genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  98  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28791574--28791703	40	3.3	39	81	4	154	23	28	23	23	2.00
28802634--28802758	43	2.9	43	83	1	126	18	17	32	31	1.94
28802673--28802758	43	2.0	43	88	0	127	19	19	32	27	1.97
28805939--28806150	46	4.6	45	80	10	207	29	20	27	22	1.98
28806036--28806191	46	3.4	45	89	6	201	27	19	28	23	1.99
28807243--28807297	20	2.7	20	91	2	92	3	36	36	23	1.73
28814534--28814744	46	4.5	48	72	12	134	27	16	30	25	1.96
28814534--28814845	47	6.6	48	70	17	172	26	17	30	25	1.97
28817356--28817521	40	4.2	40	78	6	178	25	21	27	25	1.99
28817356--28817521	79	2.1	79	84	3	210	25	21	27	25	1.99
28825566--28825732	40	4.2	40	79	5	187	25	21	27	25	1.99
28825566--28825741	79	2.2	80	81	5	205	25	21	27	25	1.99
28829153--28829399	47	5.7	41	73	19	184	30	23	14	30	1.95
28829157--28829397	85	2.7	85	86	8	331	30	24	14	31	1.94
28829280--28829404	48	2.6	48	92	1	207	31	23	14	31	1.94
28829186--28829430	133	1.8	132	87	2	366	31	24	14	29	1.94
28831682--28831722	15	2.7	15	80	0	55	51	12	19	17	1.76
28834970--28835256	38	6.8	38	72	18	178	29	24	15	29	1.96
28835012--28835219	47	4.6	47	81	11	272	30	23	16	29	1.96
28834970--28835175	85	2.4	85	95	0	367	30	24	16	29	1.96
28835093--28835226	48	2.8	48	91	1	216	30	23	15	29	1.96
28835012--28835256	133	1.8	132	90	2	393	30	24	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28841248--28841435	40	4.7	40	89	1	270	26	29	21	23	1.99
28841228--28841439	80	2.7	79	88	3	309	27	28	20	23	1.99
28844907--28845036	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
28847913--28848042	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
28847913--28848076	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
28852575--28852781	40	5.2	40	81	5	213	25	23	25	25	2.00
28859184--28859371	40	4.7	40	87	1	252	25	28	21	24	1.99
28859164--28859375	80	2.7	79	85	3	291	26	27	20	24	1.99
28861901--28862052	40	3.8	40	90	2	227	25	21	26	26	2.00
28862067--28862223	28	5.5	28	75	11	113	23	19	27	29	1.98
28862065--28862230	57	2.9	57	87	0	224	24	18	27	29	1.98
28862095--28862221	29	4.4	29	78	10	127	22	17	28	31	1.97
28868281--28868383	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
28880279--28880304	7	3.7	7	100	0	52	15	53	0	30	1.42
28882754--28882794	7	5.9	7	91	0	55	36	31	2	29	1.71
28882754--28882794	14	2.9	14	92	0	64	36	31	2	29	1.71
28886296--28886327	13	2.5	13	100	0	64	25	25	50	0	1.50
28886753--28886792	17	2.4	17	86	0	62	40	22	15	22	1.91
28888073--28888120	22	2.1	22	85	14	62	47	0	4	47	1.21
28888433--28888483	21	2.3	22	80	6	59	62	3	0	33	1.13
28892515--28892579	29	2.3	29	84	7	80	24	4	1	69	1.16
28900565--28900681	15	8.1	14	72	17	62	26	7	0	64	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28900553--28900660	29	3.8	28	73	22	82	26	7	1	63	1.31
28900628--28900673	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
28900812--28900934	51	2.5	48	76	13	117	32	6	4	56	1.43
28900812--28900873	25	2.5	24	75	17	63	32	9	1	56	1.41
28900812--28900909	51	2.0	49	82	11	119	32	8	3	56	1.44
28906376--28906411	18	2.0	18	100	0	72	44	5	11	38	1.63
28913770--28914179	44	9.3	44	66	19	203	34	20	21	23	1.97
28913767--28914253	88	5.5	88	90	1	724	34	20	22	21	1.97
28915756--28915990	3	78.3	3	74	9	131	28	5	2	62	1.32
28920155--28920203	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
28921068--28921100	17	1.9	17	88	11	50	36	0	9	54	1.32
28922438--28922512	39	1.9	39	94	0	132	38	12	12	37	1.79
28933125--28933331	53	3.8	53	79	5	218	38	17	24	20	1.93
28937608--28937700	29	3.2	28	87	3	123	31	17	26	24	1.97
28937611--28937690	28	2.8	28	90	1	115	32	16	26	25	1.96
28939273--28939534	141	1.9	139	82	6	332	25	19	30	24	1.98
28946340--28946369	13	2.3	13	94	0	51	10	36	26	26	1.88
28949172--28949313	40	3.5	40	82	1	124	27	24	26	21	1.99
28949172--28949323	80	1.9	80	83	5	200	26	24	26	22	2.00
28949210--28949339	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
28951289--28951457	86	2.0	84	84	9	218	32	26	18	22	1.97
28951294--28951451	42	3.7	43	76	14	166	31	27	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28955112--28955198	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
28955267--28955569	49	6.4	49	86	6	417	29	29	8	32	1.87
28955469--28955545	40	1.9	40	100	0	154	27	29	10	32	1.90
28958236--28958406	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
28958228--28958408	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
28960782--28960870	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
28960782--28960861	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
28960793--28960870	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
28963812--28963983	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
28963804--28963979	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
28966855--28967000	46	3.2	46	65	17	115	30	2	10	56	1.48
28966920--28967057	48	3.2	40	64	25	91	28	3	9	58	1.46
28966838--28967055	90	2.4	90	94	0	373	28	3	11	56	1.49
28969350--28969491	40	3.5	40	83	0	158	22	28	23	26	1.99
28977469--28977610	40	3.5	40	85	0	167	23	28	22	26	1.99
28977501--28977652	40	3.8	40	82	5	155	22	25	23	28	1.99
28979848--28979945	5	18.6	5	76	15	65	17	15	5	62	1.50
28979848--28979945	11	9.3	10	72	15	65	17	15	5	62	1.50
28979890--28979945	27	2.1	27	86	0	76	19	16	3	60	1.49
28979890--28979974	22	4.0	21	77	11	59	23	15	2	58	1.48
28980031--28980152	5	22.4	5	68	21	50	29	16	0	54	1.43
28980052--28980127	28	2.7	29	79	6	93	30	14	0	55	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28980075--28980157	35	2.5	33	77	11	89	31	14	0	54	1.41
28980225--28980267	15	2.9	14	80	10	50	23	11	0	65	1.25
28985230--28985256	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28989354--28989399	19	2.4	19	85	3	56	43	13	2	41	1.55
28990278--28990331	27	2.0	27	82	3	65	27	1	20	50	1.59
28992491--28992633	47	2.9	47	85	6	169	32	25	15	26	1.95
29011110--29011215	37	2.8	36	81	4	95	13	14	30	42	1.83
29011147--29011234	37	2.4	37	84	0	113	15	14	28	40	1.87
29011155--29011252	37	2.6	36	74	15	92	17	15	27	39	1.89
29019458--29019516	29	2.0	29	96	0	91	42	25	10	22	1.84
29033381--29033719	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
29033688--29033929	40	6.1	39	85	5	274	24	20	26	27	1.99
29040549--29040599	22	2.3	22	75	15	52	27	0	27	45	1.54
29040419--29040756	122	2.8	123	94	0	588	29	10	25	33	1.90
29040725--29040968	40	6.1	40	85	1	274	25	20	26	27	1.99
29042757--29042866	33	3.3	33	91	3	168	27	20	23	28	1.99
29050370--29050465	48	2.0	48	91	0	156	19	15	31	33	1.93
29054650--29054713	31	2.1	31	87	0	92	23	23	15	37	1.93
29054920--29055071	24	6.4	24	89	3	227	27	21	21	30	1.98
29054920--29055071	71	2.1	71	92	1	250	27	21	21	30	1.98
29054920--29055071	47	3.2	48	89	3	227	27	21	21	30	1.98
29055120--29055186	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29055120--29055175	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
29055223--29055270	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
29059683--29059752	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
29065884--29065947	31	2.1	31	90	0	101	25	25	15	34	1.95
29066154--29066305	24	6.4	24	88	3	209	28	21	19	30	1.97
29066154--29066305	71	2.1	71	92	1	250	28	21	19	30	1.97
29066154--29066305	47	3.2	48	89	3	218	28	21	19	30	1.97
29066354--29066419	20	3.3	20	91	2	107	33	19	12	34	1.89
29072817--29072897	26	3.1	26	83	3	101	19	17	24	38	1.93
29075769--29075930	29	5.6	29	81	2	155	25	16	32	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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