genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  247  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73526559--73526606	26	2.0	22	84	15	60	43	6	10	39	1.64
73537246--73537277	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
73537492--73537865	50	7.4	50	77	3	383	29	24	17	27	1.97
73537481--73537872	151	2.6	151	91	0	631	30	24	17	27	1.97
73538220--73538266	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
73541048--73541087	12	3.2	12	85	3	53	35	0	17	47	1.48
73548210--73548327	49	2.4	50	84	4	141	24	28	20	26	1.99
73548157--73548525	47	7.7	48	73	13	273	24	29	19	26	1.98
73554431--73554460	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
73555001--73555177	40	4.4	40	82	4	191	24	22	26	27	2.00
73557973--73558012	21	2.0	21	85	5	55	22	27	37	12	1.90
73559076--73559250	47	3.6	48	80	6	167	25	30	18	25	1.98
73559079--73559253	49	3.6	47	78	10	149	25	30	18	25	1.98
73559177--73559442	48	5.6	44	72	16	169	24	28	18	28	1.98
73559269--73559442	94	1.9	94	90	4	280	23	29	18	28	1.98
73566791--73566920	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
73574895--73575062	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
73577212--73577526	27	11.7	27	79	4	280	38	22	10	28	1.87
73577538--73577731	27	7.2	27	88	2	282	34	18	20	26	1.96
73577510--73577732	54	4.1	54	85	5	242	34	19	19	26	1.96
73577402--73577732	81	4.1	81	78	11	284	35	19	17	27	1.94
73577538--73577732	81	2.4	81	92	0	318	33	18	20	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73577935--73578004	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
73577934--73578017	25	3.4	23	84	11	89	29	22	22	25	1.99
73577935--73578029	50	1.9	50	81	12	115	28	24	23	24	2.00
73580254--73580571	27	11.8	27	72	10	163	38	21	10	28	1.87
73580269--73580571	54	5.6	54	74	6	195	39	21	10	28	1.86
73580269--73580571	81	3.8	80	73	5	234	39	21	10	28	1.86
73580566--73580767	27	7.3	27	81	6	224	34	18	20	26	1.96
73580644--73580738	33	3.1	33	77	17	130	35	16	21	26	1.94
73580589--73580765	87	2.0	87	87	2	257	34	17	21	26	1.95
73580566--73580738	60	3.0	59	85	6	232	35	17	20	26	1.95
73580970--73581039	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
73580995--73581066	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
73585911--73585969	13	4.5	13	95	0	91	3	27	44	25	1.70
73589353--73589391	19	2.1	19	100	0	78	28	20	25	25	1.99
73589660--73589734	37	2.0	37	100	0	150	34	8	22	34	1.84
73594228--73594317	40	2.2	41	84	9	123	25	26	23	24	2.00
73594244--73594355	40	2.8	40	84	0	134	22	26	23	27	1.99
73602208--73602297	40	2.2	41	84	9	123	25	26	23	24	2.00
73602224--73602335	40	2.8	40	84	0	134	22	26	23	27	1.99
73607960--73608066	53	2.0	53	96	0	196	26	12	32	28	1.92
73611195--73611339	47	3.1	47	92	0	227	33	11	29	25	1.91
73611313--73611449	46	3.0	46	85	0	184	34	8	30	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73611452--73611488	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
73614268--73614437	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
73622595--73622764	41	4.2	40	73	18	152	27	27	22	22	1.99
73636860--73636957	29	3.5	29	91	6	150	27	12	27	32	1.92
73644557--73644654	28	3.5	29	93	6	159	27	12	27	32	1.92
73647193--73647231	16	2.5	16	87	4	62	58	0	12	28	1.34
73651049--73651150	29	3.5	28	76	7	89	27	34	17	20	1.95
73659016--73659116	29	3.6	28	78	5	105	28	33	16	20	1.95
73666865--73666965	29	3.6	27	78	6	94	27	33	16	21	1.95
73673728--73673857	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
73681789--73681918	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
73686259--73686388	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
73692966--73693131	40	4.2	40	93	0	262	22	21	27	28	1.99
73699933--73699960	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
73700667--73700845	40	4.4	40	85	2	207	26	22	26	24	2.00
73708174--73708260	27	3.3	27	88	1	122	20	24	19	35	1.96
73708984--73709282	27	11.3	27	83	3	347	23	25	19	31	1.98
73709123--73709167	22	2.0	22	91	0	72	28	26	22	22	1.99
73708985--73709233	103	2.4	104	84	6	315	24	25	18	30	1.98
73709000--73709282	157	1.8	156	86	4	408	24	24	19	31	1.98
73712852--73712883	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
73719999--73720030	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73722402--73722472	33	2.1	34	84	2	90	26	25	21	26	1.99
73722436--73722492	28	2.1	27	86	3	78	28	28	22	21	1.99
73722440--73722500	28	2.2	28	84	0	77	29	26	21	22	1.99
73722674--73722741	27	2.6	27	79	9	68	36	26	16	20	1.93
73722877--73722997	53	2.3	54	84	4	156	26	21	19	33	1.97
73722878--73722994	27	4.4	27	80	2	119	25	22	19	32	1.97
73748499--73748662	43	3.8	42	75	12	127	32	26	19	21	1.97
73758926--73759089	43	3.8	42	74	12	127	33	26	18	20	1.96
73771155--73771201	23	2.0	23	95	0	85	23	21	10	44	1.83
73772140--73772191	26	2.0	25	88	3	77	26	17	30	25	1.97
73772404--73772479	27	2.8	27	88	4	100	44	11	25	18	1.83
73789653--73789682	15	2.0	15	100	0	60	46	13	6	33	1.69
73792868--73792937	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
73792868--73792949	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
73799002--73799102	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
73806954--73807054	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
73811776--73811845	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
73811776--73811857	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
73822915--73824106	408	2.9	407	90	2	1896	36	9	19	34	1.85
73834934--73835034	27	4.0	26	73	17	88	33	20	19	25	1.97
73834963--73835009	22	2.1	22	84	0	58	31	23	17	27	1.96
73835247--73835314	26	2.6	26	80	2	73	19	23	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73836435--73836460	10	2.6	10	100	0	52	34	26	0	38	1.57
73844968--73845080	59	1.9	59	100	0	226	36	5	11	46	1.63
73845989--73846165	39	4.5	39	87	2	239	19	22	27	29	1.98
73853477--73853599	46	2.7	46	94	0	210	30	26	20	21	1.98
73856808--73856986	40	4.4	40	79	0	178	25	23	26	24	2.00
73856808--73857000	80	2.4	80	82	2	208	26	23	26	23	2.00
73856859--73857012	40	3.8	40	78	6	132	26	24	25	23	2.00
73860501--73860540	20	2.0	20	100	0	80	25	25	25	25	2.00
73861948--73862118	93	1.8	93	86	5	247	28	28	22	21	1.99
73861988--73862151	46	3.5	46	81	6	197	28	28	20	22	1.99
73864281--73864363	42	2.0	42	85	2	114	27	25	16	30	1.97
73864294--73864373	42	1.9	42	87	2	117	26	26	16	31	1.96
73867094--73867191	49	2.0	50	82	6	119	39	20	23	16	1.91
73869496--73869673	40	4.5	40	92	2	279	24	28	23	24	2.00
73872657--73872811	79	1.9	81	85	5	217	25	26	23	25	2.00
73872638--73872813	40	4.4	40	80	9	189	25	25	23	25	2.00
73879666--73879766	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
73879695--73879766	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
73887495--73887566	29	2.5	29	91	6	112	29	13	27	29	1.95
73893840--73893990	40	3.8	39	78	10	128	22	26	23	27	2.00
73893840--73893989	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
73896107--73896192	43	2.0	43	84	8	113	27	30	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73906080--73906161	43	1.9	43	82	5	103	26	29	19	24	1.98
73910307--73910353	7	7.1	7	85	4	55	23	4	0	72	1.02
73910305--73910353	14	3.8	13	81	10	64	22	4	0	73	1.00
73917453--73917500	23	2.1	23	92	7	80	35	16	2	45	1.59
73925974--73925998	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
73927997--73928057	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
73929245--73929283	19	2.1	19	90	0	60	23	17	25	33	1.96
73934217--73934377	43	3.8	42	75	7	153	34	24	14	26	1.94
73945008--73945106	28	3.5	29	90	5	150	32	27	12	28	1.92
73952699--73952795	28	3.5	29	90	9	150	32	27	11	27	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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