Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  78  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20988733--20988765
13
2.4
14
85
10
50
78
0
3
18
0.87
20988818--20988845
9
3.1
9
100
0
56
35
42
0
21
1.53
20988778--20988854
31
2.5
31
85
4
102
36
41
0
22
1.54
20989297--20989379
3
27.3
3
73
20
59
30
3
1
65
1.17
20989301--20989383
18
4.4
18
81
13
87
31
3
1
63
1.19
20989454--20989506
12
4.5
13
75
17
53
32
0
5
62
1.19
20989586--20989806
120
1.8
123
84
7
308
31
3
5
60
1.35
20992225--20992263
19
2.0
19
90
5
60
30
23
7
38
1.83
20995855--20995958
53
2.0
52
84
1
136
20
15
11
52
1.73
20996922--20997402
205
2.4
203
92
1
784
30
18
21
29
1.97
20997414--20998787
44
31.2
44
75
9
1099
30
17
25
26
1.97
20997522--20998787
264
4.8
261
87
4
1359
30
18
25
26
1.98
20997918--20998787
132
6.6
132
91
1
1302
30
17
25
26
1.97
20997414--20998480
483
2.2
483
91
1
1735
30
18
24
26
1.98
20997429--20998605
615
1.9
615
93
0
2048
30
18
24
26
1.98
20999053--20999196
22
6.4
22
68
15
96
36
48
0
14
1.49
20999071--20999196
13
9.9
13
72
21
99
36
49
0
13
1.48
20999115--20999196
35
2.3
35
85
8
121
36
50
0
13
1.42
21000385--21000483
22
4.7
21
69
17
71
36
46
0
17
1.48
21000381--21000501
31
3.8
31
81
7
145
36
47
0
16
1.47
21000892--21000982
3
30.3
3
72
18
66
29
3
2
64
1.21
21001057--21001109
12
4.5
13
75
17
53
32
0
5
62
1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21002346--21002415
35
2.0
35
91
0
113
25
17
8
48
1.75
21004471--21004517
20
2.3
20
100
0
94
27
0
17
55
1.42
21004904--21005016
45
2.5
45
91
0
181
20
18
19
41
1.90
21004994--21005037
6
7.2
6
84
5
61
18
20
15
45
1.85
21007082--21007114
12
2.6
13
85
9
50
9
45
0
45
1.35
21008180--21008244
28
2.3
28
94
0
112
33
27
7
30
1.85
21008350--21008439
27
3.2
28
81
7
112
18
24
24
32
1.97
21008360--21008450
27
3.2
28
81
4
94
20
26
20
31
1.98
21008350--21008464
55
2.1
56
82
8
137
18
24
22
34
1.96
21016003--21016095
28
3.3
28
90
0
150
35
25
6
32
1.82
21016211--21016301
27
3.2
28
78
4
85
20
25
20
32
1.97
21016201--21016315
55
2.1
56
80
11
130
18
23
22
35
1.95
21019630--21019710
32
2.4
33
79
6
92
38
38
8
14
1.77
21023534--21023577
23
1.9
24
86
9
65
56
2
4
36
1.32
21038367--21038403
9
4.1
9
85
0
56
48
13
8
29
1.71
21039743--21039779
18
2.1
18
89
0
56
21
8
18
51
1.72
21042810--21042845
14
2.5
14
90
4
54
30
5
8
55
1.52
21043730--21043772
21
2.0
21
86
0
59
30
44
18
6
1.76
21047009--21047259
126
2.0
126
88
0
376
29
15
16
38
1.90
21047331--21047416
34
2.8
29
75
17
91
41
17
1
39
1.57
21047337--21047412
34
2.2
35
86
9
104
40
15
1
42
1.56
21047443--21047479
17
2.1
18
90
5
58
43
13
0
43
1.44
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21047451--21047492
22
1.9
22
95
0
75
42
11
0
45
1.41
21047591--21047661
34
2.1
34
81
5
81
46
16
0
36
1.48
21048901--21048933
16
2.1
16
100
0
66
51
12
12
24
1.73
21052417--21052448
12
2.7
12
100
0
64
15
15
0
68
1.21
21058473--21058520
15
3.3
15
76
2
53
45
0
8
45
1.33
21059062--21059147
44
2.0
44
100
0
172
36
2
16
45
1.60
21068869--21069182
46
6.6
48
77
9
265
26
19
30
23
1.98
21068869--21069184
47
6.7
48
76
10
246
26
19
30
23
1.98
21075677--21075903
43
5.2
43
84
2
285
24
20
29
25
1.99
21075975--21076033
31
1.9
31
89
0
91
54
22
5
18
1.63
21076736--21076764
13
2.1
14
93
6
51
55
10
0
34
1.34
21081815--21081911
9
11.0
9
73
10
67
36
1
16
46
1.54
21082254--21082285
14
2.4
14
94
5
57
62
0
0
37
0.95
21082178--21082852
105
6.4
105
89
6
1019
55
4
5
35
1.42
21082178--21082852
215
3.2
212
91
5
1061
55
4
5
35
1.42
21082564--21082605
14
3.4
13
81
18
54
69
0
0
30
0.89
21082575--21082852
95
2.8
95
86
9
376
56
3
4
34
1.38
21085705--21085755
19
2.4
21
81
15
61
66
5
3
23
1.30
21100432--21100466
16
2.1
17
94
5
63
68
5
0
25
1.11
21100429--21100472
16
2.4
19
78
21
58
65
4
0
29
1.12
21100489--21100546
28
2.0
29
83
9
75
37
0
1
60
1.07
21100739--21100791
8
7.0
7
79
12
52
41
39
0
18
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21100737--21100791
15
3.6
15
78
11
58
41
38
0
20
1.52
21100822--21100854
8
4.2
8
92
7
59
24
48
0
27
1.51
21100822--21100881
7
8.1
7
79
5
57
28
45
1
25
1.63
21100822--21100881
15
4.0
15
77
14
61
28
45
1
25
1.63
21100880--21101105
7
30.9
7
68
11
96
46
29
1
22
1.60
21100881--21101105
22
10.5
22
69
8
63
46
29
1
22
1.60
21101304--21101330
14
1.9
14
100
0
54
18
0
29
51
1.46
21102667--21102709
20
2.2
19
87
8
59
41
2
11
44
1.53
21104876--21105149
46
5.8
46
72
13
207
22
17
28
31
1.97
21104872--21105140
93
2.8
93
87
5
369
23
17
28
30
1.97
21110887--21111157
46
5.7
46
72
14
201
23
18
28
29
1.98
21110944--21111103
47
3.4
47
76
14
186
23
17
29
30
1.97
21110880--21111150
93
2.9
92
88
3
371
23
19
28
28
1.98
21116694--21116739
21
2.2
21
96
0
83
30
4
30
34
1.77
21117034--21117115
42
1.9
43
85
9
114
26
14
29
29
1.95
21117041--21117151
43
2.6
42
76
10
109
27
17
27
27
1.97
21122521--21122565
21
2.1
23
88
12
69
26
8
13
51
1.70
21126500--21126585
43
2.0
43
90
4
138
52
1
24
22
1.54
21129869--21129915
25
2.0
25
83
8
62
27
14
4
53
1.60
21130176--21130439
46
5.9
46
85
8
323
22
24
15
38
1.92
21130176--21130439
91
3.0
88
86
7
331
22
24
15
38
1.92
21130357--21130429
38
1.9
38
100
0
146
23
26
17
32
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21132567--21132614
11
4.2
11
74
10
51
62
0
2
35
1.07
21132561--21132616
24
2.3
24
84
3
67
58
1
1
37
1.19
21133251--21133278
13
2.2
13
100
0
56
46
17
14
21
1.84
21139642--21139676
16
2.2
16
89
0
52
42
2
2
51
1.31
21143029--21143195
35
4.6
35
85
7
201
33
24
10
31
1.90
21143024--21143195
75
2.4
73
84
8
226
33
23
11
31
1.90
21150514--21150680
35
4.6
35
85
7
201
33
24
10
31
1.90
21150509--21150680
75
2.4
73
84
8
226
33
23
11
31
1.90
21157402--21157456
27
2.1
26
83
10
67
32
1
0
65
1.03
21166848--21166872
6
4.2
6
100
0
50
80
0
0
20
0.72
21172603--21172647
22
2.0
22
91
0
72
48
15
2
33
1.57
21177199--21177243
22
2.0
22
91
0
72
48
15
2
33
1.57
21181869--21181926
24
2.4
24
97
0
107
44
3
3
48
1.36
21189244--21189308
33
2.0
33
96
0
121
26
15
4
53
1.61
21191285--21191395
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
21192157--21192181
4
6.2
4
100
0
50
0
24
0
76
0.80
21198534--21198644
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
21199401--21199433
14
2.4
14
94
0
57
3
21
0
75
0.93
21201136--21201180
21
2.2
20
92
4
72
26
17
26
28
1.98
21202434--21202467
3
11.3
3
87
0
50
2
32
0
64
1.08
21202523--21202563
21
2.0
21
95
0
73
29
29
17
24
1.97
21205730--21205780
25
2.0
25
92
0
84
39
5
17
37
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21205733--21205780
12
3.9
12
75
5
51
39
4
18
37
1.70
21210372--21210420
25
2.0
25
91
0
80
38
4
18
38
1.70
21210373--21210420
12
3.9
12
75
5
51
39
4
18
37
1.70
21218985--21219227
86
2.8
85
79
3
290
37
23
8
30
1.84
21219429--21219476
20
2.4
20
86
6
62
54
2
2
41
1.24
21219502--21219582
10
8.6
9
75
14
65
65
2
2
29
1.18
21219489--21219572
19
4.4
18
74
15
71
64
2
3
29
1.23
21219486--21219563
38
2.0
39
85
7
106
60
2
2
34
1.24
21224677--21224904
26
8.8
26
79
0
213
20
12
27
39
1.89
21235838--21236064
46
5.0
46
80
7
223
25
20
31
22
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378