genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75017834--75017883	18	2.8	18	82	8	50	14	8	2	76	1.10
75021660--75021729	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
75024102--75024163	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
75024120--75024221	53	1.9	53	84	4	134	29	10	17	42	1.83
75024144--75024243	27	3.7	27	84	7	116	28	7	20	45	1.77
75024146--75024257	27	4.2	27	82	5	113	28	7	21	42	1.79
75024236--75024554	27	11.8	27	86	0	404	41	8	21	28	1.83
75024236--75024554	54	5.9	54	90	0	449	41	8	21	28	1.83
75024560--75024649	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
75024236--75024608	81	4.6	81	83	2	309	39	9	21	29	1.84
75024543--75024649	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
75024560--75024664	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
75027802--75028009	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
75027803--75028009	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
75037918--75038076	29	5.5	29	82	5	180	26	16	30	25	1.97
75045956--75046115	29	5.5	29	83	4	180	26	16	30	26	1.97
75049622--75049829	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
75049623--75049829	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
75058046--75058115	27	2.6	27	95	2	122	31	25	12	30	1.93
75058594--75058629	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
75060710--75060753	14	3.3	13	82	14	54	75	2	18	4	1.09
75060730--75060760	16	1.9	16	93	0	53	77	0	16	6	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75060711--75060770	27	2.2	28	82	14	72	71	3	20	5	1.19
75060840--75060901	12	5.2	12	84	1	72	64	0	22	12	1.27
75060840--75060906	24	2.9	24	80	4	84	64	0	22	13	1.28
75081577--75081734	86	1.8	86	90	2	255	33	17	18	31	1.94
75088733--75088989	46	5.5	44	74	13	185	29	18	30	21	1.97
75088868--75088990	47	2.6	48	82	6	146	27	18	32	21	1.97
75089644--75089847	104	2.0	104	97	0	381	21	24	29	25	1.99
75091416--75091585	46	3.7	45	75	16	154	29	27	21	21	1.99
75092008--75092067	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
75097259--75097444	29	6.4	29	96	1	338	27	31	14	25	1.95
75097232--75097415	86	2.1	85	88	3	269	28	30	14	26	1.95
75097259--75097442	86	2.1	87	95	1	334	28	31	14	26	1.94
75099513--75099598	37	2.3	37	93	0	154	22	33	19	24	1.97
75099698--75099964	49	5.5	49	92	3	400	29	30	8	30	1.88
75103503--75103692	29	6.6	29	98	0	362	26	32	14	26	1.95
75105765--75105850	37	2.3	37	93	0	154	22	33	19	24	1.97
75105950--75106216	49	5.5	49	92	3	400	29	30	8	30	1.88
75110015--75110080	34	1.9	34	90	0	105	28	24	22	24	1.99
75114749--75114807	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
75121724--75121775	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
75121826--75121885	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
75128037--75128110	28	2.6	28	87	4	105	31	14	22	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75131889--75131944	24	2.5	22	82	11	69	35	17	21	25	1.95
75135057--75135133	29	2.7	29	93	4	129	31	29	15	23	1.95
75135356--75135399	8	5.4	8	80	2	52	6	20	20	52	1.69
75135356--75135406	24	2.1	24	85	0	66	7	19	19	52	1.70
75147082--75147107	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
75155837--75155909	38	1.9	38	88	5	112	19	24	27	28	1.98
75155881--75156069	43	4.4	43	87	1	247	14	23	32	29	1.95
75159177--75159210	16	2.1	16	94	0	59	44	29	20	5	1.75
75159426--75159487	28	2.2	29	91	2	99	25	12	32	29	1.93
75162280--75162366	43	2.0	43	95	0	156	47	13	6	32	1.70
75164808--75164867	26	2.3	26	80	5	68	38	15	25	21	1.92
75164828--75164934	27	4.1	25	76	9	88	34	20	23	21	1.97
75165069--75165267	27	7.4	27	86	4	249	26	21	18	34	1.96
75167689--75167910	46	4.8	46	75	12	161	29	18	27	24	1.98
75172304--75172338	18	1.9	18	88	0	52	45	0	22	31	1.53
75172341--75172382	21	2.0	22	85	4	59	40	2	23	33	1.68
75176924--75176961	18	2.1	18	100	0	76	28	21	23	26	1.99
75186802--75186852	20	2.5	20	93	0	93	47	0	11	41	1.40
75190482--75190665	40	4.6	39	76	6	147	21	27	24	26	1.99
75190473--75190621	80	1.9	80	82	2	192	22	30	25	22	1.99
75197124--75197201	39	2.0	39	100	0	156	38	12	15	33	1.85
75201006--75201110	53	2.0	53	86	0	147	37	19	24	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75202635--75202666	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
75207075--75207126	25	2.1	25	92	3	88	25	19	21	34	1.96
75215641--75215711	25	2.8	25	93	0	124	25	19	22	32	1.98
75215758--75215828	21	3.4	21	92	1	108	30	19	11	38	1.87
75215758--75215834	10	7.6	10	85	5	102	32	19	10	37	1.86
75215758--75215826	5	13.4	5	74	6	57	31	20	10	37	1.86
75232739--75232821	42	2.0	42	87	0	121	30	20	16	32	1.95
75241447--75241510	23	2.6	24	85	12	60	35	15	14	34	1.88
75241467--75241510	23	1.9	23	100	0	88	31	18	13	36	1.90
75242157--75242204	22	2.2	22	85	7	62	25	18	0	56	1.42
75242571--75242605	14	2.5	14	95	0	61	2	5	8	82	0.91
75242563--75242605	18	2.4	19	80	7	54	2	4	11	81	0.93
75270505--75270606	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
75274462--75274516	24	2.2	24	87	3	83	27	18	16	38	1.92
75277403--75277762	47	7.7	47	72	12	197	22	29	20	26	1.99
75277401--75277759	94	3.8	94	75	7	275	22	30	20	26	1.98
75281139--75281313	46	3.8	46	78	11	214	20	21	29	29	1.98
75283061--75283213	42	3.7	41	77	3	153	29	16	27	26	1.97
75291779--75291828	25	2.0	25	96	0	91	54	10	8	28	1.62
75294527--75294656	41	3.1	40	84	6	161	23	16	19	40	1.91
75297897--75297977	41	2.0	41	90	4	130	38	9	11	40	1.74
75306310--75306372	31	2.0	31	100	0	126	34	9	9	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75314193--75314243	3	17.3	3	76	11	52	62	0	35	1	1.06
75316023--75316200	43	4.2	43	88	2	238	43	20	7	27	1.79
75316023--75316200	85	2.1	83	85	4	232	43	20	7	27	1.79
75318201--75318235	16	2.2	16	94	0	61	48	20	17	14	1.81
75318146--75318533	62	6.2	63	94	1	539	46	14	13	24	1.82
75318146--75318533	124	3.1	125	91	2	598	46	14	13	24	1.82
75318405--75318506	32	3.1	34	64	21	90	45	13	16	24	1.84
75318451--75318487	16	2.3	16	90	0	56	51	21	13	13	1.75
75320885--75320925	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
75324749--75324780	16	1.9	17	93	6	57	53	0	6	40	1.26
75326297--75326546	75	3.3	74	87	3	331	26	20	20	32	1.97
75326461--75326571	40	3.1	35	69	17	100	28	18	20	32	1.96
75326340--75326540	40	5.3	39	65	16	116	28	19	18	32	1.96
75326356--75326602	75	3.3	75	86	0	289	27	19	19	32	1.97
75326297--75326625	150	2.2	151	79	6	373	26	20	20	32	1.97
75333844--75333961	35	3.2	34	69	21	87	25	19	22	32	1.98
75333797--75333989	75	2.6	75	87	3	255	25	19	20	34	1.96
75333821--75333936	40	3.0	40	67	21	102	26	20	19	32	1.97
75335627--75335684	23	2.5	23	80	0	71	22	13	13	50	1.77
75335672--75335716	23	2.0	23	90	0	72	22	26	13	37	1.91
75337284--75337462	56	3.2	55	84	2	223	32	22	13	30	1.93
75343015--75343047	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75350966--75351220	39	6.5	39	85	3	343	46	19	3	30	1.67
75358938--75359006	15	4.6	16	73	10	56	18	13	18	49	1.79
75361939--75362030	28	3.3	28	93	3	159	34	26	7	31	1.84
75361943--75362027	27	3.1	27	94	1	143	34	25	8	31	1.86
75362136--75362224	27	3.2	27	82	10	110	20	23	23	32	1.98
75363314--75363347	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
75369834--75369926	28	3.3	28	96	0	168	36	26	4	32	1.76
75370032--75370121	28	3.2	27	82	7	110	20	23	23	33	1.97
75389732--75389903	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.99
75389725--75389900	46	3.8	45	79	12	205	28	28	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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