genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  158  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45802546--45802641	46	2.1	46	98	0	183	47	13	9	29	1.74
45808538--45808601	28	2.3	28	100	0	128	18	18	43	18	1.88
45816608--45816682	28	2.7	29	79	4	73	29	30	10	29	1.91
45816707--45816782	40	1.9	40	86	0	107	36	32	13	17	1.88
45820767--45820911	42	3.5	42	76	3	121	33	27	11	26	1.91
45820901--45820984	37	2.3	37	83	2	98	29	21	15	33	1.94
45822908--45822941	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
45823390--45823596	24	8.6	24	96	0	333	20	18	25	35	1.95
45830665--45830691	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
45831132--45831288	24	6.6	24	91	2	246	18	18	26	36	1.94
45831132--45831288	70	2.2	72	90	2	246	18	18	26	36	1.94
45831132--45831310	94	1.9	95	86	5	256	20	18	25	35	1.95
45838805--45838987	24	7.6	24	94	0	294	20	17	25	36	1.94
45838805--45839009	48	4.3	48	91	1	214	21	17	24	35	1.95
45838805--45839009	72	2.8	72	89	1	241	21	17	24	35	1.95
45843874--45844033	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
45852032--45852191	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
45860321--45860363	2	22.5	2	90	9	72	53	0	0	46	1.00
45860587--45860627	2	20.5	2	90	9	66	48	2	0	48	1.14
45870112--45870303	39	4.9	39	90	1	251	23	31	20	23	1.98
45878830--45879022	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
45878860--45879022	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45886794--45886986	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
45886824--45886986	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
45889138--45889177	19	2.2	18	86	4	53	20	32	25	22	1.98
45897714--45897746	16	2.1	16	88	11	50	75	3	0	21	0.93
45899985--45900048	34	1.9	33	84	9	85	26	26	21	25	2.00
45911302--45911404	29	3.6	29	71	10	93	30	31	16	22	1.96
45911271--45911435	58	2.9	58	90	2	253	30	27	18	23	1.98
45911332--45911433	29	3.5	29	70	10	91	31	25	19	23	1.98
45915266--45915386	59	2.1	59	95	0	215	38	4	16	40	1.68
45916529--45916631	23	4.5	23	78	8	93	23	21	16	38	1.92
45917653--45917852	108	1.9	107	81	7	244	21	26	27	25	1.99
45923956--45924014	27	2.2	27	100	0	118	38	11	16	32	1.86
45929052--45929121	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
45929023--45929133	27	4.0	28	80	10	102	29	13	23	33	1.93
45936972--45937041	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
45936943--45937053	27	4.0	28	80	10	102	29	13	23	33	1.93
45939702--45939758	12	5.0	12	76	19	52	49	0	3	47	1.18
45939699--45939732	12	2.8	13	86	13	54	50	0	0	50	1.00
45940609--45940643	8	4.1	9	89	10	56	20	22	11	45	1.82
45940609--45940643	17	2.1	17	100	0	70	20	22	11	45	1.82
45950201--45950443	40	6.2	40	87	4	325	24	20	27	27	1.99
45958270--45958473	40	5.2	40	90	4	299	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45962039--45962150	43	2.7	43	78	8	131	27	25	16	29	1.97
45964300--45964369	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
45972219--45972315	27	3.6	27	97	1	176	30	26	12	29	1.93
45977154--45977247	24	3.9	24	81	5	109	26	21	20	31	1.98
45977156--45977248	48	1.9	48	88	0	141	27	21	19	31	1.97
45986032--45986092	28	2.2	27	85	2	77	50	14	14	19	1.77
45988129--45988161	15	2.2	15	100	0	66	42	33	6	18	1.75
45999605--45999693	42	2.1	42	95	0	160	20	37	19	23	1.94
46006698--46006746	25	2.0	24	96	4	89	38	28	12	20	1.89
46011284--46011335	27	1.9	27	92	0	86	25	19	11	44	1.84
46013326--46013371	22	2.1	22	87	0	65	43	19	8	28	1.80
46017465--46017832	48	7.7	48	84	2	438	26	15	31	26	1.96
46020725--46020874	40	3.8	40	92	1	221	20	27	23	28	1.99
46020709--46020912	40	5.1	40	86	3	214	24	27	22	26	1.99
46023087--46023258	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
46023080--46023255	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
46030647--46030818	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
46030640--46030815	46	3.8	46	79	12	207	28	30	21	19	1.98
46036797--46036866	33	2.1	33	100	0	140	34	11	21	32	1.89
46037956--46038223	48	5.6	48	88	0	383	26	16	29	27	1.96
46044997--46045021	7	3.6	7	100	0	50	64	0	0	36	0.94
46055344--46055468	62	2.0	62	96	0	232	47	14	16	22	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46055494--46055523	15	2.0	15	100	0	60	26	20	6	46	1.75
46057237--46057323	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
46057237--46057345	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
46057237--46057345	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
46065065--46065151	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
46065065--46065173	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
46065065--46065173	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
46075975--46076002	13	2.2	13	100	0	56	39	0	21	39	1.54
46086790--46086859	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
46094716--46094785	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
46099222--46099334	23	4.9	23	79	7	113	38	19	21	21	1.94
46102445--46102947	70	7.2	69	73	7	286	24	16	25	33	1.96
46102411--46102874	140	3.3	139	79	3	405	25	17	25	32	1.96
46109320--46109371	25	2.1	25	92	7	88	13	15	15	55	1.69
46110495--46110543	20	2.5	20	86	0	71	22	26	14	36	1.92
46115241--46115375	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
46115188--46115376	58	3.3	58	77	5	179	24	32	15	26	1.96
46123189--46123323	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
46123135--46123324	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
46128866--46129000	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
46128812--46129001	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
46129123--46129147	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46133295--46133364	27	2.6	27	88	4	97	24	28	14	32	1.94
46141977--46142132	68	2.2	68	78	11	156	35	17	26	19	1.94
46143998--46144127	66	2.0	67	84	4	174	26	30	12	31	1.92
46144030--46144195	67	2.5	66	79	8	151	25	30	14	29	1.95
46151631--46151721	42	2.2	42	97	0	173	24	38	28	8	1.85
46152569--46152676	46	2.3	47	80	6	121	24	29	19	26	1.98
46159064--46159124	21	2.8	23	83	14	85	36	27	22	13	1.92
46159049--46159136	21	4.0	23	78	10	76	39	23	20	15	1.91
46160645--46160671	8	3.4	8	100	0	54	0	11	11	77	0.99
46160994--46161031	3	12.7	3	88	0	58	63	5	0	31	1.17
46161051--46161097	22	2.2	22	92	3	78	48	0	0	51	1.00
46161059--46161097	11	3.5	11	92	0	69	48	0	0	51	1.00
46161062--46161109	22	2.2	22	85	7	62	52	4	0	43	1.20
46163988--46164021	17	2.0	17	100	0	68	23	23	5	47	1.73
46167295--46167355	21	2.8	22	87	9	90	34	27	24	13	1.93
46167280--46167367	21	4.0	23	79	10	85	38	23	21	15	1.92
46168880--46168906	8	3.4	8	100	0	54	0	11	11	77	0.99
46169230--46169267	3	12.7	3	88	0	58	63	5	0	31	1.17
46169287--46169333	22	2.2	22	92	3	78	48	0	0	51	1.00
46169295--46169333	11	3.5	11	92	0	69	48	0	0	51	1.00
46169298--46169345	22	2.2	22	85	7	62	52	4	0	43	1.20
46173122--46173237	46	2.6	44	83	6	144	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46173122--46173338	94	2.3	92	78	9	203	24	29	17	27	1.98
46176284--46176527	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
46176614--46176802	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
46176496--46176834	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
46186565--46186808	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
46186895--46187083	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
46186777--46187115	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
46189703--46189748	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
46195207--46195357	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
46195155--46195357	40	5.1	39	78	5	176	23	28	24	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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