genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  121  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33939827--33939927	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
33939856--33939927	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
33968943--33968989	22	2.2	21	81	7	60	34	34	23	8	1.85
33970941--33971013	35	2.1	35	94	0	128	35	34	5	24	1.79
33973930--33974047	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
33973898--33974061	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
33980007--33980124	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
33979975--33980138	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
33981979--33982115	61	2.2	61	98	1	265	27	10	10	51	1.69
33982582--33982607	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
33990102--33990281	81	2.2	81	83	3	211	33	18	21	26	1.97
33990114--33990281	27	6.2	27	88	5	189	34	18	20	26	1.96
33990799--33990857	22	2.7	22	86	0	82	15	23	23	37	1.93
33990939--33991002	27	2.4	26	84	7	83	23	21	15	39	1.92
33993068--33993295	27	8.6	27	76	6	189	31	21	21	25	1.98
33993809--33993871	22	2.9	22	76	9	65	17	26	22	33	1.96
33993867--33993914	20	2.4	20	78	0	60	12	18	31	37	1.88
33993958--33994019	27	2.3	27	83	10	74	14	24	24	37	1.93
33993967--33994038	27	2.7	27	77	10	76	20	25	18	36	1.95
33994156--33994223	25	2.7	25	80	8	84	17	17	16	48	1.81
33994206--33994259	6	8.8	6	84	11	74	16	20	14	48	1.81
33994188--33994259	37	1.9	37	97	0	135	16	22	13	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33998816--33999176	46	7.8	48	74	10	229	24	29	19	27	1.98
33998816--33999133	138	2.3	139	83	3	383	23	29	19	26	1.98
34004548--34004586	14	2.7	15	88	8	62	28	0	23	48	1.51
34005295--34005710	48	8.7	47	71	11	265	26	19	26	26	1.99
34005286--34005710	96	4.4	96	80	4	419	27	19	26	26	1.99
34010522--34010552	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
34012317--34012409	27	3.5	27	82	8	109	29	21	11	37	1.89
34015024--34015217	39	4.9	39	88	0	244	24	21	31	22	1.98
34022931--34023124	39	4.9	39	88	0	244	24	21	31	22	1.98
34029024--34029240	40	5.5	40	91	3	316	24	23	27	24	2.00
34029020--34029240	119	1.9	119	87	5	331	25	22	27	24	2.00
34035157--34035343	79	2.4	79	94	1	322	25	22	27	24	2.00
34035157--34035375	79	2.8	79	88	6	320	26	21	27	24	1.99
34035157--34035343	39	4.7	40	92	5	317	25	22	27	24	2.00
34047185--34047243	30	2.0	30	96	0	109	40	25	10	23	1.86
34052053--34052110	28	2.1	28	100	0	116	25	34	13	25	1.93
34052328--34052362	16	2.2	16	89	0	52	11	17	25	45	1.81
34056568--34056670	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
34064934--34065126	40	4.8	40	82	2	199	26	24	25	23	2.00
34064936--34065126	80	2.4	80	84	3	224	26	24	25	23	2.00
34081467--34081646	46	3.8	46	76	12	177	21	19	28	30	1.97
34081461--34081639	97	1.8	97	90	4	290	21	18	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34088424--34088631	40	5.2	40	84	4	233	25	22	26	25	2.00
34095689--34095896	40	5.2	40	84	4	233	25	22	26	25	2.00
34097761--34097868	27	4.0	27	88	0	153	34	18	19	27	1.95
34097853--34098253	27	14.9	27	78	5	276	40	19	8	30	1.82
34097904--34098244	107	3.2	108	78	7	268	42	20	8	29	1.81
34098498--34098532	12	2.9	12	95	0	61	48	0	40	11	1.39
34098736--34098787	22	2.4	21	72	15	52	23	26	19	30	1.98
34099002--34099049	22	2.2	22	92	0	78	10	18	25	45	1.81
34100140--34100392	27	9.4	27	86	0	317	35	19	20	24	1.96
34100140--34100392	81	3.1	80	88	2	353	35	19	20	24	1.96
34100533--34100628	27	3.6	26	78	10	86	20	22	20	35	1.96
34100616--34100663	25	1.9	25	86	0	69	18	18	22	39	1.92
34117825--34117922	45	2.2	45	81	9	119	30	19	23	26	1.98
34117824--34117922	23	4.3	23	85	10	123	30	19	24	26	1.98
34120824--34120977	41	3.8	41	84	0	200	20	28	17	33	1.95
34120824--34120977	82	1.9	82	88	0	236	20	28	17	33	1.95
34122239--34122364	46	2.7	46	84	8	148	26	19	30	23	1.98
34132758--34132901	40	3.6	39	74	7	112	27	22	27	22	1.99
34135434--34135535	52	2.0	52	100	0	204	25	23	7	43	1.81
34136576--34136607	3	10.7	3	93	0	55	37	0	0	62	0.95
34136556--34136612	9	6.3	9	89	0	51	50	0	0	49	1.00
34141469--34141554	33	2.5	35	81	7	97	23	23	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34147209--34147255	6	7.8	6	86	9	60	68	0	14	17	1.22
34148172--34148201	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
34152616--34152719	55	1.9	55	81	0	127	13	25	37	23	1.91
34165236--34165483	40	6.2	40	85	1	300	25	23	26	25	2.00
34169495--34169710	79	2.7	80	84	2	265	26	22	26	24	2.00
34169493--34169710	40	5.5	40	85	6	255	26	22	26	24	2.00
34169574--34169736	80	2.0	80	81	0	191	26	23	26	23	2.00
34177599--34177815	40	5.4	40	86	2	258	26	22	26	24	2.00
34177690--34177841	80	1.9	80	81	0	187	26	23	26	23	2.00
34177665--34177855	80	2.4	79	80	3	186	28	22	26	23	1.99
34194123--34194196	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
34195806--34195943	40	3.4	40	88	5	197	26	26	23	23	2.00
34203933--34204153	40	5.6	40	83	9	274	25	26	23	24	2.00
34203933--34204153	81	2.8	79	85	7	279	25	26	23	24	2.00
34204424--34204450	14	1.9	14	100	0	54	59	14	0	25	1.36
34215266--34215315	22	2.3	22	96	3	93	42	30	12	16	1.84
34226865--34227012	79	1.9	79	87	2	217	33	20	21	23	1.97
34227960--34227989	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
34228691--34228881	40	4.8	40	88	2	260	22	25	29	23	1.99
34235983--34236014	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
34236718--34236960	40	6.1	40	85	3	312	24	23	27	23	2.00
34243831--34244132	27	11.1	27	86	0	334	42	21	16	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34243831--34244106	109	2.5	108	83	5	360	43	22	15	18	1.88
34245458--34245665	54	3.9	53	75	8	195	37	16	22	23	1.93
34248016--34248230	43	5.0	43	94	0	358	31	31	24	12	1.92
34253578--34253745	40	4.2	40	81	3	196	25	22	27	25	1.99
34261555--34261702	40	3.7	40	86	3	190	25	22	28	22	1.99
34261555--34261722	80	2.1	80	83	3	205	25	22	27	24	1.99
34264619--34264677	31	1.9	31	86	13	86	35	3	27	33	1.74
34265062--34265218	67	2.3	68	93	1	271	30	14	30	24	1.95
34269499--34269670	68	2.5	66	90	5	238	33	13	29	23	1.93
34269525--34269670	68	2.1	68	97	0	274	31	13	30	23	1.94
34276562--34276607	20	2.4	19	82	7	56	23	2	2	71	1.08
34281909--34282041	49	2.7	49	80	2	151	24	28	18	28	1.98
34282099--34282232	46	2.9	45	83	7	164	23	29	19	27	1.98
34283025--34283089	31	2.1	31	97	0	121	52	3	29	15	1.58
34289232--34289302	30	2.3	30	83	7	90	47	16	8	26	1.75
34289922--34290081	46	3.4	46	77	8	146	23	28	18	29	1.98
34289962--34290091	46	2.8	46	87	4	174	23	28	18	29	1.98
34293459--34293499	20	2.1	20	86	4	57	26	0	24	48	1.51
34298001--34298045	19	2.4	18	85	14	56	48	2	15	33	1.57
34298114--34298159	22	2.1	22	100	0	92	36	4	10	47	1.58
34304254--34304454	53	3.7	53	82	5	208	22	25	18	33	1.97
34304441--34304562	47	2.6	47	92	0	190	26	22	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34307630--34307805	54	3.3	53	80	5	194	38	21	9	31	1.85
34307637--34307803	27	6.2	27	77	7	117	39	19	9	31	1.84
34307783--34308020	27	8.8	27	89	0	296	30	21	7	39	1.82
34307756--34308183	81	5.3	80	72	7	297	32	21	8	37	1.84
34308013--34308085	28	2.6	28	89	2	103	41	20	8	30	1.81
34308038--34308113	28	2.7	28	81	4	82	40	22	10	26	1.86
34308109--34308199	27	3.4	27	92	1	139	26	20	8	43	1.81
34308204--34308503	27	11.3	27	81	5	315	35	20	19	25	1.95
34308204--34308502	53	5.6	55	82	7	323	35	19	19	25	1.95
34308729--34308882	67	2.3	67	96	0	281	18	26	22	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378