Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  118  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
32930811--32930970
27
5.9
27
91
1
232
39
19
9
31
1.83
32930922--32931012
27
3.4
27
86
3
85
39
16
14
29
1.88
32930827--32930995
81
2.1
81
84
2
214
39
20
10
28
1.86
32932797--32932839
13
3.1
13
75
18
50
39
11
0
48
1.40
32932797--32932851
8
7.2
8
78
17
64
41
10
0
47
1.39
32932881--32932910
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
32938654--32938795
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
22
1.99
32938693--32938821
40
3.2
39
84
6
152
24
22
27
25
2.00
32946674--32946815
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
22
1.99
32946713--32946841
40
3.2
39
84
6
152
24
22
27
25
2.00
32951463--32951589
22
5.6
23
74
10
109
37
20
24
18
1.94
32951463--32951590
23
5.7
23
75
9
111
36
20
24
18
1.95
32954049--32954080
15
2.0
17
88
11
50
43
31
0
25
1.55
32964079--32964106
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
32974905--32975056
40
3.8
40
81
6
173
24
26
24
24
2.00
32974905--32975055
80
1.9
81
84
6
209
23
27
24
24
2.00
32982095--32982274
40
4.5
40
75
12
140
25
25
23
26
2.00
32985480--32985630
75
2.0
76
96
1
277
25
17
29
27
1.98
32985709--32985736
14
2.0
14
100
0
56
35
0
14
50
1.43
32987178--32987234
27
2.2
25
79
14
69
24
28
3
43
1.70
32987186--32987240
27
2.0
27
96
0
101
25
27
3
43
1.71
32990918--32990947
11
2.7
11
100
0
60
73
0
0
26
0.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
32993052--32993091
21
1.9
21
85
10
55
50
0
0
50
1.00
32993433--32993477
18
2.4
18
85
7
63
57
0
0
42
0.98
33000895--33001116
40
5.6
40
90
1
331
29
26
21
23
1.99
33009343--33009564
40
5.6
40
90
1
331
29
26
21
23
1.99
33017776--33017997
40
5.6
40
90
1
331
29
26
21
23
1.99
33020061--33020190
32
4.1
32
84
2
172
31
13
9
45
1.75
33020065--33020190
63
2.0
64
92
1
209
31
14
8
45
1.75
33023699--33023775
38
2.0
38
100
0
154
29
28
5
36
1.79
33023753--33023806
21
2.6
21
96
0
99
31
29
9
29
1.88
33024918--33025388
232
2.0
232
95
2
849
30
14
15
40
1.87
33026771--33026906
68
2.0
68
92
0
227
29
12
11
47
1.76
33027385--33027432
19
2.6
19
80
3
53
39
0
12
47
1.41
33031215--33031263
19
2.6
19
83
0
62
38
2
10
48
1.48
33031454--33031486
17
1.9
17
100
0
66
18
30
6
45
1.73
33038624--33039145
261
2.0
261
81
4
606
32
20
15
30
1.94
33043943--33044056
28
4.0
29
84
8
146
28
29
14
27
1.96
33043937--33044043
29
3.8
29
84
8
139
27
29
15
27
1.96
33044274--33044304
16
1.9
16
93
0
53
16
19
22
41
1.89
33044885--33044987
52
2.0
51
84
5
136
44
9
26
19
1.81
33060236--33060337
42
2.4
42
90
0
159
25
27
19
27
1.99
33061663--33061758
25
3.9
25
88
1
122
16
28
25
30
1.97
33068705--33068777
25
2.9
25
81
4
85
24
26
15
34
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33071931--33071980
3
16.7
3
79
8
57
6
30
2
62
1.31
33071931--33071989
18
3.3
18
83
9
75
5
30
3
61
1.34
33080623--33080653
16
1.9
16
93
0
53
67
3
0
29
1.06
33080628--33080682
23
2.4
24
79
11
62
60
1
0
38
1.08
33080832--33080861
7
4.3
7
91
0
51
53
0
16
30
1.44
33080817--33080861
14
3.2
14
80
0
54
46
0
24
28
1.53
33083069--33083111
19
2.3
19
92
4
70
62
0
2
34
1.08
33087920--33088014
46
2.1
46
100
0
190
45
12
8
33
1.72
33088704--33088734
16
1.9
16
93
0
53
35
22
0
41
1.54
33088701--33088740
20
2.0
20
85
0
53
37
22
0
40
1.54
33088926--33089180
55
4.8
53
83
7
272
21
25
16
36
1.94
33088973--33089173
108
1.8
110
90
4
327
22
25
17
34
1.96
33089516--33089574
30
2.0
30
83
6
75
32
25
5
37
1.78
33092306--33092493
40
4.7
40
93
0
315
24
27
22
25
2.00
33092273--33092493
80
2.8
80
88
2
331
23
27
23
26
2.00
33095296--33095503
40
5.2
40
83
0
209
26
21
25
26
1.99
33095298--33095503
80
2.6
80
82
1
234
26
21
26
26
1.99
33100131--33100304
53
3.3
53
83
7
180
35
17
25
21
1.95
33102027--33102068
21
2.0
21
86
4
59
26
7
19
47
1.74
33106499--33106530
13
2.5
13
100
0
64
0
15
46
37
1.46
33107295--33107479
9
19.4
9
65
17
63
34
1
3
60
1.24
33107326--33107359
12
3.0
12
87
12
54
29
0
0
70
0.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33107368--33107425
29
2.0
30
82
3
73
32
0
8
58
1.28
33107413--33107479
9
7.4
9
75
12
66
35
1
1
61
1.15
33107376--33107446
29
2.5
27
78
13
72
38
0
5
56
1.23
33107438--33107469
17
1.9
16
93
6
55
34
3
0
62
1.11
33107374--33107516
19
7.5
19
70
15
75
34
1
3
60
1.22
33107403--33107516
10
11.8
10
74
15
71
34
1
2
61
1.20
33107375--33107510
9
14.6
9
71
15
64
33
1
3
61
1.23
33114343--33114419
9
8.6
9
89
0
91
40
24
10
24
1.86
33114439--33114479
6
6.5
6
83
10
55
17
0
4
78
0.93
33121158--33121378
46
4.7
46
81
8
223
23
29
19
27
1.98
33121158--33121378
94
2.4
92
83
7
259
23
29
19
27
1.98
33127176--33127324
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
33127217--33127324
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
33134605--33134734
43
3.0
42
78
7
145
32
25
14
27
1.95
33136462--33136504
21
2.1
20
83
12
52
20
0
41
37
1.53
33137973--33138164
27
7.1
27
90
1
269
29
16
17
35
1.92
33137973--33138207
81
2.9
81
82
5
219
31
16
18
33
1.93
33138167--33138234
27
2.5
27
85
0
82
41
16
22
20
1.90
33138459--33138492
18
1.9
18
88
5
52
32
14
11
41
1.82
33139608--33139732
29
4.3
29
88
1
171
28
32
15
24
1.95
33139942--33139976
16
2.2
16
94
0
61
8
22
20
48
1.76
33142857--33142898
11
3.8
11
81
9
50
33
0
21
45
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33143341--33143393
21
2.3
23
75
21
58
43
0
3
52
1.19
33143512--33143560
3
16.7
3
79
12
57
38
0
2
59
1.09
33143511--33143560
13
3.7
13
75
24
50
40
0
2
58
1.10
33143512--33143558
16
2.9
16
83
3
67
38
0
2
59
1.09
33143512--33143558
19
2.4
21
76
20
57
38
0
2
59
1.09
33143565--33143590
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
33150193--33150244
3
17.7
3
84
11
72
36
0
1
61
1.07
33150193--33150244
16
3.1
16
83
5
68
36
0
1
61
1.07
33152031--33152272
50
4.8
50
78
4
238
29
26
19
25
1.98
33159477--33159723
50
5.0
49
78
8
248
30
25
17
25
1.97
33182777--33182844
30
2.3
29
94
5
118
35
4
11
48
1.60
33188660--33188818
43
3.7
42
75
10
126
24
18
24
32
1.97
33199665--33199691
13
2.1
13
100
0
54
14
37
33
14
1.88
33200891--33200957
34
2.0
34
93
0
116
37
13
17
31
1.89
33202762--33202982
40
5.6
40
87
1
302
26
29
19
23
1.99
33204985--33205048
27
2.4
27
86
5
85
28
18
21
31
1.97
33208885--33209035
40
3.8
40
77
11
132
26
23
26
23
2.00
33208925--33209051
40
3.2
40
77
4
132
24
24
28
22
2.00
33215715--33215912
39
5.1
39
91
0
324
24
29
25
20
1.99
33219456--33219640
79
2.3
81
81
9
211
23
28
24
24
2.00
33219449--33219640
40
4.8
40
77
7
142
22
28
23
24
1.99
33224757--33224915
39
4.1
39
95
0
282
22
30
26
20
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33226682--33226707
12
2.2
12
100
0
52
34
15
0
50
1.45
33236388--33236473
44
2.0
44
86
4
120
22
19
27
30
1.98
33240356--33240527
60
2.8
61
79
13
178
26
25
20
27
1.99
33240520--33240565
20
2.3
20
82
14
60
30
28
15
26
1.96
33241993--33242041
18
2.8
17
77
17
55
65
0
30
4
1.11
33247641--33247806
60
2.7
62
79
9
173
28
23
18
28
1.98
33247796--33247841
20
2.3
20
82
14
60
30
28
15
26
1.96
33249268--33249316
18
2.7
18
78
12
64
67
0
28
4
1.09
33249268--33249324
13
4.7
12
78
8
53
68
0
28
3
1.06
33251990--33252019
15
2.0
15
100
0
60
20
20
13
46
1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378