genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70632844--70632915	37	1.9	37	100	0	144	23	19	33	23	1.97
70632900--70632929	14	2.1	14	100	0	60	20	13	40	26	1.89
70632863--70632966	51	2.0	51	100	0	208	23	17	34	25	1.96
70637523--70637625	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
70645523--70645625	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
70647778--70647847	27	2.5	28	95	2	124	30	27	14	28	1.95
70649309--70649473	39	4.2	40	79	5	167	24	27	21	26	1.99
70650295--70650340	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
70657322--70657472	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
70657322--70657472	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
70659490--70659559	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
70664500--70664654	42	3.7	42	82	3	186	28	25	15	30	1.96
70669789--70669822	6	5.7	6	92	0	59	55	0	26	17	1.42
70669788--70669822	18	1.9	18	100	0	70	57	0	25	17	1.40
70671541--70671739	65	3.0	65	79	4	173	35	16	20	27	1.94
70674142--70674219	24	3.2	24	78	5	68	25	21	17	34	1.96
70676227--70676338	43	2.6	42	75	10	120	27	17	24	30	1.97
70678297--70678434	66	2.1	65	82	6	163	21	23	29	25	1.99
70681551--70681600	24	2.1	24	84	0	64	46	20	16	18	1.85
70697234--70697418	40	4.7	38	86	7	210	24	22	27	25	2.00
70697234--70697418	79	2.3	81	83	9	247	24	22	27	25	2.00
70697234--70697451	79	2.7	78	76	15	232	26	21	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70699229--70699285	24	2.4	24	96	0	105	21	21	22	35	1.96
70703300--70703523	40	5.6	41	86	5	277	23	20	28	27	1.99
70703302--70703523	79	2.8	78	84	8	279	23	20	28	27	1.99
70703311--70703556	79	3.1	79	80	7	198	25	19	26	28	1.99
70707227--70707400	46	3.7	46	73	15	135	27	18	29	24	1.98
70711178--70711355	40	4.5	40	89	3	254	26	23	26	24	2.00
70715374--70715551	40	4.5	40	92	1	268	25	27	23	23	2.00
70715374--70715551	79	2.2	80	89	1	268	25	27	23	23	2.00
70715538--70715566	15	1.9	15	100	0	58	13	31	27	27	1.94
70715496--70715606	55	2.0	55	100	0	222	20	28	27	23	1.99
70715553--70715648	40	2.4	40	81	10	99	22	29	25	22	1.99
70715458--70715634	95	1.9	95	86	4	259	23	29	25	22	1.99
70734298--70734519	40	5.6	39	82	3	230	25	27	23	24	2.00
70734299--70734482	79	2.3	81	85	2	248	25	25	24	24	2.00
70739571--70739748	40	4.5	40	94	2	297	24	23	28	24	2.00
70742896--70742964	34	2.0	34	97	0	129	26	18	8	46	1.78
70752703--70752838	46	3.0	45	74	8	132	30	29	18	22	1.97
70755223--70755278	15	3.7	15	83	9	78	58	10	17	12	1.61
70758569--70758697	46	2.8	46	95	0	222	19	21	29	29	1.98
70766094--70766222	46	2.8	46	95	0	222	19	21	29	29	1.98
70768425--70768595	93	1.8	93	92	2	290	28	29	20	21	1.98
70768419--70768591	46	3.7	46	76	17	187	29	27	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70780122--70780173	19	2.8	20	82	8	65	30	3	0	65	1.10
70783565--70783655	40	2.3	40	88	0	128	31	25	23	19	1.98
70785325--70785468	27	5.4	26	82	4	171	24	21	16	37	1.93
70790591--70790834	48	5.2	47	71	12	178	29	25	20	25	1.99
70796413--70796597	40	4.6	41	84	6	159	22	24	23	29	1.99
70796440--70796594	80	1.9	80	84	0	202	23	25	23	27	2.00
70798321--70798471	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
70798358--70798487	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
70806318--70806468	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
70819260--70819410	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
70819297--70819426	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
70833283--70833319	14	2.4	16	86	8	51	32	21	2	43	1.67
70840436--70840512	28	2.8	28	93	0	136	27	32	15	24	1.95
70840493--70840589	40	2.4	40	82	0	131	34	29	16	19	1.94
70841712--70841761	25	2.0	25	88	0	73	26	24	10	40	1.86
70878621--70878959	123	2.8	123	94	0	579	30	10	25	33	1.90
70878928--70879169	40	6.1	40	87	1	297	25	21	25	27	1.99
70881855--70881977	40	3.1	40	80	5	126	26	23	28	21	1.99
70893310--70893458	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
70893351--70893458	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
70898862--70898968	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
70908787--70908959	46	3.8	45	77	10	170	23	19	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70908784--70908910	47	2.7	46	83	10	161	23	19	26	29	1.98
70908784--70908955	93	1.8	93	89	0	272	23	19	26	30	1.98
70911737--70911835	27	3.7	26	85	6	126	19	25	18	37	1.94
70918040--70918116	24	3.2	24	92	0	127	31	3	42	22	1.71
70919527--70919637	27	4.1	27	87	5	154	17	26	20	36	1.94
70929278--70929448	93	1.8	93	96	0	315	29	29	20	21	1.98
70929270--70929445	46	3.8	46	79	12	225	30	28	19	21	1.98
70931355--70931442	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
70931355--70931433	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
70931366--70931442	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
70934391--70934561	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
70934383--70934558	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
70943266--70943345	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
70944851--70944952	42	2.4	43	80	6	118	30	21	17	30	1.96
70953040--70953206	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
70961027--70961190	40	4.2	40	77	7	160	26	21	26	24	2.00
70967244--70967385	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
70967283--70967411	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
70968904--70969013	39	2.8	38	87	6	141	23	29	23	23	1.99
70968904--70969054	40	3.8	38	82	7	151	23	27	23	26	2.00
70978532--70978699	40	4.2	40	79	1	158	23	26	23	26	2.00
70978548--70978697	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70986246--70986388	40	3.6	40	81	5	139	19	27	25	27	1.99
70989810--70989992	101	1.8	99	83	4	242	27	28	18	24	1.98
70995955--70996024	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
71000905--71001080	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
71000901--71001072	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
71004020--71004098	15	5.4	15	80	10	92	10	16	13	59	1.60
71004011--71004097	29	3.0	30	81	9	99	10	16	16	57	1.65
71006221--71006396	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
71006217--71006388	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
71012447--71012588	45	3.4	44	76	20	169	41	22	17	18	1.90
71012492--71012565	34	2.2	34	97	2	141	39	22	20	17	1.92
71016080--71016122	19	2.2	19	83	8	50	27	23	16	32	1.96
71021915--71021939	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
71024182--71024262	37	2.2	37	95	0	144	22	34	18	24	1.96
71024317--71024674	49	7.4	49	92	1	528	29	31	9	29	1.89
71028449--71028666	44	4.9	45	88	4	334	27	27	21	24	1.99
71028449--71028666	89	2.4	89	90	1	348	27	27	21	24	1.99
71029474--71029569	47	2.0	47	91	0	156	44	12	12	30	1.79
71036037--71036296	45	5.8	45	83	4	323	28	27	20	24	1.99
71037112--71037210	47	2.1	48	92	5	166	46	13	12	28	1.78
71039390--71039477	39	2.3	39	92	4	142	25	27	21	26	1.99
71047279--71047376	39	2.5	39	91	3	153	25	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71051233--71051293	28	2.1	29	90	3	97	32	27	11	27	1.91
71051507--71051537	16	1.9	16	93	0	53	9	19	19	51	1.74
71058012--71058133	46	2.6	45	84	5	163	31	22	22	24	1.98
71058195--71058327	49	2.7	49	78	2	124	30	18	27	23	1.98
71059778--71059953	46	3.8	45	78	11	178	21	20	28	29	1.98
71059775--71059946	93	1.8	93	90	2	274	22	20	28	28	1.99
71067330--71067503	46	3.8	45	78	14	194	19	21	29	29	1.97
71072862--71073082	49	4.4	50	78	7	227	28	27	17	26	1.98
71075603--71075719	28	4.1	27	77	12	103	27	12	33	26	1.93
71075626--71075719	28	3.3	28	83	16	131	27	13	34	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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