genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  111  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32850904--32851055	39	3.9	39	90	2	234	24	21	30	23	1.99
32850905--32851085	77	2.3	79	86	3	249	24	22	30	23	1.99
32850905--32851085	39	4.6	39	87	2	229	24	22	30	23	1.99
32868789--32868830	22	2.0	22	85	4	59	50	9	4	35	1.56
32871539--32871565	14	1.9	14	100	0	54	37	7	0	55	1.28
32878383--32878455	31	2.4	31	92	0	119	31	30	17	20	1.96
32878346--32878574	90	2.5	90	78	9	268	28	28	17	25	1.97
32878473--32878545	31	2.4	31	80	0	83	35	30	13	20	1.91
32878824--32878924	29	3.5	29	86	0	139	53	18	13	13	1.73
32881506--32881547	20	2.2	19	83	8	50	59	2	7	30	1.37
32884462--32884645	90	2.0	90	85	2	244	28	17	24	28	1.98
32887886--32888060	46	3.8	46	74	13	169	30	29	18	21	1.97
32887940--32888105	47	3.6	47	76	14	189	30	29	16	22	1.96
32887894--32888105	93	2.3	93	90	0	343	29	29	18	22	1.97
32890529--32890588	15	4.1	15	77	10	61	60	13	15	11	1.60
32893559--32893775	46	4.7	46	75	8	181	31	25	20	23	1.98
32893684--32893817	46	2.9	47	71	18	134	31	26	18	23	1.97
32893613--32893826	93	2.3	94	84	1	288	30	24	21	23	1.99
32896148--32896323	39	4.5	40	79	9	175	26	20	27	26	1.99
32902843--32903035	107	1.8	107	91	2	325	34	13	18	33	1.90
32905465--32905545	34	2.3	35	81	12	96	32	8	13	45	1.74
32907851--32907876	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32911274--32911446	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
32911271--32911441	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
32917975--32918264	144	2.0	144	95	0	526	27	15	21	34	1.94
32920057--32920152	50	1.9	50	87	4	140	47	7	21	22	1.75
32922813--32922837	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
32924781--32924946	49	3.4	49	94	0	296	32	27	6	33	1.83
32928356--32928743	40	9.8	40	91	1	510	27	25	19	26	1.99
32928356--32928743	119	3.3	119	86	2	537	27	25	19	26	1.99
32930769--32930985	49	4.4	49	94	2	384	30	28	7	33	1.85
32935959--32936027	12	5.9	11	78	8	59	76	2	2	17	1.03
32935957--32936016	18	3.3	18	82	13	63	75	3	3	18	1.09
32941375--32941399	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
32942423--32942466	21	2.1	21	83	8	54	4	25	15	54	1.60
32942918--32942996	27	2.9	27	88	0	122	31	18	11	37	1.87
32954218--32954262	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
32959021--32959128	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
32958980--32959128	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
32968673--32968741	32	2.2	32	81	5	77	28	30	21	18	1.97
32974144--32974367	40	5.6	40	86	1	281	29	25	22	23	1.99
32978444--32978493	24	2.1	24	96	0	91	38	8	18	36	1.80
32980425--32980636	53	3.9	54	79	4	205	23	23	16	36	1.94
32980448--32980628	55	3.4	54	81	3	204	22	23	18	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32986986--32987182	55	3.6	54	82	4	245	23	24	16	35	1.95
32987533--32987557	12	2.1	12	100	0	50	56	16	0	28	1.41
32987993--32988052	30	2.0	30	83	6	77	31	23	11	33	1.91
33014614--33014750	38	3.6	38	81	2	157	35	27	18	18	1.95
33014614--33014779	38	4.3	38	80	4	145	33	27	19	19	1.97
33014614--33014779	78	2.1	78	80	6	176	33	27	19	19	1.97
33025069--33025132	28	2.3	28	83	0	92	21	40	18	18	1.91
33026227--33026361	54	2.5	54	88	0	207	31	25	18	24	1.97
33028469--33028517	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
33029378--33029489	40	2.8	40	84	0	143	24	23	29	23	1.99
33034297--33034668	49	7.7	49	90	1	554	28	29	9	32	1.89
33041317--33041386	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
33049238--33049307	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
33051077--33051215	39	3.6	39	92	1	208	25	20	29	25	1.99
33051077--33051243	38	4.3	39	87	6	182	23	20	29	26	1.99
33053886--33053955	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
33058533--33058602	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
33060374--33060543	39	4.3	40	90	3	231	24	21	28	25	1.99
33067498--33067667	40	4.3	40	88	3	213	24	21	29	24	1.99
33072833--33073053	48	4.6	48	76	13	188	26	28	16	28	1.97
33072830--33073053	96	2.3	96	83	5	274	26	28	16	28	1.97
33077005--33077101	45	2.2	43	83	7	124	34	23	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33079216--33079263	23	2.1	23	100	0	96	52	18	8	20	1.71
33079283--33079411	47	2.8	46	89	3	186	31	29	16	22	1.96
33081752--33081929	27	6.6	26	82	4	140	41	22	12	23	1.87
33081741--33081929	54	3.5	53	79	7	193	40	22	13	23	1.89
33081773--33081955	81	2.3	81	90	0	276	40	21	12	24	1.88
33081773--33081944	27	6.4	27	87	0	245	41	23	13	22	1.89
33090755--33091039	50	5.7	50	90	0	439	27	18	24	30	1.98
33093010--33093174	47	3.5	47	71	16	153	29	27	16	26	1.97
33092963--33093171	93	2.2	93	87	1	303	29	27	18	24	1.98
33099293--33099458	46	3.6	46	73	11	167	30	27	19	23	1.98
33099301--33099509	93	2.2	93	87	0	301	29	26	19	23	1.98
33101241--33101412	6	27.8	6	72	16	129	48	15	18	18	1.81
33101241--33101412	25	6.9	25	77	11	126	48	15	18	18	1.81
33101247--33101322	37	2.1	37	87	0	107	50	15	18	15	1.79
33101247--33101411	62	2.7	62	96	0	294	49	15	18	16	1.81
33101308--33101403	37	2.6	37	83	5	122	46	16	18	17	1.84
33101252--33101384	19	6.8	19	73	19	112	48	16	18	16	1.81
33101530--33101581	27	2.0	26	85	11	70	34	23	25	17	1.96
33101514--33101667	67	2.3	67	95	0	281	29	22	29	18	1.97
33101893--33102294	27	15.0	27	85	2	506	25	19	20	35	1.95
33102233--33102315	27	3.1	26	71	13	69	25	10	25	38	1.88
33102307--33102692	27	14.3	27	78	4	249	37	9	21	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33102307--33102692	54	7.1	54	78	4	319	37	9	21	31	1.85
33102395--33102506	28	4.0	28	80	11	115	28	10	22	38	1.87
33102486--33102692	81	2.6	80	85	0	288	39	7	22	30	1.82
33102688--33102739	27	1.9	27	84	7	70	28	11	19	40	1.86
33102675--33102842	54	3.1	53	79	7	187	31	9	20	38	1.84
33102717--33102842	27	4.7	27	77	12	125	31	9	21	37	1.86
33108774--33108907	27	5.0	27	82	0	160	23	13	19	43	1.86
33109231--33109265	18	1.9	18	94	0	61	11	20	17	51	1.75
33114754--33114975	40	5.6	40	88	1	313	27	23	27	22	1.99
33116350--33116395	18	2.5	19	86	10	60	82	0	0	17	0.67
33116355--33116395	6	7.2	6	83	10	59	82	0	0	17	0.66
33131490--33131647	30	5.5	30	87	6	193	31	13	25	28	1.94
33131519--33131647	27	4.5	28	93	4	190	32	13	25	27	1.94
33131519--33131647	57	2.3	56	89	8	190	32	13	25	27	1.94
33139453--33139613	30	5.5	30	89	6	231	32	13	25	27	1.94
33139453--33139613	58	2.8	58	89	4	227	32	13	25	27	1.94
33173643--33173716	29	2.6	29	87	8	98	27	16	31	25	1.96
33194801--33194963	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
33194801--33194993	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
33202774--33202936	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
33202774--33202966	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
33204512--33204566	27	2.0	27	82	0	65	52	12	14	20	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33206577--33206677	30	3.2	30	65	26	82	22	16	17	42	1.89
33206560--33206690	65	2.0	65	100	0	262	24	15	18	41	1.88
33210379--33210563	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
33210372--33210563	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
33212625--33212797	85	2.0	85	92	1	285	36	20	12	30	1.89
33212920--33212958	20	2.0	21	85	10	55	35	0	2	61	1.10
33214215--33214268	29	1.9	29	82	14	69	40	1	5	51	1.36
33215660--33215749	45	2.0	45	84	0	117	17	24	18	38	1.92
33215706--33215856	55	2.8	55	78	1	160	19	22	17	40	1.91
33230936--33231040	53	2.0	53	82	0	129	20	27	18	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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