genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  6  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1565360--1565385	13	2.0	13	100	0	52	23	15	0	61	1.33
1570557--1570589	16	2.1	16	88	5	50	36	0	9	54	1.32
1579283--1579350	23	3.0	23	97	0	127	22	5	25	47	1.73
1585293--1585340	19	2.6	17	87	9	60	2	33	0	64	1.05
1585413--1585471	27	2.2	27	90	0	91	23	38	25	11	1.89
1585474--1585528	21	2.6	21	94	0	92	20	16	1	61	1.43
1588279--1589157	27	32.6	27	85	4	1078	27	22	9	40	1.84
1590484--1590540	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
1590482--1590544	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
1590600--1590742	24	6.0	24	91	4	227	29	20	21	27	1.98
1590599--1590743	47	3.0	48	90	5	231	30	20	21	27	1.98
1590601--1590742	71	2.0	72	91	4	234	28	21	21	28	1.99
1590935--1590998	31	2.1	31	84	0	83	37	15	20	26	1.92
1599329--1599463	40	3.4	40	87	2	173	24	16	25	33	1.96
1599447--1599506	28	2.1	28	81	6	68	28	10	28	33	1.89
1601411--1601576	42	3.8	43	81	10	176	29	25	14	30	1.95
1601494--1601618	49	2.6	48	88	3	173	28	26	15	29	1.96
1601641--1601758	31	3.8	31	89	4	184	25	29	18	26	1.98
1601734--1601910	50	3.5	50	92	2	275	26	22	14	36	1.93
1604210--1604340	39	3.3	39	82	5	156	32	18	25	23	1.97
1604547--1604578	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1604578--1604649	2	36.0	2	100	0	144	0	0	50	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1606277--1606318	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
1611437--1611462	9	2.9	9	100	0	52	30	0	11	57	1.34
1615179--1615237	29	2.0	30	90	3	93	30	5	13	50	1.63
1615677--1615758	42	1.9	43	87	2	121	46	8	4	40	1.56
1616362--1616468	54	2.0	54	90	0	169	39	12	12	36	1.80
1619617--1619663	23	2.0	23	100	0	94	34	19	8	38	1.82
1626251--1626314	31	2.0	34	84	9	89	39	1	0	59	1.07
1626399--1626636	120	2.0	120	98	0	458	37	10	10	41	1.75
1630119--1630146	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1639411--1639472	30	2.1	30	90	0	97	24	9	14	51	1.72
1642356--1642384	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
1642430--1642463	16	2.1	16	100	0	68	38	23	5	32	1.79
1642931--1642993	30	2.1	30	88	5	92	57	11	4	26	1.53
1643024--1643066	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
1643031--1643071	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
1643463--1643504	15	2.8	15	77	0	57	19	23	23	33	1.97
1643608--1643664	23	2.5	23	97	0	105	22	14	29	33	1.93
1643535--1643643	45	2.4	46	78	3	123	34	13	21	30	1.92
1643805--1643892	29	3.0	29	81	6	115	23	23	27	25	2.00
1646567--1646606	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
1647329--1647436	45	2.4	46	84	3	130	34	13	20	31	1.92
1647357--1647436	23	3.5	23	66	10	56	27	13	23	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1647329--1647458	45	2.9	45	78	8	113	33	13	20	31	1.92
1647428--1647482	23	2.5	21	77	11	56	27	12	27	32	1.93
1647644--1647710	30	2.2	30	86	5	91	20	19	31	28	1.97
1650730--1650766	18	2.0	19	85	15	51	24	0	2	72	0.97
1652629--1652680	19	2.7	19	82	11	63	48	3	1	46	1.31
1657774--1657818	21	2.0	22	83	8	56	35	17	4	42	1.70
1664761--1664823	30	2.1	30	100	0	126	39	9	12	38	1.76
1672320--1672385	30	2.3	27	78	14	69	30	10	12	46	1.75
1672468--1672514	15	3.2	15	76	14	53	40	2	0	57	1.11
1673381--1673415	15	2.4	15	90	4	54	62	0	0	37	0.95
1679121--1679185	31	2.1	31	100	0	130	41	16	10	30	1.83
1689166--1689244	39	2.0	39	100	0	158	30	15	12	41	1.84
1703268--1703435	62	2.8	58	73	15	160	32	18	11	38	1.86
1714333--1714371	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
1714370--1714838	176	2.7	174	75	9	439	40	19	10	29	1.85
1718528--1718585	30	1.9	30	86	6	82	44	8	6	39	1.62
1723898--1723936	17	2.4	16	86	4	51	64	0	0	35	0.94
1727557--1727688	8	17.0	8	67	21	68	56	0	3	39	1.20
1727556--1727605	9	5.4	9	86	13	75	68	0	0	32	0.90
1727555--1727688	37	3.5	38	76	15	132	57	0	2	38	1.19
1727630--1727688	22	2.5	24	86	10	79	54	0	1	44	1.10
1727557--1727688	39	3.4	39	77	6	144	56	0	3	39	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1732645--1732703	29	2.0	29	83	9	75	50	13	5	30	1.63
1735957--1735983	5	5.4	5	100	0	54	0	37	0	62	0.95
1736358--1736388	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
1737308--1737352	20	2.2	20	84	4	54	55	2	4	37	1.32
1738842--1738950	53	2.1	53	96	0	200	36	17	4	41	1.70
1744261--1744305	14	3.2	14	81	9	56	64	4	0	31	1.13
1755697--1755781	30	2.9	29	77	10	91	51	10	3	34	1.53
1759029--1759140	39	3.0	39	73	16	110	56	0	1	41	1.10
1759063--1759129	18	3.8	17	75	16	64	61	0	1	37	1.05
1767006--1767119	55	2.1	55	100	0	228	49	7	21	22	1.73
1768219--1768257	10	3.9	10	87	9	53	25	0	2	71	0.98
1769071--1769122	25	2.1	25	96	0	95	26	5	11	55	1.58
1778193--1778230	18	2.1	18	100	0	76	44	21	0	34	1.52
1780177--1780257	26	2.9	28	75	22	80	60	1	1	37	1.13
1781845--1781874	11	2.6	11	94	5	51	16	6	3	73	1.18
1783060--1783089	14	2.1	14	93	0	51	26	6	23	43	1.78
1785768--1785896	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
1792675--1792803	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
1795544--1795601	22	2.6	22	91	0	89	55	17	3	24	1.57
1805356--1805400	21	2.1	21	100	0	90	42	8	26	22	1.83
1805494--1805541	22	2.2	22	85	7	62	8	10	14	66	1.43
1807514--1807577	29	2.2	29	83	10	78	39	6	10	43	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1807535--1807590	29	1.9	29	88	0	85	35	8	10	44	1.71
1810613--1810638	13	2.0	13	100	0	52	23	23	0	53	1.46
1811347--1811375	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
1814465--1814509	23	2.0	23	90	0	72	51	2	0	46	1.13
1825665--1826034	185	2.0	184	94	0	650	42	15	15	25	1.87
1831195--1831268	28	2.6	28	75	14	71	60	6	2	29	1.36
1831238--1831274	19	2.1	19	85	10	51	59	5	2	32	1.34
1831224--1831291	27	2.5	29	77	18	74	57	7	2	32	1.41
1831247--1831301	29	2.0	27	82	13	67	52	9	3	34	1.50
1831374--1831414	14	2.9	14	96	0	73	46	0	4	48	1.23
1831374--1831414	2	20.5	2	89	0	64	46	0	4	48	1.23
1832148--1832199	15	3.8	13	75	20	52	23	0	3	73	1.00
1832146--1832202	14	4.0	14	75	18	55	24	0	3	71	1.01
1832253--1832290	17	2.2	17	86	9	51	73	0	10	15	1.09
1836624--1836661	16	2.4	16	91	4	60	71	0	7	21	1.11
1840490--1840564	24	3.3	24	64	27	63	36	4	18	41	1.70
1841470--1841516	23	2.0	24	87	4	69	34	6	0	59	1.23
1853598--1853655	28	2.1	28	96	0	107	34	12	13	39	1.82
1854727--1854763	17	2.1	19	90	10	60	62	5	0	32	1.18
1854778--1854864	27	3.2	28	79	11	92	52	6	6	33	1.55
1854846--1854876	16	1.9	16	93	0	53	54	0	9	35	1.33
1855255--1855316	18	3.3	19	82	11	65	58	4	3	33	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1855267--1855306	3	13.3	3	84	10	55	65	2	0	32	1.06
1861337--1861371	16	2.3	15	90	9	54	45	0	5	48	1.26
1863256--1863294	19	2.2	19	86	9	55	66	0	5	28	1.12
1863762--1863822	29	2.1	28	82	11	70	24	6	1	67	1.24
1865315--1865352	19	2.0	19	90	10	60	26	10	21	42	1.85
1874013--1874053	19	2.2	19	100	0	82	48	24	12	14	1.78
1879785--1879826	17	2.4	18	80	11	52	50	0	4	45	1.23
1881333--1881366	2	17.5	2	93	6	61	0	50	0	50	1.00
1884132--1884299	82	2.1	80	92	2	273	41	19	16	22	1.90
1891667--1891706	17	2.5	15	80	11	53	60	0	0	40	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410