genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  13  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3339106--3339156	26	2.0	25	85	11	68	64	7	0	27	1.21
3339119--3339185	21	3.2	21	74	14	59	68	10	0	20	1.18
3342630--3342740	37	3.1	36	82	2	141	36	32	11	19	1.88
3342622--3342735	36	3.1	36	83	2	147	37	29	11	21	1.88
3342622--3342775	73	2.1	73	80	2	175	37	31	11	20	1.88
3343777--3343803	12	2.2	12	100	0	54	14	7	0	77	0.97
3344506--3344576	31	2.3	31	95	0	124	35	9	18	36	1.84
3348476--3348519	21	2.1	21	83	8	54	34	4	4	56	1.40
3351158--3351199	4	9.8	4	90	10	57	50	0	2	47	1.14
3351160--3351196	18	2.1	18	90	10	58	54	0	2	43	1.14
3351135--3351199	27	2.2	29	86	10	89	47	0	3	49	1.17
3351135--3351199	31	2.1	30	86	11	87	47	0	3	49	1.17
3351588--3351645	28	2.1	28	96	0	107	29	13	5	51	1.63
3352347--3352577	125	1.9	119	80	11	270	22	9	17	51	1.74
3379819--3379855	17	2.2	17	90	4	58	48	5	5	40	1.49
3384870--3384909	16	2.5	15	84	15	53	75	2	5	17	1.10
3384907--3384943	16	2.3	17	86	9	51	70	0	8	21	1.13
3387932--3388074	75	1.9	75	91	0	232	30	21	21	25	1.98
3390476--3390504	6	4.8	6	100	0	58	0	17	0	82	0.66
3391675--3391756	18	4.7	19	69	23	72	74	1	1	23	0.96
3391675--3391757	5	16.6	5	72	20	59	74	1	1	22	0.95
3391672--3391757	14	5.7	15	74	16	72	74	1	1	23	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3391672--3391752	22	3.7	22	73	12	69	74	1	1	23	0.97
3396777--3396828	24	2.2	24	89	0	77	34	3	3	57	1.35
3398101--3398182	30	2.9	27	72	15	67	53	3	0	42	1.18
3403828--3404034	53	3.8	53	76	3	189	37	17	23	20	1.94
3411136--3411339	53	3.8	53	79	3	219	36	18	24	20	1.95
3411134--3411329	108	1.8	109	88	1	304	37	19	23	19	1.94
3415830--3415858	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
3419737--3420142	46	8.8	46	94	0	607	39	14	24	21	1.91
3420236--3420290	13	4.2	13	74	6	58	34	0	27	38	1.57
3421800--3421890	29	3.1	29	88	3	146	54	13	3	28	1.54
3421798--3421889	30	3.1	30	88	3	150	55	14	3	27	1.54
3425121--3425526	46	8.8	46	93	0	589	39	14	24	21	1.90
3426552--3426599	14	3.1	15	85	11	62	83	0	16	0	0.65
3426541--3426606	20	3.3	21	78	21	79	81	0	16	1	0.76
3426994--3427024	11	2.8	11	95	0	53	32	9	19	38	1.84
3427682--3427710	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
3430127--3430531	46	8.8	46	92	2	591	39	14	24	21	1.91
3430625--3430679	13	4.2	13	74	6	58	34	0	27	38	1.57
3432190--3432280	29	3.1	29	88	3	146	54	13	3	28	1.54
3432188--3432279	30	3.1	30	88	3	150	55	14	3	27	1.54
3435485--3435692	40	5.2	40	81	3	213	25	26	22	25	2.00
3435485--3435691	80	2.6	80	82	5	240	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3439951--3440058	38	2.8	38	94	1	189	23	22	14	39	1.91
3439974--3440075	31	3.1	31	88	9	132	23	21	15	39	1.92
3440267--3440385	24	5.0	24	85	9	154	26	24	21	27	1.99
3440267--3440385	47	2.5	48	89	8	172	26	24	21	27	1.99
3440436--3440475	20	2.0	20	100	0	80	35	20	10	35	1.86
3442695--3442853	42	3.6	42	73	12	140	27	26	19	27	1.99
3442781--3442870	42	2.1	42	83	0	108	28	27	18	24	1.98
3451824--3451879	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
3452262--3452298	2	18.5	2	94	0	65	54	0	0	45	1.00
3453908--3454035	32	4.0	32	90	0	211	45	10	10	32	1.74
3458506--3458563	25	2.3	25	96	0	107	51	6	27	13	1.66
3465022--3465994	501	1.9	503	90	1	1567	33	16	9	41	1.80
3469684--3469832	60	2.5	59	80	9	151	26	24	20	28	1.99
3470216--3470267	27	2.0	25	85	7	68	26	15	17	40	1.89
3472781--3472869	44	2.0	44	97	0	169	56	7	4	31	1.48
3475291--3475315	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
3484891--3484928	18	2.1	18	95	0	67	28	26	7	36	1.84
3485308--3485413	56	1.9	56	96	0	194	31	3	8	56	1.47
3488040--3488093	28	2.0	28	81	3	65	33	12	9	44	1.75
3488654--3488756	43	2.4	43	91	0	170	32	6	27	33	1.83
3488935--3488966	16	2.0	16	93	0	55	21	0	21	56	1.43
3488983--3489016	6	5.7	6	96	0	59	20	0	11	67	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3489526--3489567	21	2.0	21	95	0	75	30	9	33	26	1.88
3491149--3491315	75	2.2	75	89	3	246	20	7	22	49	1.74
3491377--3491438	28	2.4	25	83	8	79	30	8	14	46	1.73
3491444--3491514	2	35.5	2	79	0	79	2	7	47	42	1.45
3495351--3495403	21	2.5	21	81	0	70	45	37	7	9	1.65
3497808--3497833	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
3498794--3498820	11	2.5	11	100	0	54	7	7	0	85	0.75
3499202--3499490	155	1.9	153	88	3	438	43	4	9	41	1.57
3502298--3502384	39	2.2	39	91	0	138	26	28	20	24	1.99
3503828--3503942	27	4.3	26	85	5	140	36	22	23	17	1.95
3503828--3503942	54	2.1	54	85	3	160	36	22	23	17	1.95
3505556--3505664	26	4.2	26	96	1	184	36	23	5	33	1.78
3509517--3509556	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
3509617--3509731	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
3509617--3509731	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
3511346--3511455	26	4.2	26	95	2	177	37	23	5	33	1.78
3514954--3514980	13	2.1	13	100	0	54	48	7	0	44	1.31
3522688--3522732	23	1.9	23	86	13	65	82	6	6	4	0.95
3523138--3523435	42	7.3	42	83	3	349	23	17	21	37	1.94
3523138--3523434	161	1.8	163	89	4	474	23	17	21	37	1.94
3523855--3523879	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
3528550--3528596	25	1.9	24	83	12	60	19	10	0	70	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3529006--3529076	27	2.6	27	80	14	83	28	2	26	42	1.69
3529237--3529279	22	2.0	22	90	0	68	46	0	13	39	1.44
3529296--3529364	34	2.0	34	86	5	95	36	1	18	43	1.60
3529186--3529581	111	3.6	112	84	9	485	36	1	18	43	1.60
3529343--3529395	22	2.4	22	90	0	88	39	0	16	43	1.49
3529176--3529581	115	3.6	108	83	11	439	36	1	18	42	1.62
3529456--3529506	22	2.4	22	80	9	61	41	1	15	41	1.58
3529543--3529621	28	2.7	29	80	3	97	41	1	20	36	1.60
3529674--3530176	126	4.0	127	86	3	705	38	17	16	27	1.91
3530345--3530379	9	3.9	9	96	0	61	40	0	11	48	1.39
3534327--3534351	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
3535544--3535583	21	1.9	21	84	0	53	42	2	12	42	1.56
3536383--3536418	19	1.9	19	88	5	56	38	0	8	52	1.32
3537648--3537710	30	2.1	31	85	8	85	39	1	1	57	1.18
3540179--3540219	14	2.9	15	78	10	50	60	4	2	31	1.30
3547569--3547622	23	2.5	22	80	19	60	44	0	5	50	1.25
3552134--3552174	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
3555478--3555550	38	1.9	38	100	0	146	30	10	12	46	1.76
3556088--3556183	43	2.2	43	100	0	192	34	13	31	20	1.92
3556781--3556867	42	2.1	42	100	0	174	35	9	19	35	1.84
3557760--3557807	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
3558690--3558729	18	2.2	19	86	13	57	20	10	0	70	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3560193--3560247	27	2.0	27	100	0	110	21	7	23	47	1.76
3568871--3568947	11	6.9	11	70	14	50	67	1	5	25	1.19
3571226--3571368	62	2.3	63	80	3	155	24	26	25	23	2.00
3576189--3576232	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
3578027--3578095	28	2.5	28	92	2	113	42	27	10	20	1.84
3579485--3579687	62	3.3	62	82	0	199	23	28	28	20	1.99
3582456--3582485	15	1.9	16	93	6	53	10	3	6	80	1.01
3583308--3583342	18	2.0	18	88	5	54	57	0	0	42	0.99
3597782--3597863	41	2.0	41	100	0	164	41	14	14	29	1.86
3602681--3602769	17	5.4	17	70	20	64	53	3	2	40	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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