genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  187  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54818741--54818965	40	5.6	40	78	5	238	27	26	21	24	1.99
54821103--54821230	40	3.2	40	77	1	141	26	26	21	25	1.99
54829064--54829240	80	2.2	80	80	3	196	25	27	20	25	1.99
54829073--54829240	40	4.2	40	80	2	178	26	27	20	25	1.99
54835679--54835732	19	2.8	20	83	5	67	44	9	18	27	1.80
54839102--54839127	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
54839223--54839289	3	22.3	3	96	0	125	64	1	0	34	1.03
54843505--54843551	23	2.1	23	88	4	69	42	2	2	53	1.25
54843597--54843632	19	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
54850022--54850322	39	7.7	39	87	1	386	29	27	22	19	1.98
54850022--54850322	118	2.6	118	87	1	426	29	27	22	19	1.98
54853271--54853305	14	2.5	14	95	0	61	40	0	8	51	1.33
54856125--54856397	39	6.9	39	84	1	312	28	28	23	19	1.98
54856172--54856391	79	2.8	78	89	1	341	27	28	24	20	1.99
54856134--54856397	118	2.2	118	87	0	377	28	27	23	20	1.99
54866243--54866283	18	2.3	18	86	0	55	26	21	17	34	1.95
54866309--54866350	17	2.5	17	84	7	50	33	26	14	26	1.94
54868133--54868630	47	10.4	47	88	7	704	27	31	9	32	1.88
54868218--54868300	27	3.3	27	63	27	72	32	30	4	32	1.79
54868133--54868612	96	5.0	97	93	4	741	27	31	8	32	1.88
54869596--54869628	16	2.1	16	100	0	66	36	21	0	42	1.53
54872331--54872422	40	2.3	40	83	9	109	27	17	30	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54876785--54876952	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
54884899--54885063	40	4.2	40	80	3	190	25	21	27	26	1.99
54884897--54885063	80	2.1	79	83	4	210	25	22	26	25	2.00
54889239--54889766	47	11.1	47	90	3	795	30	12	31	25	1.93
54889239--54889766	145	3.7	142	89	5	776	30	12	31	25	1.93
54889239--54889766	192	2.8	192	94	1	920	30	12	31	25	1.93
54889930--54890010	37	2.2	37	97	0	153	20	19	33	25	1.97
54891361--54891570	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
54899366--54899575	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
54908849--54909032	67	2.8	64	80	8	203	23	29	17	29	1.97
54909540--54909600	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
54932442--54932627	40	4.7	40	100	0	372	21	29	23	25	1.99
54940552--54940764	40	5.2	40	85	5	284	22	28	24	24	1.99
54940552--54940764	83	2.6	79	86	5	282	22	28	24	24	1.99
54948323--54948548	40	5.7	40	100	0	452	21	29	23	25	1.99
54952685--54952743	16	3.7	16	74	0	55	50	15	18	15	1.78
54957834--54957917	29	2.9	29	92	0	141	27	30	14	27	1.95
54960967--54961029	28	2.2	28	85	0	81	41	19	23	15	1.90
54962251--54962312	25	2.5	25	79	10	65	64	0	30	4	1.14
54963112--54963148	15	2.5	14	87	12	56	59	16	16	8	1.59
54963091--54963148	30	1.9	30	86	6	82	56	13	17	12	1.66
54967607--54967673	29	2.3	29	89	0	98	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54974520--54974686	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
54982522--54982688	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
54993502--54993540	19	2.1	19	85	9	53	33	7	7	51	1.59
54996882--54996922	18	2.2	19	95	4	75	17	7	14	60	1.55
55001628--55002391	96	8.0	96	96	0	1379	34	9	28	28	1.87
55002383--55002582	48	4.2	48	95	0	355	32	6	29	32	1.83
55002622--55002712	37	2.4	37	94	1	155	21	17	34	26	1.96
55004613--55004872	40	6.6	40	84	7	255	24	20	28	26	1.99
55008064--55008211	80	1.9	80	81	2	181	22	30	24	22	1.99
55008105--55008211	40	2.7	39	85	8	128	21	29	25	23	1.99
55016149--55016250	40	2.5	39	86	9	127	21	28	25	24	1.99
55019808--55020763	96	10.0	96	97	0	1736	33	9	28	28	1.88
55020755--55020954	48	4.2	48	95	0	355	32	6	29	32	1.83
55020994--55021084	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
55028215--55028390	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
55028212--55028383	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
55030350--55030393	23	1.9	23	85	0	61	36	11	22	29	1.89
55035454--55035660	40	5.2	40	82	3	202	25	23	26	25	2.00
55035455--55035660	79	2.6	80	83	4	247	24	23	26	25	2.00
55043501--55043708	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
55043502--55043708	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
55045313--55045488	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55045310--55045480	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
55048442--55048510	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
55048433--55048520	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
55050877--55051052	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
55050874--55051044	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
55055407--55055582	46	3.8	46	79	12	216	20	20	28	30	1.98
55055404--55055575	93	1.8	93	96	0	317	20	20	29	29	1.98
55059755--55059788	11	3.1	11	86	0	50	29	0	20	50	1.49
55069731--55069885	38	3.8	38	77	14	175	30	14	25	29	1.95
55069658--55069884	85	2.7	86	92	1	359	30	14	24	29	1.95
55069821--55069897	38	2.0	38	87	5	111	31	14	25	28	1.95
55073136--55073176	15	2.7	15	88	0	64	17	17	12	53	1.72
55075840--55076077	85	2.8	85	89	3	345	29	15	24	30	1.95
55080820--55080858	14	2.6	16	88	8	55	33	20	2	43	1.65
55091524--55091777	47	5.3	47	90	3	364	29	30	8	31	1.86
55091574--55091652	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
55091524--55091779	49	5.3	49	90	2	362	29	30	8	32	1.86
55091524--55091779	96	2.7	96	90	3	374	29	30	8	32	1.86
55097323--55097424	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
55105160--55105261	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
55110141--55110315	45	4.1	43	73	7	124	30	25	17	26	1.97
55116893--55117107	40	5.4	40	81	6	251	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55116893--55117107	79	2.7	78	85	5	256	24	23	27	24	2.00
55125729--55125914	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
55125729--55125947	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
55129647--55129774	37	3.4	37	97	1	238	25	32	18	23	1.97
55129814--55129917	48	2.2	48	98	0	199	32	27	5	33	1.81
55129909--55130195	49	5.9	49	95	1	506	29	27	9	33	1.88
55132537--55132740	40	5.2	40	80	7	220	24	23	26	25	2.00
55134729--55134873	40	3.6	39	81	5	139	28	24	26	21	1.99
55144511--55144668	39	4.1	39	89	0	235	29	22	22	25	1.99
55150300--55150371	27	2.6	27	86	2	108	30	25	13	30	1.94
55150380--55150486	42	2.5	42	96	0	196	21	33	14	29	1.94
55150943--55150973	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
55158293--55158362	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
55162127--55162294	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
55168670--55168739	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
55168748--55168854	42	2.5	42	98	0	205	22	33	14	29	1.93
55169310--55169342	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
55170028--55170061	10	3.4	10	92	8	52	0	5	2	91	0.51
55170028--55170061	16	2.2	15	89	5	50	0	5	2	91	0.51
55170034--55170062	14	2.0	15	93	6	51	0	10	0	89	0.48
55186585--55186814	40	5.8	40	93	2	333	26	28	21	23	1.99
55186559--55186814	80	3.2	79	90	3	356	26	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55191632--55191781	37	4.1	37	92	0	237	26	33	19	21	1.97
55191961--55192225	47	5.6	47	89	0	404	27	29	10	31	1.91
55198723--55198984	40	6.6	40	90	2	343	28	26	20	24	1.99
55202586--55202661	32	2.2	35	79	18	104	27	32	27	11	1.92
55202592--55202658	32	2.1	31	94	2	116	26	35	26	10	1.89
55215107--55215179	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
55215163--55215245	29	2.9	29	74	0	85	26	18	31	24	1.97
55215134--55215245	58	1.9	58	83	3	145	27	16	30	25	1.97
55218438--55218651	46	4.6	46	83	10	283	29	28	20	21	1.98
55218437--55218605	93	1.8	93	94	0	302	28	28	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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