genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83113909--83113970	26	2.4	27	76	10	67	17	19	24	38	1.93
83114254--83114283	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
83114455--83114650	6	31.8	6	73	14	123	19	16	13	50	1.78
83114458--83114571	25	4.8	25	81	14	152	18	19	15	46	1.84
83114455--83114540	37	2.3	36	80	7	102	18	17	16	47	1.83
83114458--83114534	19	3.8	19	71	15	64	18	18	16	46	1.84
83114545--83114638	37	2.5	37	84	0	134	20	14	12	52	1.74
83116755--83116864	43	2.6	43	82	2	123	23	20	26	30	1.98
83123578--83123727	40	3.8	38	78	7	131	22	27	24	26	2.00
83123541--83123727	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
83133169--83133333	43	3.9	41	74	15	131	26	15	24	33	1.95
83138319--83138356	19	2.0	19	100	0	76	42	26	15	15	1.87
83138577--83138645	28	2.5	28	86	4	97	26	13	28	31	1.93
83143491--83143605	43	2.7	44	82	5	128	24	18	26	30	1.98
83149910--83150101	79	2.4	81	82	6	223	23	22	28	25	1.99
83149910--83150101	40	4.8	40	81	6	203	23	22	28	25	1.99
83155122--83155157	19	2.0	17	89	10	54	30	25	0	44	1.54
83164472--83164637	38	4.3	38	86	4	217	33	25	20	20	1.97
83168779--83168887	57	1.9	58	86	1	157	27	29	19	23	1.98
83169053--83169305	43	5.9	43	89	0	371	32	32	23	11	1.91
83172026--83172209	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
83172066--83172254	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83173828--83174011	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
83173868--83174056	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
83181555--83181816	24	11.0	24	95	0	454	20	18	25	35	1.95
83184632--83184703	29	2.5	28	88	6	101	31	13	26	27	1.94
83192526--83192626	28	3.5	30	83	6	127	30	13	26	28	1.94
83192526--83192626	29	3.5	29	81	9	116	30	13	26	28	1.94
83196767--83196894	37	3.4	37	96	1	229	24	32	18	24	1.97
83196981--83197220	49	4.9	49	98	0	453	30	27	7	34	1.85
83200932--83201069	40	3.5	40	92	0	213	25	26	21	26	1.99
83200930--83201100	80	2.2	80	82	6	213	26	26	20	26	1.99
83200932--83201100	40	4.2	40	87	3	164	26	26	20	26	1.99
83200949--83201140	80	2.4	80	81	7	205	27	26	19	26	1.99
83203058--83203185	37	3.4	37	97	1	238	25	32	18	23	1.97
83203272--83203558	49	5.9	49	97	1	533	30	27	8	34	1.85
83211171--83211239	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
83217497--83217534	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
83220550--83220713	43	3.9	41	71	13	118	25	17	25	32	1.97
83244187--83244314	42	3.0	43	83	6	161	24	19	27	28	1.98
83251598--83251682	44	2.0	43	88	6	127	24	14	28	32	1.94
83251875--83251942	35	1.9	35	96	0	127	36	16	10	36	1.82
83254036--83254220	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
83254029--83254220	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83262084--83262268	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
83262077--83262268	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
83269313--83269567	40	6.5	40	87	6	337	24	22	27	25	2.00
83269309--83269534	40	5.7	40	90	5	345	24	22	26	26	2.00
83269313--83269567	78	3.2	80	88	4	369	24	22	27	25	2.00
83271235--83271288	21	2.6	21	87	0	81	20	29	18	31	1.96
83272674--83272780	42	2.5	40	77	14	117	25	16	25	32	1.96
83278294--83278442	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
83278335--83278442	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
83286413--83286561	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
83286454--83286561	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
83290467--83290550	31	2.8	31	92	3	136	29	25	16	28	1.97
83290757--83290814	24	2.4	24	86	11	82	27	18	20	32	1.97
83290763--83290839	25	3.1	24	86	1	91	24	16	25	32	1.96
83291648--83291725	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
83291743--83291952	27	7.7	27	79	7	158	30	8	20	41	1.81
83291830--83291985	81	1.9	81	81	5	190	28	8	19	42	1.82
83291984--83292075	27	3.4	27	92	0	148	43	9	20	26	1.83
83293217--83293293	38	2.0	38	100	0	154	48	28	7	15	1.73
83297096--83297418	144	2.2	144	81	1	378	23	29	20	26	1.99
83297096--83297419	48	6.8	48	74	4	260	23	29	20	26	1.99
83300324--83300369	21	2.2	21	96	0	83	52	15	2	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83302929--83303047	43	2.8	42	83	7	150	30	26	16	26	1.97
83303927--83303962	17	2.1	18	89	5	56	41	0	0	58	0.98
83305508--83305564	27	2.1	27	93	0	96	14	14	21	50	1.76
83305845--83305931	29	3.0	29	93	1	140	29	29	13	26	1.94
83315734--83315900	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
83319836--83319973	26	5.3	26	76	6	102	42	19	7	31	1.78
83319844--83320002	52	3.0	52	80	7	187	39	20	8	32	1.82
83319985--83320058	26	2.8	27	81	6	89	37	22	10	28	1.88
83319853--83320099	27	9.3	27	77	8	170	38	21	8	31	1.84
83320027--83320137	54	2.1	54	87	0	159	27	25	10	36	1.89
83320050--83320725	27	24.8	27	81	7	609	27	22	9	40	1.85
83320050--83320725	81	8.3	81	80	10	730	27	22	9	40	1.85
83322052--83322128	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
83322061--83322132	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
83322050--83322132	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
83322187--83322376	24	8.0	23	87	5	258	30	21	21	26	1.99
83322186--83322375	71	2.7	71	87	6	269	30	21	21	26	1.99
83322569--83322629	31	2.0	31	93	0	104	36	16	21	26	1.94
83326577--83326826	123	2.0	125	98	1	486	22	9	17	50	1.74
83338262--83338291	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
83340070--83340104	17	2.1	17	94	0	61	60	8	5	25	1.49
83340256--83340289	10	3.4	10	87	0	50	0	14	0	85	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83356111--83356205	27	3.5	26	77	8	84	41	21	8	29	1.82
83356212--83356636	27	15.8	27	81	4	340	33	23	7	36	1.82
83356628--83356739	27	4.2	26	74	11	91	35	25	12	26	1.91
83356641--83357005	27	13.6	27	84	2	439	34	20	20	24	1.96
83357425--83357512	6	14.3	6	71	17	65	19	17	14	48	1.81
83357425--83357503	31	2.5	31	89	0	122	18	17	13	49	1.80
83361945--83361991	23	2.0	23	91	0	76	29	12	23	34	1.92
83364476--83364544	36	1.9	35	82	2	84	26	27	5	40	1.78
83372425--83372477	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
83373740--83373894	48	3.2	48	83	3	186	39	6	23	30	1.80
83378666--83378798	29	4.6	29	76	5	74	24	32	16	26	1.96
83383335--83383558	123	1.8	123	86	0	322	31	10	23	34	1.88
83383516--83383666	40	3.8	40	77	13	141	25	23	27	23	2.00
83383553--83383682	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
83391529--83391635	39	2.8	39	80	11	121	23	24	28	23	1.99
83399439--83399589	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
83399476--83399605	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
83404065--83404245	40	4.6	39	82	6	170	23	25	22	27	2.00
83404097--83404245	39	3.8	40	83	7	164	23	25	22	28	2.00
83408878--83408953	29	2.6	29	78	0	80	25	35	18	21	1.95
83408937--83409009	29	2.5	29	93	0	128	26	30	15	28	1.96
83408877--83409009	58	2.3	59	81	5	146	24	33	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83411740--83411782	19	2.3	19	87	0	59	23	23	37	16	1.94
83414601--83414635	15	2.3	15	90	0	52	22	25	5	45	1.74
83419687--83419783	40	2.4	40	87	0	140	24	26	20	27	1.99
83419780--83419908	40	3.2	40	80	4	143	26	28	20	24	1.99
83421810--83421898	36	2.4	37	90	5	137	25	32	19	22	1.97
83421938--83422137	48	4.2	48	92	0	328	32	29	6	32	1.82
83422129--83422411	96	2.9	96	91	4	489	28	27	8	34	1.86
83422129--83422412	47	6.0	47	95	1	487	28	28	8	34	1.86
83422130--83422411	145	2.0	143	97	1	537	29	28	8	34	1.86
83433929--83434036	38	2.9	38	93	4	184	25	20	12	40	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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