genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.401.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  401  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121123264--121123359	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
121123313--121123453	72	2.0	72	100	0	282	31	18	17	32	1.94
121123192--121123431	121	2.0	121	93	1	410	33	18	16	31	1.94
121123589--121123622	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
121123460--121123987	140	3.9	140	89	5	748	38	20	16	24	1.93
121123645--121123749	54	1.9	54	83	9	133	38	20	15	26	1.92
121123740--121124080	126	2.8	124	89	3	501	39	21	14	24	1.90
121123959--121124133	71	2.5	70	85	3	210	34	22	13	28	1.93
121131830--121131891	24	2.6	23	80	15	72	6	3	16	74	1.16
121131828--121131878	26	1.9	27	92	4	86	5	3	17	72	1.20
121131829--121131894	26	2.5	26	82	7	80	6	3	16	74	1.15
121137673--121137710	6	6.5	6	87	3	51	2	21	31	44	1.66
121137653--121137719	27	2.5	27	80	9	75	4	17	32	44	1.69
121137688--121137727	15	2.7	15	84	0	53	7	22	32	37	1.82
121138327--121138384	30	1.9	30	89	0	89	50	10	10	29	1.70
121139391--121139564	15	12.0	14	76	13	117	0	18	34	46	1.50
121139407--121139570	12	13.9	12	85	3	190	0	17	33	48	1.48
121139405--121139570	21	7.9	21	88	0	197	0	18	33	48	1.48
121139404--121139567	9	18.2	9	76	14	142	0	18	33	48	1.48
121139608--121139666	6	9.8	6	88	0	73	5	11	35	47	1.62
121139617--121139674	18	3.2	18	77	0	62	5	13	34	46	1.66
121145264--121145342	31	2.6	30	76	7	90	35	15	12	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121150468--121150528	24	2.5	24	94	0	113	36	0	3	60	1.13
121155559--121155596	19	2.0	19	85	10	51	50	7	13	28	1.69
121156351--121156384	15	2.3	15	94	0	59	52	0	14	32	1.42
121157736--121157761	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
121157977--121158005	13	2.1	14	93	6	51	89	0	6	3	0.57
121158196--121158236	21	1.9	22	85	5	57	73	4	12	9	1.24
121159707--121159744	20	1.9	20	88	0	58	36	0	5	57	1.21
121171808--121171861	27	2.0	27	100	0	108	33	14	18	33	1.92
121175060--121175532	249	1.9	249	84	1	644	43	9	6	40	1.62
121176847--121176954	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
121179289--121179350	29	2.1	29	88	5	90	54	3	4	37	1.38
121180945--121180970	8	3.2	8	100	0	52	23	11	0	65	1.25
121191773--121191829	18	3.2	17	70	9	51	22	22	35	19	1.96
121212493--121212517	6	4.2	6	100	0	50	0	68	16	16	1.22
121212878--121212910	11	2.8	12	86	9	50	33	0	54	12	1.37
121212878--121212911	6	5.8	6	86	6	52	32	0	52	14	1.42
121220104--121220157	26	2.1	25	83	13	65	74	1	0	24	0.92
121221660--121221696	16	2.3	16	90	0	56	54	0	5	40	1.24
121229838--121229874	2	19.0	2	91	5	58	45	0	0	54	1.00
121231984--121232026	2	21.5	2	95	0	68	46	0	4	48	1.22
121232766--121232807	21	1.9	23	90	9	70	19	0	11	69	1.19
121233577--121233614	20	1.9	20	100	0	76	42	5	10	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121233629--121233765	72	1.9	72	93	0	238	42	10	10	35	1.75
121238904--121238958	13	3.9	13	73	17	56	43	1	7	47	1.41
121241543--121241595	23	2.3	23	83	6	63	60	3	1	33	1.26
121244399--121244570	75	2.4	74	84	11	216	31	11	23	33	1.90
121244404--121244568	35	4.6	35	84	9	174	31	11	23	33	1.90
121251873--121252044	75	2.4	75	83	8	205	32	11	23	33	1.90
121251876--121252042	35	4.6	35	84	9	167	32	11	23	32	1.90
121251972--121252042	36	2.0	35	88	2	106	33	14	21	30	1.92
121262654--121262696	21	2.0	21	82	8	52	48	6	4	39	1.51
121263822--121263869	19	2.5	19	82	0	60	60	14	8	16	1.57
121264153--121264187	18	1.9	18	94	0	61	71	2	0	25	1.00
121268106--121268148	22	1.9	23	85	4	61	48	0	2	48	1.14
121270868--121270915	24	2.0	24	100	0	96	12	25	8	54	1.65
121275710--121275778	22	3.0	24	69	20	65	50	1	1	46	1.19
121278385--121278420	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
121278372--121278412	18	2.2	19	87	12	59	29	26	0	43	1.55
121278535--121278669	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
121278910--121278948	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
121280266--121280318	5	10.0	5	80	11	61	56	1	0	41	1.10
121280265--121280320	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
121283168--121283208	10	4.3	9	85	11	55	73	4	2	19	1.13
121283384--121283430	9	5.4	9	90	7	71	76	0	23	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121283400--121283450	18	2.7	19	84	6	59	68	1	29	0	1.00
121290618--121290651	8	4.0	8	85	14	50	11	2	2	82	0.89
121295524--121295553	7	4.3	7	100	0	60	86	0	0	13	0.57
121298840--121298868	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
121301202--121301235	14	2.4	14	85	0	50	29	0	2	67	1.05
121302509--121302537	13	2.1	14	93	6	51	58	3	31	6	1.41
121312099--121312222	52	2.3	56	84	12	193	43	12	15	29	1.82
121312116--121312222	52	2.1	52	96	0	196	42	12	15	28	1.83
121312224--121312301	40	2.0	39	90	7	122	15	39	14	30	1.87
121318671--121318711	11	3.7	11	86	0	55	19	4	9	65	1.40
121329529--121329560	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
121330879--121330917	18	2.1	19	90	4	62	41	2	10	46	1.51
121331157--121331291	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
121331414--121331454	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
121338663--121338770	2	54.0	2	100	0	216	0	50	0	50	1.00
121338770--121338833	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
121340094--121340169	35	2.2	35	83	9	93	53	5	0	40	1.23
121340204--121340236	16	1.9	18	88	11	52	48	0	3	48	1.17
121343595--121343625	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
121343736--121343767	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
121348097--121348165	31	2.2	31	100	0	138	49	14	14	21	1.79
121351897--121351960	30	2.1	31	82	2	76	39	1	14	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121352419--121352459	21	2.0	21	95	0	73	24	12	9	53	1.68
121357012--121357075	18	3.6	18	80	14	78	17	6	20	56	1.62
121358939--121358970	14	2.1	16	88	11	50	68	12	3	15	1.32
121365450--121365493	11	4.0	11	87	0	61	86	9	2	2	0.75
121366162--121366214	20	2.6	21	79	11	56	79	3	11	5	1.03
121366147--121366203	10	5.3	10	77	8	51	80	3	8	7	1.00
121367334--121367652	64	5.0	64	96	0	566	30	16	13	39	1.87
121368984--121369091	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
121376355--121376462	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
121378019--121378140	45	2.7	45	69	19	110	29	19	22	27	1.98
121378196--121378456	132	1.9	133	82	9	325	29	19	23	27	1.98
121378331--121378724	176	2.2	179	84	5	496	29	16	25	28	1.97
121379127--121379158	14	2.1	16	88	11	50	68	12	3	15	1.32
121382357--121382400	18	2.6	16	83	13	61	52	0	0	47	1.00
121382362--121382402	18	2.3	18	100	0	82	51	0	0	48	1.00
121382492--121382543	14	3.7	15	82	10	65	40	11	3	44	1.59
121385835--121385883	26	2.0	26	88	8	75	30	0	6	63	1.19
121386454--121386492	8	4.6	8	90	9	60	71	0	0	28	0.86
121386453--121386492	17	2.3	18	91	8	66	70	0	0	30	0.88
121392483--121392522	21	1.9	21	89	0	62	12	17	10	60	1.59
121398377--121398549	93	1.9	93	93	0	301	27	30	21	21	1.98
121398372--121398545	46	3.8	46	79	10	192	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121398421--121398564	46	3.1	46	73	14	143	29	29	20	21	1.98
121399975--121400006	16	2.0	16	100	0	64	12	25	18	43	1.85
121403577--121403625	23	2.1	23	100	0	98	32	14	16	36	1.89
121405450--121405488	20	2.0	20	85	10	53	17	7	2	71	1.21
121406419--121406480	31	2.0	31	87	0	88	48	11	4	35	1.60
121406966--121407032	31	2.2	31	86	0	89	35	19	10	34	1.86
121408375--121408400	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
121413322--121413349	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
121414702--121414805	51	2.1	50	90	5	165	71	22	2	3	1.16
121414705--121414805	26	3.9	26	85	6	152	70	22	2	3	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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