24	1.98
67396480--67396617	26	5.2	26	95	1	231	37	24	4	33	1.75
67398504--67398555	26	2.0	26	85	3	70	63	5	0	30	1.18
67398749--67398866	51	2.3	51	81	5	132	24	25	1	48	1.61
67400603--67400729	63	2.0	64	95	1	229	41	6	6	45	1.55
67402006--67402045	11	3.8	11	80	12	57	37	0	15	47	1.45
67402003--67402042	20	2.0	20	100	0	80	35	0	15	50	1.44
67406356--67406674	46	6.8	48	78	10	279	24	27	17	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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