genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  200  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58983051--58983076	13	2.0	13	100	0	52	15	23	30	30	1.95
58983728--58983752	13	1.9	13	100	0	50	80	0	8	12	0.92
58990446--58990496	6	8.7	6	87	8	70	11	1	1	84	0.79
58994816--58994925	55	2.0	54	94	1	193	26	17	18	38	1.92
58997493--58997593	29	3.5	29	89	1	141	24	33	14	26	1.94
58999412--58999450	19	2.1	19	95	0	69	35	7	0	56	1.28
59001840--59001969	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
59009898--59010027	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
59013908--59013990	26	3.2	26	98	0	157	32	7	25	34	1.83
59015586--59015726	27	5.2	27	80	11	164	18	23	22	35	1.96
59015583--59015726	54	2.7	54	92	2	236	18	23	22	35	1.96
59015586--59015743	27	5.9	27	73	19	134	19	24	20	35	1.96
59026538--59026579	20	2.0	21	86	9	59	69	11	14	4	1.34
59028171--59028243	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
59036122--59036194	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
59038276--59038311	18	1.9	19	88	5	56	83	2	8	5	0.89
59038275--59038319	19	2.4	19	81	7	56	82	2	6	8	0.93
59039610--59039777	45	3.8	45	76	4	142	31	16	26	25	1.97
59039626--59040423	178	4.5	178	83	2	949	30	17	25	26	1.97
59039970--59040095	45	2.8	44	80	8	130	31	15	26	25	1.96
59039613--59040434	44	18.5	44	68	9	301	30	17	25	26	1.98
59039614--59040423	356	2.3	356	86	1	1079	30	17	25	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59040436--59040492	28	2.0	28	100	0	114	35	14	24	26	1.93
59044092--59044118	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
59046066--59046107	19	2.2	19	95	0	75	47	9	16	26	1.77
59048208--59048243	16	2.2	17	90	9	58	36	0	2	61	1.11
59048208--59048249	13	2.9	14	82	13	50	42	0	2	54	1.13
59048920--59048964	14	3.1	14	87	3	54	51	2	15	31	1.56
59056444--59056527	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
59058007--59058059	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
59059379--59059512	43	3.1	43	79	13	134	25	16	26	32	1.96
59063321--59063438	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
59063289--59063452	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
59075402--59075457	27	2.0	28	89	3	87	33	17	10	37	1.85
59079839--59080009	93	1.8	93	88	0	261	29	28	19	21	1.98
59079831--59080006	46	3.8	46	75	10	169	30	28	19	21	1.97
59081531--59081633	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
59089330--59089432	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
59093913--59094064	27	5.7	25	84	11	162	28	8	21	41	1.82
59093914--59094097	54	3.4	54	84	3	201	28	9	20	41	1.84
59093941--59094097	81	1.9	81	82	7	194	28	10	21	40	1.85
59093941--59094064	27	4.6	27	89	2	196	28	8	22	40	1.84
59094096--59094187	27	3.4	27	83	8	116	40	7	23	28	1.82
59096502--59096584	31	2.7	31	94	3	143	27	25	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59096791--59096874	25	3.4	24	82	9	89	25	22	23	28	1.99
59096807--59096873	25	2.7	25	90	4	100	22	23	28	25	1.99
59097683--59097747	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
59097801--59097898	27	3.6	27	81	13	110	33	9	17	39	1.81
59097888--59098043	27	5.8	26	79	5	159	28	10	20	40	1.85
59097891--59098014	54	2.3	54	87	6	180	29	8	20	41	1.81
59097893--59098043	81	1.9	81	83	5	198	29	9	19	41	1.83
59097777--59098043	54	4.9	54	75	10	170	31	10	19	39	1.84
59098037--59098137	27	3.8	27	83	6	125	39	7	21	30	1.82
59098036--59098162	54	2.4	53	81	6	148	36	8	23	31	1.85
59105466--59105544	35	2.3	35	84	0	104	26	22	21	29	1.99
59111707--59111878	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
59111699--59111874	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
59114257--59114345	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
59114257--59114339	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
59114268--59114345	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
59117269--59117440	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
59117261--59117436	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
59140059--59140228	48	3.5	48	97	0	313	34	6	27	31	1.82
59140347--59140449	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
59146797--59146825	13	2.3	13	94	5	51	58	10	0	31	1.31
59153634--59153837	40	5.1	39	85	4	230	26	26	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59153806--59154513	123	5.8	123	97	0	1317	34	25	10	29	1.89
59156024--59156283	46	5.5	48	74	12	168	28	16	29	25	1.97
59162737--59162772	17	2.1	18	89	5	56	13	44	30	11	1.79
59164721--59164812	38	2.4	38	92	0	148	39	18	14	28	1.89
59166373--59166498	44	2.7	46	81	13	150	39	9	0	50	1.35
59166878--59166902	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
59167832--59167876	20	2.1	23	84	12	60	37	0	13	48	1.42
59167995--59168214	101	2.2	101	85	4	284	30	15	25	28	1.96
59169105--59169138	16	2.1	16	100	0	68	29	17	17	35	1.93
59183101--59183199	10	10.6	9	70	18	60	62	2	3	32	1.22
59183402--59183472	28	2.5	28	84	6	81	29	2	2	64	1.22
59183455--59183532	21	4.0	20	78	9	88	38	1	0	60	1.05
59183492--59183546	29	1.9	29	85	10	78	36	0	1	61	1.06
59183482--59183554	10	7.7	10	76	13	57	32	0	1	65	1.01
59188140--59188234	28	3.4	28	72	2	84	18	12	29	38	1.88
59196201--59196239	19	2.1	19	100	0	78	33	10	25	30	1.89
59200708--59200751	18	2.4	19	85	11	56	29	13	20	36	1.91
59203518--59203558	20	2.0	20	90	0	64	24	12	36	26	1.91
59212783--59212890	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
59214487--59214573	27	3.2	27	88	9	133	17	24	24	34	1.96
59216086--59216302	106	2.0	107	91	0	355	26	25	18	29	1.98
59219075--59219120	17	2.6	18	80	13	60	60	6	2	30	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59219346--59219460	50	2.3	50	93	0	194	22	19	40	17	1.91
59221270--59221339	35	2.0	35	94	0	122	14	21	20	44	1.86
59221728--59221817	23	3.9	23	79	5	92	40	27	15	16	1.89
59221730--59221820	46	2.0	46	84	0	119	40	27	15	16	1.88
59221764--59221824	23	2.7	23	86	0	86	40	24	16	18	1.90
59225421--59225546	63	2.0	63	100	0	252	36	23	7	31	1.84
59228213--59228360	79	1.9	80	81	4	183	22	31	24	21	1.99
59228253--59228360	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
59235986--59236169	79	2.3	80	80	4	185	23	30	24	20	1.98
59236062--59236169	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
59238932--59238988	28	2.0	28	96	0	105	56	7	15	21	1.63
59242372--59242403	16	2.0	16	100	0	64	37	12	18	31	1.88
59249325--59249430	53	2.0	53	100	0	212	28	15	15	41	1.87
59256221--59256325	43	2.4	43	93	0	183	28	29	17	24	1.97
59257468--59257494	14	1.9	14	100	0	54	44	22	0	33	1.53
59264781--59264807	14	1.9	14	100	0	54	44	22	0	33	1.53
59268436--59268536	27	3.7	27	85	5	141	30	20	7	40	1.81
59268419--59268544	54	2.3	54	78	2	146	34	21	7	36	1.81
59269212--59269274	27	2.3	27	89	5	101	42	25	9	22	1.83
59272290--59272415	54	2.3	54	79	2	155	34	22	7	35	1.81
59272307--59272407	27	3.7	27	86	5	150	30	21	7	39	1.82
59273082--59273146	27	2.4	27	92	5	105	43	26	9	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59279925--59279980	26	2.2	26	96	0	103	41	33	7	17	1.77
59281848--59282053	40	5.2	40	81	3	209	24	24	23	27	2.00
59281848--59282055	80	2.6	80	83	3	231	24	24	23	27	2.00
59288131--59288212	40	2.0	40	100	0	164	28	18	19	34	1.95
59289854--59290059	40	5.2	40	81	3	209	24	24	23	27	2.00
59289854--59290061	80	2.6	80	83	3	231	24	24	23	27	2.00
59297978--59298007	15	2.0	15	93	0	51	43	6	3	46	1.46
59299614--59299689	28	2.6	28	77	4	71	23	19	28	27	1.98
59299730--59299782	22	2.4	22	84	12	65	26	16	30	26	1.97
59299742--59299785	22	2.1	22	91	8	74	29	13	29	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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