genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  286  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86240132--86240226	50	1.9	50	82	4	120	33	16	27	22	1.95
86240163--86240229	25	2.7	25	84	9	91	35	19	25	19	1.95
86240723--86240773	21	2.4	21	83	6	59	43	17	0	39	1.49
86249870--86249907	20	1.9	20	94	0	67	18	36	18	26	1.94
86255090--86255299	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
86263224--86263433	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
86271358--86271567	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
86273648--86273683	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
86283329--86283495	40	4.2	40	79	2	158	23	27	22	26	2.00
86287440--86287469	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
86289732--86289793	32	1.9	33	84	12	85	66	8	1	24	1.28
86290412--86290461	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
86290591--86290644	18	3.1	18	75	15	51	33	1	3	61	1.25
86290576--86290653	32	2.5	33	79	10	83	33	2	6	57	1.38
86291499--86291565	16	4.7	14	75	18	59	41	4	1	52	1.31
86291648--86291690	17	2.5	17	84	3	50	32	2	6	58	1.38
86296908--86296942	14	2.5	14	95	0	61	25	31	20	22	1.98
86299657--86299692	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
86299637--86299699	26	2.5	25	80	14	60	28	23	0	47	1.52
86299644--86299684	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
86299789--86299846	23	2.5	23	100	0	116	46	43	3	6	1.47
86300158--86300204	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86301154--86301208	21	2.5	22	72	16	60	65	5	0	29	1.15
86303965--86304043	37	2.1	37	97	0	149	25	32	20	21	1.97
86306878--86307064	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
86306901--86307064	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
86306901--86307098	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
86314441--86314627	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
86314464--86314627	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
86314464--86314661	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
86320905--86320943	19	2.2	17	90	9	60	58	0	7	33	1.26
86320962--86320994	5	6.6	5	92	0	57	36	0	0	63	0.95
86321065--86321099	17	2.0	18	94	5	63	74	0	25	0	0.82
86323516--86323591	24	3.2	24	90	3	111	19	25	23	31	1.98
86323516--86323655	24	6.1	23	78	11	92	23	22	20	32	1.98
86327157--86327199	17	2.5	17	88	0	68	48	20	0	30	1.50
86328422--86328482	30	2.1	30	90	3	97	49	0	8	42	1.32
86331054--86331090	18	2.2	18	85	9	51	56	2	0	40	1.13
86340540--86340746	53	3.8	53	74	4	191	38	17	24	19	1.93
86342705--86342867	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
86342705--86342901	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
86350235--86350397	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
86350235--86350431	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
86352629--86352687	30	2.0	30	96	0	109	16	33	28	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86353438--86353542	20	5.2	20	67	17	65	35	16	30	18	1.92
86353408--86353542	41	3.3	41	84	2	182	36	16	28	18	1.93
86356617--86356660	22	2.0	22	100	0	88	13	13	31	40	1.84
86359937--86359979	18	2.3	18	84	11	52	37	2	2	58	1.24
86364622--86364678	28	2.0	29	89	3	89	66	5	5	22	1.32
86365484--86365543	30	2.0	30	93	0	102	45	11	1	41	1.50
86365528--86365611	8	10.2	8	70	19	57	70	1	2	26	1.07
86365539--86365584	22	2.1	21	92	4	74	73	0	4	21	1.00
86365562--86365801	19	12.8	18	65	18	80	61	4	2	31	1.29
86365560--86365620	28	2.1	29	82	8	72	72	1	3	22	1.09
86365530--86365801	9	29.7	9	69	20	95	62	4	2	30	1.27
86365698--86365750	21	2.5	22	76	17	58	54	7	1	35	1.40
86365719--86365801	38	2.2	38	89	4	123	62	4	3	28	1.32
86366357--86366391	18	1.9	18	88	11	54	25	0	2	71	1.00
86366407--86366446	19	2.1	19	86	9	55	37	2	5	55	1.35
86366416--86366456	19	2.2	18	86	4	55	39	0	4	56	1.21
86366496--86366533	19	2.1	18	85	14	51	21	5	5	68	1.29
86366476--86366531	27	2.1	26	83	3	67	21	5	1	71	1.15
86371539--86371582	17	2.6	17	88	0	61	20	2	2	75	1.03
86371539--86371607	8	8.4	8	71	16	52	24	1	1	72	1.01
86373576--86373696	62	2.0	59	82	10	147	39	4	8	47	1.55
86376230--86376401	49	3.6	47	77	10	161	27	18	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86377277--86377323	21	2.2	22	84	3	60	34	19	19	27	1.96
86380913--86381088	49	3.6	49	78	6	180	27	20	28	23	1.99
86380913--86381090	98	1.8	97	84	6	243	27	20	28	23	1.99
86383130--86383249	21	5.8	20	75	8	89	31	33	10	25	1.89
86383171--86383235	7	9.3	7	84	0	85	29	33	12	24	1.92
86383130--86383244	14	8.2	14	74	0	77	31	32	10	26	1.90
86383786--86383890	21	5.0	21	79	4	95	39	41	3	15	1.65
86383778--86383854	7	11.0	7	85	10	86	42	45	0	11	1.40
86383815--86383889	14	5.4	14	82	6	80	37	40	5	17	1.72
86385527--86385582	27	2.0	29	82	6	71	67	1	14	16	1.31
86390149--86390182	14	2.3	15	90	5	52	44	14	2	38	1.61
86395730--86395798	26	2.6	27	81	6	88	34	13	14	37	1.85
86395726--86395905	27	6.7	27	81	5	159	29	14	18	37	1.91
86395729--86395922	81	2.4	80	82	5	230	27	13	19	39	1.90
86395726--86395922	54	3.7	53	78	4	189	27	15	18	38	1.91
86400818--86400850	14	2.5	13	90	9	50	33	27	0	39	1.57
86409001--86409032	16	2.0	16	100	0	64	37	12	6	43	1.68
86414113--86414141	13	2.2	13	100	0	58	13	31	20	34	1.92
86417183--86417365	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
86424616--86424798	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
86436510--86436697	40	4.7	40	90	1	270	26	28	20	23	1.99
86454598--86454910	27	11.6	27	86	2	414	28	23	8	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86454808--86454975	27	6.2	27	79	5	88	35	23	7	34	1.82
86454660--86454977	54	5.9	54	80	5	149	31	23	7	36	1.84
86454995--86455072	27	2.9	27	77	11	88	37	21	19	21	1.95
86456294--86456350	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
86456292--86456354	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
86456409--86456645	24	10.0	24	88	3	338	28	23	21	26	1.99
86456409--86456624	47	4.6	47	91	2	335	29	23	20	26	1.99
86456409--86456645	71	3.3	71	94	1	395	28	23	21	26	1.99
86456839--86456902	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
86459724--86460061	27	12.6	27	87	3	468	28	23	9	38	1.86
86460143--86460220	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
86461441--86461497	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
86461439--86461501	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
86461555--86461789	23	10.0	24	86	5	311	28	22	21	27	1.99
86461555--86461768	47	4.6	47	88	4	308	28	22	21	27	1.99
86461983--86462046	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
86469343--86469419	41	1.9	41	83	2	102	27	19	23	29	1.98
86471766--86471817	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
86473938--86474061	49	2.5	49	86	3	169	21	29	21	27	1.99
86474081--86474245	48	3.5	48	79	4	174	26	27	16	28	1.97
86474119--86474291	94	1.8	94	85	4	242	24	28	17	28	1.98
86473938--86474291	46	7.5	46	72	11	200	24	29	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86476673--86476724	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
86481174--86481296	29	4.2	29	90	2	165	31	15	28	24	1.95
86481174--86481285	59	1.9	59	88	0	170	31	14	29	25	1.94
86489132--86489262	29	4.5	29	86	3	156	29	15	30	24	1.95
86491161--86491328	78	2.1	78	86	1	228	24	28	22	25	1.99
86491189--86491332	39	3.7	39	86	0	216	22	29	20	27	1.99
86497961--86498016	18	3.0	20	75	17	57	53	0	0	46	1.00
86498963--86498987	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
86502296--86502335	21	1.9	21	89	0	62	17	12	17	52	1.74
86504395--86504434	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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