genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.153.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  153  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44087380--44087577	43	4.6	43	92	0	306	30	31	24	13	1.94
44087570--44087653	38	2.2	38	80	0	96	33	25	19	22	1.97
44089649--44089706	3	19.7	3	96	3	109	67	0	0	32	0.91
44094024--44094057	14	2.4	14	90	5	50	61	5	5	26	1.42
44095909--44096171	46	5.7	46	78	5	287	27	30	20	21	1.98
44095963--44096134	47	3.7	47	80	4	231	26	31	20	21	1.98
44095917--44096181	93	2.8	93	93	0	440	26	29	21	22	1.99
44095960--44096196	46	5.1	45	71	16	153	27	29	20	22	1.98
44098557--44098645	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
44098557--44098636	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
44098568--44098645	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
44101553--44101767	93	2.3	93	95	1	387	26	30	21	21	1.99
44101599--44101771	47	3.7	47	80	4	233	26	30	20	22	1.98
44101545--44101720	46	3.8	46	79	5	221	27	30	21	21	1.98
44105189--44105372	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
44105229--44105417	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
44113308--44113491	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
44113348--44113536	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
44117773--44117955	40	4.6	39	74	8	129	26	23	27	22	1.99
44124500--44124676	40	4.5	40	80	9	184	25	20	27	25	1.99
44127488--44127626	70	2.0	70	91	1	224	25	15	33	26	1.95
44132365--44132537	46	3.7	46	77	10	181	23	20	26	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44132362--44132532	93	1.8	93	89	0	270	22	21	26	29	1.99
44132762--44132799	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
44138485--44138565	26	3.1	25	75	10	83	18	24	20	35	1.95
44148274--44148300	8	3.4	8	100	0	54	44	0	11	44	1.39
44150021--44150079	21	2.9	21	97	2	111	25	30	33	10	1.89
44151228--44151447	47	4.7	48	75	12	181	25	29	18	27	1.98
44151226--44151446	93	2.4	93	77	13	222	25	28	18	27	1.98
44151240--44151492	140	1.8	140	82	3	330	25	28	18	27	1.98
44157338--44157434	28	3.5	28	91	4	153	20	8	25	45	1.79
44158055--44158116	27	2.3	27	88	0	88	27	16	14	41	1.87
44158073--44158252	27	6.7	27	78	1	173	30	10	19	40	1.84
44158073--44158252	81	2.2	81	83	3	211	30	10	19	40	1.84
44158099--44158265	54	3.1	54	85	1	192	31	8	20	38	1.83
44158243--44158475	27	8.6	27	79	7	222	42	8	21	28	1.81
44158232--44158506	81	3.4	79	75	9	207	40	8	22	29	1.82
44161299--44161447	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
44161340--44161447	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
44169373--44169572	106	1.9	106	82	6	253	49	12	6	32	1.65
44169611--44169645	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
44169792--44169854	19	3.5	18	75	12	67	55	4	1	38	1.31
44170034--44170067	13	2.7	13	95	4	61	67	0	5	26	1.13
44170135--44170177	18	2.4	18	84	3	52	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44182592--44182663	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
44189186--44189272	40	2.2	39	90	8	133	22	28	24	24	1.99
44197158--44197377	40	5.6	40	92	2	340	21	27	23	26	1.99
44199451--44199481	15	2.1	15	93	0	53	12	16	19	51	1.76
44204992--44205120	46	3.0	43	84	10	156	24	30	22	22	1.99
44205119--44205271	38	4.0	38	90	1	225	27	24	24	23	2.00
44210192--44210370	77	2.3	78	87	5	263	18	21	28	30	1.97
44210193--44210370	39	4.5	39	91	3	261	18	21	28	30	1.97
44214338--44214374	16	2.3	16	100	0	74	18	16	27	37	1.92
44216637--44216775	39	3.5	40	89	3	187	20	22	27	30	1.98
44222255--44222344	29	3.1	28	89	7	137	27	13	28	30	1.94
44225193--44225217	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
44225971--44226008	16	2.4	16	90	0	58	55	21	15	7	1.66
44226226--44226287	29	2.1	29	91	5	99	27	12	29	30	1.93
44229924--44229965	21	2.0	21	90	0	66	47	28	14	9	1.75
44232577--44232979	48	8.4	48	80	3	355	26	24	19	29	1.98
44232576--44232969	96	4.1	96	81	4	409	26	24	19	29	1.98
44232576--44232969	144	2.7	144	88	0	565	26	24	19	29	1.98
44233101--44233136	6	6.0	6	100	0	72	50	16	0	33	1.46
44233913--44233940	9	3.1	9	100	0	56	21	21	0	57	1.41
44235100--44235151	26	2.0	26	96	0	95	30	17	23	28	1.97
44239344--44239384	18	2.4	17	92	8	66	36	2	19	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44239343--44239378	18	2.0	18	100	0	72	33	5	22	38	1.77
44241848--44242031	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
44241888--44242076	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
44247729--44247859	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
44247729--44247859	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
44251546--44251675	28	4.5	30	84	5	160	31	13	26	28	1.94
44251546--44251675	58	2.2	58	87	2	181	31	13	26	28	1.94
44259496--44259626	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
44259496--44259626	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
44264887--44265070	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
44264927--44265115	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
44267406--44267470	26	2.5	24	73	11	58	21	6	3	69	1.25
44269184--44269259	39	1.9	40	89	7	120	27	17	23	31	1.97
44270786--44270870	41	2.1	41	91	4	136	23	17	24	34	1.96
44280040--44280171	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
44280010--44280171	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
44280040--44280171	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
44287601--44287732	29	4.5	29	95	1	237	37	13	24	25	1.92
44287601--44287732	59	2.3	58	94	1	237	37	13	24	25	1.92
44289144--44289186	8	5.4	8	88	0	68	51	20	23	4	1.66
44289397--44289551	29	5.4	29	90	3	224	26	12	29	30	1.93
44289397--44289551	58	2.7	58	90	1	249	26	12	29	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44291647--44291777	46	2.8	48	78	11	153	22	29	20	26	1.99
44295130--44295206	40	1.9	40	89	5	120	27	16	24	31	1.97
44295128--44295220	40	2.3	40	81	3	116	25	16	26	31	1.96
44295470--44295509	21	1.9	21	100	0	80	40	0	27	32	1.57
44296394--44296453	30	2.0	30	86	0	84	25	21	31	21	1.98
44300149--44300173	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
44300220--44300311	5	17.8	5	70	26	59	73	2	5	18	1.12
44300269--44300312	16	2.9	15	90	6	63	79	0	2	18	0.83
44300270--44300311	9	4.9	9	78	21	54	78	0	2	19	0.86
44309859--44309896	19	2.0	19	100	0	76	26	57	10	5	1.53
44309857--44309902	19	2.5	19	89	3	67	26	56	8	8	1.58
44315812--44315844	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
44321865--44321907	17	2.5	17	82	14	52	11	4	9	74	1.20
44335071--44335180	42	2.6	44	80	9	131	31	25	18	24	1.97
44339016--44339053	15	2.4	16	83	16	53	52	0	5	42	1.24
44343519--44343588	24	2.8	25	76	6	70	25	24	18	31	1.98
44348187--44348354	46	3.6	46	81	12	159	23	27	20	28	1.99
44348085--44348357	94	2.9	91	78	13	238	23	28	20	27	1.99
44354126--44354198	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
44362108--44362267	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
44369259--44369359	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
44377213--44377313	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44380373--44380521	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
44380414--44380521	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
44382144--44382319	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
44382140--44382311	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
44385269--44385337	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
44385260--44385347	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
44387727--44387900	45	3.8	46	78	13	189	20	21	29	28	1.98
44387732--44387905	46	3.8	46	79	13	214	20	21	29	28	1.98
44393309--44393342	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
44394557--44394612	11	5.5	11	71	16	57	37	14	19	28	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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