genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  102  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30103254--30103640	191	2.0	195	86	3	548	36	15	17	30	1.91
30106154--30106212	30	1.9	31	82	3	75	47	1	22	28	1.61
30106444--30106482	12	3.3	12	82	7	53	35	0	2	61	1.10
30107699--30107736	20	2.0	20	89	5	60	57	0	13	28	1.36
30120108--30120139	5	6.2	5	96	3	55	59	0	18	21	1.38
30122664--30122707	11	3.9	11	79	5	52	36	0	4	59	1.18
30127371--30127462	29	3.2	29	87	7	127	30	30	14	25	1.94
30131238--30131284	10	4.6	10	82	12	60	36	0	2	61	1.08
30132301--30132329	15	1.9	15	100	0	58	27	34	13	24	1.93
30135964--30136004	16	2.6	15	84	7	55	48	2	0	48	1.14
30140574--30140600	12	2.2	12	100	0	54	48	0	44	7	1.31
30140844--30141025	78	2.3	79	84	6	235	24	21	28	25	1.99
30140846--30141028	40	4.6	39	80	10	212	24	21	28	25	1.99
30143395--30143443	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
30144268--30144434	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
30157038--30157262	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.89
30157257--30157386	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
30157219--30157386	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
30163234--30163476	50	4.8	50	77	3	254	26	20	25	27	1.99
30163235--30163416	101	1.8	101	87	2	276	26	19	24	29	1.98
30163677--30163708	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
30166935--30167039	40	2.6	40	79	4	113	37	25	13	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30169404--30169571	46	3.6	45	75	10	160	21	19	28	30	1.98
30169401--30169572	93	1.8	93	89	0	272	21	19	29	29	1.98
30176665--30176691	8	3.4	8	100	0	54	37	0	25	37	1.57
30176692--30176724	10	3.3	10	95	0	57	21	30	21	27	1.98
30179960--30180057	40	2.5	40	81	5	117	34	28	14	22	1.93
30181993--30182050	28	2.1	28	80	6	64	44	13	3	37	1.61
30188409--30188855	54	8.3	53	75	8	280	39	20	8	31	1.83
30188409--30188854	27	16.6	27	72	10	234	39	20	8	30	1.83
30188409--30188854	81	5.5	79	73	8	292	39	20	8	30	1.83
30188887--30188947	27	2.3	27	80	5	70	36	18	24	21	1.95
30189750--30189819	25	2.8	25	86	0	95	27	25	21	25	1.99
30189750--30189832	25	3.4	25	84	1	87	30	22	21	25	1.99
30198318--30198494	49	3.6	49	99	0	336	29	9	31	30	1.88
30198481--30198511	15	2.1	15	100	0	62	19	32	35	12	1.90
30198432--30198560	64	2.0	64	96	0	240	27	14	32	25	1.95
30198655--30198741	37	2.3	36	92	5	138	19	19	34	26	1.96
30215055--30215100	10	4.5	10	86	5	65	13	23	21	41	1.88
30215045--30215090	20	2.2	21	88	3	67	15	23	21	39	1.92
30215052--30215104	21	2.6	21	91	5	83	13	20	20	45	1.84
30215319--30215349	15	2.1	15	93	0	53	29	0	3	67	1.06
30224343--30224493	40	3.8	39	78	10	128	22	26	23	27	2.00
30224343--30224492	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30232326--30232476	40	3.8	39	78	10	128	22	26	23	27	2.00
30232326--30232475	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
30235521--30235579	30	2.0	30	89	0	91	40	8	25	25	1.83
30243034--30243200	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
30251027--30251193	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
30257560--30257662	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
30265593--30265695	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
30270513--30270541	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
30271929--30272048	51	2.4	51	85	2	161	25	21	11	40	1.87
30272885--30272934	16	3.1	16	85	2	64	56	0	0	44	0.99
30279628--30279746	51	2.3	50	88	2	166	27	21	10	40	1.85
30280605--30280654	16	3.1	16	79	2	55	58	0	0	42	0.98
30298950--30299079	40	3.2	40	78	6	147	23	24	27	24	2.00
30304864--30304936	32	2.3	32	76	9	78	38	19	17	24	1.93
30304909--30304970	27	2.3	27	85	0	79	43	16	16	24	1.87
30306281--30306503	40	5.6	40	81	9	276	25	26	23	23	2.00
30312379--30312448	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
30312379--30312460	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
30320258--30320399	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
30320297--30320425	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
30328255--30328421	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
30331626--30331666	9	4.7	9	84	3	57	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30331625--30331668	13	3.3	13	83	3	52	47	0	2	50	1.13
30332955--30333088	51	2.6	52	86	6	193	27	14	29	28	1.96
30335985--30336023	14	2.8	14	80	0	51	33	12	25	28	1.93
30336608--30336663	18	2.9	19	73	26	55	51	0	0	48	1.00
30341057--30341125	28	2.5	28	87	0	93	36	18	14	30	1.91
30346835--30347012	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
30349265--30349582	93	3.4	93	82	10	343	28	29	21	21	1.98
30349265--30349573	139	2.2	139	97	0	582	28	29	21	20	1.98
30349265--30349579	46	6.8	47	79	13	368	28	29	21	20	1.98
30351957--30352045	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
30351957--30352036	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
30351968--30352045	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
30354989--30355302	46	6.8	46	80	12	374	28	29	21	21	1.98
30354989--30355306	93	3.4	93	82	9	350	27	29	21	21	1.98
30354989--30355302	139	2.3	139	97	0	592	28	29	21	21	1.98
30358801--30358879	32	2.5	32	83	4	97	15	35	27	21	1.93
30361821--30361919	39	2.5	39	85	1	135	22	27	23	27	1.99
30361788--30361972	79	2.3	81	81	9	211	23	27	24	24	2.00
30361781--30361972	40	4.8	40	77	6	167	23	28	23	24	2.00
30369970--30370147	49	3.7	49	82	6	220	23	29	20	26	1.99
30369974--30370158	98	1.9	97	87	5	275	23	29	18	28	1.98
30370077--30370196	46	2.5	48	89	2	172	27	29	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30370832--30370874	20	2.3	18	81	14	52	37	20	0	41	1.53
30371742--30371790	22	2.2	22	96	0	89	36	24	10	28	1.88
30372094--30372140	22	2.1	23	84	11	62	53	0	6	40	1.27
30372252--30372278	12	2.2	12	100	0	54	92	0	7	0	0.38
30378254--30378299	18	2.6	18	82	3	58	52	0	6	41	1.27
30378918--30378970	20	2.8	19	80	5	63	32	0	1	66	1.03
30378918--30378971	9	5.7	9	79	12	63	31	0	1	66	1.02
30380879--30380935	11	5.1	11	78	2	60	33	1	1	63	1.15
30381632--30381659	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
30391082--30391189	40	2.7	40	86	2	155	25	21	26	26	1.99
30391082--30391255	80	2.2	80	82	5	199	25	22	26	25	2.00
30399201--30399371	40	4.3	40	80	3	186	25	21	26	25	2.00
30399201--30399371	79	2.2	79	84	4	211	25	21	26	25	2.00
30408932--30408998	33	2.0	33	100	0	134	41	8	14	34	1.78
30409291--30409332	17	2.5	17	92	0	66	50	7	2	40	1.43
30409719--30409835	52	2.2	52	79	7	130	62	4	7	25	1.41
30411584--30411893	44	7.0	44	78	1	269	29	20	16	33	1.95
30411594--30411882	89	3.3	89	80	2	314	29	21	15	33	1.94
30428250--30428420	43	4.0	43	87	1	236	22	31	21	24	1.98
30429195--30429326	70	1.9	70	88	0	201	38	20	10	30	1.86
30433960--30434025	31	2.1	31	88	0	96	51	19	7	21	1.71
30438284--30438571	9	32.1	9	66	16	107	37	2	13	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30438287--30438346	16	3.7	15	82	10	66	35	1	16	46	1.57
30438366--30438396	16	1.9	16	93	0	53	35	3	12	48	1.58
30438318--30438493	46	3.8	46	90	1	271	36	3	12	47	1.58
30438428--30438535	30	3.5	29	70	16	92	38	3	11	46	1.57
30438412--30438568	63	2.5	64	86	4	212	37	2	12	47	1.56
30438521--30438574	16	3.2	16	90	10	90	35	0	16	48	1.47
30439812--30439886	25	3.0	25	90	0	105	32	17	38	12	1.86
30443071--30443133	7	8.4	7	75	18	56	42	36	1	19	1.61
30443068--30443136	22	3.1	22	78	12	63	42	36	1	20	1.61
30443072--30443131	15	3.9	15	76	10	68	41	36	1	20	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410