genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78357088--78357250	29	5.6	29	88	1	202	28	26	15	29	1.96
78357232--78357305	38	1.9	39	97	2	141	20	37	17	24	1.93
78357234--78357325	38	2.4	38	89	3	132	20	34	16	28	1.94
78361421--78361580	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
78365778--78365864	45	1.9	45	88	4	131	28	11	28	31	1.92
78367826--78367910	7	11.7	7	76	5	62	45	31	1	21	1.59
78367826--78367910	14	5.9	14	78	10	73	45	31	1	21	1.59
78368145--78368223	27	3.0	26	75	5	77	26	11	26	35	1.90
78368587--78368654	33	2.1	33	100	0	136	50	5	5	38	1.51
78369965--78369994	15	1.9	16	93	6	53	20	10	20	50	1.76
78379781--78380243	231	2.0	231	97	0	881	28	10	23	36	1.89
78387301--78387331	12	2.6	12	94	0	53	35	19	6	38	1.77
78387419--78387593	13	13.5	13	73	4	129	43	4	17	35	1.67
78404025--78404126	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
78406932--78406956	13	1.9	13	100	0	50	32	28	40	0	1.57
78406894--78406975	41	2.0	40	83	4	101	23	23	37	15	1.93
78413258--78413307	25	2.0	25	96	0	91	46	8	2	44	1.44
78415729--78415757	10	2.9	10	100	0	58	37	0	10	51	1.36
78430360--78430384	11	2.3	11	100	0	50	36	16	8	40	1.77
78439090--78439125	12	3.0	12	95	0	63	22	25	27	25	2.00
78441354--78441484	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
78448089--78448131	23	2.0	21	86	9	59	76	0	16	6	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78448103--78448138	10	3.5	10	92	3	54	83	0	13	2	0.76
78449344--78449474	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
78452170--78452462	27	10.9	27	87	1	354	28	23	8	39	1.83
78452440--78452525	27	3.2	27	80	9	104	37	24	10	27	1.88
78452449--78452552	54	1.9	54	86	7	149	39	22	11	26	1.88
78452454--78452571	27	4.4	27	82	2	105	39	21	13	25	1.90
78456259--78456540	27	10.4	27	87	1	359	26	23	9	40	1.85
78456529--78456614	27	3.2	27	80	9	104	39	24	8	27	1.83
78456267--78456579	81	3.9	80	84	0	329	29	22	8	38	1.85
78456229--78456587	81	4.4	81	81	0	207	30	23	8	36	1.86
78456538--78456641	54	1.9	54	86	3	147	41	21	9	27	1.84
78456543--78456660	27	4.4	27	81	2	105	41	20	11	26	1.87
78460272--78460327	22	2.5	23	94	2	78	16	26	19	37	1.92
78460272--78460342	23	3.1	23	86	8	101	19	23	19	36	1.95
78461370--78461517	65	2.3	64	80	10	165	23	25	25	25	2.00
78463198--78463326	46	2.8	46	94	2	215	31	28	20	20	1.97
78467195--78467398	42	4.8	42	76	5	180	30	24	14	30	1.95
78467195--78467398	84	2.4	85	81	4	225	30	24	14	30	1.95
78472584--78472668	43	2.0	43	92	0	143	29	21	17	31	1.96
78477219--78477559	170	2.0	170	97	0	646	30	12	20	36	1.90
78481637--78481764	47	2.7	46	79	15	156	28	17	28	25	1.98
78493144--78493310	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78493160--78493310	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
78494506--78494612	56	1.9	55	83	9	137	28	16	18	35	1.93
78500986--78501055	23	2.9	23	81	12	79	24	24	18	32	1.97
78503431--78503486	27	2.1	27	100	0	112	32	25	19	23	1.98
78506350--78506502	46	3.3	44	80	11	166	24	30	16	27	1.97
78510521--78510781	40	6.6	40	91	1	400	22	20	29	26	1.98
78519298--78519479	46	3.9	47	79	8	203	24	29	18	28	1.98
78524416--78524550	58	2.3	58	83	2	164	43	0	4	51	1.27
78524513--78524563	26	2.0	25	88	3	75	50	3	0	45	1.20
78524723--78524772	16	3.1	16	82	0	64	28	24	8	40	1.83
78526127--78526276	53	2.7	55	83	5	178	31	7	14	46	1.72
78533918--78533985	31	2.2	31	84	5	84	36	2	2	57	1.29
78537541--78537804	47	5.6	47	72	12	168	25	29	17	27	1.97
78551296--78551343	24	2.0	24	100	0	96	25	41	20	12	1.87
78554336--78554413	26	3.1	26	63	20	65	28	14	26	30	1.95
78554285--78554525	50	4.8	50	79	5	227	24	16	26	32	1.96
78554333--78554522	51	3.8	50	78	4	177	25	18	25	30	1.98
78554985--78555028	21	2.1	21	100	0	88	36	4	18	40	1.71
78558109--78558150	22	1.9	22	95	0	75	57	14	2	26	1.50
78559263--78559389	27	4.7	27	84	0	130	31	22	8	37	1.84
78559371--78559616	27	9.1	27	71	13	125	41	20	8	29	1.81
78559411--78559534	54	2.3	53	80	6	144	42	20	7	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78559463--78559644	83	2.2	83	100	0	364	42	19	6	31	1.76
78559463--78559672	83	2.5	83	93	0	321	42	19	6	31	1.77
78559489--78559679	27	6.9	27	74	9	134	41	19	7	31	1.79
78559708--78559785	27	2.9	27	77	11	88	37	19	20	23	1.95
78560594--78560688	25	3.8	25	94	0	154	28	25	21	25	1.99
78560908--78560990	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
78561004--78561058	29	1.9	28	88	3	83	23	23	25	27	2.00
78560996--78561089	33	2.9	33	72	18	90	24	21	25	28	1.99
78562074--78562291	46	4.7	45	77	13	162	25	29	18	26	1.98
78564928--78564965	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
78573428--78573560	60	2.2	60	81	6	144	25	21	28	24	1.99
78581447--78581477	12	2.6	12	94	0	53	25	0	3	70	1.02
78582339--78582371	15	2.1	16	88	5	50	9	27	0	63	1.24
78583149--78583179	16	1.9	16	100	0	62	45	19	22	12	1.84
78583432--78583489	26	2.2	26	84	3	71	34	25	12	27	1.91
78583594--78583681	28	3.2	28	82	3	99	17	23	22	36	1.94
78585004--78585224	50	4.4	50	82	1	237	25	17	26	29	1.98
78585422--78585451	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
78589334--78589442	43	2.5	43	89	0	164	17	21	37	23	1.94
78591564--78591625	30	2.1	29	91	8	99	35	22	17	24	1.95
78598794--78598855	30	2.1	29	91	8	99	35	22	17	24	1.95
78603126--78603165	21	1.9	21	84	0	53	45	32	0	22	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78603376--78603414	13	2.9	13	92	3	60	28	0	2	69	1.02
78609786--78609826	17	2.4	17	95	0	73	39	14	19	26	1.90
78610990--78611175	40	4.7	40	92	2	295	25	27	21	25	1.99
78611435--78611467	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
78618096--78618265	46	3.7	46	72	16	156	28	26	20	24	1.99
78618101--78618269	93	1.8	91	87	5	250	28	27	20	23	1.99
78621032--78621224	40	4.8	40	92	3	302	25	28	21	24	1.99
78628098--78628272	45	3.8	49	78	15	183	28	28	21	21	1.99
78628103--78628272	93	1.8	92	94	1	304	28	28	21	21	1.99
78628687--78628746	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
78635597--78635771	45	3.8	49	78	15	183	28	28	21	21	1.99
78635602--78635771	93	1.8	92	96	1	313	28	29	21	21	1.98
78636191--78636250	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
78643685--78643744	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
78646233--78646269	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
78646633--78646790	81	2.0	81	88	2	237	28	27	18	24	1.98
78646611--78646804	40	4.8	40	85	3	257	27	28	19	24	1.99
78647064--78647116	2	26.5	2	84	0	70	47	3	3	45	1.39
78648091--78648131	21	2.0	21	85	9	57	39	26	0	34	1.57
78648102--78648141	21	1.9	21	84	0	53	40	25	0	35	1.56
78650887--78651034	40	3.7	40	89	0	215	30	24	20	25	1.99
78650836--78651034	80	2.5	79	84	4	240	30	25	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78656341--78656474	46	2.9	46	77	5	153	20	18	30	29	1.97
78661531--78661730	40	5.0	40	85	2	233	29	26	21	23	1.99
78664012--78664059	8	6.4	8	79	13	57	56	0	2	41	1.11
78664074--78664111	18	2.1	18	85	9	51	81	2	13	2	0.90
78666399--78666543	40	3.6	40	90	1	220	24	22	27	26	1.99
78666802--78666845	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
78679398--78679470	38	1.9	38	88	0	110	21	21	27	28	1.99
78684979--78685195	78	2.8	80	88	6	331	27	23	28	21	1.99
78684979--78685169	40	4.9	40	92	3	318	26	22	28	22	1.99
78691424--78691495	27	2.6	29	77	8	85	27	25	18	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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