genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  112  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31178031--31178173	40	3.6	39	86	5	189	27	26	21	24	1.99
31189788--31189908	40	3.0	40	95	2	208	31	19	18	31	1.95
31196135--31196221	24	3.6	24	100	0	174	35	26	17	20	1.95
31199221--31199275	23	2.3	23	87	3	83	61	12	3	21	1.46
31201870--31201970	50	2.0	50	98	0	193	38	16	5	38	1.73
31204271--31204309	17	2.2	17	86	13	53	33	2	15	48	1.58
31205008--31205043	17	2.1	17	100	0	72	22	11	0	66	1.22
31206501--31206555	26	2.1	26	96	0	101	29	0	34	36	1.58
31212527--31212665	49	2.8	50	84	5	183	26	25	21	26	1.99
31214453--31214502	24	2.1	24	100	0	100	46	12	16	26	1.81
31224119--31224146	14	2.0	14	100	0	56	50	0	7	42	1.30
31225825--31225864	11	3.6	11	79	0	53	20	12	10	57	1.63
31225901--31225964	30	2.1	31	88	8	96	28	3	9	59	1.44
31227981--31228048	25	2.7	25	88	0	100	22	22	22	33	1.97
31254705--31254960	40	6.4	40	87	3	279	25	23	25	26	2.00
31254705--31254907	80	2.5	80	91	1	318	26	22	25	26	2.00
31254875--31254979	39	2.7	39	87	0	138	20	23	27	28	1.99
31254872--31255009	39	3.5	39	81	3	125	17	23	29	29	1.97
31264851--31264953	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
31269599--31269792	39	5.0	39	93	0	316	24	29	25	20	1.99
31275104--31275302	50	4.0	50	78	3	220	31	25	17	26	1.97
31275109--31275187	26	3.1	26	63	26	69	32	25	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31275633--31275679	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
31275900--31275958	30	2.0	30	82	0	73	25	23	5	45	1.73
31277577--31277606	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
31283304--31283414	40	2.7	40	79	12	118	26	17	25	31	1.97
31284435--31284897	231	2.0	231	96	0	863	22	26	26	24	2.00
31285380--31285405	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
31286288--31286508	46	4.7	45	77	13	189	27	18	30	24	1.98
31286288--31286511	98	2.4	92	80	8	249	27	18	30	24	1.98
31290095--31290125	16	1.9	16	100	0	62	6	6	6	80	1.02
31298184--31298214	14	2.2	14	94	0	53	41	3	0	54	1.16
31298678--31298707	9	3.2	9	90	9	51	0	10	0	90	0.47
31298678--31298707	10	3.1	10	95	4	53	0	10	0	90	0.47
31299754--31299782	14	2.0	15	93	6	51	75	3	13	6	1.13
31299764--31299827	32	2.0	33	87	9	96	70	0	20	9	1.14
31300173--31300211	18	2.1	19	85	4	53	51	0	2	46	1.14
31303989--31304210	40	5.6	40	94	1	376	23	23	27	26	2.00
31310570--31310725	76	2.1	76	84	4	199	30	15	19	34	1.93
31310586--31310752	76	2.2	76	81	2	201	32	15	18	32	1.92
31311022--31311127	7	14.9	7	75	7	54	18	2	35	42	1.65
31311221--31311330	7	15.4	7	66	11	53	23	0	28	47	1.58
31311221--31311351	14	9.2	14	71	12	70	23	0	29	45	1.58
31311289--31311336	15	3.3	15	82	5	62	18	0	35	45	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31311284--31311333	22	2.3	21	82	3	64	22	0	32	46	1.52
31311232--31311354	21	5.8	20	69	18	72	22	0	32	43	1.59
31311412--31311441	7	4.3	7	91	0	51	13	0	56	30	1.37
31312118--31312179	8	7.4	8	75	22	56	66	1	0	32	1.02
31312144--31312198	7	7.4	7	79	8	56	70	1	1	25	1.06
31312143--31312198	15	3.7	15	81	11	62	71	1	1	25	1.05
31319300--31319356	26	2.2	26	100	0	114	49	19	3	28	1.65
31319726--31319781	16	3.4	16	79	11	60	44	1	0	53	1.11
31320276--31320306	6	5.3	6	92	7	55	83	0	0	16	0.64
31320276--31320306	11	2.7	12	95	5	55	83	0	0	16	0.64
31321899--31321988	16	5.6	16	71	23	57	64	0	5	30	1.16
31337710--31337763	27	2.0	27	92	0	90	53	22	14	9	1.69
31340391--31340426	19	1.9	19	88	5	56	30	2	0	66	1.06
31342901--31342958	24	2.3	26	82	14	86	50	0	0	50	1.00
31344615--31344642	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
31351134--31351286	33	4.7	33	82	2	157	33	15	21	29	1.94
31354470--31354507	19	2.0	19	94	0	67	73	0	13	13	1.09
31354470--31354507	20	1.9	19	89	5	58	73	0	13	13	1.09
31354473--31354515	19	2.3	19	83	0	50	81	2	9	6	0.95
31354534--31354594	27	2.2	28	85	8	90	21	27	32	18	1.96
31355069--31355104	12	2.8	13	83	8	56	22	0	0	77	0.76
31354908--31355587	293	2.3	296	88	5	988	29	6	6	57	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31355374--31355587	49	4.4	49	65	14	138	28	5	7	58	1.48
31354883--31355587	143	4.8	150	87	6	910	29	6	6	57	1.50
31354883--31355587	151	4.8	145	85	8	838	29	6	6	57	1.50
31355716--31355786	27	2.6	27	86	0	97	19	32	28	19	1.97
31359623--31359684	24	2.6	24	76	0	61	22	20	17	38	1.93
31373163--31373228	23	2.8	24	76	4	71	18	21	19	40	1.91
31374122--31374152	14	2.2	14	100	0	62	22	12	12	51	1.74
31382772--31382955	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
31392351--31392477	40	3.2	40	85	7	152	22	29	25	22	1.99
31394408--31394514	37	2.9	37	95	0	187	28	16	28	25	1.97
31394380--31394552	37	4.7	37	85	0	186	28	16	27	27	1.97
31397967--31398139	48	3.6	48	77	16	189	26	21	30	21	1.99
31397967--31398146	96	1.9	96	86	6	258	26	21	30	22	1.99
31402651--31402839	55	3.5	53	87	5	263	22	24	17	34	1.96
31402825--31402946	47	2.6	47	90	1	192	26	22	13	37	1.91
31409051--31409083	16	2.0	17	94	5	59	36	18	3	42	1.66
31409185--31409391	53	3.9	53	79	6	202	21	24	16	37	1.94
31413700--31413732	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
31420404--31420677	27	9.8	27	78	10	221	28	22	8	40	1.83
31420505--31420579	38	2.0	37	86	2	105	28	33	2	36	1.71
31420656--31420879	27	8.2	27	75	13	129	41	20	8	29	1.81
31420629--31420821	81	2.4	80	77	10	194	39	21	7	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31420656--31420879	54	4.1	54	76	8	152	41	20	8	29	1.81
31420629--31420881	27	9.3	27	76	7	127	39	20	8	31	1.82
31420926--31421004	27	2.9	27	85	9	106	36	21	18	22	1.95
31420902--31421014	27	4.1	27	75	8	95	37	21	18	23	1.94
31422246--31422288	20	2.2	20	100	0	86	37	11	18	32	1.87
31422253--31422296	20	2.2	20	91	0	70	34	11	22	31	1.90
31422343--31422460	23	5.1	23	92	3	202	28	19	21	30	1.97
31422675--31422738	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
31425753--31426962	584	2.1	584	96	0	2233	34	21	15	28	1.94
31427224--31427258	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
31427688--31427802	24	4.9	24	77	16	109	29	20	20	28	1.98
31427741--31427777	19	1.9	19	94	0	65	29	16	18	35	1.93
31427760--31427815	26	2.2	26	93	0	94	30	17	17	33	1.94
31427866--31427922	20	2.8	20	94	0	96	31	19	12	36	1.89
31435761--31435869	26	4.4	25	91	4	152	29	22	20	28	1.98
31435918--31435974	20	2.8	20	94	0	96	31	19	12	36	1.89
31439235--31439441	40	5.2	40	86	5	271	24	23	27	25	2.00
31441312--31441381	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
31441573--31441631	27	2.2	27	81	0	64	32	20	22	25	1.98
31441584--31441798	27	8.0	27	87	3	274	25	20	18	35	1.95
31441759--31441858	27	3.7	27	74	12	82	29	12	20	39	1.88
31441840--31441994	27	5.7	27	90	1	231	27	7	23	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31441801--31442021	81	2.7	81	82	4	239	30	8	19	41	1.82
31441801--31442021	54	4.1	54	84	3	223	30	8	19	41	1.82
31441801--31442021	27	8.2	27	83	2	192	30	8	19	41	1.82
31441972--31442054	27	3.1	27	78	0	85	33	8	20	37	1.83
31441985--31442251	81	3.3	81	87	1	266	38	7	22	31	1.82
31442014--31442278	81	3.3	81	89	0	377	37	7	23	31	1.82
31442014--31442251	27	8.8	27	87	0	305	39	7	23	30	1.81
31442012--31442278	54	4.9	53	82	2	273	37	7	23	31	1.82
31442707--31442824	56	2.1	56	96	0	218	28	32	12	26	1.93
31445175--31445232	30	1.9	30	82	6	73	24	31	29	15	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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