genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  199  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60860006--60860177	93	1.8	93	92	2	292	21	20	29	27	1.98
60862577--60862612	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
60866100--60866202	29	3.5	29	97	1	188	36	14	24	24	1.93
60868827--60869002	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
60868823--60868994	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
60871946--60872014	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
60871937--60872024	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
60874388--60874563	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
60874384--60874555	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
60882361--60882462	29	3.5	29	98	0	195	37	14	24	23	1.93
60884508--60884607	6	16.3	6	70	15	71	49	15	18	18	1.81
60884517--60884607	25	3.7	25	77	4	96	49	14	18	17	1.80
60884725--60884860	27	5.0	26	85	7	173	36	22	22	18	1.95
60884725--60884860	55	2.5	53	86	4	182	36	22	22	18	1.95
60884725--60884878	82	1.9	80	80	10	172	37	21	22	18	1.95
60885018--60885076	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
60885453--60885619	55	3.1	54	86	2	237	27	17	17	36	1.93
60885453--60885611	82	1.9	82	88	5	241	27	18	18	36	1.94
60885425--60885619	27	7.2	27	82	6	193	27	18	17	35	1.94
60887106--60887272	40	4.2	40	90	5	232	22	28	26	22	1.99
60887122--60887311	80	2.4	81	83	5	208	22	27	25	24	2.00
60894418--60894527	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60894418--60894567	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
60896944--60897022	22	3.5	23	77	13	76	20	25	20	34	1.96
60897178--60897231	16	3.2	16	76	5	54	38	14	11	35	1.82
60899574--60899753	40	4.5	40	77	7	161	24	25	23	26	2.00
60899574--60899752	80	2.2	81	81	4	202	24	25	24	26	2.00
60902636--60902760	47	2.8	45	87	6	184	28	26	19	26	1.99
60902641--60902813	90	1.9	88	82	5	213	29	23	19	27	1.98
60907808--60908022	40	5.4	40	87	5	287	25	27	23	23	2.00
60907808--60908022	78	2.7	79	86	5	285	25	27	23	23	2.00
60907808--60908022	118	1.8	119	86	3	317	25	27	23	23	2.00
60910528--60910576	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
60911392--60911557	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
60918542--60918590	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
60919407--60919572	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
60925176--60925278	29	3.6	28	80	5	109	27	26	16	30	1.97
60931559--60931661	29	3.6	28	80	5	109	27	26	16	30	1.97
60936647--60936862	40	5.4	40	83	2	240	25	27	23	24	2.00
60942616--60942700	27	3.1	27	84	0	116	28	25	12	32	1.93
60942850--60942919	27	2.6	27	88	0	113	28	25	14	31	1.95
60945890--60946263	186	2.0	186	99	0	739	37	15	25	21	1.93
60958998--60959121	55	2.2	56	77	4	144	16	27	29	25	1.97
60964527--60964567	8	5.1	8	84	0	55	43	17	29	9	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60969344--60969452	37	2.9	37	90	0	173	28	30	17	23	1.97
60969598--60969782	48	3.8	48	89	4	291	30	27	6	35	1.82
60969598--60969781	98	1.9	97	91	4	300	30	27	6	35	1.82
60969752--60969992	47	5.1	47	92	2	369	26	28	11	33	1.91
60972789--60972849	27	2.3	27	80	5	70	31	13	22	32	1.92
60978747--60978776	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
60992418--60992474	27	2.1	27	86	0	78	22	17	21	38	1.93
60992584--60992688	33	3.3	33	75	11	94	23	24	25	25	2.00
60993291--60993349	30	1.9	30	82	3	73	49	1	22	27	1.59
60996067--60996208	33	4.3	33	71	12	112	30	21	26	21	1.98
60996236--60996319	43	1.9	44	90	2	134	35	21	22	20	1.96
60996326--60996576	46	5.4	46	87	2	315	42	13	22	20	1.88
60997026--60997072	24	2.0	23	91	4	76	10	4	36	48	1.57
60997159--60997183	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
61004272--61004308	19	1.9	20	88	5	58	45	18	2	32	1.64
61008084--61008131	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
61008170--61008226	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
61008168--61008238	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
61008179--61008233	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
61008283--61008435	24	6.4	24	89	3	220	29	21	20	28	1.98
61008283--61008435	47	3.2	47	86	5	218	29	21	20	28	1.98
61008283--61008435	71	2.1	71	92	1	252	29	21	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61008642--61008705	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
61010618--61010732	28	4.1	28	76	12	94	37	22	20	19	1.94
61010664--61010732	29	2.4	29	85	2	95	34	23	23	18	1.96
61011146--61011177	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
61012147--61012217	24	3.0	24	93	0	115	25	36	1	36	1.65
61018504--61018618	28	4.2	26	80	12	122	36	22	22	18	1.95
61018504--61018618	57	2.1	54	83	8	142	36	22	22	18	1.95
61020043--61020113	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
61023836--61023894	22	2.6	22	81	7	66	20	20	22	37	1.95
61025298--61025473	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
61025295--61025466	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
61029614--61029659	23	2.0	23	100	0	92	47	17	13	21	1.81
61032813--61032980	47	3.6	46	77	11	182	22	21	27	29	1.99
61038066--61038276	40	5.3	40	83	3	203	27	23	25	24	2.00
61038059--61038245	80	2.3	80	84	1	232	25	23	26	24	2.00
61038058--61038290	80	2.9	79	78	6	229	27	23	25	23	2.00
61038059--61038276	120	1.8	120	82	5	280	26	23	25	23	2.00
61041365--61041551	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
61041388--61041551	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
61041388--61041585	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
61048935--61049121	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
61048958--61049121	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61048958--61049155	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
61053136--61053290	42	3.7	42	77	6	152	30	25	13	30	1.94
61061358--61061484	39	3.3	39	87	0	173	43	22	4	29	1.74
61068034--61068180	47	3.2	45	76	13	138	23	29	19	27	1.98
61072018--61072197	40	4.5	40	82	4	186	27	22	26	23	2.00
61074641--61074844	53	3.8	53	74	4	140	37	17	23	21	1.94
61075495--61075535	21	2.0	21	95	0	73	14	26	26	31	1.95
61088685--61088724	20	2.0	20	85	5	53	10	30	17	42	1.82
61094938--61095102	53	3.1	53	79	3	170	41	13	25	19	1.87
61099739--61099886	43	3.5	43	71	12	126	28	19	23	28	1.98
61108911--61108952	22	1.9	22	100	0	84	54	0	9	35	1.33
61113276--61113465	40	4.6	40	79	5	150	24	29	19	26	1.98
61113353--61113478	43	3.0	43	88	3	168	23	30	20	25	1.98
61114362--61114392	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
61116429--61116567	40	3.5	40	89	2	181	24	27	25	23	2.00
61118486--61118515	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
61121483--61121625	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
61121484--61121665	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
61129505--61129647	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
61129506--61129687	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
61133267--61133384	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
61133235--61133398	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61140330--61140363	15	2.3	15	100	0	68	47	0	11	41	1.40
61140848--61140965	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
61140816--61140979	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
61144054--61144108	27	2.0	27	100	0	110	18	20	25	36	1.94
61144881--61144927	23	2.1	23	84	4	60	53	4	2	40	1.32
61147559--61147666	26	4.2	26	91	0	180	32	6	25	36	1.81
61154598--61154705	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
61156154--61156194	18	2.3	18	95	0	73	48	4	14	31	1.65
61159508--61159637	29	4.5	29	85	6	156	27	26	14	31	1.95
61162131--61162162	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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