Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  353  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106028074--106028177
34
2.9
35
74
20
108
35
2
2
58
1.28
106028074--106028180
37
3.0
36
77
10
123
35
2
2
58
1.27
106028376--106028437
7
9.1
7
74
11
58
53
0
0
46
1.00
106028380--106028443
21
3.1
21
80
4
69
46
0
0
53
1.00
106028440--106028473
16
2.2
16
89
5
52
5
2
8
82
0.93
106028579--106028643
26
2.5
26
87
5
87
50
4
1
43
1.32
106029939--106029998
8
7.5
8
81
7
59
63
3
3
30
1.27
106029950--106029998
24
2.1
22
88
7
71
63
4
2
30
1.24
106030152--106030220
25
2.9
24
81
8
79
57
5
5
30
1.45
106030317--106030362
25
1.9
25
86
8
69
60
0
4
34
1.16
106030648--106030686
16
2.4
16
86
0
51
43
28
5
23
1.75
106030844--106030942
30
3.3
30
94
0
180
17
6
50
26
1.69
106031718--106032164
92
4.9
93
81
11
358
37
17
17
27
1.93
106031617--106032164
87
6.0
92
78
11
431
37
17
16
27
1.92
106031968--106032000
14
2.4
14
94
0
57
63
6
12
18
1.48
106032077--106032510
73
5.9
73
87
4
581
32
20
16
30
1.95
106032071--106032530
148
3.1
146
88
2
649
33
19
16
30
1.94
106032698--106032742
13
3.4
13
87
6
72
68
6
11
13
1.37
106032521--106032830
100
3.1
100
86
4
403
41
18
17
22
1.89
106032711--106032886
90
2.0
87
85
5
237
37
21
18
23
1.94
106038416--106038464
20
2.4
21
96
3
91
30
4
14
51
1.61
106039290--106039328
21
1.9
20
89
5
60
64
10
2
23
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106039357--106039419
24
2.5
24
82
10
65
55
4
3
36
1.37
106039863--106039922
3
20.0
3
100
0
120
66
0
0
33
0.92
106040546--106040583
12
3.2
12
78
14
51
84
5
10
0
0.77
106044457--106044508
8
6.5
8
78
8
52
63
1
3
30
1.23
106044461--106044508
16
3.1
15
87
6
60
62
2
4
31
1.26
106044662--106044807
25
5.8
25
73
11
93
56
4
8
30
1.50
106044663--106044853
25
8.0
22
68
18
71
55
4
7
32
1.48
106050570--106050692
34
3.6
33
81
10
133
59
3
0
37
1.14
106050574--106050613
21
1.9
21
85
10
55
67
0
0
32
0.91
106050603--106050647
22
2.1
22
84
12
58
60
4
0
35
1.17
106050570--106050705
69
2.0
67
82
5
166
58
2
0
38
1.13
106050903--106051011
34
3.1
35
75
10
100
58
5
1
33
1.32
106050903--106050991
36
2.5
36
81
3
101
58
5
2
33
1.34
106051078--106051131
13
4.3
13
72
13
51
75
3
5
14
1.12
106051108--106051171
19
3.4
18
72
18
58
78
1
7
12
1.03
106051252--106051299
21
2.4
19
83
13
60
70
0
8
20
1.12
106051351--106051377
14
1.9
14
100
0
54
55
0
0
44
0.99
106051356--106051491
36
3.9
33
73
13
105
57
2
1
38
1.23
106051537--106051599
9
6.9
9
73
8
56
79
3
3
14
0.98
106051621--106051676
22
2.5
23
80
11
64
78
1
8
10
1.03
106051626--106051675
17
2.9
16
77
11
55
80
2
10
8
0.99
106054886--106054947
21
3.0
21
77
13
65
38
8
22
30
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106066823--106066867
20
2.1
22
84
8
58
71
8
13
6
1.31
106067838--106067916
27
2.9
27
90
0
122
17
3
27
50
1.63
106067889--106067934
23
2.0
23
95
0
83
8
4
32
54
1.51
106068736--106068770
18
1.9
18
88
11
54
42
0
5
51
1.25
106073901--106073945
9
5.1
9
78
21
51
44
0
0
55
0.99
106073899--106073950
13
3.7
14
78
21
56
44
0
0
55
0.99
106073940--106073990
22
2.2
24
86
6
70
39
0
5
54
1.24
106075299--106075350
27
1.9
27
92
0
86
11
3
32
51
1.56
106075323--106075368
23
2.0
23
100
0
92
8
4
34
52
1.52
106079546--106079651
54
1.9
55
81
5
126
39
19
14
26
1.90
106079631--106079664
13
2.5
13
90
4
50
58
8
11
20
1.59
106079718--106079752
14
2.5
14
90
0
52
54
2
22
20
1.58
106079600--106079796
87
2.3
86
86
6
265
34
23
17
24
1.96
106079823--106079849
14
1.9
14
100
0
54
51
7
14
25
1.68
106079827--106079994
88
1.9
88
88
2
257
34
19
19
27
1.95
106080013--106080361
74
4.9
71
80
7
377
33
22
15
28
1.95
106080060--106080361
146
2.1
141
85
4
390
32
22
16
28
1.96
106099732--106099819
45
2.0
44
93
2
149
39
7
3
48
1.49
106100507--106100549
2
21.5
2
100
0
86
51
0
0
48
1.00
106101305--106101412
26
4.2
26
92
2
173
33
7
23
36
1.83
106108071--106108177
26
4.2
26
90
1
171
33
7
22
36
1.82
106112502--106112533
15
2.1
16
94
5
57
21
0
6
71
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106114958--106115010
2
26.5
2
100
0
106
50
0
0
49
1.00
106116508--106116567
26
2.3
27
82
2
77
61
8
5
25
1.44
106116805--106116882
27
2.9
25
79
9
84
51
7
7
33
1.59
106116871--106116901
15
2.1
15
93
0
53
58
0
9
32
1.31
106117325--106117599
129
2.1
131
98
1
536
52
5
7
34
1.53
106117523--106117595
12
6.2
11
76
13
58
54
5
2
36
1.38
106117325--106117689
129
2.8
129
88
6
402
52
5
7
34
1.53
106118903--106118961
26
2.3
25
80
13
66
11
0
40
47
1.40
106120629--106120674
23
2.0
23
91
0
74
43
4
0
52
1.21
106120658--106120701
18
2.5
17
78
10
52
52
4
2
40
1.34
106120634--106120688
23
2.3
23
84
3
65
50
3
1
43
1.30
106126126--106126272
73
2.0
73
98
0
285
29
21
8
40
1.84
106131768--106131807
21
2.0
21
85
5
55
15
22
20
42
1.88
106132091--106132123
17
2.1
16
88
11
50
33
0
6
60
1.21
106139488--106139516
4
7.2
4
100
0
58
75
0
24
0
0.80
106140320--106140360
20
2.0
20
100
0
82
19
14
19
46
1.84
106141745--106141916
75
2.4
75
82
8
196
32
11
23
32
1.90
106141748--106141912
35
4.5
36
84
8
174
32
11
23
32
1.90
106141844--106141914
36
2.0
35
88
2
106
33
14
21
30
1.92
106145445--106145542
47
2.0
48
81
11
112
29
2
2
66
1.14
106156136--106156171
12
2.9
12
91
4
54
55
0
19
25
1.43
106156847--106157030
33
5.7
33
74
8
119
21
20
14
43
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106156820--106157022
97
2.2
92
83
6
246
19
20
15
44
1.87
106156845--106157030
64
2.9
64
76
3
158
20
20
15
43
1.87
106161532--106161600
32
2.2
32
94
5
122
20
21
37
20
1.94
106161540--106161620
32
2.6
32
84
7
96
19
25
37
17
1.94
106162796--106162842
11
4.3
11
78
10
51
53
0
4
42
1.20
106176841--106176871
16
1.9
16
93
0
53
54
3
6
35
1.42
106180240--106180266
7
3.9
7
100
0
54
0
29
0
70
0.88
106181354--106181451
52
1.9
51
83
4
126
39
10
5
44
1.60
106181369--106181470
52
2.0
52
84
3
134
38
11
3
46
1.59
106182940--106182977
19
2.0
19
100
0
76
47
15
10
26
1.78
106189765--106189795
15
2.1
15
93
0
53
45
3
9
41
1.53
106202239--106202263
13
1.9
13
100
0
50
96
0
4
0
0.24
106202238--106202264
14
1.9
14
100
0
54
96
0
3
0
0.23
106202237--106202267
15
2.1
15
100
0
62
93
0
6
0
0.35
106203658--106203708
24
2.2
23
85
3
66
64
1
7
25
1.31
106204839--106204904
31
2.1
31
91
0
105
48
22
10
18
1.78
106205600--106205628
13
2.1
14
93
6
51
55
10
0
34
1.34
106210668--106210788
9
13.4
9
70
14
63
37
0
15
46
1.52
106210668--106210775
47
2.4
43
82
11
153
36
0
15
47
1.52
106210685--106210778
47
2.0
47
95
0
170
37
1
14
46
1.52
106211058--106211523
105
4.4
105
91
3
767
54
4
5
35
1.41
106211058--106211523
215
2.2
209
93
3
774
54
4
5
35
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106214250--106214326
21
3.6
21
68
26
54
49
31
0
19
1.49
106214231--106214304
14
5.3
14
71
19
57
47
35
0
17
1.48
106214523--106214570
15
3.3
15
82
5
62
45
35
0
18
1.50
106214526--106214632
22
5.0
21
70
18
69
45
31
0
21
1.58
106214594--106214632
7
5.7
7
81
6
53
48
35
0
15
1.45
106214751--106214830
14
5.6
13
72
15
52
46
36
0
17
1.49
106214822--106214869
25
1.9
25
83
8
62
37
43
0
18
1.51
106215246--106215500
75
3.4
75
78
5
232
31
19
21
28
1.97
106218580--106218615
16
2.3
15
86
9
54
50
0
0
50
1.00
106219503--106219551
24
2.0
25
88
4
73
22
12
8
57
1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378