genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  122  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34308815--34308866	27	2.0	26	84	3	68	17	19	21	42	1.89
34308985--34309073	6	14.5	6	75	13	83	16	17	15	49	1.80
34308985--34309070	37	2.3	37	85	0	118	16	18	16	48	1.81
34310717--34310778	27	2.3	27	91	0	97	32	16	12	38	1.86
34310760--34311032	27	10.2	27	77	6	243	31	10	19	38	1.85
34310731--34311032	80	3.8	80	77	6	272	31	10	19	38	1.86
34310728--34311032	107	2.9	105	82	7	348	31	10	19	38	1.86
34310760--34311032	53	5.1	51	76	14	232	31	10	19	38	1.85
34312512--34312593	28	2.9	28	92	0	128	31	12	28	28	1.92
34313000--34313039	21	1.9	21	85	10	55	40	5	22	32	1.76
34320709--34320852	40	3.6	40	82	5	132	27	22	27	22	1.99
34320747--34320875	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
34325188--34325246	28	2.1	28	87	0	82	32	13	27	27	1.94
34325203--34325266	28	2.3	28	88	0	101	34	9	26	29	1.88
34325386--34325499	40	2.8	40	73	15	99	22	17	29	29	1.97
34325676--34325716	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
34327314--34327482	27	6.3	27	81	8	166	28	9	18	43	1.82
34327308--34327491	81	2.3	79	82	7	219	28	8	20	42	1.81
34330189--34330374	40	4.7	40	85	5	175	27	26	19	26	1.99
34330189--34330373	80	2.3	80	79	9	207	27	26	20	26	1.99
34337865--34337934	36	1.9	36	100	0	140	35	18	17	28	1.93
34338384--34338568	40	4.7	40	82	6	200	25	25	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34340388--34340518	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
34348351--34348481	29	4.5	29	87	0	154	29	14	31	24	1.95
34353395--34353605	46	4.5	47	80	5	223	27	18	27	25	1.98
34354943--34354982	21	2.0	20	85	5	53	12	37	27	22	1.90
34356511--34356549	21	1.9	21	85	15	55	30	2	15	51	1.57
34358372--34358410	21	1.9	19	85	10	51	5	17	7	69	1.32
34366704--34366796	49	1.9	49	86	6	136	25	20	27	25	1.99
34366644--34366820	46	3.7	50	79	7	156	27	19	28	24	1.99
34370888--34370964	24	3.2	24	92	0	118	37	14	18	29	1.90
34373707--34373905	27	7.4	27	87	5	269	34	18	21	26	1.96
34376936--34377098	48	3.4	48	83	5	172	28	21	26	23	1.99
34377074--34377188	44	2.6	44	90	0	185	19	16	33	30	1.94
34378162--34378186	13	1.9	13	100	0	50	0	24	40	36	1.55
34384835--34384885	25	2.0	25	100	0	102	41	11	7	39	1.71
34386521--34386556	18	1.9	19	88	5	56	16	11	8	63	1.49
34389908--34389987	31	2.6	30	83	11	101	18	0	22	58	1.39
34389927--34390022	40	2.5	39	78	10	97	16	1	27	55	1.48
34390909--34391054	37	3.9	37	94	0	238	26	30	19	23	1.98
34391201--34391492	48	6.0	48	90	5	460	31	26	5	36	1.80
34391201--34391492	100	3.0	98	93	3	498	31	26	5	36	1.80
34391204--34391492	148	1.9	149	93	2	501	31	25	5	36	1.80
34398064--34398236	46	3.7	46	74	13	183	21	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34398061--34398231	93	1.8	93	92	0	288	21	19	28	29	1.98
34399835--34399923	33	2.7	33	79	10	101	42	8	12	35	1.74
34403655--34403702	18	2.6	18	84	12	62	72	2	0	25	0.95
34403722--34403782	30	2.0	30	100	0	122	39	13	18	29	1.88
34408788--34408818	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
34410830--34410868	20	2.0	20	89	0	60	41	28	12	17	1.87
34412751--34412971	39	5.7	40	83	8	260	24	21	28	25	1.99
34412751--34412971	78	2.8	78	85	8	288	24	21	28	25	1.99
34420866--34421089	79	2.8	80	86	6	305	24	21	27	26	1.99
34420866--34421089	40	5.7	40	87	6	305	24	21	27	26	1.99
34426907--34427035	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
34426942--34427088	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
34426923--34427088	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
34429532--34429630	51	1.9	51	81	4	119	33	13	21	32	1.91
34429623--34429739	48	2.5	48	81	1	137	27	15	23	34	1.94
34429660--34429761	48	2.1	48	87	0	141	26	14	23	35	1.94
34430716--34430754	18	2.2	18	100	0	78	35	12	10	41	1.77
34434480--34434720	81	3.0	81	83	3	315	23	17	18	40	1.91
34434478--34434728	27	9.3	27	83	2	254	23	17	18	40	1.91
34442486--34442530	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
34444872--34444966	25	3.8	25	95	0	163	26	23	25	25	2.00
34444859--34444966	50	2.2	50	86	5	148	25	23	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34445171--34445576	27	15.0	27	90	0	578	24	20	18	35	1.95
34445540--34445708	27	6.3	27	80	6	148	30	12	20	37	1.89
34445579--34445709	54	2.4	54	84	0	163	32	10	19	38	1.86
34445604--34445710	27	4.0	27	90	0	151	31	10	19	38	1.85
34445660--34445754	45	2.1	45	80	7	104	28	10	22	38	1.87
34445716--34445831	27	4.3	27	88	0	133	31	6	25	37	1.80
34445646--34445782	72	1.9	72	87	3	204	28	8	23	39	1.84
34445718--34446318	54	11.1	54	90	0	293	39	8	22	30	1.83
34445783--34446345	27	20.8	27	91	0	838	40	8	21	28	1.82
34447957--34448026	25	2.8	25	86	4	88	28	20	24	27	1.99
34448234--34448446	27	7.9	27	85	2	257	24	20	18	35	1.95
34448234--34448447	81	2.6	81	87	1	313	24	20	19	35	1.96
34448259--34448446	54	3.5	54	89	0	295	24	19	19	36	1.95
34448435--34448642	54	3.9	54	80	2	197	29	9	21	39	1.84
34448475--34448642	81	2.1	80	86	3	230	29	8	20	40	1.83
34448450--34448818	27	13.7	27	85	4	172	35	8	21	34	1.84
34448491--34448710	54	4.1	54	80	1	208	31	8	22	37	1.84
34448475--34448683	80	2.6	81	82	2	233	31	8	21	38	1.84
34448635--34449099	27	17.2	27	89	0	669	40	7	22	29	1.82
34450209--34450259	18	2.8	18	75	18	52	5	31	0	62	1.19
34451461--34451577	28	4.3	27	82	5	128	17	23	21	37	1.94
34457404--34457533	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34461879--34461942	31	2.1	31	84	0	83	25	23	15	35	1.94
34462133--34462298	23	7.0	24	92	5	259	28	22	21	27	1.99
34462133--34462298	47	3.5	48	90	7	259	28	22	21	27	1.99
34462349--34462415	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
34462349--34462404	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
34463737--34464055	27	11.9	27	87	3	392	40	8	23	27	1.84
34464006--34464256	27	9.3	27	82	2	220	32	9	20	37	1.84
34463748--34464082	134	2.5	134	85	1	393	39	9	23	27	1.85
34464133--34464271	27	5.2	26	85	2	143	31	7	20	40	1.81
34467047--34467109	30	2.1	31	87	3	92	25	23	14	36	1.93
34467301--34467462	23	7.0	24	90	4	237	28	22	20	28	1.99
34467301--34467462	47	3.5	47	87	6	240	28	22	20	28	1.99
34468861--34469181	27	11.9	27	84	6	310	41	8	22	28	1.82
34468863--34469181	81	3.9	81	84	6	412	41	8	22	28	1.83
34469132--34469409	27	10.3	27	85	2	242	32	7	20	39	1.81
34468863--34469208	54	6.4	54	83	4	383	39	8	22	28	1.84
34469259--34469426	27	6.3	26	86	2	156	32	6	19	42	1.76
34471220--34471261	20	2.1	20	86	0	57	38	11	2	47	1.53
34476593--34476731	48	2.9	48	86	1	190	32	23	13	30	1.93
34479468--34479623	27	5.8	27	88	0	186	28	21	9	41	1.84
34479443--34479652	54	3.9	54	82	0	159	30	21	9	37	1.86
34479468--34479623	81	1.9	81	88	0	231	28	21	9	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34479603--34479689	27	3.2	27	83	0	93	43	24	3	28	1.70
34479455--34479652	81	2.4	81	77	0	216	32	20	9	37	1.84
34479617--34479829	27	7.9	27	78	4	198	40	20	9	29	1.84
34479625--34479824	80	2.5	82	81	5	228	40	22	9	29	1.84
34479617--34479933	27	11.7	27	74	11	188	40	19	10	29	1.85
34479966--34480057	27	3.4	27	87	3	114	34	18	26	20	1.96
34480866--34481010	25	5.8	25	90	0	218	27	26	21	24	1.99
34480866--34481035	50	3.4	50	87	6	220	28	25	21	24	1.99
34480864--34481035	75	2.3	74	84	5	229	27	26	21	24	1.99
34481157--34481244	42	2.1	42	91	0	140	29	10	18	42	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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