genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71901010--71901138	28	4.6	28	89	2	170	27	10	34	27	1.90
71901089--71901154	28	2.3	29	89	2	98	25	15	31	27	1.95
71901010--71901159	56	2.7	56	82	9	171	26	12	33	27	1.93
71906217--71906366	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
71906241--71906424	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
71907505--71907529	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
71910652--71910801	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
71910676--71910859	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
71917873--71918004	39	3.4	39	84	4	176	31	20	25	22	1.98
71917876--71918030	78	2.0	77	86	3	213	30	21	25	22	1.98
71926262--71926418	72	2.2	72	89	0	233	22	22	30	24	1.99
71927628--71927661	17	2.0	17	88	0	50	35	17	8	38	1.81
71928552--71928618	25	2.7	25	75	9	73	37	20	20	20	1.95
71928566--71928638	24	3.0	24	78	11	85	36	19	20	23	1.95
71928528--71928638	50	2.2	50	85	1	143	35	20	19	24	1.96
71929481--71929513	16	1.9	18	88	11	52	33	9	0	57	1.30
71937469--71937505	16	2.3	16	90	0	56	48	16	21	13	1.80
71937731--71937805	29	2.6	29	91	2	116	24	17	33	25	1.96
71939412--71939451	19	2.1	19	86	9	55	57	22	0	20	1.41
71945706--71945830	27	4.6	27	93	2	189	39	22	9	28	1.85
71945706--71945885	27	6.7	27	87	2	134	37	22	10	29	1.87
71945706--71945903	81	2.4	81	78	5	195	37	21	10	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71945706--71945846	54	2.6	54	86	4	169	39	21	9	29	1.86
71945923--71945992	27	2.6	27	88	0	95	32	20	20	27	1.97
71946855--71946910	25	2.2	25	83	0	67	23	21	12	42	1.86
71946874--71946955	37	2.2	37	82	0	101	23	20	12	43	1.85
71946920--71946980	25	2.4	25	91	0	95	19	21	13	45	1.84
71946905--71946992	6	14.3	6	72	13	63	19	19	12	48	1.80
71946852--71946980	62	2.1	62	91	0	204	21	20	12	45	1.83
71948968--71949146	27	6.7	26	83	2	151	40	21	10	27	1.85
71949044--71949201	81	2.0	81	80	2	183	36	20	10	33	1.86
71949185--71949307	27	4.6	27	81	6	133	34	16	19	29	1.93
71949185--71949310	54	2.3	54	87	0	171	34	16	19	30	1.94
71949840--71949902	22	2.9	22	79	9	74	19	23	22	34	1.96
71949989--71950069	27	3.0	26	87	5	108	17	23	22	37	1.94
71950183--71950287	31	3.4	30	74	10	104	22	18	12	46	1.82
71950239--71950332	6	15.3	6	72	16	68	18	17	14	50	1.79
71950242--71950311	25	2.8	25	88	0	104	17	18	15	48	1.81
71951601--71951662	27	2.3	27	88	0	88	40	16	14	29	1.88
71953265--71953449	40	4.7	39	78	6	167	23	25	24	26	2.00
71961289--71961493	40	5.2	39	82	4	200	24	26	22	25	2.00
71963793--71963964	24	7.1	24	93	1	281	20	17	25	36	1.94
71971721--71971891	24	7.1	24	95	0	288	21	17	25	36	1.95
71974369--71974520	51	3.0	51	87	0	232	36	25	9	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71975348--71975558	117	1.8	117	87	4	318	43	26	8	22	1.81
71975746--71975780	16	2.2	16	89	0	52	34	0	22	42	1.54
71976057--71976102	19	2.4	18	82	7	56	30	10	15	43	1.81
71983728--71983892	48	3.6	48	84	6	182	26	28	21	23	1.99
71985025--71985109	44	1.9	44	85	4	118	18	20	30	30	1.96
71987418--71987587	49	3.5	50	79	7	163	28	18	27	25	1.98
71987374--71987590	98	2.3	96	79	10	236	26	18	28	27	1.98
71987277--71987539	142	1.9	137	82	7	332	27	17	27	27	1.97
71989719--71989765	19	2.5	19	89	0	76	19	23	42	14	1.88
71994153--71994327	46	3.8	46	71	13	142	32	30	18	19	1.96
71994160--71994332	93	1.9	93	91	0	283	31	30	18	19	1.96
71998894--71998981	44	2.0	44	88	0	131	21	19	30	28	1.97
72004055--72004153	48	2.1	48	88	0	144	20	16	33	30	1.94
72013946--72014065	28	4.4	28	83	7	149	35	12	25	27	1.92
72014089--72014285	50	3.9	51	90	4	303	31	13	25	28	1.94
72014089--72014285	101	2.0	101	88	6	301	31	13	25	28	1.94
72018647--72018838	40	4.8	40	77	9	185	25	28	21	25	1.99
72018615--72018791	79	2.2	79	82	5	207	27	28	18	25	1.98
72020499--72020568	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
72028409--72028567	53	3.0	54	76	7	144	37	18	24	18	1.94
72044370--72044553	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
72052169--72052352	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72062723--72062759	18	2.1	18	94	0	65	54	13	16	16	1.72
72063286--72063438	79	1.9	79	89	0	234	33	20	9	35	1.85
72072910--72072958	24	2.0	24	96	0	89	51	12	18	18	1.76
72074900--72075171	6	44.8	6	75	15	249	47	14	17	20	1.82
72074900--72075171	30	9.4	30	82	12	354	47	14	17	20	1.82
72074900--72075171	85	3.2	85	97	0	517	47	14	17	20	1.82
72075289--72075354	27	2.5	26	82	7	78	37	21	22	18	1.94
72075308--72075360	27	2.0	27	85	7	72	35	16	26	20	1.94
72075527--72075585	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
72075673--72075754	27	3.1	25	84	10	101	37	21	20	19	1.94
72075953--72076140	27	7.0	27	83	0	205	25	19	18	36	1.94
72075952--72076140	54	3.5	54	84	2	236	25	19	18	37	1.94
72075956--72076148	81	2.4	81	83	0	233	26	18	17	37	1.93
72076153--72076424	80	3.4	81	82	6	372	41	9	22	26	1.85
72076153--72076424	27	10.1	27	88	3	354	41	9	22	26	1.85
72076153--72076427	107	2.6	106	83	5	356	41	9	22	25	1.85
72080775--72080905	40	3.2	40	83	5	167	22	25	29	23	1.99
72083459--72084043	70	8.2	70	92	5	972	32	16	20	31	1.94
72083459--72084043	216	2.7	216	96	2	1074	32	16	20	31	1.94
72083868--72084023	77	2.0	77	97	0	294	31	15	19	33	1.93
72084093--72084247	54	3.0	52	81	11	194	29	16	18	34	1.93
72084953--72085057	35	3.0	35	91	1	176	16	47	12	23	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72085465--72085536	32	2.3	31	86	11	94	62	19	5	12	1.49
72085501--72085533	13	2.4	14	95	5	59	60	15	6	18	1.54
72086346--72086396	21	2.4	21	93	0	93	39	0	7	52	1.30
72086348--72086396	2	25.5	2	83	8	57	40	0	6	53	1.26
72086668--72086710	21	2.0	21	82	8	52	30	4	4	60	1.37
72101331--72101412	29	2.8	29	98	0	155	29	14	30	25	1.95
72109940--72109981	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
72112719--72112923	47	4.5	47	77	11	221	29	17	22	30	1.96
72112758--72112964	85	2.4	85	93	0	351	28	16	24	29	1.97
72112810--72112971	38	4.0	38	75	13	162	29	17	24	28	1.97
72112679--72112923	132	1.9	132	85	1	348	29	16	23	30	1.96
72119256--72119340	44	1.9	44	92	0	143	25	27	10	36	1.89
72119261--72119361	44	2.3	44	87	0	139	26	24	12	35	1.92
72119365--72119440	40	1.9	40	81	5	91	32	19	15	31	1.94
72129074--72129271	39	5.1	39	94	0	342	21	25	29	23	1.99
72131175--72131211	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
72142586--72143585	47	21.3	47	91	0	1599	33	8	30	27	1.87
72142636--72142711	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
72142965--72143040	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
72143294--72143369	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
72150071--72150097	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
72153629--72154061	215	2.0	215	100	0	866	28	19	16	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72160058--72160174	43	2.7	43	81	6	157	30	15	23	29	1.95
72166482--72166578	43	2.3	43	85	5	126	31	15	23	28	1.95
72168677--72169013	123	2.7	123	95	0	593	29	11	25	33	1.91
72168982--72169225	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
72174320--72174395	11	7.5	11	74	16	83	35	11	19	32	1.88
72174319--72174395	20	3.8	20	96	0	145	35	11	19	33	1.88
72174331--72174387	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
72174444--72174517	26	2.9	25	84	6	103	29	27	18	24	1.98
72174738--72174802	32	2.0	32	90	0	103	40	16	20	23	1.92
72182346--72182393	25	1.9	25	82	0	60	35	20	14	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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