genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  120  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33623387--33623420	18	1.9	18	88	5	52	32	14	11	41	1.82
33624535--33624659	29	4.3	29	88	1	171	28	32	15	24	1.95
33624869--33624903	16	2.2	16	94	0	61	8	22	20	48	1.76
33626683--33626775	27	3.5	27	82	8	109	29	21	11	37	1.89
33629383--33629576	39	4.9	39	88	0	244	24	21	31	22	1.98
33637312--33637505	39	4.9	39	88	0	244	24	21	31	22	1.98
33640231--33640384	42	3.6	42	85	3	202	30	24	16	29	1.96
33644408--33644445	16	2.4	16	100	0	76	34	10	23	31	1.89
33650695--33650872	40	4.4	40	84	2	205	27	23	26	22	2.00
33650695--33650898	40	5.1	41	82	5	150	27	24	26	22	1.99
33650728--33650898	80	2.1	80	80	2	182	29	24	25	21	1.99
33653178--33653234	23	2.4	23	85	5	69	33	17	24	24	1.96
33653921--33653951	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
33653918--33653957	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
33654143--33654388	54	4.7	53	82	8	231	21	24	17	36	1.94
33654190--33654388	107	1.8	109	88	4	305	22	25	16	35	1.95
33662669--33662731	23	3.0	20	88	9	83	68	0	0	31	0.90
33666961--33667322	48	7.6	47	74	13	294	28	20	27	23	1.99
33666961--33667322	96	3.8	96	82	4	453	28	20	27	23	1.99
33666962--33667321	144	2.5	144	81	6	392	28	20	27	23	1.99
33670078--33670149	29	2.5	29	91	6	112	29	13	27	29	1.95
33680649--33680685	18	2.1	18	94	0	65	27	16	18	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33684719--33684781	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
33688082--33688110	15	2.0	15	93	6	51	55	20	13	10	1.68
33688737--33688774	15	2.6	15	91	4	60	60	10	13	15	1.59
33690603--33690637	18	2.1	17	89	10	54	11	40	31	17	1.85
33698648--33698691	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
33701505--33701537	7	4.9	7	85	7	50	15	54	0	30	1.41
33706769--33706922	27	5.5	27	82	4	164	31	25	14	28	1.95
33706769--33706922	29	5.5	28	81	6	145	31	25	14	28	1.95
33706769--33706872	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
33714592--33714745	27	5.5	27	82	4	164	31	25	14	28	1.95
33714592--33714745	29	5.5	28	81	6	145	31	25	14	28	1.95
33714592--33714695	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
33719269--33719341	29	2.6	28	84	2	92	27	15	30	27	1.96
33720426--33720469	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
33722259--33722327	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
33724707--33724750	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
33726544--33726612	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
33732418--33732458	20	2.0	20	100	0	82	24	31	24	19	1.98
33736029--33736078	19	2.5	19	80	6	55	52	2	2	44	1.24
33736767--33736965	105	1.8	110	91	6	336	43	7	4	45	1.50
33737733--33737878	54	2.7	54	88	1	202	36	20	19	23	1.95
33737736--33737878	27	5.3	27	86	4	180	37	20	18	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33739999--33740206	53	3.9	53	74	5	184	21	25	17	36	1.94
33751077--33751153	27	2.9	27	90	0	118	40	19	6	33	1.77
33751137--33751211	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
33751055--33751207	54	2.9	54	76	5	141	39	20	9	30	1.84
33751137--33751262	27	4.7	27	78	3	101	37	23	8	30	1.85
33751246--33751385	27	5.2	27	79	4	158	35	17	20	27	1.94
33751246--33751387	54	2.6	54	85	3	189	35	17	19	26	1.94
33751590--33751695	25	4.2	24	82	10	115	29	19	23	27	1.98
33755316--33755574	40	6.5	40	98	0	473	23	21	28	27	1.99
33755553--33755595	21	2.0	21	100	0	86	23	27	25	23	2.00
33755513--33755635	61	2.0	61	91	0	201	22	23	27	26	2.00
33755473--33755668	101	2.0	100	89	1	302	22	21	28	27	1.99
33762780--33762978	40	5.0	40	99	0	389	22	20	30	27	1.98
33770910--33770971	31	2.0	31	100	0	124	22	16	29	32	1.95
33770943--33771187	40	6.2	40	91	2	370	22	21	29	26	1.99
33770943--33771187	119	2.1	119	89	3	368	22	21	29	26	1.99
33776264--33776289	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
33780751--33780932	64	2.8	64	81	5	190	23	30	17	29	1.96
33786538--33786669	40	3.3	40	82	3	124	25	28	21	25	1.99
33787496--33787541	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
33788422--33788592	48	3.6	48	86	3	229	25	16	30	26	1.97
33800227--33800658	38	11.3	38	85	2	542	21	21	25	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33802524--33802569	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
33803368--33803547	48	3.8	48	90	0	279	26	17	29	26	1.97
33804788--33804826	19	2.1	19	100	0	78	25	28	35	10	1.89
33811524--33811636	43	2.6	43	90	2	174	23	34	20	21	1.97
33812136--33812163	14	2.0	14	100	0	56	50	0	14	35	1.43
33813201--33813239	20	2.0	20	89	0	60	35	12	5	46	1.65
33816231--33816395	40	4.2	40	79	5	167	24	27	22	26	2.00
33816247--33816394	78	1.9	77	83	6	192	23	27	22	25	2.00
33824234--33824398	40	4.2	40	79	5	167	24	27	22	26	2.00
33824250--33824397	78	1.9	77	83	6	192	23	27	22	25	2.00
33834077--33834110	17	2.0	17	88	11	52	58	29	5	5	1.45
33837329--33837450	43	2.9	42	72	11	131	25	24	21	28	1.99
33839200--33839232	9	3.7	9	100	0	66	33	24	0	42	1.55
33840587--33840803	46	4.7	47	77	12	191	27	19	29	23	1.98
33840632--33840855	46	4.8	45	79	12	188	28	20	28	23	1.99
33842843--33842944	42	2.4	43	81	6	118	23	17	28	30	1.97
33842920--33843009	43	2.1	43	93	0	153	26	21	17	34	1.95
33843812--33843843	13	2.4	14	94	5	57	53	9	0	37	1.34
33848970--33849018	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
33849840--33850006	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
33856973--33857021	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
33857843--33858009	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33860096--33860290	9	21.7	9	70	13	89	36	1	14	47	1.54
33860148--33860259	30	3.6	30	72	17	111	36	2	14	46	1.59
33860127--33860290	64	2.6	64	92	0	274	35	1	15	47	1.56
33860384--33860762	99	3.7	99	78	10	431	54	2	5	36	1.38
33860648--33860714	19	3.6	18	68	6	53	59	0	2	37	1.13
33860305--33860802	209	2.4	209	94	0	870	54	2	6	36	1.41
33860647--33860724	37	2.1	37	80	7	95	56	1	3	38	1.26
33862295--33862355	24	2.5	24	100	0	122	19	18	26	36	1.94
33874740--33874840	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
33882690--33882790	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
33888386--33888602	84	2.6	83	86	5	312	24	21	13	40	1.89
33888541--33888665	61	2.0	61	89	0	187	29	16	10	43	1.81
33889011--33889106	7	13.4	7	72	7	68	40	33	1	25	1.62
33889041--33889115	14	5.3	15	78	12	70	37	37	2	22	1.69
33889143--33889180	15	2.6	15	79	4	51	44	31	0	23	1.54
33889195--33889248	14	3.9	14	80	0	63	44	33	0	22	1.53
33889614--33889765	40	3.8	39	76	8	144	24	23	25	26	2.00
33889614--33889765	80	1.9	80	80	2	180	24	23	25	26	2.00
33893110--33893154	18	2.6	17	86	10	56	33	17	0	48	1.48
33893110--33893147	18	2.1	18	90	9	60	31	15	0	52	1.43
33893119--33893154	17	2.1	18	89	5	56	38	16	0	44	1.48
33893562--33893619	17	3.5	17	81	9	84	39	3	0	56	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33893553--33893624	32	2.2	32	100	0	144	44	2	0	52	1.15
33897607--33897633	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
33899207--33899290	42	2.0	42	100	0	168	35	11	16	35	1.86
33912903--33912963	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
33920519--33920565	6	7.5	6	86	9	67	78	2	2	17	0.94
33920519--33920559	20	2.0	20	85	0	55	78	2	2	17	0.98
33920585--33920643	9	6.6	9	86	7	75	28	8	16	45	1.77
33920585--33920643	27	2.2	27	90	0	91	28	8	16	45	1.77
33931748--33931848	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
33931777--33931848	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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