genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  132  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37449196--37449354	24	6.6	24	97	0	282	20	16	25	37	1.94
37449196--37449376	48	3.8	48	93	1	274	22	17	24	35	1.95
37449196--37449376	72	2.5	72	90	1	238	22	17	24	35	1.95
37451688--37451746	23	2.6	23	97	0	109	37	20	20	22	1.95
37454550--37454740	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
37454590--37454740	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
37462588--37462778	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
37462628--37462778	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
37470542--37470671	53	2.4	53	77	7	136	37	19	22	20	1.94
37470582--37470686	53	2.0	53	81	3	122	37	18	24	20	1.94
37471057--37471165	54	2.0	54	94	0	191	36	7	20	35	1.80
37477208--37477241	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
37489416--37489455	16	2.5	16	100	0	80	65	5	5	25	1.34
37491631--37491739	34	3.2	34	81	2	139	47	12	10	29	1.74
37491574--37491739	68	2.4	68	84	2	199	43	12	12	31	1.78
37503832--37503911	27	3.2	27	60	26	66	28	7	32	31	1.85
37503804--37504120	48	6.8	47	91	6	463	29	6	32	31	1.84
37503791--37504134	142	2.5	139	88	7	486	29	7	32	30	1.86
37504234--37504317	37	2.3	37	95	0	150	25	19	34	21	1.96
37506122--37506206	40	2.1	40	82	0	98	28	21	27	23	1.99
37506404--37506706	29	10.7	29	95	4	528	27	16	31	24	1.97
37506404--37506706	57	5.3	58	94	4	528	27	16	31	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37506404--37506703	86	3.5	86	94	3	527	27	17	31	24	1.97
37507190--37507288	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
37510011--37510372	49	7.4	49	94	0	607	28	8	33	29	1.87
37510474--37510558	37	2.3	37	93	0	143	25	20	32	21	1.97
37515835--37516059	43	5.2	43	86	4	301	29	27	16	26	1.97
37518039--37518077	19	2.1	19	90	0	60	64	0	7	28	1.21
37518039--37518106	25	2.7	25	77	4	66	67	2	8	20	1.31
37529946--37530082	39	3.5	39	85	6	154	24	29	21	24	1.99
37529946--37530135	40	4.8	40	81	7	185	25	28	21	24	1.99
37529982--37530135	79	1.9	80	83	6	197	24	28	22	24	1.99
37537977--37538077	40	2.5	40	87	6	143	24	28	23	22	1.99
37537977--37538115	40	3.5	40	84	4	140	25	29	22	23	1.99
37546744--37546901	85	1.8	85	86	9	232	25	17	26	31	1.97
37546744--37546901	43	3.7	43	81	5	169	25	17	26	31	1.97
37554212--37554747	268	2.0	268	94	0	948	28	16	28	26	1.97
37556498--37556651	40	3.8	40	90	2	211	27	22	25	24	2.00
37556463--37556651	80	2.3	81	81	6	213	25	21	26	25	1.99
37556463--37556693	80	2.9	80	79	3	205	26	22	26	24	2.00
37556463--37556693	40	5.8	39	79	9	171	26	22	26	24	2.00
37556467--37556693	120	1.9	121	80	2	269	27	22	25	25	2.00
37556623--37556705	40	2.1	40	81	4	96	26	26	26	20	1.99
37562313--37562474	43	3.8	43	82	6	193	23	17	26	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37563729--37564197	234	2.0	234	100	0	938	23	23	28	24	2.00
37566214--37566500	141	2.0	142	94	0	504	26	22	14	35	1.94
37570671--37570730	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
37575964--37576005	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
37578212--37578271	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
37583380--37583404	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
37583400--37583503	49	2.2	48	86	5	140	36	14	24	25	1.93
37590779--37590870	48	1.9	47	86	2	130	34	13	21	30	1.91
37592968--37593273	47	6.6	46	76	12	263	27	20	28	23	1.99
37592968--37593273	91	3.3	89	76	11	262	27	20	28	23	1.99
37593023--37593329	139	2.2	139	97	1	569	27	19	28	24	1.99
37593068--37593322	44	5.5	46	73	15	170	27	19	27	25	1.99
37593916--37594019	55	1.9	55	91	0	172	20	23	32	24	1.98
37593916--37594034	55	2.2	55	87	3	168	21	23	30	24	1.99
37596246--37596389	24	6.0	24	91	2	218	27	22	20	29	1.98
37596439--37596504	20	3.3	20	93	4	116	31	19	12	36	1.89
37604513--37604655	47	3.0	48	91	5	227	27	20	21	29	1.98
37604513--37604655	71	2.0	73	90	5	229	27	20	21	29	1.98
37604513--37604655	24	6.0	24	92	4	227	27	20	21	29	1.98
37604706--37604744	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
37604707--37604751	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
37609006--37609207	72	2.8	72	82	6	250	28	29	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37614681--37614873	43	4.5	42	80	8	171	23	21	30	24	1.99
37614718--37614890	43	4.1	42	83	5	206	24	20	31	23	1.98
37614719--37614886	85	2.0	85	85	2	230	23	20	31	23	1.98
37615449--37615481	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
37619524--37619695	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
37619516--37619691	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
37622074--37622162	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
37622074--37622153	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
37622085--37622162	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
37625067--37625241	46	3.8	45	77	7	181	29	30	20	20	1.97
37625074--37625246	93	1.9	93	92	0	292	28	30	20	20	1.98
37629685--37629915	43	5.4	43	83	5	281	25	14	28	31	1.95
37635540--37635695	40	3.9	41	85	3	201	26	23	25	24	2.00
37640483--37640671	58	3.3	57	87	3	227	27	15	30	25	1.96
37640483--37640613	29	4.5	29	95	0	235	30	14	28	26	1.95
37640483--37640671	87	2.2	87	81	3	220	27	15	30	25	1.96
37644725--37644793	34	2.0	34	94	0	120	23	13	10	53	1.69
37656745--37656968	86	2.6	86	83	4	265	27	17	25	29	1.97
37656746--37656968	43	5.2	43	77	6	218	27	17	25	30	1.97
37657669--37657707	16	2.4	16	87	8	53	46	0	7	46	1.31
37657688--37657713	12	2.2	12	100	0	52	42	0	15	42	1.47
37666810--37666942	40	3.3	40	93	2	214	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37666810--37666985	80	2.2	80	82	6	205	28	26	19	24	1.99
37669430--37669499	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
37669430--37669511	27	3.0	27	85	8	96	29	14	24	31	1.95
37678267--37678357	29	2.9	30	85	14	121	28	29	19	21	1.98
37683330--37683467	39	3.5	39	90	4	197	26	26	21	25	1.99
37686006--37686213	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
37686006--37686211	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
37694153--37694336	40	4.7	40	88	7	252	26	27	21	23	1.99
37694153--37694336	79	2.3	81	86	8	254	26	27	21	23	1.99
37702284--37702470	40	4.7	40	88	5	245	27	27	21	24	1.99
37704785--37705094	49	6.5	48	75	9	212	24	29	19	26	1.98
37704977--37705097	46	2.6	46	85	7	147	23	28	19	27	1.99
37707120--37707191	35	2.1	35	100	0	144	40	16	16	26	1.90
37709426--37709464	19	2.0	20	95	5	71	17	0	10	71	1.12
37709445--37709505	24	2.6	24	84	7	72	26	0	8	65	1.20
37712724--37712760	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
37712861--37712983	29	4.2	29	98	0	237	26	27	15	30	1.96
37712824--37712983	58	2.8	58	90	1	196	26	31	15	26	1.96
37712824--37712983	87	1.8	87	86	2	232	26	31	15	26	1.96
37728882--37728911	14	2.1	14	93	0	51	63	10	6	20	1.47
37734892--37735054	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
37742813--37742975	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37751068--37751215	40	3.7	39	86	5	172	22	28	22	25	1.99
37759000--37759166	40	4.2	40	80	3	187	25	27	21	25	1.99
37769206--37769417	40	5.3	40	94	1	356	28	27	20	23	1.99
37769206--37769470	80	3.3	80	87	3	286	29	26	20	23	1.99
37769206--37769460	120	2.1	120	84	5	320	29	26	20	23	1.99
37783593--37784017	39	11.2	39	86	6	604	20	21	28	30	1.98
37783622--37784016	145	2.6	146	87	5	542	20	21	28	30	1.98
37783661--37783991	106	3.0	106	84	8	446	20	21	28	29	1.98
37783592--37783951	184	2.0	184	93	0	612	20	21	28	29	1.98
37792751--37792900	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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