genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  100  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27448625--27448991	48	7.6	50	74	12	243	24	27	19	28	1.98
27451406--27451600	40	4.8	40	82	8	216	31	25	20	22	1.98
27451398--27451600	80	2.5	80	84	6	239	32	25	20	22	1.98
27453535--27453742	40	5.2	40	87	1	276	23	21	28	26	1.99
27453531--27453742	80	2.7	80	88	3	311	23	21	28	26	1.99
27459519--27459581	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
27459605--27459695	41	2.2	42	86	5	123	39	21	10	27	1.87
27459836--27459998	23	7.1	23	90	5	251	26	21	23	28	1.99
27460057--27460113	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
27460045--27460115	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
27460050--27460104	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
27460152--27460199	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
27461354--27461418	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
27461477--27461726	27	9.3	27	78	7	114	36	9	18	35	1.83
27461625--27462022	81	4.9	81	90	2	552	40	8	23	27	1.82
27461624--27462015	27	14.6	27	87	0	462	41	8	22	27	1.82
27462019--27462117	27	3.7	27	79	5	103	31	10	19	39	1.85
27462011--27462117	54	2.0	54	83	7	137	31	10	20	37	1.86
27462027--27462132	27	3.9	27	74	9	74	34	9	17	37	1.83
27464820--27464910	42	2.2	42	86	5	123	39	21	10	27	1.87
27465052--27465217	23	7.1	23	91	2	269	27	21	22	27	1.99
27465050--27465217	47	3.6	47	94	0	284	27	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27465052--27465219	70	2.4	71	92	2	277	27	21	23	27	1.99
27465276--27465332	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
27465264--27465334	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
27465269--27465323	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
27465371--27465420	25	2.0	25	92	0	82	26	14	24	36	1.93
27466576--27466640	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
27466699--27466950	27	9.3	27	77	9	109	36	9	18	35	1.82
27466848--27467158	27	11.6	27	87	0	345	41	7	22	28	1.81
27467144--27467260	27	4.3	27	78	4	103	30	9	20	39	1.84
27467142--27467265	54	2.3	54	79	6	144	31	9	20	37	1.85
27467170--27467275	27	3.9	27	74	9	74	34	9	17	37	1.83
27471515--27471637	48	2.6	47	80	13	123	21	29	18	30	1.97
27474724--27474795	33	2.2	33	87	7	103	25	0	13	61	1.33
27474988--27475047	31	2.0	30	86	3	84	56	3	1	38	1.26
27475031--27475064	16	2.1	16	88	0	50	67	5	0	26	1.13
27477160--27477195	14	2.5	15	86	9	56	27	0	0	72	0.85
27481544--27481614	26	2.7	26	89	6	99	25	30	8	35	1.86
27483671--27483702	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
27484010--27484346	180	1.9	180	87	0	494	38	9	19	32	1.83
27486313--27486471	43	3.7	43	76	10	164	23	16	27	32	1.96
27489770--27490035	80	3.4	80	88	4	353	25	22	26	25	2.00
27489770--27489996	40	5.7	40	89	4	361	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27497612--27497759	40	3.7	40	84	5	201	26	22	27	24	2.00
27497616--27497792	79	2.2	79	82	5	198	26	22	27	23	2.00
27500991--27501247	40	6.4	40	85	2	293	25	21	25	27	2.00
27514669--27514835	40	4.2	40	82	2	176	25	26	22	26	2.00
27522637--27522803	40	4.2	40	82	2	176	25	26	22	26	2.00
27527959--27528037	23	3.4	23	80	5	79	34	16	27	21	1.95
27537975--27538049	37	2.0	37	100	0	150	33	5	18	42	1.73
27539934--27540054	24	5.0	24	98	0	233	17	16	28	38	1.91
27539934--27540075	72	2.0	72	90	2	223	19	16	26	36	1.94
27549388--27549543	40	3.9	40	91	0	251	26	22	28	23	1.99
27560161--27560381	40	5.6	40	88	2	304	27	24	26	21	1.99
27563247--27563509	39	6.7	39	87	0	382	20	21	28	30	1.98
27566847--27566958	56	2.0	56	80	3	127	26	25	20	27	1.99
27574992--27575031	20	2.0	20	85	9	55	42	0	22	35	1.54
27575494--27575609	47	2.4	48	87	5	164	28	19	28	23	1.98
27579510--27579560	23	2.2	23	100	0	102	17	33	29	19	1.95
27582725--27582895	43	4.0	43	74	11	127	32	24	17	25	1.97
27582725--27582859	43	3.1	44	76	12	129	31	23	19	25	1.98
27585554--27585592	19	2.1	19	100	0	78	38	20	10	30	1.86
27587050--27587124	18	4.1	18	68	13	55	52	14	13	20	1.75
27587049--27587119	24	2.9	24	78	14	74	49	15	14	21	1.79
27587243--27587302	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27587638--27587882	27	9.1	27	84	0	285	40	7	22	29	1.81
27587638--27587882	81	3.0	81	87	2	359	40	7	22	29	1.81
27587638--27587882	54	4.6	54	88	0	357	40	7	22	29	1.81
27587892--27587956	27	2.4	27	86	0	94	32	10	18	38	1.85
27587866--27588140	81	3.4	81	83	5	308	32	7	20	40	1.80
27587935--27588140	27	7.6	27	88	2	261	32	6	19	41	1.78
27587891--27588140	54	4.6	54	84	3	270	32	7	20	40	1.80
27587935--27588140	81	2.5	81	91	1	315	32	6	19	41	1.78
27588009--27588156	27	5.5	27	86	0	100	34	6	19	39	1.78
27588986--27589101	48	2.4	48	84	5	146	26	21	31	20	1.98
27592994--27593244	38	6.5	39	89	4	368	19	22	28	29	1.98
27592994--27593244	115	2.2	114	88	5	362	19	22	28	29	1.98
27599439--27599615	39	4.5	39	89	2	239	19	22	28	29	1.98
27599406--27599615	78	2.7	77	82	7	237	20	23	29	27	1.99
27607467--27607500	16	2.1	16	100	0	68	32	17	11	38	1.86
27612072--27612234	42	3.9	42	77	4	168	29	14	27	28	1.95
27612081--27612234	84	1.8	84	85	2	220	29	15	27	27	1.96
27615778--27616118	27	12.7	27	76	9	245	40	19	8	30	1.82
27615802--27616120	161	2.0	161	93	0	539	39	19	9	31	1.84
27615831--27616120	27	10.8	27	78	6	286	40	18	9	31	1.83
27615778--27616118	54	6.4	53	80	3	344	40	19	8	30	1.82
27616075--27616565	27	18.2	27	85	3	542	38	17	17	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27616075--27616590	54	9.6	54	86	3	601	37	16	18	27	1.92
27616818--27616897	27	3.0	26	88	3	106	20	22	21	36	1.95
27616952--27617186	98	2.4	97	86	0	308	20	18	27	34	1.96
27617217--27617282	27	2.4	27	85	5	80	22	25	16	34	1.95
27619483--27619822	27	12.7	26	77	9	269	40	19	9	30	1.83
27619478--27619847	54	6.9	54	79	6	317	40	18	9	31	1.83
27619506--27619820	161	2.0	160	89	0	477	40	18	9	31	1.83
27619806--27620268	27	17.2	27	82	2	493	37	18	17	26	1.93
27619535--27619821	134	2.1	134	82	3	319	40	18	9	31	1.83
27619508--27619874	161	2.3	160	83	7	440	40	17	10	30	1.83
27620520--27620602	27	3.1	26	84	5	103	20	21	20	37	1.95
27620724--27620771	20	2.4	20	82	0	60	14	18	29	37	1.91
27620653--27620889	98	2.4	98	92	0	384	18	19	27	33	1.96
27620829--27620869	20	2.0	20	90	0	64	12	17	31	39	1.86
27621911--27622023	56	2.0	56	86	3	156	37	14	28	20	1.91
27626288--27626357	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
27634211--27634280	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
27643157--27643249	24	3.9	24	91	0	141	37	3	37	21	1.70
27644873--27644953	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
27644873--27644963	32	2.8	31	72	9	74	26	18	26	28	1.98
27645916--27646520	303	2.0	303	100	0	1210	35	29	9	26	1.87
27648141--27648286	27	5.4	27	86	1	98	29	13	17	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27648158--27648632	27	17.6	27	82	6	360	31	10	19	37	1.87
27648949--27649005	28	2.0	28	86	0	78	26	35	17	21	1.95
27654073--27654116	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
27655554--27655582	13	2.2	13	100	0	58	27	31	27	13	1.94
27664705--27664888	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
27664745--27664933	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
27668700--27668814	43	2.7	43	77	6	144	24	17	26	32	1.97
27673876--27674026	43	3.5	44	80	4	182	27	14	23	33	1.94
27687084--27687167	29	3.0	28	85	5	80	27	28	13	30	1.94
27687104--27687171	29	2.4	29	92	2	111	26	29	16	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378