genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  131  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37029011--37029083	37	2.0	37	100	0	146	21	20	32	24	1.97
37037171--37037209	21	1.9	20	84	5	51	46	0	23	30	1.53
37040148--37040282	24	5.6	24	96	0	225	36	25	17	20	1.95
37040126--37040282	48	3.3	47	88	4	215	35	24	17	22	1.96
37047972--37048154	24	7.6	24	97	0	321	36	25	17	20	1.94
37052075--37052101	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
37056290--37056440	40	3.8	40	80	6	155	26	23	27	22	2.00
37056327--37056456	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
37058140--37058199	27	2.2	27	82	5	68	26	13	23	36	1.92
37059701--37060056	46	7.7	46	76	10	323	30	26	19	23	1.98
37059701--37060065	138	2.6	138	89	1	552	29	26	20	23	1.98
37068711--37068740	11	2.7	11	94	0	51	66	6	26	0	1.16
37069353--37069560	104	2.0	104	97	0	389	32	30	11	25	1.91
37071544--37071596	26	2.0	26	82	7	63	20	16	20	41	1.90
37079364--37079416	26	2.0	26	85	7	72	20	16	22	39	1.92
37080665--37080770	24	4.4	24	85	1	113	20	36	3	38	1.71
37085177--37085259	38	2.1	38	82	4	94	31	12	12	44	1.78
37086397--37086458	28	2.1	28	82	14	72	66	3	11	19	1.37
37090752--37090887	48	2.8	48	82	6	159	35	25	20	18	1.95
37092609--37092761	42	3.6	42	80	5	164	30	26	14	29	1.95
37109528--37109556	12	2.3	13	94	5	51	27	3	6	62	1.37
37112155--37112235	34	2.4	33	80	13	94	32	22	17	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37120937--37121096	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
37126055--37126152	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
37138653--37138812	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
37143677--37143844	40	4.2	40	83	2	196	25	27	22	25	1.99
37151648--37151815	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
37159578--37159744	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
37167599--37167766	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
37172324--37172636	158	2.0	158	99	0	617	34	9	20	36	1.85
37176966--37177129	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
37176966--37177163	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
37184531--37184694	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
37184531--37184728	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
37199554--37199683	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
37199570--37199721	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
37199570--37199719	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
37203261--37203290	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
37203495--37203679	51	3.7	49	76	5	172	35	26	14	23	1.94
37212249--37212473	49	4.5	49	86	2	288	29	28	17	24	1.98
37212244--37212481	101	2.4	99	84	2	316	28	28	18	24	1.98
37221830--37221894	32	2.0	32	100	0	130	18	18	18	44	1.87
37224915--37225429	38	13.6	38	88	4	743	15	22	24	38	1.92
37225381--37225480	51	2.0	51	91	0	164	13	20	23	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37225433--37225580	38	3.9	37	84	3	181	16	19	23	39	1.92
37227345--37227387	20	2.1	21	83	12	54	41	2	4	51	1.35
37231321--37231375	27	2.0	27	96	0	101	29	0	23	47	1.52
37231328--37231381	27	2.0	27	92	0	90	25	1	27	44	1.64
37231962--37232104	55	2.7	53	81	5	171	35	18	24	20	1.95
37231962--37232153	53	3.7	51	79	8	176	36	18	23	20	1.95
37232354--37232384	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
37234353--37234687	49	7.3	47	79	13	250	28	30	9	31	1.88
37234401--37234479	25	3.3	25	67	16	67	30	30	6	32	1.82
37234501--37234687	49	3.8	49	99	0	365	31	29	8	31	1.87
37234420--37234579	83	2.0	81	93	2	275	28	29	10	31	1.90
37238767--37239273	126	4.1	126	83	4	618	29	16	15	38	1.89
37238767--37239273	251	2.0	248	84	3	651	29	16	15	38	1.89
37240756--37240914	42	3.8	42	82	5	196	30	15	23	30	1.95
37240756--37240914	85	1.9	84	83	6	205	30	15	23	30	1.95
37242560--37242653	29	3.2	29	98	0	179	21	40	23	14	1.90
37243058--37243142	42	2.0	43	93	2	145	36	11	23	28	1.90
37244504--37244572	27	2.5	27	83	6	77	30	28	18	21	1.97
37245000--37245061	27	2.3	27	91	0	97	22	19	20	37	1.95
37245000--37245077	27	2.9	27	84	3	86	23	19	23	34	1.96
37250857--37251047	40	4.8	40	88	0	247	25	23	27	23	2.00
37250857--37251089	80	2.9	80	83	1	261	27	24	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37250857--37251089	40	5.8	39	83	8	211	27	24	26	22	2.00
37250857--37251075	120	1.8	121	84	4	300	26	24	26	22	2.00
37254658--37254911	47	5.3	47	89	3	364	28	30	8	32	1.87
37254658--37254913	49	5.3	49	90	2	362	28	30	8	32	1.87
37254658--37254913	96	2.7	96	90	2	372	28	30	8	32	1.87
37261949--37262033	34	2.5	35	84	1	118	30	25	17	25	1.97
37262236--37262307	23	3.3	21	66	17	56	26	19	26	27	1.99
37262444--37262526	27	3.1	26	86	5	112	36	20	19	24	1.95
37262448--37262545	27	3.7	25	80	13	90	38	20	14	26	1.91
37262507--37262600	27	3.5	27	80	2	100	26	20	17	36	1.94
37269092--37269310	40	5.5	40	91	2	345	25	27	23	23	2.00
37281319--37281381	30	2.1	30	91	5	101	22	4	17	55	1.60
37282767--37282836	19	3.7	19	74	0	77	45	8	2	42	1.49
37283172--37283202	16	1.9	16	93	0	53	67	0	3	29	1.06
37286473--37286501	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
37289693--37289849	43	3.7	42	79	7	156	29	23	19	27	1.98
37297317--37297457	44	3.3	42	83	7	151	32	25	17	24	1.97
37300814--37300877	21	3.0	21	93	0	110	15	26	18	39	1.91
37301220--37301376	77	2.0	77	100	0	314	24	14	21	40	1.90
37306085--37306185	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
37309886--37310040	43	3.6	42	77	16	158	24	20	24	30	1.98
37312190--37312407	40	5.5	40	90	2	282	24	24	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37314799--37315251	225	2.0	226	88	3	667	33	13	19	33	1.91
37325288--37325341	27	2.0	28	86	13	78	33	18	18	29	1.95
37325590--37325629	19	2.2	19	86	8	57	25	40	22	12	1.89
37331634--37331699	6	11.0	6	96	0	123	18	0	0	81	0.68
37332685--37332714	12	2.6	12	94	5	53	83	0	10	6	0.81
37333520--37333557	20	1.9	20	94	0	67	15	34	28	21	1.94
37335588--37335638	25	2.0	25	96	0	93	21	0	17	60	1.36
37340317--37340353	18	2.1	18	94	0	65	45	24	18	10	1.81
37342218--37342302	24	3.5	24	90	3	118	25	16	24	32	1.96
37343809--37343851	21	2.0	21	100	0	86	32	13	18	34	1.90
37349329--37349362	16	2.1	17	94	5	61	11	17	11	58	1.62
37350028--37350085	29	2.0	29	93	0	98	25	27	6	39	1.81
37352331--37352370	17	2.4	17	83	4	55	40	10	2	47	1.50
37360892--37360965	37	2.0	37	100	0	148	16	32	8	43	1.77
37363530--37363602	38	1.9	38	94	0	128	32	20	17	28	1.96
37367763--37367845	42	2.0	42	92	0	139	36	7	18	38	1.78
37371408--37371591	40	4.6	40	87	5	239	25	27	23	23	2.00
37375601--37375670	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
37380996--37381646	325	2.0	325	97	0	1221	39	13	12	33	1.83
37392357--37392558	46	4.4	46	76	9	180	27	18	28	25	1.98
37408636--37408674	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
37410084--37410345	46	5.6	48	75	10	206	29	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37410133--37410352	47	4.7	46	77	9	189	29	19	29	22	1.98
37413423--37413463	22	1.9	21	85	5	55	9	39	29	21	1.86
37416145--37416207	31	2.0	31	90	6	101	50	6	15	26	1.68
37421469--37421584	34	3.4	35	83	7	123	37	18	6	38	1.75
37426114--37426172	19	3.1	19	77	0	55	32	1	1	64	1.13
37426688--37426714	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
37426715--37426781	35	1.9	35	93	0	116	46	10	5	37	1.63
37432280--37432468	40	4.7	40	92	0	306	30	25	20	23	1.99
37434544--37434660	43	2.7	43	77	0	117	28	16	25	29	1.97
37436582--37436611	15	1.9	16	93	6	53	66	6	6	20	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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