genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  212  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62883187--62883362	40	4.5	40	82	5	180	25	27	21	26	1.99
62889586--62889770	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
62889579--62889770	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
62895375--62895551	40	4.5	40	81	6	175	26	27	19	25	1.99
62898353--62898446	34	2.8	33	79	10	93	22	21	26	29	1.99
62901394--62901494	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
62909332--62909432	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
62915089--62915204	27	4.3	27	78	9	112	35	19	23	21	1.96
62915129--62915202	28	2.7	28	87	6	107	32	21	25	20	1.97
62917992--62918070	12	6.4	12	74	21	58	63	0	5	31	1.16
62917987--62918078	15	6.5	15	84	13	117	63	0	5	31	1.17
62917987--62918167	30	6.0	30	74	19	119	58	1	3	35	1.26
62918092--62918132	14	2.9	14	88	3	64	58	0	0	41	0.98
62922912--62923014	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
62932048--62932133	27	3.2	26	82	11	95	37	20	23	18	1.94
62932048--62932161	27	4.2	28	79	8	94	35	20	23	21	1.96
62937826--62937886	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
62939854--62940070	40	5.5	40	77	8	185	24	27	23	24	2.00
62950465--62950528	31	2.1	31	90	0	101	25	25	15	34	1.95
62950552--62950643	42	2.2	42	82	7	107	39	22	11	26	1.89
62951810--62951878	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
62953671--62953714	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62956070--62956137	26	2.6	27	88	9	104	19	10	25	45	1.81
62963566--62963718	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
62963567--62963748	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
62979653--62979677	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
62987873--62988016	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
62987874--62988056	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
62995939--62996082	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
62995940--62996122	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
62999914--63000178	40	6.7	40	91	2	365	23	21	27	28	1.99
63011362--63011706	40	8.6	40	92	0	507	23	21	26	28	1.99
63026792--63026955	40	4.2	39	79	8	165	23	27	22	26	1.99
63034679--63034845	40	4.2	40	77	4	151	22	26	23	27	2.00
63039357--63039426	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
63039357--63039438	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
63047251--63047320	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
63047251--63047332	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
63050402--63050532	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
63051864--63051922	31	1.9	31	96	0	109	8	16	44	30	1.78
63055512--63055986	27	17.6	27	84	4	575	28	21	8	41	1.82
63056945--63056987	17	2.5	17	96	0	77	9	30	32	27	1.88
63057242--63057289	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
63057332--63057371	20	2.0	20	100	0	80	35	10	20	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63057422--63057521	24	4.2	24	90	2	157	30	20	22	28	1.98
63057422--63057521	47	2.1	48	90	1	157	30	20	22	28	1.98
63057732--63057795	31	2.1	31	87	0	92	34	15	25	25	1.95
63060575--63061047	27	17.6	27	85	4	573	28	21	8	41	1.83
63060575--63061049	161	2.9	162	86	4	665	28	21	8	41	1.83
63060573--63061047	188	2.5	188	89	3	697	28	22	8	40	1.83
63062292--63062339	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
63062383--63062441	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
63062387--63062441	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
63062489--63062634	24	6.1	24	91	4	215	28	22	21	26	1.99
63062489--63062634	47	3.0	47	91	5	213	28	22	21	26	1.99
63062492--63062635	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
63062826--63062889	31	2.1	31	87	0	92	34	15	25	25	1.95
63065746--63065834	29	3.2	29	65	28	84	34	25	10	29	1.89
63065732--63065836	54	1.9	54	100	0	210	34	24	10	30	1.89
63074370--63074457	30	2.9	30	72	0	86	28	28	15	27	1.96
63074865--63074889	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
63076831--63076889	5	11.0	5	79	16	57	81	1	15	1	0.86
63076831--63076889	16	3.6	16	80	13	75	81	1	15	1	0.86
63076831--63076876	6	8.2	6	90	7	62	82	2	15	0	0.76
63076971--63077051	30	2.7	30	77	7	85	61	0	25	12	1.31
63079607--63079631	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63081789--63081842	21	2.6	21	87	0	72	24	24	31	20	1.98
63083112--63083201	44	2.0	44	100	0	180	34	6	14	44	1.71
63086854--63086914	28	2.1	30	81	6	72	40	3	26	29	1.72
63091426--63091503	18	4.3	18	75	15	72	69	0	8	21	1.16
63091443--63091502	19	3.2	19	78	4	77	73	0	8	18	1.08
63091314--63091668	195	1.8	194	95	0	647	56	7	7	28	1.56
63097321--63097511	29	6.6	29	84	1	258	21	27	9	41	1.85
63097310--63097514	86	2.4	87	89	3	306	22	26	10	40	1.87
63099745--63099820	37	2.1	37	100	0	152	35	18	7	38	1.80
63105248--63105341	29	3.2	29	92	0	152	25	27	15	30	1.96
63105210--63105341	58	2.3	58	82	2	158	25	32	15	26	1.96
63109596--63109824	40	5.7	40	81	16	269	25	27	23	23	2.00
63109563--63109820	40	6.5	40	81	14	268	24	27	23	24	2.00
63117687--63117978	40	7.4	40	89	6	429	25	27	21	25	2.00
63119960--63120062	51	2.0	51	81	3	118	33	14	19	32	1.92
63126839--63126865	12	2.2	12	100	0	54	55	25	7	11	1.61
63129003--63129133	41	3.2	41	81	6	142	32	24	16	26	1.96
63132391--63132460	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
63132392--63132500	55	2.0	55	81	3	130	28	14	25	31	1.95
63140446--63140515	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
63140447--63140555	55	2.0	55	81	3	130	28	14	25	31	1.95
63143021--63143150	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63150999--63151128	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
63153471--63153605	56	2.4	56	84	0	189	31	14	20	33	1.93
63155836--63155886	13	3.9	13	76	0	57	43	19	1	35	1.63
63157981--63158089	50	2.2	51	81	8	125	32	25	13	28	1.94
63159473--63160299	413	2.0	412	95	0	1492	31	19	13	35	1.91
63161253--63161288	15	2.4	15	90	0	54	50	8	19	22	1.74
63164058--63164434	186	2.0	186	95	0	682	30	15	11	42	1.82
63164891--63165002	51	2.2	51	83	3	136	29	27	15	27	1.96
63165011--63165141	52	2.6	51	81	2	147	33	25	16	25	1.95
63173659--63173745	39	2.2	39	91	0	138	22	21	26	28	1.99
63173978--63174030	26	2.0	26	96	0	97	37	9	18	33	1.83
63176461--63176549	43	2.0	45	89	4	137	23	11	28	37	1.89
63190277--63190311	18	1.9	18	88	0	52	68	0	0	31	0.90
63196652--63196800	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
63196693--63196800	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
63204714--63204821	38	2.8	37	81	13	121	22	29	24	24	1.99
63210490--63210546	30	1.9	30	100	0	114	47	5	3	43	1.43
63212590--63212928	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
63212897--63213140	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
63220193--63220396	40	5.1	40	87	0	237	24	21	26	26	1.99
63222176--63222223	25	2.0	23	84	8	60	75	0	16	8	1.04
63223511--63223641	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63231572--63231702	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
63235132--63235286	43	3.6	42	78	12	138	30	24	18	25	1.98
63235143--63235286	44	3.3	43	77	15	147	31	24	19	25	1.98
63235253--63235319	33	2.0	33	100	0	134	28	20	20	29	1.98
63237129--63237166	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
63237394--63237557	45	3.6	46	77	13	178	29	27	20	23	1.99
63237395--63237562	92	1.8	91	89	3	266	29	27	20	22	1.99
63250041--63250207	83	2.0	83	98	0	325	31	10	27	30	1.91
63259746--63259794	20	2.5	20	96	0	89	51	16	0	32	1.45
63260326--63260456	6	21.3	6	69	16	81	49	13	17	19	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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