genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.375.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  375  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114424802--114424966	88	1.9	88	88	2	251	31	21	24	22	1.98
114424801--114424991	88	2.2	88	81	3	233	31	21	21	24	1.98
114424975--114425086	45	2.5	43	79	11	118	30	22	18	28	1.97
114427578--114427904	130	2.5	130	86	5	441	27	16	21	34	1.95
114433600--114433645	24	1.9	24	100	0	92	34	15	13	36	1.86
114433742--114434139	45	8.4	48	74	13	260	30	18	24	27	1.98
114433827--114434247	44	9.2	44	73	11	261	31	17	22	28	1.97
114433742--114434248	140	3.6	140	88	1	694	31	17	23	28	1.97
114433877--114434062	96	1.9	95	82	4	230	29	19	25	26	1.99
114433742--114434248	281	1.8	280	86	2	730	31	17	23	28	1.97
114435657--114435695	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
114435885--114435964	28	2.8	28	71	21	76	38	3	1	56	1.25
114437288--114437338	23	2.2	23	82	0	57	25	31	29	13	1.94
114437902--114437941	14	2.7	15	80	7	55	60	0	0	40	0.97
114440081--114440139	31	1.9	31	92	0	100	40	45	3	10	1.54
114441142--114441184	19	2.3	19	88	8	61	65	0	30	4	1.13
114450032--114450127	48	2.0	48	93	0	165	32	12	13	41	1.82
114451244--114451286	20	2.0	22	86	13	63	23	4	0	72	1.04
114451378--114451442	27	2.5	26	80	11	73	55	0	1	43	1.09
114452079--114452165	32	3.0	28	71	22	72	65	2	6	25	1.29
114452244--114452292	21	2.3	21	79	6	55	26	4	18	51	1.64
114452273--114452312	14	2.9	14	84	0	53	22	2	12	62	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114453683--114453712	11	2.7	11	94	0	51	53	3	6	36	1.44
114464309--114464366	6	9.5	6	80	10	64	17	5	0	77	0.94
114464309--114464366	17	3.2	18	78	9	64	17	5	0	77	0.94
114465355--114465399	4	11.2	4	95	0	81	53	24	0	22	1.46
114472740--114472781	21	2.0	21	100	0	84	33	14	9	42	1.78
114472766--114472844	28	2.8	28	88	0	122	27	25	12	34	1.92
114476966--114477003	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
114477524--114477548	13	1.9	13	100	0	50	0	32	0	68	0.90
114478633--114478701	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
114482487--114482536	25	2.0	24	85	11	66	44	10	6	40	1.63
114482750--114482795	15	2.9	16	75	18	51	63	2	0	34	1.07
114483516--114483564	10	4.9	10	85	9	64	22	8	2	67	1.28
114483709--114483754	20	2.3	20	96	0	83	19	17	0	63	1.32
114484685--114484823	60	2.3	59	82	8	156	27	25	20	26	1.99
114484816--114484855	20	2.0	20	90	0	62	27	22	20	30	1.98
114490136--114490218	31	2.7	32	88	5	125	45	19	12	22	1.83
114501545--114501592	23	2.1	23	88	0	69	37	6	6	50	1.53
114502198--114502268	34	2.1	35	94	2	126	46	8	12	32	1.72
114509198--114509231	7	5.1	7	92	7	54	82	0	0	17	0.67
114509200--114509229	6	4.8	6	92	8	51	86	0	0	13	0.57
114509200--114509229	13	2.4	12	94	5	51	86	0	0	13	0.57
114510422--114510451	14	2.1	14	93	0	51	73	10	0	16	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114510525--114510579	17	3.4	16	73	16	51	52	34	3	9	1.50
114512240--114512380	27	5.2	28	87	5	168	36	21	23	18	1.95
114513990--114514073	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
114518011--114518150	27	5.2	28	88	5	175	35	22	24	18	1.96
114519755--114519838	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
114521474--114521518	23	1.9	23	90	4	72	24	0	13	62	1.31
114521475--114521522	24	2.1	23	84	7	62	25	0	16	58	1.38
114522457--114523192	88	8.3	87	70	8	437	29	17	24	28	1.97
114522411--114523096	177	3.9	178	85	2	869	30	16	24	28	1.97
114523123--114523229	44	2.4	45	82	4	137	31	15	23	28	1.96
114522503--114523186	354	1.9	354	82	2	831	29	17	25	28	1.97
114523123--114523241	44	2.7	42	79	11	130	33	15	23	26	1.95
114523210--114523464	45	5.9	44	73	12	213	30	14	26	28	1.95
114523200--114523442	89	2.8	87	86	3	341	30	13	25	30	1.94
114529731--114529768	19	2.0	20	89	5	60	39	0	0	60	0.97
114534551--114534968	130	3.2	132	78	7	390	33	17	17	31	1.93
114535328--114535352	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
114537775--114537911	44	3.1	44	87	0	193	26	27	16	30	1.96
114549501--114549800	130	2.3	128	79	4	307	38	20	16	24	1.93
114549743--114550073	130	2.6	130	80	4	346	33	18	18	29	1.95
114549826--114550108	130	2.2	132	83	7	373	32	18	18	31	1.94
114553478--114553510	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114553557--114553615	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
114553586--114553645	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
114555417--114555528	51	2.2	51	88	0	161	41	11	20	26	1.87
114558382--114558413	11	2.9	11	100	0	64	56	0	9	34	1.32
114562015--114562123	26	4.2	26	91	0	182	33	8	23	34	1.85
114565193--114565282	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
114565193--114565299	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
114565277--114565337	27	2.3	27	79	0	68	32	27	8	31	1.86
114565234--114565536	81	3.7	81	75	3	225	31	23	8	36	1.85
114565288--114565498	27	7.8	27	89	2	262	28	23	8	39	1.84
114565396--114565700	27	11.2	27	77	10	113	37	19	8	34	1.83
114565477--114565616	54	2.6	54	81	8	176	40	20	7	31	1.81
114565492--114565646	81	1.9	81	85	7	217	40	19	9	30	1.82
114565450--114565706	27	9.4	27	76	7	135	37	19	9	33	1.83
114565747--114565824	27	2.9	27	77	11	88	37	21	19	21	1.95
114567041--114567097	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
114567039--114567109	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
114567050--114567104	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
114567156--114567298	23	6.1	23	92	3	241	28	21	20	29	1.98
114567154--114567319	47	3.5	47	90	4	246	28	22	21	28	1.99
114567156--114567298	70	2.0	70	95	0	259	28	21	20	29	1.98
114567511--114567573	30	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114570243--114570366	54	2.3	54	80	6	144	37	19	9	33	1.84
114570248--114570364	27	4.3	27	83	4	130	39	18	9	32	1.83
114570343--114570526	27	6.8	27	88	2	235	28	22	8	40	1.83
114570316--114570526	81	2.6	81	82	3	192	29	22	8	38	1.84
114570424--114570725	27	11.1	27	76	10	107	37	19	8	34	1.82
114570505--114570643	54	2.6	53	82	7	165	39	20	7	31	1.82
114570505--114570671	54	3.1	54	76	9	137	40	20	7	31	1.81
114570682--114570732	27	1.9	27	88	11	79	41	11	11	35	1.78
114570772--114570849	27	2.9	27	77	11	88	37	21	19	21	1.95
114572050--114572108	9	6.1	9	74	14	55	35	8	20	35	1.83
114572048--114572118	20	3.5	20	92	0	115	35	9	21	33	1.86
114572163--114572305	23	6.1	23	94	3	250	27	21	20	29	1.98
114572161--114572325	47	3.5	47	91	4	253	27	21	21	28	1.99
114572163--114572305	70	2.0	70	97	0	268	27	21	20	29	1.98
114573797--114573822	11	2.4	11	100	0	52	7	7	7	76	1.15
114582570--114582720	53	2.8	53	88	4	205	25	16	28	29	1.97
114584254--114584296	12	3.6	12	90	0	59	13	44	25	16	1.85
114586407--114586516	31	3.5	31	98	0	211	26	26	18	29	1.98
114586540--114586630	42	2.2	42	88	2	130	35	20	14	29	1.92
114586798--114586898	26	3.9	27	90	3	163	27	22	21	27	1.99
114586763--114586898	52	2.7	52	90	8	210	26	22	22	28	1.99
114586948--114587014	20	3.3	20	85	4	91	29	17	11	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114587820--114587997	27	6.6	27	77	6	148	28	8	23	39	1.84
114587819--114587977	81	2.0	81	80	9	182	29	8	21	40	1.83
114587820--114587997	54	3.3	53	80	3	167	28	8	23	39	1.84
114587871--114588030	54	3.0	54	80	5	146	28	11	22	38	1.88
114588029--114588226	81	2.4	81	89	1	290	38	7	24	29	1.82
114588029--114588212	27	6.8	27	87	2	262	39	6	24	29	1.80
114591554--114591606	5	11.0	5	82	11	58	77	1	3	16	1.01
114592177--114592242	31	2.2	31	97	2	125	30	24	9	36	1.86
114597535--114597694	52	3.2	49	78	9	148	24	15	30	30	1.96
114601157--114601318	26	6.2	26	94	0	261	33	5	24	36	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
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