genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.372.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  372  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113822034--113822066	6	5.5	6	100	0	66	0	15	51	33	1.43
113823231--113823293	31	2.0	31	84	0	81	38	9	7	44	1.66
113823306--113823330	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
113825054--113825104	17	2.9	17	80	11	59	64	0	1	33	1.05
113825054--113825112	17	3.3	18	75	17	52	64	0	1	33	1.04
113828082--113828189	25	4.3	25	86	0	126	21	29	17	31	1.96
113828606--113828663	29	2.0	29	96	0	107	37	15	10	36	1.82
113831106--113831135	14	2.1	15	93	6	53	56	13	10	20	1.65
113834255--113834309	27	2.0	27	92	0	92	38	16	18	27	1.92
113838537--113838622	39	2.1	41	85	4	113	31	16	20	31	1.95
113840146--113840180	11	3.2	11	100	0	70	65	17	0	17	1.27
113839822--113840517	358	1.9	359	96	0	1295	31	20	15	32	1.94
113844051--113844203	82	1.9	83	84	1	209	29	18	19	32	1.96
113850999--113851180	41	4.5	40	84	2	213	29	28	16	25	1.97
113851002--113851180	81	2.2	80	83	4	207	29	27	16	25	1.97
113851676--113851715	21	2.0	20	90	5	62	45	27	0	27	1.54
113854206--113854293	43	2.1	42	80	6	97	29	20	18	31	1.96
113857525--113857587	30	2.1	30	100	0	126	46	20	3	30	1.66
113857837--113857897	30	2.0	30	90	0	95	27	21	19	31	1.97
113861001--113861045	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
113861055--113861124	34	2.1	34	97	0	131	38	8	12	40	1.74
113861164--113861403	80	3.0	80	99	0	471	35	14	13	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113875405--113875454	10	5.0	10	81	13	59	68	4	8	20	1.32
113876081--113876265	96	1.9	95	92	1	307	30	27	15	27	1.96
113878943--113879135	40	4.8	40	90	1	291	21	23	30	24	1.99
113880534--113880578	5	8.8	5	81	13	56	80	2	0	17	0.82
113880506--113880571	15	4.5	15	81	11	68	75	1	3	19	1.01
113880505--113880578	25	2.9	25	84	8	78	75	1	4	18	1.03
113886456--113886505	10	5.0	10	81	13	59	68	4	8	20	1.32
113886766--113887092	110	3.0	110	100	0	654	32	16	17	33	1.93
113893808--113893859	13	4.0	13	72	18	54	28	3	1	65	1.21
113893836--113893872	19	1.9	19	100	0	74	29	0	0	70	0.88
113894036--113894105	31	2.3	31	94	0	122	42	12	10	34	1.77
113894576--113894638	32	2.0	32	87	0	90	47	7	1	42	1.42
113895354--113895411	26	2.2	25	82	14	73	37	0	13	48	1.43
113895372--113895412	14	3.1	14	86	13	68	43	0	12	43	1.41
113895689--113895731	21	2.0	21	100	0	86	37	4	9	48	1.56
113904150--113904468	27	11.8	27	80	6	173	37	21	6	33	1.80
113904276--113904553	54	5.1	53	74	8	209	39	20	7	32	1.80
113904149--113904459	81	3.8	81	74	5	261	37	21	7	33	1.81
113904573--113904638	27	2.4	27	78	14	73	36	24	19	19	1.95
113904584--113904650	27	2.5	27	80	7	75	37	19	22	20	1.95
113905460--113905526	25	2.7	25	88	9	93	26	25	23	23	2.00
113905460--113905542	25	3.4	24	83	11	80	30	21	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113905749--113905831	31	2.7	31	94	3	143	27	15	27	28	1.96
113908697--113908867	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
113908689--113908864	46	3.8	46	79	12	216	29	28	21	21	1.98
113913151--113913197	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
113913168--113913265	19	5.2	19	88	7	146	35	15	11	37	1.83
113913168--113913265	36	2.6	37	85	9	135	35	15	11	37	1.83
113920004--113920337	46	7.9	39	84	13	368	36	16	24	22	1.94
113920081--113920381	46	6.7	46	87	6	395	38	15	23	21	1.92
113920043--113920337	84	3.4	84	92	3	455	36	16	24	22	1.94
113922314--113922485	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
113922307--113922482	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
113938148--113938540	71	5.5	71	81	5	484	29	16	22	31	1.96
113938222--113938500	74	3.8	74	82	5	370	27	17	22	32	1.96
113938158--113938540	145	2.6	145	97	0	712	28	16	22	32	1.95
113938616--113938649	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
113939042--113939218	68	2.6	67	82	7	207	28	16	17	37	1.91
113939917--113939948	16	2.0	16	93	0	55	40	40	6	12	1.68
113941191--113941215	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
113941414--113941518	14	8.4	12	73	15	65	38	4	1	55	1.32
113941478--113941518	2	20.5	2	89	0	64	46	2	2	48	1.28
113943642--113943694	23	2.3	23	87	9	72	1	28	1	67	1.11
113944002--113944052	26	1.9	27	84	4	68	33	9	3	52	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113944067--113944098	15	2.1	15	94	0	55	43	9	6	40	1.62
113945087--113945115	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
113946819--113946857	18	2.1	19	90	4	62	74	0	23	2	0.94
113949904--113950289	50	7.4	54	65	12	146	28	4	7	59	1.44
113949873--113950332	155	3.0	155	94	0	764	28	5	7	59	1.46
113950194--113950469	135	2.0	137	92	3	461	28	6	7	57	1.51
113950034--113951140	290	3.8	289	83	11	1396	27	5	7	58	1.48
113950909--113950989	25	3.0	25	75	19	74	24	4	3	66	1.28
113950325--113951140	152	5.4	151	86	6	1085	27	5	7	59	1.47
113951572--113951606	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
113951608--113951663	27	2.1	27	87	12	80	50	10	0	39	1.37
113951772--113951826	3	18.3	3	96	0	101	0	36	0	63	0.95
113953111--113953190	36	2.2	36	91	2	126	18	27	10	43	1.82
113961118--113961171	20	2.6	21	77	17	58	55	12	0	31	1.38
113968630--113968654	7	3.6	7	100	0	50	0	16	12	72	1.13
113975596--113975646	25	2.0	25	92	0	84	39	0	0	60	0.97
113981845--113981980	52	2.6	54	80	3	152	27	17	26	28	1.98
113988934--113989055	52	2.3	53	83	4	149	27	17	27	27	1.97
113994782--113994843	27	2.3	27	86	5	81	62	4	3	29	1.31
113994772--113994843	27	2.7	26	81	10	74	59	5	4	30	1.39
113995020--113995047	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
113995268--113995369	27	3.8	26	76	7	98	57	2	4	34	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113995404--113995432	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
113995548--113995589	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
113995671--113995702	2	17.0	2	87	12	50	50	0	0	50	1.00
113998177--113998691	267	1.9	267	98	0	1003	21	20	20	37	1.94
114008256--114008310	27	2.0	27	100	0	110	41	21	18	18	1.90
114011438--114011725	144	2.0	144	100	0	576	36	19	12	31	1.89
114011961--114012128	81	2.1	82	98	1	329	46	16	17	20	1.84
114012146--114012243	46	2.1	46	98	0	187	43	9	26	20	1.81
114013599--114013638	21	1.9	21	84	0	53	37	2	0	60	1.11
114017078--114017140	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
114017260--114017300	14	3.1	14	76	20	52	17	36	0	46	1.48
114026912--114026982	36	2.0	36	85	0	97	63	7	7	22	1.44
114033919--114033955	19	1.9	19	94	0	65	51	0	0	48	1.00
114036669--114036696	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
114041388--114041538	53	2.8	53	88	4	205	30	27	16	25	1.97
114048912--114049053	53	2.7	53	91	2	214	29	27	17	25	1.97
114057541--114057580	19	2.0	20	90	4	64	55	0	20	25	1.44
114057806--114057837	17	1.9	17	93	6	57	50	0	9	40	1.35
114057827--114057851	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
114060095--114060184	3	31.3	3	73	8	71	37	0	4	57	1.19
114061967--114062177	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
114061933--114062219	137	2.1	137	98	0	556	31	25	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114064005--114064166	26	6.2	26	92	0	243	35	24	6	34	1.80
114064005--114064166	78	2.1	78	94	2	281	35	24	6	34	1.80
114064543--114064585	21	2.2	20	84	16	54	55	0	18	25	1.42
114066323--114066348	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
114066903--114066996	40	2.4	39	82	5	109	38	37	10	13	1.80
114073608--114073744	68	2.0	68	98	0	265	31	15	13	40	1.85
114074232--114074326	40	2.4	40	78	3	104	34	36	14	13	1.86
114074422--114074461	12	3.3	12	82	10	55	82	7	0	10	0.84
114074423--114074464	11	3.7	11	81	15	50	80	7	0	11	0.88
114080313--114080370	30	1.9	30	85	0	80	58	12	5	24	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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