genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  243  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72211663--72211830	40	4.2	40	76	15	170	26	22	26	25	2.00
72211665--72211830	80	2.1	80	87	4	237	25	22	27	24	2.00
72214885--72215087	40	5.1	40	86	4	250	27	26	21	25	1.99
72220548--72220616	28	2.5	28	83	4	77	30	14	23	31	1.94
72223593--72223666	29	2.6	29	93	0	130	28	14	31	25	1.95
72223650--72223725	29	2.6	29	82	0	98	23	19	34	22	1.97
72223593--72223725	58	2.3	58	81	2	142	26	17	32	24	1.97
72225589--72225655	28	2.4	28	90	5	100	34	25	11	28	1.91
72237245--72237388	40	3.6	40	85	4	177	26	20	27	26	1.99
72245336--72245499	40	4.1	40	82	6	188	25	20	28	26	1.99
72245336--72245513	80	2.2	80	83	4	209	25	20	27	25	1.99
72247048--72247150	42	2.5	42	88	3	145	29	23	15	32	1.95
72252569--72252648	37	2.2	37	100	0	160	40	0	23	36	1.55
72254640--72254783	72	2.0	71	88	6	211	37	13	21	27	1.91
72261781--72261920	40	3.6	38	75	13	140	23	27	24	25	2.00
72261769--72261920	79	1.9	80	88	9	231	24	27	23	24	2.00
72269753--72269943	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
72269793--72269943	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
72279626--72279793	40	4.2	40	80	7	162	23	26	23	26	2.00
72279642--72279793	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
72285273--72285438	40	4.2	40	75	9	162	25	27	21	25	2.00
72292598--72292789	40	4.8	39	81	6	167	23	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72292598--72292748	40	3.8	39	85	6	173	24	23	27	24	2.00
72292598--72292815	79	2.8	77	74	15	205	24	22	27	24	2.00
72292598--72292815	119	1.8	119	79	9	257	24	22	27	24	2.00
72299611--72299759	40	3.7	41	86	7	191	23	24	27	24	2.00
72299611--72299829	80	2.8	80	76	11	209	24	23	27	24	2.00
72301769--72301818	26	2.0	25	88	11	75	14	16	40	30	1.87
72304267--72304319	26	2.0	27	81	3	63	20	13	30	35	1.91
72309507--72309907	49	8.3	49	94	1	684	29	28	8	33	1.87
72309507--72309907	145	2.8	145	94	0	676	29	28	8	33	1.87
72313340--72313390	25	2.0	25	88	7	77	31	33	7	27	1.85
72313554--72313758	40	5.1	40	93	0	329	25	29	21	23	1.99
72315170--72315327	49	3.3	49	91	1	257	29	27	8	34	1.87
72318193--72318217	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
72318936--72319302	49	7.7	49	81	8	345	26	20	28	24	1.99
72318935--72319298	93	3.9	94	78	7	359	27	19	28	24	1.99
72322714--72322782	29	2.4	29	92	0	111	20	15	42	21	1.89
72325701--72325733	15	2.2	15	100	0	66	45	15	12	27	1.81
72328434--72328538	34	3.0	35	92	2	185	16	48	12	22	1.79
72328939--72329012	33	2.3	33	86	6	98	63	18	5	12	1.47
72329272--72329321	11	4.5	11	82	9	57	0	56	0	44	0.99
72329840--72329891	22	2.3	23	90	6	88	38	0	7	53	1.30
72329837--72329891	2	29.0	2	78	10	53	40	0	7	52	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72341931--72342082	40	3.8	40	79	6	148	26	23	26	23	2.00
72341969--72342098	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
72352051--72352080	10	3.0	10	95	0	51	10	13	0	76	1.01
72352635--72352660	13	2.0	13	100	0	52	7	0	7	84	0.77
72354348--72354416	31	2.3	30	80	9	77	33	8	28	28	1.87
72367048--72367144	38	2.5	38	84	1	113	36	11	12	40	1.79
72368638--72368841	42	4.8	42	84	1	246	32	15	22	29	1.95
72368638--72368841	84	2.4	85	84	0	275	32	15	22	29	1.95
72369997--72370027	16	1.9	16	93	0	53	25	6	25	41	1.79
72371646--72371871	110	2.1	110	84	1	301	35	17	21	25	1.95
72374868--72374959	43	2.1	43	83	0	121	35	21	15	27	1.93
72378051--72378083	14	2.2	16	89	10	52	24	3	18	54	1.57
72379341--72379425	43	2.0	43	86	9	120	24	15	29	30	1.95
72382830--72382884	28	2.0	28	92	0	92	23	23	34	18	1.96
72391936--72392106	92	1.9	92	96	0	315	28	29	21	21	1.98
72391929--72392103	46	3.8	46	80	11	214	29	29	21	20	1.98
72391937--72392122	46	4.0	46	73	18	145	28	29	20	21	1.98
72394336--72394714	27	14.0	27	73	7	137	37	19	9	33	1.84
72394544--72394699	81	1.9	81	83	7	201	40	19	10	28	1.86
72394336--72394701	54	6.8	54	73	5	254	37	20	9	33	1.84
72394577--72394785	27	7.7	27	76	6	145	40	19	8	31	1.81
72394804--72394877	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72394817--72394881	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
72395505--72395552	25	1.9	25	95	0	87	27	18	20	33	1.96
72395595--72395650	20	2.8	20	91	0	85	39	12	17	30	1.87
72395595--72395650	11	5.5	11	73	16	57	39	12	17	30	1.87
72395581--72395644	9	7.1	9	72	13	51	40	10	17	31	1.84
72395700--72395822	52	2.4	51	97	2	230	26	23	23	26	2.00
72395700--72395822	26	4.8	26	92	1	196	26	23	23	26	2.00
72395972--72396054	42	2.0	42	92	0	139	27	10	18	43	1.83
72397622--72397791	93	1.8	93	90	0	277	27	28	21	22	1.99
72397617--72397789	46	3.7	46	75	10	172	28	27	21	22	1.99
72401354--72401561	40	5.2	40	80	3	231	25	26	22	25	2.00
72409491--72409698	40	5.2	40	79	3	222	26	26	22	25	2.00
72413774--72413998	40	5.6	39	83	9	274	25	27	23	23	2.00
72413774--72413998	83	2.8	83	87	6	313	25	27	23	23	2.00
72421855--72422026	93	1.8	93	93	0	299	28	28	21	21	1.99
72421848--72422023	46	3.8	46	77	12	198	29	28	21	21	1.98
72421897--72422035	47	3.0	46	74	16	135	29	28	19	23	1.98
72424517--72424604	40	2.2	40	91	0	140	26	27	23	22	2.00
72437547--72437719	93	1.9	93	86	0	247	27	29	19	24	1.98
72437540--72437715	46	3.8	46	74	12	162	28	28	18	23	1.98
72447608--72447648	14	2.7	16	77	14	50	68	0	29	2	1.03
72454653--72454693	13	2.9	13	86	13	55	26	0	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72461500--72461707	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
72461500--72461706	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
72470668--72470891	40	5.6	40	83	6	274	25	25	23	25	2.00
72470668--72470891	83	2.8	80	85	5	283	25	25	23	25	2.00
72474374--72474581	40	5.2	39	84	6	231	25	21	27	25	1.99
72482175--72482397	40	5.6	40	86	7	301	25	26	23	24	2.00
72482175--72482397	83	2.8	80	87	4	308	25	26	23	24	2.00
72485267--72485580	48	6.6	49	71	13	160	24	28	20	27	1.99
72485415--72485583	48	3.6	48	81	3	182	23	27	20	28	1.99
72498906--72499220	46	6.7	47	76	10	229	24	28	19	27	1.98
72498951--72499217	46	5.7	46	79	9	231	23	29	19	27	1.98
72512349--72512383	18	1.9	18	94	0	61	60	0	2	37	1.12
72512353--72512395	18	2.4	17	85	11	59	58	0	2	39	1.11
72515221--72515256	17	2.2	16	90	5	54	75	2	0	22	0.94
72516425--72516477	20	2.7	21	80	11	58	37	9	3	49	1.53
72516448--72516494	20	2.3	20	86	13	62	31	6	4	57	1.43
72516715--72516753	21	1.9	19	85	10	51	41	12	10	35	1.77
72523398--72523527	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
72531375--72531542	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
72538282--72538324	21	2.0	21	100	0	86	46	30	4	18	1.69
72538908--72539162	55	4.8	54	81	7	265	21	25	18	35	1.95
72538955--72539152	108	1.8	110	89	4	312	22	25	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72542398--72542424	12	2.2	12	100	0	54	29	33	22	14	1.94
72548868--72549008	27	5.3	26	85	1	138	41	19	7	31	1.78
72548885--72549108	27	8.3	27	83	2	184	40	20	8	30	1.82
72548880--72549108	54	4.3	54	78	6	223	39	20	7	31	1.81
72549086--72549349	27	9.8	27	86	3	336	27	22	8	40	1.83
72549048--72549349	81	3.7	81	81	6	306	29	22	8	39	1.84
72549221--72549469	27	9.2	26	78	9	79	34	21	8	35	1.84
72549221--72549397	81	2.2	81	80	0	183	31	23	7	36	1.84
72549422--72549477	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
72549531--72549595	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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