Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  300  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
90881833--90882004
93
1.8
93
94
0
308
29
30
20
20
1.97
90883307--90883349
8
5.5
8
78
15
54
44
4
0
51
1.22
90884103--90884198
47
2.0
47
100
0
192
21
10
16
51
1.75
90887870--90887895
9
2.9
9
100
0
52
65
23
0
11
1.25
90889600--90889629
15
2.0
15
93
0
51
63
13
10
13
1.52
90890481--90890521
6
6.8
6
97
0
73
36
29
0
34
1.58
90893219--90893263
15
3.0
15
87
12
74
86
0
0
13
0.57
90893222--90893255
7
4.9
7
86
13
52
88
0
0
11
0.52
90893219--90893265
9
4.9
9
80
14
58
87
0
0
12
0.55
90903023--90903068
23
2.0
23
100
0
92
39
13
26
21
1.90
90906430--90906496
3
22.3
3
100
0
134
32
0
0
67
0.91
90906760--90906799
21
2.0
21
85
5
55
25
25
35
15
1.94
90907998--90908214
46
4.6
45
79
10
206
21
29
21
26
1.99
90908556--90908612
30
1.9
30
92
0
96
33
26
12
28
1.92
90915670--90915935
47
5.7
48
76
11
225
24
28
19
28
1.98
90915725--90915935
46
4.5
46
75
15
175
24
28
18
27
1.98
90915720--90915938
94
2.3
93
82
10
252
24
28
19
27
1.98
90919950--90920171
40
5.6
40
86
4
306
23
22
27
26
2.00
90919950--90920171
80
2.8
80
94
0
374
23
22
27
26
2.00
90922016--90922078
30
2.1
30
91
5
101
25
3
14
57
1.52
90934249--90934290
9
4.7
9
93
0
66
73
0
16
9
1.08
90937528--90937682
39
3.9
39
92
0
256
22
20
32
23
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
90937531--90937713
39
4.6
39
88
0
249
22
22
32
22
1.98
90945463--90945625
39
4.2
39
91
0
263
22
20
33
23
1.97
90945463--90945656
39
4.9
39
89
0
253
22
21
32
23
1.98
90957688--90957813
63
2.0
63
95
0
225
23
24
23
28
1.99
90963340--90963523
40
4.6
40
78
4
147
22
24
29
23
1.99
90971450--90971633
40
4.6
40
78
4
147
22
24
29
23
1.99
90975560--90975634
26
2.9
26
78
7
80
34
17
8
40
1.79
90977135--90977413
98
2.9
98
81
8
288
21
29
20
28
1.98
90977131--90977413
49
5.8
49
72
13
188
21
28
20
28
1.98
90982248--90982292
20
2.2
21
85
14
60
33
0
6
60
1.23
90983513--90983559
23
2.0
24
87
4
69
42
12
12
31
1.81
90984663--90984726
19
3.6
18
72
17
53
32
0
4
62
1.16
90984672--90984749
28
2.7
29
79
15
90
32
0
6
61
1.21
90984664--90984767
9
11.1
9
69
21
54
33
0
4
60
1.24
90986710--90986766
25
2.2
26
96
3
107
29
10
21
38
1.87
90987641--90987670
16
1.9
16
93
6
53
23
0
0
76
0.78
90999666--90999767
29
3.5
29
95
0
186
29
14
29
26
1.95
90999666--90999827
29
5.6
29
84
2
107
26
16
32
25
1.96
90999662--90999788
58
2.2
59
85
4
179
29
14
30
25
1.95
91003891--91004008
60
2.0
60
100
0
236
35
22
9
32
1.86
91006244--91006411
40
4.2
40
80
3
178
26
22
26
25
2.00
91006244--91006411
80
2.1
80
82
3
196
26
22
26
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
91013101--91013263
39
4.2
39
91
0
263
22
20
33
23
1.97
91013101--91013294
39
4.9
39
89
0
253
22
21
32
23
1.98
91021028--91021190
39
4.2
39
91
0
263
22
20
33
23
1.97
91021028--91021221
39
4.9
39
89
0
253
22
21
32
23
1.98
91024209--91024252
2
22.0
2
95
0
79
47
0
0
52
1.00
91037324--91037406
25
3.4
25
73
18
93
28
31
12
27
1.92
91037350--91037425
23
3.2
23
72
20
84
28
31
7
31
1.86
91037346--91037424
25
3.2
25
70
25
87
30
31
7
30
1.85
91037343--91037781
47
9.3
47
88
0
628
28
30
10
31
1.89
91037343--91037781
94
4.7
94
95
0
754
28
30
10
31
1.89
91040893--91041334
40
11.1
40
91
0
670
25
27
22
25
2.00
91041388--91041462
38
2.0
38
84
5
98
22
26
18
32
1.97
91052680--91052900
40
5.6
40
91
2
331
26
23
27
22
1.99
91061804--91061967
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
91061804--91062001
71
2.8
70
91
3
258
20
28
17
33
1.95
91070679--91070899
40
5.6
40
92
2
340
26
23
27
21
1.99
91078744--91078950
40
5.2
40
91
4
314
25
23
28
23
2.00
91082104--91082287
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
91082144--91082332
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
91086622--91086646
11
2.3
11
100
0
50
28
32
28
12
1.92
91090235--91090418
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
91090275--91090463
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
91101580--91101639
19
3.0
19
76
9
57
28
6
3
61
1.37
91101590--91101764
15
10.9
16
65
25
61
31
5
1
61
1.28
91101627--91101706
31
2.6
31
73
22
80
32
3
0
63
1.12
91101659--91101724
26
2.6
25
77
13
64
31
3
3
62
1.26
91101584--91101688
22
4.9
22
66
25
57
31
4
1
61
1.27
91101720--91101754
16
2.1
17
89
5
54
37
5
0
57
1.23
91101686--91101769
36
2.3
35
80
9
89
33
4
2
59
1.31
91101868--91101905
14
2.7
14
87
0
58
34
5
2
57
1.35
91101869--91101941
14
4.8
16
76
17
57
32
4
4
58
1.36
91104124--91105372
621
2.0
621
99
0
2489
32
10
20
37
1.86
91106678--91106905
39
6.1
39
82
9
294
21
25
29
24
1.99
91106804--91106863
30
2.0
30
100
0
120
16
33
30
20
1.94
91106763--91106898
69
2.0
69
92
0
227
19
27
29
23
1.98
91112187--91112253
33
2.0
33
100
0
134
29
26
2
40
1.71
91118130--91118225
32
3.0
32
96
3
185
38
23
6
31
1.80
91118134--91118225
31
2.9
30
96
3
148
39
23
5
31
1.78
91126200--91126296
32
3.0
32
95
0
176
39
22
6
31
1.79
91126213--91126317
32
3.3
31
81
15
117
41
19
5
33
1.75
91130857--91130918
21
2.9
19
76
19
54
66
0
4
29
1.12
91130942--91130983
21
2.0
22
90
4
68
73
2
2
21
1.06
91131298--91131332
12
2.9
12
91
0
61
71
0
2
25
1.00
91133035--91133935
207
4.4
207
91
0
1412
28
21
17
32
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
91136922--91136964
22
2.0
22
90
0
68
74
2
2
20
1.04
91137279--91137312
11
3.0
11
91
8
59
70
0
2
26
1.01
91145780--91145808
14
2.1
14
100
0
58
72
0
13
13
1.13
91152444--91152605
43
3.8
43
76
9
145
35
30
12
21
1.91
91160183--91160302
60
2.0
60
96
0
222
30
15
18
35
1.91
91163437--91163522
26
3.3
26
90
0
127
36
23
4
36
1.76
91168787--91168894
12
8.5
13
70
16
59
35
6
1
56
1.36
91169196--91169233
16
2.4
16
86
4
51
26
0
5
68
1.11
91171780--91171821
22
1.9
22
90
0
66
38
7
9
45
1.64
91175413--91175452
21
1.9
21
84
0
53
50
10
12
27
1.72
91182095--91182150
27
2.1
27
100
0
112
60
17
3
17
1.50
91195861--91195888
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
91211560--91211604
17
2.6
17
89
0
72
13
26
44
15
1.83
91213255--91213289
17
2.0
17
88
5
52
28
5
5
60
1.43
91213781--91213811
2
15.5
2
100
0
62
51
0
0
48
1.00
91217317--91217417
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
91225236--91225336
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
91230046--91230127
43
1.9
43
92
0
137
30
18
6
45
1.73
91238117--91238189
33
2.2
33
82
2
85
21
24
16
36
1.94
91239385--91239546
26
6.2
26
95
0
270
33
5
24
36
1.79
91239385--91239546
78
2.1
78
97
0
306
33
5
24
36
1.79
91240720--91240749
16
1.9
15
93
6
51
53
23
20
3
1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
91242262--91242335
29
2.6
29
85
12
91
28
14
31
25
1.95
91245351--91245505
39
4.1
39
94
3
255
21
23
31
23
1.98
91251053--91251173
39
3.1
39
97
0
224
19
25
32
22
1.98
91256712--91256830
38
3.1
38
90
3
177
19
24
31
24
1.98
91258888--91259220
137
2.4
138
78
2
321
36
24
20
19
1.95
91258655--91259180
69
7.6
68
74
3
313
32
24
21
21
1.98
91258920--91259230
69
4.5
68
74
8
220
35
24
19
20
1.95
91266002--91266218
64
3.3
64
63
18
154
31
25
16
25
1.96
91265968--91266252
136
2.1
136
97
0
534
32
25
17
24
1.97
91266259--91266306
21
2.3
21
85
7
62
33
52
2
12
1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378