genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.149.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  149  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42733401--42733570	92	1.8	92	94	0	304	28	28	21	21	1.99
42733396--42733567	46	3.7	46	79	11	208	29	27	21	22	1.99
42733398--42733586	46	4.1	46	72	20	144	28	28	21	22	1.99
42735057--42735401	50	6.9	50	75	3	325	27	18	24	28	1.98
42735058--42735239	101	1.8	100	85	4	258	28	16	24	30	1.96
42735056--42735401	151	2.3	150	87	3	498	27	18	24	28	1.98
42735221--42735414	101	1.9	101	89	0	298	26	21	24	26	1.99
42735582--42735613	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
42739945--42740016	37	1.9	37	97	0	135	27	19	20	31	1.97
42740052--42740102	26	2.0	26	100	0	102	43	15	11	29	1.82
42741813--42741939	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
42741829--42741979	40	3.8	40	77	6	137	23	26	23	26	2.00
42741829--42741978	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	26	2.00
42747984--42748240	44	5.7	44	79	8	250	25	28	15	29	1.96
42747986--42748240	46	5.6	46	81	5	229	25	28	16	29	1.96
42753028--42753229	40	5.1	40	85	1	253	28	28	20	23	1.99
42753983--42754022	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
42761151--42761337	40	4.7	40	89	2	261	25	28	21	24	1.99
42761131--42761341	79	2.7	78	88	3	305	27	27	21	24	1.99
42766120--42766151	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
42768080--42768142	27	2.3	27	86	0	90	39	22	17	20	1.92
42768204--42768250	23	2.0	23	84	15	62	25	12	19	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42768515--42768570	18	3.1	18	82	10	78	21	21	19	37	1.94
42770333--42770494	71	2.3	69	97	2	306	34	17	28	19	1.95
42777859--42778022	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
42784910--42785128	40	5.4	40	85	2	251	26	22	26	25	2.00
42784910--42785128	120	1.8	121	84	3	298	26	22	26	25	2.00
42787646--42787712	33	2.0	33	97	0	125	29	14	25	29	1.95
42792841--42792972	46	2.8	46	83	4	158	28	15	30	25	1.96
42792823--42792979	46	3.4	45	73	11	129	29	17	27	26	1.97
42793027--42793116	47	1.9	47	95	0	162	28	18	30	22	1.97
42801959--42801992	10	3.3	10	88	8	50	58	14	20	5	1.57
42816923--42816977	22	2.5	22	87	0	74	29	20	25	25	1.99
42829530--42829567	6	6.3	6	100	0	76	52	0	0	47	1.00
42840819--42840963	40	3.6	40	84	4	184	26	24	25	23	2.00
42848117--42848144	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
42848853--42848997	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
42851166--42851375	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
42859300--42859509	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
42866362--42866500	38	3.6	39	85	3	185	37	23	18	20	1.94
42866329--42866512	76	2.4	78	80	7	205	35	25	19	19	1.95
42866077--42867030	490	1.9	490	93	0	1638	35	22	14	26	1.93
42866820--42867009	38	4.9	38	83	6	204	34	25	20	18	1.96
42866819--42867002	76	2.4	78	83	7	241	34	26	20	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42873538--42873727	38	4.9	38	84	3	220	33	26	21	18	1.96
42894514--42894671	68	2.3	68	96	0	289	24	29	14	31	1.94
42899687--42899832	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
42899719--42899870	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
42902139--42902178	19	2.1	19	100	0	80	42	37	10	10	1.72
42911512--42911656	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
42916933--42916987	11	5.4	11	75	16	64	34	10	20	34	1.87
42916933--42916987	20	2.8	20	100	0	110	34	10	20	34	1.87
42917033--42917105	27	2.9	25	86	9	103	27	26	21	24	2.00
42917035--42917118	24	3.4	24	85	9	98	29	22	22	25	1.99
42917327--42917417	38	2.7	31	77	22	112	35	16	24	24	1.95
42921604--42921683	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
42928045--42928092	25	1.9	25	82	0	60	35	20	14	29	1.93
42928128--42928194	20	3.3	20	95	4	118	35	10	19	34	1.86
42928139--42928194	11	5.5	11	75	16	66	35	10	19	33	1.87
42928128--42928208	40	2.0	39	84	13	103	35	11	18	34	1.86
42928242--42928349	50	2.2	49	86	8	148	28	21	22	27	1.99
42928242--42928349	25	4.4	24	86	5	128	28	21	22	27	1.99
42928557--42928620	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
42928577--42928659	38	2.2	38	89	4	123	38	13	22	25	1.91
42930491--42930573	44	1.9	43	85	7	114	24	16	25	33	1.96
42937397--42937540	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42937398--42937580	78	2.3	79	89	1	269	24	22	29	22	1.99
42945421--42945563	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
42945422--42945603	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
42949534--42949708	46	3.8	45	77	10	183	29	28	20	22	1.98
42949542--42949713	93	1.8	93	90	2	274	28	29	20	22	1.98
42955909--42955940	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
42963812--42964077	47	5.7	48	80	10	259	27	19	30	22	1.98
42963812--42964077	140	1.9	141	86	5	387	27	19	30	22	1.98
42967933--42968182	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
42976106--42976356	40	6.3	40	90	1	387	25	23	29	21	1.99
42983885--42984472	293	2.0	293	100	0	1176	32	16	12	38	1.86
42987809--42987843	15	2.3	15	90	0	52	22	17	8	51	1.72
42990381--42990420	16	2.4	16	91	4	62	77	10	0	12	0.99
42995578--42995687	40	2.8	40	98	0	211	24	27	28	20	1.99
43003646--43003755	40	2.8	40	98	0	211	24	27	28	20	1.99
43003601--43003755	40	3.9	40	87	1	204	25	25	27	21	2.00
43007032--43007253	46	4.8	46	80	7	261	19	20	30	29	1.97
43012655--43012836	39	4.6	39	87	0	229	23	21	30	24	1.99
43033025--43033093	17	4.2	17	76	12	56	20	4	1	73	1.07
43033042--43033080	21	1.9	21	89	5	62	15	0	2	82	0.79
43033035--43033080	13	3.5	13	82	8	58	15	2	2	80	0.91
43040531--43040702	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43040523--43040698	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
43043080--43043168	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
43043080--43043159	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
43043091--43043168	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
43046106--43046277	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
43046098--43046273	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
43060688--43060836	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
43060729--43060836	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
43074005--43074219	40	5.5	39	81	9	199	23	26	23	26	2.00
43074031--43074220	77	2.4	79	82	6	231	24	26	23	26	2.00
43074032--43074220	40	4.8	40	85	4	222	24	26	23	25	2.00
43082081--43082275	40	4.8	40	86	1	239	26	27	22	24	1.99
43086030--43086131	20	5.0	20	78	10	82	34	6	10	48	1.65
43086031--43086131	40	2.5	41	79	9	109	33	6	10	48	1.65
43095650--43095682	16	2.1	16	94	0	57	21	6	30	42	1.77
43097813--43097847	16	2.3	15	95	5	61	5	20	17	57	1.60
43101826--43102031	46	4.4	47	78	8	185	28	18	29	23	1.98
43101826--43102234	47	8.7	47	72	16	205	27	18	29	25	1.98
43103691--43103747	25	2.3	26	79	14	66	36	28	14	21	1.92
43109665--43109822	43	3.7	42	75	7	131	31	25	18	23	1.98
43110283--43110312	13	2.3	13	100	0	60	23	6	13	56	1.60
43111068--43111107	20	2.0	20	90	0	62	45	17	22	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43113404--43113521	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
43113427--43113521	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
43113713--43113855	24	6.0	24	90	4	200	27	22	21	28	1.99
43113713--43113854	47	3.0	48	88	5	198	27	22	21	28	1.99
43113906--43113965	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
43115214--43115278	27	2.4	27	84	5	87	20	23	21	35	1.96
43115332--43115498	27	6.1	27	72	8	104	32	8	18	40	1.81
43115338--43115615	27	10.2	27	79	8	98	34	8	20	35	1.84
43115486--43115777	27	10.8	27	86	3	338	40	7	23	28	1.81
43115486--43115777	81	3.6	80	90	2	392	40	7	23	28	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378