Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  328  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99734089--99734208
20
6.3
19
70
18
79
31
3
2
62
1.25
99734107--99734168
18
3.5
17
72
16
54
29
4
4
61
1.37
99734251--99734306
23
2.5
23
77
8
62
41
3
1
53
1.29
99734297--99734335
17
2.3
17
90
0
60
25
5
2
66
1.25
99737009--99737033
12
2.1
12
100
0
50
28
32
16
24
1.96
99739443--99739475
16
2.0
17
88
5
50
33
6
0
60
1.21
99739450--99739508
26
2.2
26
79
8
66
33
6
0
59
1.24
99741937--99742011
38
1.9
39
86
2
107
40
18
6
34
1.77
99741937--99742010
19
3.9
19
75
10
80
40
17
6
35
1.76
99742256--99742289
11
3.1
11
95
0
59
52
0
0
47
1.00
99743614--99743766
53
2.8
53
90
3
227
22
12
27
37
1.90
99744025--99744089
2
32.5
2
89
6
96
46
1
3
49
1.27
99744004--99744068
18
3.6
18
75
8
51
46
6
6
41
1.54
99744201--99744231
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
99745297--99745337
2
21.5
2
87
9
59
48
0
0
51
1.00
99752608--99752657
20
2.5
20
80
0
64
36
6
18
40
1.75
99760133--99760259
49
2.6
49
82
6
141
24
31
18
25
1.97
99760272--99760400
46
2.8
45
78
10
134
24
27
19
28
1.98
99762807--99762870
31
2.1
31
90
0
101
23
25
15
35
1.94
99763061--99763179
23
5.0
23
85
7
159
26
22
21
28
1.99
99763230--99763289
20
3.0
20
95
0
111
33
20
10
36
1.86
99763230--99763284
11
5.4
11
70
16
55
30
20
10
38
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99763332--99763379
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
99770881--99770945
31
2.1
31
91
0
103
23
24
15
36
1.93
99771136--99771254
24
5.0
24
89
5
170
26
22
21
28
1.99
99771136--99771254
47
2.5
48
89
5
170
26
22
21
28
1.99
99771305--99771364
20
3.0
20
95
0
111
33
20
10
36
1.86
99771305--99771359
11
5.4
11
70
16
55
30
20
10
38
1.87
99771407--99771454
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
99778117--99778176
20
3.0
20
95
0
111
33
20
10
36
1.86
99778117--99778171
11
5.4
11
70
16
55
30
20
10
38
1.87
99785738--99785800
31
2.1
31
90
3
101
23
23
15
36
1.94
99785991--99786109
24
5.0
24
89
5
170
26
22
21
28
1.99
99785991--99786109
47
2.5
48
89
5
170
26
22
21
28
1.99
99786160--99786219
20
3.0
20
95
0
111
33
20
10
36
1.86
99786160--99786214
11
5.4
11
70
16
55
30
20
10
38
1.87
99786262--99786309
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
99790833--99791014
46
4.0
46
90
1
240
39
14
24
21
1.90
99802406--99802463
26
2.3
26
82
11
77
24
12
1
62
1.39
99802930--99802965
16
2.2
16
95
0
63
30
19
2
47
1.64
99808835--99809010
46
3.8
46
78
10
205
21
21
28
28
1.98
99808832--99809003
93
1.8
93
93
0
299
22
21
28
27
1.99
99812777--99812905
55
2.4
54
83
7
154
15
25
33
25
1.95
99812777--99812923
55
2.7
53
78
8
143
14
26
33
25
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99819178--99819444
46
5.6
48
77
10
239
24
31
17
25
1.97
99819179--99819449
138
1.9
144
85
6
376
24
31
18
25
1.97
99819827--99819886
30
2.0
31
83
3
77
30
26
13
30
1.94
99824200--99824256
26
2.2
25
78
9
60
1
22
1
73
1.02
99824208--99824239
17
1.9
16
93
6
55
0
21
0
78
0.76
99824210--99824251
21
2.0
21
81
9
50
2
23
0
73
0.94
99824244--99824299
22
2.5
22
91
5
78
16
10
5
67
1.37
99827393--99827496
40
2.6
40
86
3
138
24
21
27
26
1.99
99827435--99827539
40
2.6
40
86
0
129
26
20
29
22
1.99
99829218--99829309
27
3.4
27
88
4
125
39
22
19
18
1.93
99832514--99832787
39
7.0
39
92
0
440
25
28
23
22
1.99
99839428--99839496
28
2.5
28
95
2
122
18
10
27
43
1.82
99841309--99841352
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
99843732--99843827
27
3.5
28
94
4
169
18
9
27
44
1.80
99845626--99845669
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
99848052--99848132
27
3.3
26
67
29
70
17
11
28
43
1.83
99848064--99848111
19
2.5
19
96
0
87
16
12
27
43
1.84
99848087--99848138
27
1.9
27
96
0
95
15
13
25
46
1.82
99849941--99849984
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
99850216--99850403
39
4.8
39
89
0
295
25
28
23
22
1.99
99859811--99859901
43
2.1
42
84
7
121
23
19
24
32
1.97
99861759--99861894
51
2.7
51
82
2
186
25
18
27
29
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99863590--99863627
13
2.9
13
85
11
51
23
0
21
55
1.44
99864897--99864974
15
4.8
16
69
19
54
6
21
2
69
1.24
99865010--99865035
5
5.2
5
100
0
52
61
0
0
38
0.96
99870886--99870917
12
2.7
12
100
0
64
28
25
25
21
1.99
99872372--99872446
30
2.5
30
93
6
127
28
24
2
45
1.67
99886872--99886905
16
2.1
16
100
0
68
29
38
5
26
1.80
99891238--99891346
26
4.2
26
92
2
184
34
4
22
37
1.75
99891238--99891346
51
2.1
52
94
1
193
34
4
22
37
1.75
99892957--99893068
27
4.2
27
82
5
120
16
23
23
36
1.94
99892955--99893068
54
2.1
54
87
4
160
16
22
23
36
1.94
99893130--99893169
19
2.0
22
85
14
59
17
2
47
32
1.61
99896137--99896243
26
4.2
25
93
4
180
33
4
24
37
1.76
99897839--99897976
27
5.2
27
85
4
156
18
22
23
35
1.96
99897839--99897972
53
2.5
53
84
6
155
19
22
22
35
1.96
99901640--99901769
49
2.7
49
80
7
165
20
26
22
30
1.98
99901881--99902000
46
2.6
46
85
9
156
23
25
21
30
1.99
99905741--99905986
49
5.0
49
80
3
294
29
25
18
27
1.98
99905741--99905986
100
2.5
99
83
2
323
29
25
18
27
1.98
99906233--99906286
27
2.0
27
85
0
72
38
14
7
38
1.75
99906589--99906668
30
2.7
29
90
1
124
33
22
3
40
1.72
99908291--99908324
17
2.0
17
100
0
68
11
11
23
52
1.70
99925277--99925329
13
4.1
13
87
0
79
16
33
30
18
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99929936--99930028
40
2.3
40
83
3
107
18
29
18
34
1.94
99929969--99930077
20
5.4
20
74
4
112
14
34
21
29
1.93
99929963--99930077
40
2.9
41
85
6
155
15
34
20
29
1.93
99937117--99937185
3
24.0
3
76
14
65
34
0
4
60
1.16
99937119--99937186
34
2.0
34
85
5
93
36
0
4
58
1.18
99937518--99937558
22
1.9
21
85
14
57
75
2
12
9
1.13
99939582--99939734
76
2.0
76
93
0
261
28
18
22
31
1.97
99944709--99944776
3
24.0
3
75
14
56
32
0
4
63
1.14
99944711--99944777
33
2.0
34
85
2
91
34
0
4
61
1.16
99947157--99947441
67
4.3
66
79
8
256
39
15
19
25
1.91
99947207--99947469
134
2.0
134
81
6
309
39
16
19
24
1.92
99950433--99950793
186
1.9
185
92
0
605
39
12
18
29
1.88
99956430--99956537
34
3.2
33
88
5
155
25
18
24
31
1.97
99968689--99968728
14
2.9
13
82
10
53
47
0
7
45
1.31
99969199--99969235
19
1.9
19
88
0
56
51
0
0
48
1.00
99972348--99972405
27
2.1
27
96
0
107
25
24
0
50
1.50
99976679--99976735
27
2.1
28
93
6
100
57
3
19
19
1.54
99987172--99987233
33
1.9
32
87
9
90
35
16
20
27
1.94
99987065--99987253
105
1.8
105
82
4
247
32
14
23
29
1.94
99987172--99987250
33
2.4
32
81
10
88
35
16
21
26
1.94
99988683--99989112
214
2.0
215
98
0
826
34
20
19
26
1.96
99992746--99992828
41
2.0
41
95
0
148
32
15
15
36
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99994954--99995062
45
2.4
45
90
1
175
27
29
16
26
1.97
99994942--99995156
45
4.7
47
79
9
155
25
30
17
26
1.97
99996805--99997000
105
1.9
102
82
5
241
33
15
23
26
1.95
99996805--99997023
105
2.1
102
80
4
233
33
15
24
26
1.95
99996942--99997020
33
2.4
32
81
6
95
35
13
24
26
1.93
99998491--99998515
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
99999294--99999324
11
2.8
11
100
0
62
38
0
25
35
1.56
100001111--100001137
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
100001362--100001460
36
2.8
36
87
1
146
12
10
37
40
1.76
100001549--100001590
2
21.5
2
90
4
68
47
2
0
50
1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378