genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16613979--16614095	54	2.2	54	90	4	184	35	5	25	33	1.78
16615370--16615696	48	6.8	48	75	6	232	27	19	29	22	1.98
16615365--16615698	96	3.5	95	75	6	273	27	19	29	23	1.98
16619557--16619626	25	2.8	25	86	0	104	25	20	25	28	1.99
16619673--16619711	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
16619673--16619712	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
16627443--16627519	25	3.1	25	84	1	75	27	20	20	31	1.98
16627455--16627519	25	2.6	25	90	0	94	27	23	21	27	1.99
16627566--16627600	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
16627566--16627605	21	1.9	21	94	0	71	32	15	17	35	1.91
16641420--16641527	40	2.7	40	80	0	108	24	26	21	27	1.99
16649360--16649527	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
16654149--16654253	28	4.0	27	72	14	78	18	2	6	72	1.19
16659120--16659307	43	4.4	43	85	0	241	34	22	20	22	1.97
16659602--16659649	21	2.3	21	92	0	78	4	58	14	22	1.54
16660205--16660242	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
16661314--16661364	25	1.9	28	84	11	72	43	21	1	33	1.64
16676304--16678850	477	5.3	477	99	0	4857	41	11	10	36	1.77
16681526--16681628	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
16686015--16686040	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
16686055--16686086	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
16687085--16687263	41	4.4	40	85	6	211	20	20	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16687085--16687267	82	2.2	82	85	6	239	21	20	22	35	1.96
16687085--16687297	41	5.1	42	82	10	185	21	20	21	36	1.95
16698369--16698488	61	2.0	61	88	0	177	31	26	10	30	1.90
16698393--16698497	32	3.4	32	65	13	85	34	26	10	28	1.90
16705713--16705749	19	1.9	19	88	0	56	59	2	2	35	1.26
16705745--16705799	21	2.5	23	82	11	71	63	0	3	32	1.12
16705759--16705797	12	3.4	11	89	10	60	64	0	2	33	1.08
16705762--16705809	15	3.2	16	72	25	50	64	0	2	33	1.05
16705722--16705811	19	4.4	20	74	15	62	62	1	2	34	1.15
16705836--16705893	25	2.4	25	82	8	75	60	1	1	36	1.17
16707479--16707961	44	11.0	44	83	2	592	26	27	14	31	1.94
16713388--16713525	40	3.5	40	81	4	138	24	23	28	22	1.99
16730299--16730420	61	2.0	61	86	0	172	30	26	13	30	1.93
16737631--16737667	19	1.9	19	88	0	56	59	2	2	35	1.26
16737663--16737717	21	2.5	23	82	11	71	63	0	3	32	1.12
16737577--16737720	12	12.6	12	68	15	58	62	0	4	32	1.19
16737626--16737727	15	6.7	16	70	19	51	61	0	2	34	1.17
16737640--16737729	19	4.4	20	74	15	62	62	1	2	34	1.15
16737754--16737810	25	2.4	24	80	11	64	61	1	1	35	1.17
16739022--16739065	18	2.4	18	84	3	52	18	6	0	75	1.02
16739388--16739828	44	10.0	44	88	3	634	25	28	15	30	1.96
16739388--16739833	178	2.5	176	90	1	676	25	28	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16751974--16752027	21	2.4	23	82	11	69	64	0	3	31	1.11
16751887--16752030	12	12.6	12	68	15	58	63	0	4	31	1.19
16751936--16752037	15	6.7	16	69	21	51	62	0	2	33	1.17
16751950--16752039	19	4.4	20	71	19	62	63	1	2	33	1.14
16752068--16752120	25	2.2	24	83	10	63	62	1	1	33	1.17
16754495--16754538	22	2.0	22	82	13	54	27	22	6	43	1.78
16766581--16766733	77	2.0	77	81	2	182	24	20	36	18	1.95
16767047--16767108	26	2.6	23	78	14	70	30	12	19	37	1.89
16767055--16767108	26	2.1	26	96	0	99	29	12	18	38	1.88
16767882--16767963	43	1.9	43	87	0	119	18	18	29	34	1.94
16776182--16776226	16	2.9	16	81	15	58	31	17	22	28	1.97
16776340--16776498	54	2.9	54	81	0	192	36	14	24	24	1.93
16780058--16780242	40	4.6	39	81	5	185	24	21	27	26	1.99
16780111--16780265	79	2.0	79	81	7	181	25	20	27	27	1.99
16781657--16781827	93	1.8	93	86	2	245	22	19	27	30	1.98
16785528--16785580	26	2.0	26	96	0	97	37	22	20	18	1.94
16791674--16791784	27	4.2	26	87	5	150	36	23	23	16	1.94
16793206--16793300	24	4.0	24	88	0	145	21	41	4	33	1.72
16799528--16799638	27	4.2	26	83	5	132	37	22	22	17	1.94
16799528--16799638	54	2.1	54	85	8	147	37	22	22	17	1.94
16801058--16801158	24	4.2	24	94	0	175	19	42	3	33	1.70
16801512--16801536	9	2.8	9	100	0	50	60	28	0	12	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16806805--16806871	32	2.1	32	94	0	116	38	7	22	31	1.82
16815921--16816091	39	4.3	39	91	3	229	25	29	21	24	1.99
16815921--16816144	40	5.7	40	84	6	235	25	28	21	24	1.99
16819602--16819785	40	4.6	40	82	4	237	22	28	24	24	2.00
16819602--16819785	79	2.3	81	85	8	243	22	28	24	24	2.00
16827749--16827969	40	5.6	40	80	4	234	24	26	23	24	2.00
16828136--16828174	19	2.1	19	100	0	78	28	25	10	35	1.89
16837579--16837670	43	2.1	43	91	0	148	30	16	16	36	1.91
16841004--16841038	17	2.1	17	100	0	70	28	28	22	20	1.98
16843144--16843548	49	8.3	49	92	1	647	30	29	7	32	1.85
16848071--16848188	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
16848039--16848202	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
16855647--16855764	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
16855615--16855778	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
16867365--16867460	43	2.2	43	90	0	147	27	22	18	31	1.97
16867472--16867658	42	4.5	42	93	0	311	36	20	13	28	1.91
16867451--16867658	84	2.5	84	90	0	317	35	20	14	29	1.92
16873490--16873571	43	1.9	43	90	5	130	30	29	19	20	1.97
16873622--16873677	22	2.5	22	94	0	94	21	23	17	37	1.94
16879850--16879957	30	3.6	30	75	9	105	23	12	25	38	1.89
16884855--16884895	20	2.0	20	100	0	82	43	9	24	21	1.83
16894732--16894779	17	2.9	15	85	14	60	35	4	0	60	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16895050--16895077	7	4.0	7	100	0	56	28	0	0	71	0.86
16900004--16900062	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
16900033--16900092	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
16901371--16901433	33	1.9	33	84	12	85	53	3	3	39	1.33
16906549--16906705	43	3.7	43	82	5	185	31	23	19	24	1.98
16906549--16906705	42	3.7	43	82	7	194	31	23	19	24	1.98
16918575--16918611	14	2.7	14	80	19	51	70	0	16	13	1.17
16918920--16918956	18	2.1	18	100	0	74	24	32	16	27	1.96
16923514--16923600	29	3.0	29	89	3	131	35	14	28	20	1.93
16925332--16925515	40	4.6	40	81	8	205	25	22	26	25	2.00
16925332--16925515	80	2.3	80	85	3	237	25	22	26	25	2.00
16926927--16927047	29	4.1	29	82	4	145	39	13	25	21	1.90
16926927--16927047	59	2.1	58	84	7	156	39	13	25	21	1.90
16926901--16927066	29	5.7	29	73	11	124	37	13	24	24	1.91
16941905--16941953	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
16942772--16942938	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
16949878--16949926	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
16950745--16950911	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
16957380--16957449	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
16957380--16957461	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
16964318--16964382	27	2.4	27	79	5	69	36	18	23	21	1.95
16965191--16965260	25	2.8	24	91	4	104	25	25	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16965408--16965541	42	3.2	42	90	0	214	29	15	20	33	1.94
16965569--16965679	31	3.6	31	95	1	197	27	18	26	28	1.98
16967904--16968143	27	8.9	27	86	3	304	32	22	7	38	1.81
16968175--16968260	27	3.2	27	81	6	102	43	20	6	29	1.78
16968237--16968330	27	3.4	27	79	13	102	41	17	8	32	1.79
16969259--16969342	25	3.4	24	87	8	116	27	22	22	27	1.99
16969477--16969610	42	3.2	42	97	0	250	32	14	19	33	1.92
16969634--16969779	31	4.7	31	87	0	195	27	17	26	29	1.97
16977290--16977514	114	2.0	114	92	0	378	26	17	24	32	1.97
16984275--16984332	18	3.4	18	68	18	61	22	43	27	6	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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