genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  290  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87669872--87669925	27	2.0	27	82	7	65	29	16	24	29	1.97
87671111--87671165	28	2.0	28	100	0	110	29	30	7	32	1.84
87672544--87672645	41	2.4	42	80	12	111	25	15	28	30	1.96
87672564--87672676	42	2.7	43	78	15	112	26	15	26	30	1.96
87674564--87674732	46	3.7	45	75	16	179	30	27	19	22	1.98
87674569--87674735	92	1.8	90	93	2	289	29	28	19	22	1.98
87675148--87675207	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
87682097--87682267	46	3.7	46	77	15	201	29	28	20	22	1.98
87694574--87694663	40	2.2	40	90	0	135	30	8	15	45	1.77
87697910--87698002	42	2.2	42	83	9	109	29	18	25	26	1.98
87702990--87703173	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
87703030--87703218	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
87711105--87711288	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
87711145--87711333	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
87712697--87712776	41	2.0	41	100	0	160	13	25	37	23	1.92
87717369--87717568	27	7.4	27	87	0	265	35	19	20	25	1.96
87718194--87718233	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
87724887--87725068	80	2.3	81	83	4	217	37	18	17	26	1.93
87724887--87725084	27	7.4	27	80	3	175	37	17	18	26	1.93
87724889--87725084	107	1.8	107	82	2	250	37	17	18	26	1.93
87725743--87725776	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
87728612--87728646	17	2.0	18	88	5	54	11	5	25	57	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87732498--87732627	29	4.6	29	78	5	122	25	33	17	23	1.97
87739601--87739798	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
87739667--87739784	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
87739635--87739798	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
87747169--87747366	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
87747235--87747352	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
87747203--87747366	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
87750920--87750950	14	2.2	14	94	0	53	29	6	25	38	1.81
87755804--87755864	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
87759360--87759403	20	2.2	20	88	4	63	29	9	9	52	1.64
87764610--87765009	50	8.0	50	76	6	344	27	18	25	29	1.98
87764572--87764976	151	2.7	151	90	1	605	26	17	25	30	1.97
87764869--87764952	28	3.2	27	65	25	72	23	16	30	28	1.96
87764610--87764955	101	3.4	101	79	6	312	27	18	25	28	1.98
87784685--87784786	29	3.5	28	74	12	82	26	35	17	20	1.95
87786991--87787038	22	2.1	23	92	3	80	64	14	4	16	1.43
87787783--87787926	24	5.8	24	69	11	76	32	18	28	20	1.96
87793523--87793562	19	2.1	19	90	0	62	32	10	27	30	1.89
87800738--87800777	18	2.2	18	100	0	80	27	10	17	45	1.80
87803419--87803450	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
87817264--87817298	18	2.0	18	88	5	54	11	22	45	20	1.82
87829090--87829139	26	1.9	26	95	0	91	46	2	14	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87829316--87829360	19	2.3	19	81	11	56	17	6	17	57	1.60
87830220--87830364	75	1.9	75	97	0	272	46	18	2	31	1.63
87834835--87834873	18	2.2	18	86	9	53	51	20	12	15	1.76
87840459--87840555	28	3.5	28	88	4	144	19	8	26	45	1.78
87842350--87842393	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
87856048--87856167	60	2.0	60	91	0	195	25	32	16	25	1.96
87865761--87865793	13	2.6	13	95	4	59	54	15	0	30	1.41
87868716--87868773	6	9.5	6	96	3	107	84	0	0	15	0.62
87868716--87868773	25	2.4	24	97	2	107	84	0	0	15	0.62
87868701--87868773	31	2.3	31	92	2	119	80	0	1	17	0.78
87875303--87875454	67	2.2	68	84	9	195	32	15	29	22	1.95
87880681--87880706	11	2.4	11	100	0	52	19	42	0	38	1.51
87898244--87898427	40	4.7	40	86	8	252	24	22	27	25	2.00
87898244--87898425	78	2.3	80	86	6	255	24	22	27	25	2.00
87902606--87902675	30	2.3	30	85	4	88	24	31	31	12	1.93
87902618--87902682	30	2.2	30	91	5	105	23	35	29	12	1.91
87911613--87911679	6	11.0	6	83	3	62	20	4	2	71	1.17
87911599--87911654	18	3.1	18	78	0	58	21	5	1	71	1.15
87911599--87911660	30	2.1	30	84	0	79	22	4	1	70	1.14
87925157--87925212	25	2.3	24	84	3	67	58	3	5	32	1.37
87931573--87931623	22	2.5	22	76	20	56	60	5	5	27	1.43
87931737--87931811	14	4.9	15	70	23	59	57	2	8	32	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87931818--87931855	17	2.2	17	86	9	51	65	0	2	31	1.06
87940045--87940082	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
87946243--87946465	47	4.7	47	87	3	293	28	30	8	33	1.86
87946243--87946465	96	2.3	94	85	3	293	28	30	8	33	1.86
87950037--87950308	40	6.8	40	87	0	391	25	28	22	23	1.99
87950037--87950308	80	3.4	80	94	0	454	25	28	22	23	1.99
87952436--87952658	47	4.7	47	87	3	293	28	30	8	33	1.86
87952436--87952658	96	2.3	94	85	3	293	28	30	8	33	1.86
87956231--87956502	40	6.8	40	87	0	382	25	28	22	23	1.99
87956231--87956502	80	3.4	80	93	0	445	25	28	22	23	1.99
87957682--87957750	28	2.5	28	90	2	104	21	10	26	42	1.84
87959371--87959408	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
87961620--87961825	40	5.2	40	81	3	209	24	25	23	26	2.00
87967779--87967846	28	2.5	28	88	4	95	22	10	25	42	1.84
87969451--87969488	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
87972619--87972760	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
87972658--87972786	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
87974905--87975088	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
87974945--87975133	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
87989221--87989382	39	4.2	39	91	0	261	22	19	33	24	1.97
87989221--87989413	39	4.9	39	87	0	251	22	21	32	23	1.98
87998277--87998458	39	4.6	39	87	3	231	21	30	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87998307--87998458	39	3.9	39	90	4	234	22	30	21	25	1.99
88000431--88000593	39	4.2	39	89	0	245	23	19	33	24	1.97
88000448--88000629	39	4.6	40	86	0	145	22	21	32	23	1.98
88004894--88005000	53	2.0	53	100	0	214	32	5	20	41	1.76
88005535--88005635	40	2.4	41	81	8	114	29	16	25	27	1.97
88007597--88007665	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
88008287--88008348	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
88008328--88008407	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
88008303--88008429	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
88008329--88008441	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
88008422--88008739	27	11.8	27	84	2	372	41	8	21	28	1.82
88008422--88008739	54	5.9	54	89	0	422	41	8	21	28	1.82
88008745--88008834	27	3.3	26	83	6	108	32	10	17	40	1.83
88008729--88008834	54	2.0	54	81	9	128	31	10	19	38	1.86
88008745--88008849	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
88011886--88011954	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
88012573--88012634	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
88012614--88012693	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
88012589--88012715	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
88012615--88012727	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
88012708--88013024	27	11.8	27	86	0	404	41	8	21	28	1.83
88013030--88013119	27	3.3	26	83	6	108	32	10	17	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88013014--88013119	54	2.0	54	81	9	128	31	10	19	38	1.86
88013030--88013134	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
88015788--88015938	53	2.9	53	87	2	218	31	20	20	27	1.98
88015788--88015938	27	5.8	26	89	3	207	31	20	20	27	1.98
88015988--88016034	20	2.3	20	89	7	69	34	17	12	36	1.87
88016070--88016119	25	2.0	25	88	0	73	28	22	22	28	1.99
88018211--88018314	27	3.9	27	87	0	145	32	18	21	27	1.96
88018311--88018643	27	12.4	27	80	5	264	41	19	7	30	1.80
88018862--88018984	41	3.0	41	90	0	201	22	21	28	26	1.99
88019127--88019196	25	2.8	25	80	0	86	17	14	27	41	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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