genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.324.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  324  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98505483--98505625	54	2.7	54	96	1	261	34	25	22	17	1.95
98505718--98505771	26	2.2	25	80	9	65	33	14	22	29	1.94
98507214--98507322	26	4.2	26	96	1	184	36	24	4	33	1.76
98511262--98511379	27	4.3	27	92	3	175	34	24	23	16	1.95
98512993--98513100	26	4.2	26	95	2	175	37	25	3	34	1.74
98515104--98515155	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
98516636--98516765	26	5.2	25	89	9	196	37	24	3	33	1.74
98516636--98516765	48	2.6	49	91	7	210	37	24	3	33	1.74
98520053--98520099	18	2.6	18	96	3	85	40	0	21	38	1.53
98520878--98520926	25	1.9	26	83	4	64	24	14	22	38	1.91
98522408--98522534	23	5.2	24	91	8	197	38	23	3	34	1.71
98522408--98522534	47	2.6	48	90	9	197	38	23	3	34	1.71
98523114--98523196	39	2.1	39	93	0	139	33	20	7	38	1.80
98524706--98524757	20	2.7	19	80	11	61	65	5	0	28	1.16
98524707--98524750	19	2.4	18	81	11	54	68	4	0	27	1.09
98524746--98524787	21	2.0	22	85	4	59	59	4	4	30	1.39
98531230--98531269	15	2.5	17	84	15	50	7	17	0	75	1.03
98539031--98539082	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
98549801--98549830	14	2.1	14	100	0	60	53	20	6	20	1.67
98550963--98551032	25	2.8	25	91	0	113	24	22	27	25	2.00
98551253--98551522	136	2.0	136	88	0	396	25	21	17	35	1.95
98551253--98551531	27	10.3	27	86	0	351	25	20	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98551535--98551636	27	3.8	27	77	0	114	33	9	24	32	1.88
98551560--98551843	27	10.5	27	76	5	218	29	9	23	38	1.86
98551577--98551829	81	3.1	79	79	7	249	29	9	22	38	1.86
98551577--98551844	108	2.5	108	86	2	342	29	9	23	38	1.86
98551560--98551847	54	5.3	53	87	4	287	29	9	22	37	1.86
98552718--98552770	25	2.1	25	85	0	70	20	24	15	39	1.91
98552724--98552847	62	2.0	60	80	9	133	25	17	18	37	1.93
98553193--98553242	23	2.2	23	85	7	66	64	6	0	30	1.18
98556243--98556565	161	2.0	162	90	0	513	39	5	14	40	1.69
98558488--98558547	21	2.9	21	68	9	50	16	20	15	48	1.81
98559048--98559115	2	34.0	2	100	0	136	0	0	50	50	1.00
98563742--98563776	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
98565742--98565967	41	5.5	41	85	2	258	32	20	23	23	1.98
98565773--98565968	41	4.8	40	89	2	275	30	20	27	21	1.98
98566292--98566334	21	2.0	20	82	13	50	25	2	27	44	1.66
98566371--98566428	14	4.1	14	76	12	57	20	0	44	34	1.52
98566696--98566759	25	2.6	25	76	14	60	42	4	3	50	1.39
98566957--98567044	42	2.1	42	87	6	126	39	13	20	26	1.90
98571810--98571856	21	2.2	21	96	0	85	23	17	57	2	1.50
98572153--98572421	43	6.3	43	85	3	319	24	20	24	30	1.98
98572153--98572421	86	3.1	86	85	1	360	24	20	24	30	1.98
98584727--98584773	24	2.0	24	91	0	76	25	2	25	46	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98597832--98597889	23	2.5	23	97	0	107	39	13	10	36	1.79
98603753--98603793	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
98612283--98612530	124	2.0	124	95	0	451	26	22	18	31	1.97
98613568--98613622	18	3.0	19	71	17	53	61	1	0	36	1.06
98613568--98613644	19	4.3	17	73	18	59	63	3	0	32	1.12
98614313--98614353	18	2.3	18	87	8	57	31	0	2	65	1.05
98616348--98616372	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
98616646--98616708	31	2.0	32	87	9	94	68	1	4	25	1.18
98617002--98617053	21	2.5	21	93	0	86	51	7	0	40	1.30
98617048--98617089	15	2.6	18	78	21	56	59	0	2	38	1.10
98631998--98632026	14	2.1	14	93	6	51	44	0	0	55	0.99
98638042--98638132	3	30.7	3	72	10	71	35	5	2	57	1.34
98641329--98641436	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
98647268--98647375	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
98651231--98651353	23	5.2	23	74	9	88	36	20	20	22	1.95
98654739--98654788	23	2.2	23	82	7	57	54	12	22	12	1.69
98655879--98655934	21	2.7	21	80	0	67	28	7	33	30	1.84
98661577--98661638	20	2.9	20	75	15	61	24	6	3	66	1.30
98662461--98662489	6	4.8	6	100	0	58	48	51	0	0	1.00
98665939--98665992	22	2.3	24	78	15	60	35	3	7	53	1.47
98673498--98673543	21	2.2	21	84	7	58	34	6	0	58	1.24
98673491--98673539	24	2.1	23	84	3	62	32	6	0	61	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98679300--98679542	134	1.8	134	88	0	378	31	14	15	38	1.88
98679440--98679651	99	2.1	99	84	0	271	30	14	14	41	1.85
98679546--98680130	134	4.4	134	83	3	692	30	15	14	39	1.87
98679334--98679786	233	1.9	233	84	0	602	30	15	14	39	1.87
98686044--98686086	20	2.4	16	85	14	50	44	6	0	48	1.29
98689656--98689684	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
98694153--98694188	5	7.0	5	87	6	54	41	0	0	58	0.98
98694441--98694465	7	3.6	7	100	0	50	84	0	0	16	0.63
98695107--98695144	15	2.7	15	88	8	53	63	2	0	34	1.09
98696978--98697287	84	3.7	84	78	2	309	23	9	33	33	1.87
98700331--98700370	19	2.0	20	90	4	64	30	17	5	47	1.69
98706143--98706184	22	1.9	22	90	0	66	42	11	7	38	1.69
98706209--98706284	39	2.0	38	87	7	109	53	5	7	32	1.52
98707822--98707937	37	3.1	37	83	0	151	20	19	10	49	1.78
98707947--98708025	37	2.1	37	83	4	97	20	27	12	39	1.89
98709482--98709522	20	2.1	20	86	4	57	36	2	2	58	1.24
98709481--98709523	19	2.3	18	80	11	50	39	2	2	55	1.25
98709518--98709571	23	2.3	23	87	6	72	42	0	0	57	0.98
98709555--98709582	10	2.8	10	100	0	56	21	0	0	78	0.75
98709526--98709572	23	2.0	24	91	4	78	40	0	0	59	0.97
98714704--98714740	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
98715584--98715653	13	5.2	13	73	16	54	35	17	2	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98715574--98715653	26	3.0	26	77	14	74	37	18	2	41	1.64
98716948--98716990	19	2.3	19	83	0	50	18	2	4	74	1.10
98721524--98721563	20	2.0	20	85	9	55	32	2	7	57	1.40
98721510--98721590	29	2.8	29	67	17	69	39	1	3	55	1.25
98724497--98724564	32	2.1	32	83	5	84	39	4	10	45	1.58
98727439--98727555	19	6.2	19	90	6	175	36	15	8	39	1.78
98727439--98727548	55	2.0	57	90	3	179	37	14	8	40	1.76
98727439--98727555	36	3.1	38	87	7	175	36	15	8	39	1.78
98727908--98728018	45	2.5	45	83	0	150	24	27	15	33	1.95
98728141--98728356	44	4.8	46	71	13	178	26	24	17	31	1.97
98728082--98728360	44	6.2	44	71	11	165	28	24	16	30	1.97
98728082--98728360	134	2.1	134	93	0	477	28	24	16	30	1.97
98728413--98728759	44	7.9	44	75	10	253	28	27	14	28	1.96
98729720--98729761	9	4.7	9	80	8	50	2	11	0	85	0.68
98729720--98729766	19	2.6	18	90	6	76	2	10	0	87	0.63
98734925--98734971	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
98734942--98735039	19	5.2	19	90	7	146	36	14	10	38	1.80
98734942--98735039	36	2.6	37	87	9	135	36	14	10	38	1.80
98734964--98735020	17	3.5	15	88	11	53	35	14	10	40	1.80
98735993--98736049	26	2.2	26	81	6	71	40	19	22	17	1.91
98736098--98736158	26	2.3	26	85	0	77	39	13	19	27	1.89
98738699--98738749	22	2.5	20	81	15	59	33	0	1	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98738711--98738768	26	2.2	27	81	3	64	25	3	1	68	1.14
98741583--98741634	23	2.3	23	83	6	70	69	1	5	23	1.20
98741828--98741896	32	2.2	32	86	0	93	33	26	15	24	1.95
98743011--98743072	29	2.1	30	88	8	92	25	3	11	59	1.46
98750917--98751027	50	2.2	50	85	6	145	33	25	12	28	1.92
98757240--98757268	15	1.9	15	100	0	58	27	0	37	34	1.57
98758019--98758108	43	2.1	43	100	0	180	40	4	15	40	1.67
98758241--98758274	16	2.1	16	89	10	52	8	11	2	76	1.12
98758917--98758971	27	2.0	27	100	0	110	25	23	7	43	1.79
98761990--98762089	43	2.3	45	86	8	143	72	3	4	21	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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