genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  233  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68858809--68858976	40	4.2	40	86	3	214	23	22	27	26	1.99
68866874--68867041	40	4.2	40	84	6	207	23	21	27	26	1.99
68868993--68869023	5	6.2	5	100	0	62	58	0	0	41	0.98
68872629--68872721	26	3.3	26	68	25	82	41	17	3	37	1.65
68872652--68872747	32	3.2	32	67	27	100	41	19	3	35	1.68
68872629--68872747	58	2.1	58	100	0	238	41	19	3	36	1.68
68876095--68876353	56	4.6	56	85	0	347	35	23	14	27	1.93
68878887--68878987	45	2.3	44	86	8	134	26	28	15	28	1.96
68878815--68879083	46	5.7	46	75	12	178	25	28	17	27	1.97
68880604--68880790	40	4.7	39	79	8	162	25	29	22	22	1.99
68882176--68882342	40	4.2	40	80	4	169	23	26	22	26	2.00
68882192--68882301	39	2.8	40	84	8	136	22	29	24	23	1.99
68890173--68890339	40	4.2	40	80	4	169	23	26	22	26	2.00
68890189--68890298	39	2.8	40	84	8	136	22	29	24	23	1.99
68897419--68897508	43	2.1	42	87	4	128	32	26	14	26	1.95
68897430--68897514	43	2.0	43	90	0	134	31	27	14	27	1.94
68909750--68909787	19	2.0	20	84	5	51	50	13	2	34	1.55
68911340--68911550	53	3.9	54	77	4	212	40	16	23	19	1.91
68915138--68915224	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
68915138--68915246	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
68915138--68915246	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
68928202--68928271	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68934364--68934523	73	2.3	68	83	6	196	31	21	27	19	1.97
68936820--68936850	10	3.0	10	95	4	53	9	32	19	38	1.84
68944370--68944420	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
68944543--68944618	26	2.8	27	78	4	73	22	13	22	42	1.88
68945360--68945399	13	3.0	13	80	20	55	32	2	12	52	1.52
68949227--68949397	24	7.1	24	95	0	288	21	17	25	36	1.95
68957157--68957327	24	7.1	24	95	0	288	21	17	25	36	1.95
68958811--68958847	19	1.9	19	100	0	74	37	2	21	37	1.68
68966821--68966921	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
68973958--68974027	29	2.4	29	90	6	108	30	27	14	28	1.95
68975267--68975338	28	2.6	29	91	4	112	33	26	12	27	1.92
68975892--68975925	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
68980861--68980959	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
68988556--68988653	28	3.5	28	92	2	144	31	24	14	29	1.94
69000784--69000990	53	3.8	54	74	1	200	37	17	24	20	1.94
69014771--69014835	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
69024047--69024196	78	1.9	79	90	4	241	28	21	24	26	1.99
69023998--69024219	40	5.6	39	86	7	247	26	21	26	25	2.00
69033621--69033788	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
69033637--69033786	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
69044651--69044818	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
69044651--69044818	80	2.1	80	86	4	232	26	27	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69050983--69051135	40	3.8	40	78	5	139	26	27	23	22	2.00
69059008--69059160	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
69061758--69061924	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
69071163--69071261	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
69073981--69074090	40	2.8	37	84	10	130	22	23	29	24	1.99
69073941--69074106	39	4.2	40	78	8	171	25	22	27	24	2.00
69081291--69081651	49	7.4	49	95	0	569	31	8	29	30	1.87
69081720--69081806	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
69087160--69087260	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
69106622--69106748	68	1.9	68	80	6	150	24	28	15	31	1.96
69108342--69108504	47	3.5	44	80	12	168	22	29	20	28	1.98
69110377--69110479	28	3.7	28	89	0	152	22	15	36	25	1.93
69122489--69122649	43	3.7	43	75	10	132	24	19	23	32	1.97
69129969--69130126	43	3.7	42	70	13	117	23	18	25	31	1.98
69134016--69134042	13	2.1	13	100	0	54	62	14	7	14	1.51
69140596--69140627	12	2.7	12	95	0	55	46	34	0	18	1.49
69141943--69142024	25	3.3	25	74	16	98	40	3	4	51	1.41
69141944--69142043	49	2.0	49	94	0	173	38	7	5	50	1.52
69142138--69142177	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
69142712--69142752	19	2.2	18	91	4	64	34	4	7	53	1.50
69145711--69145810	29	3.5	29	78	6	89	28	25	16	31	1.96
69146037--69146087	16	3.2	16	83	10	68	13	21	17	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69147315--69147346	16	2.0	16	93	0	55	15	6	25	53	1.65
69150204--69150346	29	5.0	29	86	1	157	26	28	16	27	1.97
69151404--69151630	40	5.7	40	89	0	328	32	29	21	17	1.96
69153823--69153866	16	2.8	16	89	6	63	13	25	15	45	1.83
69158933--69159072	27	5.3	26	72	13	106	38	20	10	30	1.86
69158933--69159100	53	3.1	54	77	5	189	38	22	9	29	1.85
69158927--69159099	80	2.2	79	80	10	199	38	21	9	30	1.85
69158933--69159125	107	1.8	107	85	4	273	37	21	9	31	1.85
69159078--69159290	27	7.9	27	85	2	284	30	21	7	40	1.81
69158958--69159299	27	12.7	27	80	6	194	34	21	8	35	1.83
69159078--69159290	54	3.9	54	88	2	320	30	21	7	40	1.81
69158958--69159332	81	4.6	80	74	6	247	33	21	8	35	1.85
69160580--69160636	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
69160578--69160648	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
69160589--69160643	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
69160691--69160857	24	7.0	24	90	4	241	28	22	21	27	1.99
69160691--69160857	47	3.5	47	88	6	239	28	22	21	27	1.99
69160691--69160857	71	2.3	71	92	3	273	28	22	21	27	1.99
69163828--69163932	27	3.9	27	81	2	113	37	21	9	31	1.86
69163810--69163944	27	5.2	27	75	15	108	38	20	9	31	1.85
69163927--69163967	21	2.0	21	86	9	59	36	31	4	26	1.78
69163946--69164144	27	7.8	26	81	11	207	29	21	7	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69164012--69164055	19	2.3	19	88	0	70	27	22	4	45	1.72
69163946--69164135	97	1.9	99	88	4	287	27	22	7	42	1.81
69163989--69164080	45	2.1	44	87	6	132	27	20	6	45	1.75
69164042--69164156	54	2.2	52	79	6	122	31	20	8	40	1.82
69165444--69165500	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
69165442--69165512	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
69165453--69165507	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
69165559--69165724	23	7.1	23	93	4	271	28	21	21	28	1.98
69165557--69165745	47	4.0	47	88	6	267	28	22	21	28	1.99
69165557--69165746	70	2.7	70	90	4	294	28	22	21	27	1.99
69166999--69167160	84	1.9	84	89	0	252	23	22	32	20	1.98
69172299--69172541	130	1.9	129	87	5	355	26	18	19	35	1.95
69172326--69172562	130	1.8	130	88	3	361	26	20	20	33	1.97
69179117--69179283	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
69179117--69179283	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
69180108--69180153	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
69186606--69186636	12	2.7	12	95	5	55	16	29	16	38	1.90
69187135--69187301	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
69187135--69187301	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
69188127--69188172	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
69195347--69195879	44	12.1	44	84	0	645	29	14	29	26	1.95
69195347--69195879	132	4.0	132	89	0	733	29	14	29	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69196456--69196482	8	3.4	8	100	0	54	11	11	0	77	0.99
69198803--69199065	130	2.0	130	81	7	302	26	19	18	35	1.95
69204497--69204756	129	2.0	130	97	0	495	35	21	13	29	1.92
69206703--69206910	40	5.2	39	81	3	193	25	25	23	25	2.00
69206703--69206909	80	2.6	80	81	3	229	25	26	23	25	2.00
69211565--69211937	48	7.8	48	89	0	532	26	18	25	28	1.98
69214402--69214483	33	2.8	28	72	16	74	24	23	24	28	2.00
69214676--69214745	27	2.7	26	78	8	70	35	20	20	24	1.96
69214872--69214927	27	2.1	27	89	0	85	25	21	23	30	1.99
69216178--69216203	12	2.2	12	100	0	52	65	0	34	0	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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