genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21327792--21327989	81	2.4	81	87	1	272	28	24	8	38	1.84
21328021--21328310	27	10.7	27	81	4	280	40	19	7	32	1.80
21328342--21328402	27	2.3	27	79	0	68	37	16	22	22	1.93
21329213--21329296	25	3.4	25	94	0	141	29	25	23	21	1.99
21329527--21329671	31	4.7	31	88	1	204	31	15	23	29	1.96
21331302--21331361	30	2.0	30	90	6	95	26	18	18	36	1.94
21334213--21334304	38	2.4	38	100	0	184	26	42	14	17	1.87
21352744--21352803	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
21352765--21352828	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
21352844--21352895	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
21353540--21353596	26	2.2	25	81	3	69	19	21	22	36	1.95
21360541--21360634	27	3.5	27	92	0	152	22	19	21	37	1.95
21365419--21365460	22	2.0	22	85	4	59	14	38	26	21	1.91
21365752--21366021	46	5.7	48	75	12	229	23	31	17	27	1.97
21365752--21366061	46	6.6	47	72	16	198	23	30	18	28	1.97
21365752--21366061	94	3.3	94	75	13	282	23	30	18	28	1.97
21369087--21369157	29	2.4	29	100	0	142	29	15	28	26	1.96
21369087--21369217	29	4.5	29	84	3	106	26	16	31	25	1.97
21376879--21376949	29	2.4	29	100	0	142	29	15	28	26	1.96
21376879--21377009	29	4.5	29	84	3	106	26	16	31	25	1.97
21384731--21384790	29	2.1	29	81	3	68	46	0	23	30	1.52
21387421--21387492	37	1.9	37	97	0	135	36	13	20	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21389895--21389955	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
21390282--21390324	19	2.3	18	81	14	52	18	6	13	60	1.55
21395656--21395710	28	1.9	28	81	3	65	45	3	21	29	1.69
21399939--21400007	28	2.5	28	88	9	97	30	26	13	30	1.93
21405522--21405558	17	2.1	18	90	5	58	81	5	13	0	0.86
21405522--21405558	18	2.1	18	90	5	58	81	5	13	0	0.86
21406797--21406903	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
21406838--21406964	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
21414198--21414298	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
21416765--21416858	46	2.0	46	100	0	188	42	14	19	23	1.88
21425713--21425899	40	4.7	40	88	4	281	25	27	23	24	2.00
21425713--21425895	79	2.3	80	89	5	275	25	27	24	22	2.00
21434522--21434708	40	4.7	40	85	5	238	26	27	21	24	2.00
21434489--21434704	79	2.7	80	84	4	262	25	27	21	25	1.99
21444800--21444827	14	2.0	14	100	0	56	28	7	28	35	1.84
21446999--21447153	76	2.0	76	96	0	283	44	16	7	31	1.76
21449547--21449709	39	4.2	39	91	0	245	22	20	32	23	1.98
21457372--21457524	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
21457379--21457553	78	2.2	78	87	3	244	23	22	31	22	1.98
21461380--21461449	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
21469090--21469287	48	4.1	48	90	2	299	30	24	18	25	1.98
21469059--21469287	96	2.4	96	87	0	332	31	25	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21469267--21469351	37	2.3	37	87	4	118	27	22	18	31	1.97
21482969--21483137	46	3.7	46	75	13	184	22	19	27	30	1.98
21487339--21487378	20	2.0	20	85	0	53	32	10	12	45	1.75
21489395--21489434	20	2.0	20	100	0	80	25	15	20	40	1.90
21489617--21489678	24	2.7	24	92	7	103	46	6	24	22	1.75
21494373--21494418	22	2.1	22	100	0	92	34	4	26	34	1.76
21494818--21494848	13	2.4	13	94	0	53	6	9	41	41	1.63
21497095--21497304	41	5.1	41	90	2	316	30	27	15	26	1.96
21508350--21508481	29	4.6	29	92	0	210	25	31	15	27	1.95
21508321--21508481	58	2.8	58	86	0	178	25	32	15	26	1.95
21516391--21516493	29	3.6	29	89	0	152	25	32	15	27	1.96
21516362--21516493	58	2.3	58	81	0	156	25	33	15	25	1.95
21520095--21520224	46	2.8	46	91	0	215	36	14	23	26	1.93
21520095--21520282	96	2.0	92	80	6	207	35	14	23	26	1.93
21528398--21528436	19	2.2	18	90	9	62	46	5	15	33	1.68
21531769--21531921	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
21539139--21539291	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
21543213--21543332	41	3.0	41	87	1	170	31	28	16	23	1.96
21544778--21544884	24	4.3	25	70	13	87	35	19	24	20	1.96
21546725--21546877	30	5.2	30	86	1	175	22	22	15	38	1.92
21546725--21546865	58	2.4	59	83	2	158	22	24	14	37	1.92
21561977--21562072	40	2.4	40	84	6	124	14	26	19	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21564295--21564580	40	7.2	40	89	2	418	23	20	29	27	1.99
21564291--21564580	118	2.4	118	88	5	440	23	20	28	27	1.99
21564296--21564580	158	1.8	158	89	1	446	23	20	29	27	1.98
21572570--21572812	40	6.2	40	90	3	359	23	20	29	27	1.99
21572570--21572812	79	3.1	80	90	3	359	23	20	29	27	1.99
21575164--21575262	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
21582833--21582931	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
21608809--21608842	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
21614277--21614458	40	4.6	40	83	4	208	23	23	28	24	1.99
21614271--21614475	79	2.6	80	78	4	245	24	22	27	25	2.00
21620413--21620649	48	4.9	48	80	5	219	24	28	19	27	1.98
21622035--21622206	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
21622028--21622203	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
21629587--21629758	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
21629580--21629755	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
21638391--21638573	40	4.6	39	78	10	176	24	21	27	25	1.99
21641688--21641864	48	3.7	47	75	8	128	24	28	19	27	1.98
21644242--21644364	46	2.6	47	82	11	146	31	20	26	21	1.98
21644242--21644410	46	3.6	46	75	9	119	30	19	27	22	1.98
21644246--21644455	47	4.5	47	76	12	139	30	19	27	22	1.98
21645581--21645621	22	1.9	21	85	5	55	19	43	17	19	1.88
21649582--21649992	142	2.9	143	80	9	362	25	27	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21649776--21649992	94	2.3	96	87	1	312	24	26	17	30	1.97
21649776--21649992	48	4.6	48	86	2	312	24	26	17	30	1.97
21651698--21651788	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
21651828--21652027	48	4.2	48	92	0	328	32	27	6	34	1.82
21652019--21652255	96	2.5	93	93	3	357	29	28	8	33	1.87
21652019--21652265	47	5.1	47	90	4	388	29	29	8	33	1.86
21655930--21656193	40	6.6	40	94	0	458	26	27	20	25	1.99
21656187--21656274	40	2.2	40	82	6	108	29	28	19	22	1.98
21655930--21656304	120	3.1	119	85	5	377	27	27	20	25	1.99
21658210--21658300	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
21658340--21658539	48	4.2	48	94	0	346	32	29	6	32	1.83
21658531--21658765	96	2.5	95	97	0	371	29	29	8	32	1.87
21658531--21658775	47	5.1	47	92	3	411	28	29	8	33	1.86
21661677--21661775	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
21669342--21669440	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
21672391--21672547	29	5.6	29	90	3	223	25	15	33	26	1.95
21680483--21680520	20	1.9	20	94	0	67	18	21	31	28	1.97
21680501--21680688	57	3.3	57	91	0	286	27	14	31	26	1.95
21680501--21680688	29	6.6	29	91	1	290	27	14	31	26	1.95
21680501--21680667	86	2.0	85	93	1	289	27	14	31	26	1.95
21684406--21684706	40	7.6	40	85	5	317	26	28	20	24	1.99
21684406--21684589	79	2.3	80	93	1	325	26	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21686609--21686699	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
21686739--21686938	48	4.2	48	95	0	355	32	29	6	32	1.83
21686930--21687219	47	6.1	47	93	3	503	28	29	8	33	1.86
21686930--21687219	96	3.1	96	95	2	518	28	29	8	33	1.86
21686931--21687209	143	2.0	142	96	2	515	29	29	8	32	1.87
21689912--21689951	20	2.0	21	85	5	55	37	20	0	42	1.52
21691895--21691929	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
21693725--21693778	16	3.4	16	78	0	54	33	11	0	55	1.35
21693736--21693796	16	3.9	16	76	8	54	32	8	0	59	1.27
21698768--21698799	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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