genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  210  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62173145--62173394	40	6.3	40	86	1	267	27	26	22	23	2.00
62173181--62173394	40	5.3	40	89	1	279	26	26	22	23	2.00
62176590--62176725	41	3.3	41	87	2	175	25	15	27	31	1.96
62180752--62180800	22	2.1	24	82	14	59	42	2	0	55	1.11
62189397--62189434	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
62190988--62191057	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
62194673--62194710	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
62194940--62195110	93	1.8	93	92	0	288	28	28	20	22	1.98
62194935--62195113	46	3.9	46	75	10	184	28	27	20	22	1.99
62195529--62195588	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
62204248--62204364	45	2.6	45	86	5	159	25	19	27	27	1.99
62211936--62212052	45	2.6	45	90	5	177	23	23	28	24	2.00
62215004--62215073	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
62222880--62222949	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
62230624--62230740	45	2.6	45	86	5	159	23	23	28	24	2.00
62236504--62236688	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
62236505--62236696	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
62240231--62240422	40	4.8	40	89	1	278	25	27	22	25	2.00
62243534--62243741	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
62243634--62243741	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
62250689--62250798	40	2.8	40	97	1	204	23	30	21	23	1.99
62254198--62254330	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62254228--62254330	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
62261844--62262236	47	8.4	47	94	0	662	32	8	30	29	1.86
62266106--62266199	31	2.9	33	76	12	95	25	22	23	28	1.99
62268077--62268106	15	2.0	15	100	0	60	26	0	0	73	0.84
62274916--62274964	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
62275787--62275953	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
62281298--62281330	12	2.8	12	95	0	57	27	21	24	27	1.99
62282755--62282801	20	2.3	20	85	10	60	19	23	29	27	1.98
62294992--62295106	42	2.7	43	79	4	135	26	20	25	26	1.99
62295245--62295276	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
62296754--62296857	29	3.6	28	73	8	95	28	16	30	24	1.96
62297117--62297169	27	2.0	26	88	3	79	49	22	15	13	1.79
62300999--62301165	42	3.9	44	73	9	148	31	26	17	23	1.97
62310069--62310126	29	2.0	29	100	0	116	31	27	17	24	1.97
62314846--62314891	18	2.6	18	92	0	74	19	19	17	43	1.88
62315775--62315879	52	2.0	53	88	1	158	27	16	21	34	1.95
62316661--62316707	20	2.3	20	88	0	67	34	12	2	51	1.52
62325921--62326217	47	6.3	47	90	0	459	27	30	9	32	1.88
62325921--62326217	94	3.2	94	95	0	531	27	30	9	32	1.88
62338747--62338901	44	3.6	43	77	7	136	25	16	28	29	1.96
62338732--62338901	43	4.0	44	74	9	145	25	15	28	30	1.96
62340216--62340241	10	2.6	10	100	0	52	15	7	42	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62344974--62345158	40	4.6	40	83	4	239	22	27	24	24	2.00
62353505--62353672	40	4.2	40	79	3	160	26	22	26	24	2.00
62357014--62357178	40	4.2	39	79	6	165	23	27	23	26	2.00
62365015--62365182	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
62365031--62365180	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
62368922--62368985	29	2.2	29	83	2	85	31	18	28	21	1.97
62373811--62373970	29	5.6	29	84	1	169	27	15	31	25	1.96
62373811--62373970	57	2.8	58	81	1	178	27	15	31	25	1.96
62378085--62378116	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
62378082--62378331	51	4.9	51	77	5	186	26	16	26	31	1.96
62378222--62378355	51	2.6	51	83	6	148	28	14	27	29	1.95
62380753--62380788	18	1.9	19	88	5	56	22	13	41	22	1.89
62380841--62380911	29	2.5	29	83	2	81	26	14	29	29	1.95
62381198--62381250	26	2.1	25	82	6	63	41	24	20	13	1.88
62391275--62391370	27	3.6	26	84	5	120	27	18	19	34	1.96
62397190--62397245	29	1.9	29	92	0	94	35	16	7	41	1.75
62402986--62403157	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
62402978--62403153	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
62405531--62405619	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
62405531--62405610	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
62405542--62405619	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
62408561--62408734	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62408569--62408739	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
62413392--62413582	40	4.8	40	84	0	211	25	23	26	24	2.00
62413392--62413624	40	5.8	39	80	8	177	27	23	26	23	2.00
62413391--62413624	80	2.9	79	76	8	222	26	23	26	23	2.00
62421507--62421539	8	4.1	8	96	0	57	39	24	27	9	1.85
62421618--62421698	38	2.1	38	93	0	135	24	27	20	27	1.99
62421711--62421745	17	2.0	17	88	5	52	11	22	42	22	1.85
62423594--62423658	34	1.9	34	90	0	103	30	13	23	32	1.93
62432443--62432574	29	4.6	29	86	1	158	24	34	15	25	1.95
62432443--62432574	57	2.3	58	82	1	158	24	34	15	25	1.95
62440510--62440641	29	4.6	29	86	1	158	24	34	15	25	1.95
62440510--62440641	57	2.3	58	82	1	158	24	34	15	25	1.95
62443863--62443979	48	2.4	48	80	4	119	20	17	27	35	1.95
62445964--62445995	13	2.5	13	89	0	55	43	28	6	21	1.77
62446683--62446799	42	2.7	42	75	9	110	32	26	15	25	1.95
62447786--62447864	25	3.2	25	85	5	108	25	22	21	30	1.99
62447796--62447864	24	2.8	24	93	2	111	26	23	24	26	2.00
62448067--62448279	27	7.9	27	84	2	232	26	22	18	32	1.97
62448068--62448285	80	2.7	80	83	4	267	26	22	18	32	1.97
62448068--62448279	54	3.9	54	85	2	266	26	22	18	33	1.97
62448099--62448314	80	2.7	80	81	6	197	27	20	17	34	1.95
62448099--62448314	107	2.0	107	80	7	242	27	20	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62448325--62448479	27	5.7	27	82	3	186	27	7	21	42	1.80
62448325--62448479	81	1.9	81	85	2	213	27	7	21	42	1.80
62448473--62448789	27	11.7	27	86	0	427	40	7	22	29	1.81
62450684--62450708	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
62455317--62455483	40	4.2	40	82	2	176	24	26	22	25	2.00
62470061--62470171	26	4.2	26	94	1	168	36	24	6	32	1.81
62481125--62481181	13	3.9	15	80	17	57	5	21	3	70	1.22
62481124--62481169	17	2.9	16	81	15	51	4	23	4	67	1.27
62481639--62481806	27	6.2	27	92	0	291	24	20	20	33	1.97
62481664--62481835	81	2.1	81	83	4	213	26	19	21	33	1.97
62481791--62481860	27	2.6	26	73	8	68	30	8	25	35	1.86
62481856--62481920	27	2.4	27	86	0	94	32	10	18	38	1.85
62481827--62482212	81	4.8	80	81	2	398	31	8	20	39	1.83
62481899--62482212	27	11.6	27	86	0	412	31	7	20	40	1.81
62481898--62482222	54	6.0	54	88	1	454	32	8	20	39	1.81
62483566--62483715	66	2.3	65	81	6	169	26	30	22	20	1.98
62483736--62483761	12	2.2	12	100	0	52	7	7	30	53	1.57
62483850--62484157	41	7.6	40	84	4	345	35	22	22	19	1.96
62483856--62484157	122	2.5	123	87	2	439	35	22	22	18	1.95
62483856--62484157	163	1.9	163	91	1	498	35	22	22	18	1.95
62485235--62485266	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
62485238--62485305	24	2.8	24	76	10	75	57	0	4	38	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62487283--62487503	40	5.6	40	84	9	283	25	26	23	24	2.00
62487283--62487503	83	2.8	80	86	7	283	25	26	23	24	2.00
62493703--62493915	40	5.3	40	83	10	258	27	26	22	23	2.00
62496668--62496702	18	1.9	18	88	0	52	31	2	20	45	1.65
62496693--62496735	18	2.4	17	84	7	59	23	6	27	41	1.80
62498523--62498774	133	1.9	133	98	0	486	19	10	18	51	1.74
62500839--62500899	21	2.9	21	97	0	113	31	9	11	47	1.72
62507369--62507728	43	8.5	43	87	4	453	28	19	23	28	1.98
62507368--62507728	84	4.2	86	87	4	482	27	19	23	29	1.98
62511781--62511859	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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