genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.155.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  155  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44758702--44758825	49	2.7	45	82	7	135	24	27	19	29	1.98
44761994--44762084	34	2.6	34	80	3	92	25	26	29	18	1.98
44762315--44762344	11	2.7	11	89	0	51	23	0	0	76	0.78
44768064--44768096	15	2.4	14	90	10	50	54	0	18	27	1.44
44768070--44768104	15	2.3	15	85	0	52	48	0	17	34	1.47
44770548--44770784	49	4.8	49	80	5	264	26	16	27	29	1.97
44770541--44770802	100	2.6	102	80	7	297	25	17	28	28	1.98
44772176--44772204	12	2.3	13	94	5	51	58	24	0	17	1.38
44776888--44776948	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
44780655--44780735	36	2.2	36	93	4	137	40	18	16	24	1.90
44793985--44794029	5	8.6	5	90	9	72	17	2	0	80	0.82
44801127--44801309	78	2.3	81	82	6	223	24	24	27	23	2.00
44801127--44801309	40	4.6	39	77	8	174	24	24	27	23	2.00
44801178--44801341	78	2.1	78	79	4	179	25	23	26	24	2.00
44808207--44808373	38	4.3	39	87	4	178	25	19	28	26	1.98
44811803--44811987	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
44811804--44811995	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
44811803--44812020	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
44815112--44815244	45	3.0	45	94	0	221	24	22	25	27	2.00
44818730--44818905	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
44818727--44818897	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
44821853--44821931	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44821844--44821930	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
44824294--44824469	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
44824291--44824461	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
44831450--44831553	46	2.3	46	87	0	145	32	7	32	26	1.85
44837887--44837959	35	2.1	35	94	0	128	26	6	21	45	1.77
44844252--44844397	40	3.7	40	79	9	165	25	21	28	24	1.99
44844252--44844402	78	1.9	80	83	5	200	25	21	28	24	1.99
44847966--44848036	34	2.1	34	100	0	142	30	25	16	26	1.97
44849922--44849949	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
44850424--44850494	27	2.6	28	93	2	126	29	14	25	30	1.94
44854241--44854286	16	2.9	16	81	15	60	15	4	0	80	0.86
44854236--44854330	5	19.2	5	74	20	76	17	5	1	75	1.04
44854236--44854332	40	2.3	41	83	10	110	18	5	2	74	1.11
44869035--44869069	6	5.5	6	87	12	52	0	20	0	80	0.72
44869028--44869069	20	2.1	20	95	0	75	0	21	0	78	0.75
44871645--44871703	31	1.9	31	86	3	84	38	13	1	45	1.54
44872363--44872417	22	2.8	20	83	10	60	3	18	9	69	1.30
44874662--44874703	22	2.0	22	90	4	68	9	45	28	16	1.79
44876554--44876649	41	2.4	41	84	5	124	36	5	4	54	1.42
44880071--44880187	57	2.1	57	85	3	155	44	8	20	26	1.80
44883539--44883650	27	4.1	27	80	7	120	16	24	21	37	1.94
44883539--44883650	54	2.1	54	84	3	145	16	24	21	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44889300--44889411	27	4.1	27	79	7	120	16	24	23	36	1.94
44889300--44889411	54	2.1	54	84	3	145	16	24	23	36	1.94
44891951--44892020	30	2.3	30	85	4	88	22	31	25	20	1.98
44893025--44893093	24	2.9	25	78	8	72	33	20	24	21	1.97
44893248--44893293	17	2.5	19	82	10	60	34	17	2	45	1.61
44899432--44899490	24	2.5	24	88	0	91	38	18	22	20	1.93
44899432--44899501	24	2.9	24	74	4	70	35	17	22	24	1.95
44905429--44905538	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
44907003--44907055	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
44911205--44911314	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
44912778--44912830	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
44921186--44921367	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
44921186--44921367	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
44929177--44929419	24	10.1	24	97	0	423	36	25	18	20	1.95
44937187--44937451	24	11.1	24	96	1	435	36	25	18	20	1.95
44937187--44937451	95	2.8	95	92	2	433	36	25	18	20	1.95
44942462--44942492	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
44944752--44944888	60	2.3	60	81	8	145	30	20	22	26	1.98
44946909--44946934	11	2.4	11	100	0	52	50	0	23	26	1.50
44960246--44960360	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
44960246--44960360	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
44960463--44960538	26	2.8	27	84	4	91	31	15	18	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44961970--44962079	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
44964382--44964417	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
44966994--44967039	18	2.6	17	83	10	58	52	2	8	36	1.45
44967173--44967529	178	2.0	176	89	4	547	44	10	22	21	1.83
44978446--44978564	45	2.7	45	84	6	147	23	29	22	24	1.99
44978900--44979075	43	4.1	43	85	1	230	30	32	25	11	1.91
44979052--44979181	38	3.3	40	85	6	160	30	23	20	25	1.99
44979044--44979206	78	2.1	80	79	10	185	28	24	22	25	1.99
44981330--44981368	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
44983146--44983215	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
44996070--44996139	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
45004102--45004171	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
45008862--45008982	45	2.8	44	81	6	131	23	28	23	24	1.99
45009787--45009826	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
45010882--45010911	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
45015518--45015644	28	4.5	28	91	3	175	31	26	14	27	1.95
45045055--45045154	50	2.0	50	100	0	200	34	18	16	32	1.92
45045257--45045334	39	2.0	39	97	0	147	26	2	29	41	1.69
45046792--45046843	19	2.7	19	72	21	54	38	11	9	40	1.74
45048536--45048609	26	2.8	27	75	8	80	51	1	1	45	1.18
45049236--45049296	28	2.1	29	84	3	79	68	0	1	29	0.99
45051544--45051602	16	3.6	16	90	9	84	1	28	0	69	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45053175--45053278	43	2.5	42	81	10	115	29	27	18	24	1.98
45053514--45053543	15	2.0	15	100	0	60	26	13	13	46	1.80
45056025--45056054	10	3.0	10	100	0	60	10	40	10	40	1.72
45062588--45062668	34	2.4	34	87	2	117	27	19	22	30	1.98
45064037--45064118	26	3.2	26	94	0	146	32	6	24	36	1.80
45065722--45065808	27	3.2	27	84	9	115	18	24	22	34	1.96
45065735--45065826	27	3.4	26	77	19	91	21	25	18	34	1.96
45070708--45070747	18	2.2	18	91	8	64	75	0	2	22	0.93
45070717--45070768	19	2.9	17	78	13	50	69	3	0	26	1.06
45071091--45071137	16	3.0	16	75	3	51	31	4	0	63	1.13
45073685--45073717	4	8.2	4	93	0	57	72	0	27	0	0.85
45085419--45085451	17	2.1	17	88	11	52	48	12	15	24	1.78
45092900--45092970	36	2.0	36	91	0	115	45	16	7	30	1.75
45098936--45098975	13	3.1	13	92	0	62	50	17	0	32	1.47
45098915--45099074	59	2.8	58	85	4	225	46	15	6	31	1.72
45100970--45101021	27	1.9	27	84	0	68	61	1	5	30	1.30
45103474--45103552	11	7.5	11	72	16	53	64	1	1	32	1.09
45103482--45103538	21	2.8	20	79	15	64	66	0	1	31	1.02
45103448--45103547	19	5.2	18	73	17	67	62	2	2	34	1.18
45103484--45103558	30	2.5	29	84	6	87	66	2	1	29	1.13
45103814--45103855	22	1.9	22	90	0	66	28	2	2	66	1.16
45104408--45104439	13	2.4	14	94	5	57	71	9	6	12	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45104418--45104457	17	2.4	17	82	0	53	70	10	10	10	1.36
45104645--45104720	28	2.9	28	75	16	81	68	0	31	0	0.90
45104645--45104708	28	2.3	29	83	8	87	70	0	29	0	0.88
45105166--45106128	147	6.6	149	82	10	1149	58	7	6	27	1.50
45105463--45105516	30	2.0	27	82	17	67	68	3	1	25	1.16
45105166--45106126	295	3.3	287	85	8	1208	58	7	6	27	1.50
45108817--45108900	26	3.1	26	72	24	91	47	13	2	36	1.55
45108825--45108906	17	4.5	17	72	14	65	47	13	4	34	1.64
45116352--45116406	21	2.6	21	88	0	83	25	9	34	30	1.87
45117627--45117674	24	2.0	24	100	0	96	45	4	12	37	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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