genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87231087--87231129	16	2.7	16	92	0	68	11	6	9	72	1.29
87232993--87233095	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
87241766--87241828	30	2.1	31	85	8	85	23	25	15	34	1.95
87242020--87242163	24	6.0	24	90	2	209	26	21	22	29	1.99
87242213--87242272	19	3.0	20	87	4	95	31	21	11	35	1.90
87242315--87242362	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
87243600--87243998	27	14.8	27	85	2	489	39	8	23	27	1.84
87243950--87244199	27	9.3	27	83	3	213	32	8	20	38	1.84
87244076--87244216	27	5.3	26	84	2	138	31	7	19	41	1.78
87248958--87249024	25	2.7	25	81	2	64	38	23	14	22	1.92
87248974--87249050	25	3.1	25	84	0	91	37	20	15	25	1.92
87248991--87249069	25	3.2	25	80	3	88	36	17	17	27	1.93
87252392--87252523	29	4.6	29	85	0	156	25	33	15	25	1.95
87256567--87256613	22	2.0	22	84	8	58	25	17	8	48	1.74
87257485--87257666	78	2.3	77	86	2	229	23	30	22	23	1.99
87257515--87257667	39	3.9	39	91	0	234	24	31	21	22	1.98
87269496--87269524	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
87274584--87274752	42	4.0	43	76	9	141	24	16	23	34	1.95
87294493--87294540	25	1.9	25	95	0	87	33	12	25	29	1.92
87296020--87296132	58	1.9	58	90	0	181	22	23	20	33	1.97
87296093--87296164	34	2.1	34	87	5	101	26	20	26	26	1.99
87296897--87296934	16	2.3	18	82	17	55	10	23	13	52	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87301149--87301224	31	2.3	34	78	17	97	44	17	7	30	1.77
87301986--87302081	34	2.8	34	82	4	104	23	22	23	29	1.99
87302001--87302081	34	2.4	34	85	2	110	25	20	23	29	1.99
87318460--87318629	46	3.7	46	78	12	190	22	20	27	30	1.98
87318853--87318890	18	2.1	19	85	14	53	34	0	23	42	1.55
87325986--87326158	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
87325983--87326153	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
87326382--87326419	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
87330392--87330463	5	13.8	5	77	11	58	76	1	4	18	1.02
87330416--87330483	6	11.7	6	80	9	70	77	1	4	16	0.99
87330415--87330483	17	4.0	17	86	7	77	76	1	5	15	1.04
87330392--87330467	23	3.3	22	83	7	89	76	1	3	18	1.01
87330416--87330487	11	6.6	10	73	13	54	77	1	4	16	0.99
87348054--87348127	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
87355809--87355882	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
87373723--87373870	41	3.6	41	79	7	176	22	20	28	27	1.99
87373712--87373882	41	4.2	41	77	10	170	21	21	29	27	1.98
87374397--87374422	13	2.0	13	100	0	52	15	15	7	61	1.55
87376181--87376407	47	4.7	47	89	4	303	29	31	7	31	1.85
87376181--87376407	96	2.4	96	89	4	336	29	31	7	31	1.85
87382664--87382801	40	3.5	40	89	3	199	23	28	23	23	2.00
87390908--87391074	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87390924--87391074	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
87398888--87399054	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
87398904--87399054	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
87400249--87400358	56	2.0	54	82	10	134	28	16	18	37	1.92
87404475--87404645	39	4.3	40	91	3	233	24	21	29	25	1.99
87407792--87407877	43	2.0	43	88	0	127	29	30	17	23	1.97
87409409--87409462	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
87409707--87409890	50	3.7	50	84	1	208	26	17	27	28	1.98
87417945--87418051	51	2.1	52	89	1	162	29	27	16	26	1.97
87421289--87421467	40	4.5	40	77	5	166	24	25	24	26	2.00
87428326--87428414	30	2.9	30	96	1	160	19	11	24	44	1.83
87428342--87428394	18	3.3	18	65	29	55	20	11	24	43	1.85
87431383--87431539	43	3.7	43	84	4	192	25	17	24	32	1.97
87431815--87431869	22	2.3	25	78	12	62	30	3	16	49	1.63
87436392--87436451	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
87437212--87437276	27	2.4	27	94	5	114	36	16	23	23	1.94
87437764--87437794	10	3.1	10	90	0	53	32	9	25	32	1.88
87440541--87440732	102	1.9	103	84	7	266	30	25	13	30	1.94
87447046--87447187	39	3.6	40	84	0	171	23	29	23	23	1.99
87454026--87454193	40	4.2	40	83	3	187	25	26	21	26	1.99
87461226--87461391	40	4.2	40	79	7	158	25	25	22	27	2.00
87461240--87461391	80	1.9	80	82	8	193	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87462291--87462440	39	3.8	39	88	0	210	23	29	22	25	1.99
87462272--87462440	78	2.2	79	90	1	259	23	28	22	25	1.99
87467678--87467703	12	2.2	12	100	0	52	15	15	42	26	1.87
87469157--87469356	55	3.7	55	78	8	169	36	18	23	22	1.95
87469164--87469364	108	1.8	110	85	6	284	34	18	23	22	1.96
87469604--87469634	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
87470843--87470906	31	2.1	31	85	5	85	23	32	29	14	1.94
87473857--87474040	67	2.8	64	78	8	194	30	15	29	24	1.96
87486628--87486783	43	3.7	43	73	5	111	28	16	23	32	1.95
87488510--87488702	40	4.8	40	84	1	217	15	30	18	35	1.92
87488593--87488656	20	3.2	19	73	8	65	14	31	17	37	1.89
87488510--87488714	80	2.6	80	84	0	239	15	30	18	35	1.92
87488589--87488714	20	6.3	19	65	9	54	15	28	19	35	1.93
87492344--87492515	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
87492336--87492511	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
87494893--87494981	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
87494893--87494972	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
87494904--87494981	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
87497890--87498061	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
87497882--87498057	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
87502223--87502426	40	5.1	39	85	4	230	26	26	21	24	1.99
87502513--87502705	64	3.1	64	60	15	150	34	26	10	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87502395--87502733	123	2.8	123	96	0	606	33	25	10	30	1.90
87512549--87512578	14	2.2	13	94	5	51	20	6	13	60	1.55
87523459--87523625	43	3.9	42	75	12	144	26	16	25	31	1.96
87532254--87532360	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
87532368--87532437	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
87543011--87543096	43	2.0	43	97	0	163	30	26	16	26	1.97
87545892--87546074	40	4.6	40	90	1	287	24	20	27	27	1.99
87554256--87554476	40	5.6	40	78	3	232	25	25	22	26	2.00
87558631--87558815	40	4.6	40	82	0	226	25	25	23	25	2.00
87558595--87558815	80	2.8	79	81	3	239	25	25	23	25	2.00
87574546--87574596	23	2.3	23	82	3	59	41	5	29	23	1.78
87578198--87578300	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
87587571--87587658	6	14.5	6	87	7	115	78	0	4	17	0.91
87589170--87589340	46	3.7	45	77	14	179	22	20	27	29	1.99
87589167--87589335	92	1.8	92	92	2	286	22	20	28	28	1.99
87597243--87597424	46	4.0	46	97	0	328	33	7	28	31	1.84
87597428--87597538	47	2.4	47	87	0	159	36	8	27	27	1.85
87601015--87601185	93	1.8	93	88	2	263	23	19	26	29	1.98
87601022--87601190	46	3.7	45	72	16	148	24	18	26	30	1.98
87606646--87607006	180	2.0	180	99	0	713	32	14	17	36	1.90
87607074--87607364	47	6.1	49	93	4	479	32	7	30	28	1.86
87607103--87607181	25	3.3	25	63	22	69	31	5	31	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87607074--87607376	96	3.2	96	90	7	458	33	7	30	28	1.86
87620303--87620372	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
87628313--87628382	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
87643190--87643216	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
87646627--87646690	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
87646882--87647120	24	10.0	24	93	2	356	27	21	22	28	1.99
87647170--87647230	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
87647273--87647320	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
87658959--87659067	43	2.6	42	80	8	105	25	22	23	28	1.99
87661952--87662021	27	2.5	28	90	2	106	25	14	30	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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