genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  256  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76743516--76743674	86	1.9	85	85	4	221	30	15	22	32	1.95
76757178--76757275	50	2.0	50	91	0	160	45	7	20	26	1.76
76759700--76759753	27	2.0	27	88	0	81	38	5	14	40	1.70
76762919--76763089	6	28.5	6	100	0	342	33	0	16	49	1.46
76763926--76763968	15	2.9	15	89	0	59	18	13	11	55	1.68
76766415--76766468	27	2.0	27	88	0	81	38	5	14	40	1.70
76776469--76776592	42	2.9	42	77	9	108	25	19	27	27	1.99
76790691--76790877	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
76790714--76790877	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
76790714--76790911	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
76798260--76798446	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
76798283--76798446	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
76798283--76798480	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
76807704--76807926	40	5.6	40	83	7	283	25	26	23	24	2.00
76807704--76807926	82	2.8	80	84	5	290	25	26	23	24	2.00
76810355--76810417	30	2.1	30	87	0	90	28	3	11	57	1.49
76812634--76812692	26	2.3	26	96	0	109	33	20	28	16	1.95
76815956--76816003	24	2.0	24	100	0	96	41	25	16	16	1.89
76816339--76816472	59	2.3	58	81	8	150	44	0	4	50	1.27
76816567--76816659	44	2.1	45	84	11	120	36	24	4	34	1.75
76816641--76816710	16	4.4	16	90	0	113	28	28	5	37	1.80
76820156--76820203	24	2.1	22	84	7	60	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76820161--76820203	21	2.0	22	86	4	61	51	0	0	48	1.00
76820174--76820215	20	2.0	22	86	9	61	45	0	0	54	0.99
76820228--76820258	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
76820282--76820352	15	4.6	15	74	16	65	50	1	0	47	1.09
76822855--76822901	23	2.0	23	100	0	94	4	29	8	57	1.48
76823752--76823841	45	2.0	45	100	0	180	22	11	20	46	1.81
76826864--76826897	12	2.7	13	86	4	52	64	0	2	32	1.08
76827119--76827143	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
76829343--76829396	22	2.5	22	96	0	99	27	53	5	12	1.61
76839766--76839791	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
76844687--76844718	16	2.0	16	100	0	64	12	12	18	56	1.67
76846648--76846917	48	5.6	48	79	5	269	27	18	30	24	1.98
76846645--76846917	95	2.9	96	82	4	293	26	18	30	24	1.98
76846635--76846916	143	2.0	144	87	4	410	26	18	30	25	1.98
76853382--76853566	40	4.6	40	84	0	226	23	25	24	26	2.00
76853346--76853566	80	2.8	81	80	7	231	24	25	23	25	2.00
76869478--76869625	39	4.0	39	86	6	193	20	25	28	25	1.99
76869562--76869625	32	2.0	32	93	0	110	17	29	26	26	1.97
76873300--76873371	28	2.6	28	88	2	110	29	23	9	37	1.87
76876841--76876939	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
76887712--76887814	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
76893588--76893947	46	7.6	48	73	16	201	28	19	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76895808--76896034	48	4.7	47	72	11	149	27	18	29	24	1.98
76895808--76896034	95	2.4	96	82	3	278	27	18	29	24	1.98
76913274--76913393	25	4.8	25	92	0	177	27	23	24	25	2.00
76913598--76913661	27	2.4	27	86	2	94	23	23	20	32	1.98
76913643--76913835	27	7.2	27	78	5	167	31	8	20	39	1.83
76913815--76914051	27	8.8	27	89	0	348	39	8	22	29	1.83
76914260--76914303	17	2.6	17	92	0	79	15	34	31	18	1.92
76918875--76918949	37	2.0	37	100	0	150	46	16	2	34	1.61
76921016--76921188	46	3.7	46	76	4	186	22	19	27	30	1.98
76921012--76921183	93	1.8	93	91	0	281	22	19	29	29	1.98
76924835--76925066	49	4.7	49	82	3	302	28	26	18	26	1.98
76929670--76929800	46	2.8	46	94	0	226	20	22	28	28	1.99
76931433--76931531	28	3.5	28	87	4	128	26	15	28	30	1.96
76936563--76936726	43	3.8	42	75	13	165	32	25	17	24	1.96
76937714--76937745	17	1.9	16	93	6	55	56	21	6	15	1.62
76940582--76940673	25	3.7	25	74	8	80	26	21	22	29	1.99
76945204--76945244	20	2.0	21	85	4	57	48	0	12	39	1.41
76945799--76945849	25	2.0	25	96	0	93	37	21	15	25	1.93
76947062--76947108	22	2.2	22	92	3	78	19	29	29	21	1.97
76950928--76951148	46	4.6	48	77	10	188	25	19	28	26	1.98
76950928--76951148	49	4.6	47	77	11	191	25	19	28	26	1.98
76950922--76951148	96	2.4	96	82	11	254	25	18	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76957275--76957413	40	3.5	40	81	4	140	21	28	24	25	1.99
76965244--76965312	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
76967676--76967751	18	4.4	18	90	4	104	28	9	25	36	1.87
76976045--76976097	24	2.2	25	86	10	74	41	0	0	58	0.98
76976044--76976113	24	3.0	23	73	20	65	41	0	0	58	0.98
76976078--76976113	15	2.5	14	86	8	54	41	0	0	58	0.98
76976285--76976323	21	1.9	21	94	5	71	30	25	10	33	1.89
76994184--76994296	42	2.7	43	77	5	122	28	19	23	28	1.98
76997663--76997718	28	2.0	28	100	0	112	35	3	28	32	1.74
76999999--77000068	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
77005382--77005587	40	5.2	40	82	4	211	25	25	23	25	2.00
77005382--77005586	79	2.6	80	81	7	222	25	25	23	25	2.00
77013373--77013573	40	5.2	39	78	9	173	25	26	22	24	2.00
77013411--77013479	34	2.0	34	88	0	102	24	28	26	20	1.99
77013373--77013518	74	2.0	73	86	6	206	23	28	24	22	1.99
77021363--77021569	40	5.2	39	84	2	218	25	26	22	25	2.00
77021363--77021567	79	2.6	80	84	3	245	25	26	22	25	2.00
77029385--77029592	40	5.2	39	83	3	211	25	25	23	25	2.00
77029385--77029590	80	2.6	81	83	4	240	25	26	23	25	2.00
77035159--77035228	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
77039144--77039314	49	3.4	49	77	7	193	26	17	26	29	1.98
77039134--77039327	49	3.9	49	77	4	192	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77039135--77039322	100	1.9	100	91	2	306	26	18	26	29	1.98
77049937--77050039	42	2.4	43	76	9	104	32	21	19	27	1.97
77054990--77055209	46	4.6	48	75	12	177	26	20	29	24	1.99
77061968--77062323	47	7.5	48	76	7	271	27	21	28	23	1.99
77062006--77062323	96	3.3	95	81	8	276	26	20	28	23	1.99
77064783--77065183	47	8.6	47	92	0	597	33	11	28	27	1.91
77064800--77064877	23	3.2	25	60	23	58	28	10	29	32	1.90
77064987--77065064	25	3.2	25	63	23	67	28	8	29	33	1.87
77064752--77065183	187	2.3	188	92	0	731	32	10	28	27	1.90
77065105--77065180	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
77064752--77065217	47	9.9	47	89	0	540	32	10	29	27	1.90
77065197--77065286	46	2.0	45	84	6	119	34	6	32	26	1.83
77064783--77065278	187	2.7	186	87	4	572	33	10	29	27	1.90
77066725--77067000	40	6.9	40	93	2	459	25	22	26	25	2.00
77067040--77067168	29	4.5	28	78	8	118	22	16	29	31	1.96
77067008--77067175	57	2.9	57	89	0	246	23	17	28	30	1.97
77067012--77067168	28	5.6	27	77	8	143	22	17	28	31	1.97
77067893--77067923	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
77068317--77068343	14	1.9	14	100	0	54	22	14	25	37	1.93
77073881--77073948	23	3.0	22	70	8	57	14	11	25	48	1.78
77075880--77075932	15	3.5	15	79	5	61	52	1	0	45	1.11
77083233--77083404	46	3.7	46	79	13	208	27	28	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77083238--77083408	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	21	1.99
77086292--77086324	7	4.7	7	100	0	66	27	0	12	60	1.32
77091807--77091890	43	2.0	43	83	9	109	25	17	28	28	1.98
77093191--77093226	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
77094180--77094555	188	2.0	188	99	0	743	43	11	24	20	1.85
77097632--77097729	21	4.7	21	76	9	83	17	30	28	23	1.97
77101621--77102299	44	15.1	44	65	14	210	29	26	15	28	1.96
77101621--77102037	178	2.4	178	87	3	610	28	27	15	28	1.96
77102011--77102087	26	3.0	26	94	0	127	40	22	12	24	1.89
77101834--77102267	230	1.9	230	88	3	660	29	25	16	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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