genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  262  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78699340--78699442	29	3.6	28	80	5	109	27	26	16	30	1.97
78704571--78704737	48	3.5	48	80	8	157	25	29	16	29	1.96
78706913--78707003	44	2.1	44	87	0	128	50	10	8	29	1.68
78709101--78709144	17	2.3	18	81	18	54	65	4	4	25	1.30
78711475--78711553	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
78711428--78711699	47	5.7	47	95	0	427	29	30	7	32	1.85
78716529--78716626	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
78724207--78724304	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
78725859--78725947	42	2.1	42	80	0	97	34	25	12	26	1.92
78729410--78729605	48	4.0	48	94	2	329	36	6	26	31	1.81
78729417--78729608	98	2.0	98	96	0	357	36	6	26	31	1.81
78729759--78729862	37	2.8	37	83	2	120	25	16	28	28	1.97
78731122--78731563	40	11.1	40	90	0	659	24	20	28	26	1.99
78732725--78732769	20	2.3	18	82	14	54	2	20	2	75	1.01
78734659--78734781	47	2.6	47	81	6	142	29	17	29	23	1.97
78734818--78734990	49	3.6	49	81	3	190	26	20	28	23	1.99
78744205--78744281	40	1.9	40	86	5	111	35	35	15	14	1.88
78749061--78749234	49	3.5	49	83	1	231	31	28	15	24	1.96
78758377--78758415	14	2.8	14	80	11	53	23	0	0	76	0.78
78758377--78758430	24	2.2	24	78	15	58	25	0	1	72	0.95
78758687--78759005	88	3.7	85	72	7	273	26	25	17	30	1.97
78758739--78759564	177	4.7	177	88	2	1162	27	24	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78759190--78759276	44	2.0	45	88	6	133	29	28	11	29	1.92
78758745--78759530	353	2.2	354	89	0	1189	27	25	17	29	1.97
78760942--78761025	42	2.0	42	93	2	143	25	22	13	39	1.90
78768166--78768212	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
78774231--78774359	50	2.5	51	87	2	179	35	17	21	24	1.95
78774335--78774421	31	2.8	31	87	0	129	26	18	27	27	1.98
78774440--78774652	47	4.6	47	80	8	188	28	13	27	30	1.94
78774443--78774696	42	5.6	48	82	8	200	29	13	26	30	1.94
78774443--78774661	91	2.4	92	83	7	257	28	13	26	31	1.94
78777110--78777686	286	2.0	284	96	0	1064	38	9	17	34	1.81
78779776--78779904	50	2.5	50	90	5	197	34	17	23	24	1.96
78779880--78779966	31	2.8	31	89	0	129	25	19	27	27	1.99
78780035--78780206	49	3.7	47	84	8	196	29	14	26	29	1.95
78780127--78780219	42	2.2	42	90	3	143	31	13	26	27	1.94
78786510--78786628	47	2.5	48	86	5	161	28	22	20	28	1.98
78786524--78786628	24	4.4	24	91	3	158	27	22	20	29	1.98
78786678--78786738	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
78786781--78786828	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
78788006--78788091	27	3.2	27	72	0	82	29	6	25	38	1.82
78788070--78788468	27	14.8	27	86	1	514	40	8	23	28	1.84
78788419--78788669	27	9.3	27	82	3	213	32	8	20	38	1.84
78788097--78788541	54	8.3	54	81	5	157	38	9	22	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78788546--78788686	27	5.3	26	83	2	129	31	7	19	41	1.78
78790675--78790716	17	2.4	18	80	11	52	40	4	4	50	1.45
78795281--78795308	6	4.7	6	100	0	56	64	0	0	35	0.94
78806333--78806376	23	2.0	21	82	8	52	68	6	9	15	1.38
78816780--78816813	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
78821391--78821429	16	2.4	16	91	0	60	69	0	30	0	0.89
78823495--78823768	46	6.0	46	93	1	435	40	14	23	20	1.90
78823495--78823768	91	3.0	92	93	1	462	40	14	23	20	1.90
78823508--78823816	137	2.2	140	90	5	491	41	14	23	20	1.89
78823509--78823816	46	6.6	46	91	3	431	41	14	23	20	1.89
78827072--78827110	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
78827176--78827223	23	2.1	23	92	0	78	70	0	29	0	0.87
78829290--78829611	46	7.0	46	92	1	493	40	14	23	21	1.90
78829305--78829659	92	3.8	90	90	3	453	41	14	23	20	1.89
78833240--78833283	15	2.9	15	89	0	61	36	36	6	20	1.79
78834214--78834247	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
78835255--78835324	28	2.5	28	83	4	97	27	32	11	28	1.91
78849566--78849757	79	2.4	81	82	6	223	25	23	27	23	2.00
78849567--78849757	40	4.8	40	82	8	176	25	23	27	23	2.00
78851935--78852050	33	3.5	33	81	6	146	38	8	9	43	1.68
78851901--78852046	65	2.3	65	90	1	231	39	6	8	45	1.62
78851905--78852021	32	3.6	32	79	6	128	38	6	8	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78854396--78854424	14	2.1	14	100	0	58	62	0	0	37	0.96
78855033--78855157	10	13.4	9	66	18	60	67	1	3	28	1.15
78855062--78855159	28	3.5	28	77	10	96	66	1	3	29	1.13
78855053--78855106	18	3.1	17	80	15	56	64	0	1	33	1.04
78855062--78855159	27	3.5	28	73	10	85	66	1	3	29	1.13
78855342--78855421	20	4.2	20	74	20	73	26	5	1	67	1.18
78855552--78855753	90	2.2	90	82	6	241	39	9	17	33	1.82
78855552--78855788	89	2.6	88	75	16	209	37	8	18	35	1.81
78855998--78856105	56	1.9	57	81	9	132	34	8	15	41	1.77
78856547--78856598	25	2.1	23	82	10	59	63	3	17	15	1.45
78856614--78856645	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
78860580--78860627	16	3.1	15	85	8	60	25	8	10	56	1.61
78860594--78860627	16	2.2	16	94	5	61	29	5	11	52	1.61
78867862--78868106	45	5.4	45	78	11	218	25	18	13	42	1.87
78867956--78868025	21	3.2	20	67	25	52	24	17	10	48	1.77
78867898--78868151	45	5.7	44	83	3	249	23	19	14	42	1.89
78872830--78872996	43	3.9	44	76	9	123	28	20	23	28	1.99
78872848--78872996	43	3.5	42	80	8	140	28	20	24	27	1.99
78877457--78877603	43	3.4	43	78	5	163	27	15	25	31	1.96
78877457--78877619	86	1.9	85	81	3	193	27	15	25	31	1.96
78884749--78884795	21	2.2	21	96	0	85	46	27	8	17	1.76
78891405--78891474	28	2.5	28	85	0	86	35	8	8	47	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78892555--78892601	17	2.7	18	87	6	62	34	6	14	44	1.71
78896014--78896052	16	2.4	17	86	4	53	66	15	2	15	1.36
78896088--78896260	59	2.9	61	80	13	200	24	17	16	41	1.89
78896139--78896250	58	1.9	58	85	10	158	24	16	16	42	1.88
78900727--78900774	19	2.6	19	80	3	53	37	4	10	47	1.57
78900797--78900881	43	2.0	43	90	0	134	28	11	14	45	1.79
78904596--78904643	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
78908678--78908721	21	2.0	22	87	12	65	36	2	0	61	1.09
78908690--78908743	26	2.1	26	82	6	65	31	0	1	66	1.02
78910457--78910566	55	2.0	55	94	0	193	40	13	10	36	1.78
78921677--78921736	30	2.0	30	87	6	86	58	11	1	28	1.43
78926949--78927075	56	2.3	54	86	2	182	20	18	32	28	1.96
78928126--78928162	13	2.8	13	87	0	56	32	27	37	2	1.71
78934497--78934548	4	13.0	4	87	0	68	44	5	1	48	1.38
78935187--78935259	26	2.9	26	77	4	78	30	5	5	58	1.43
78935534--78935622	26	3.4	26	87	0	115	29	3	6	60	1.38
78939649--78939682	12	2.8	12	86	0	50	50	17	23	8	1.74
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78941654--78941807	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
78941658--78941840	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
78941658--78941875	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
78949699--78949885	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78949699--78949852	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
78949703--78949885	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
78949703--78949920	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
78954100--78954282	24	7.6	24	96	0	303	36	25	17	20	1.94
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78961819--78962001	24	7.6	24	96	0	303	36	25	17	20	1.94
78961797--78962001	48	4.3	47	90	3	275	35	24	17	22	1.95
78961797--78962001	72	2.8	72	91	1	304	35	24	17	22	1.95
78966691--78966879	47	4.1	47	94	1	319	30	10	31	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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