genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.314.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  314  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97480108--97480152	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
97480105--97480168	22	3.0	21	82	12	78	43	15	4	35	1.68
97480134--97480184	19	2.9	17	77	11	57	35	15	9	39	1.81
97480118--97480175	19	2.8	21	84	10	66	39	15	6	37	1.74
97481595--97481659	32	2.0	32	96	0	121	27	21	23	27	1.99
97485179--97485221	22	1.9	23	85	4	61	46	13	2	37	1.57
97485205--97485255	19	2.9	17	80	11	66	37	17	9	35	1.83
97491615--97491696	38	2.2	38	90	0	128	30	14	17	37	1.89
97493390--97493429	21	1.9	21	84	0	53	30	22	27	20	1.98
97494670--97494720	3	17.3	3	79	4	50	0	29	0	70	0.87
97497875--97497933	25	2.4	25	80	8	68	32	3	5	59	1.36
97504935--97505003	21	3.3	21	75	15	72	26	28	30	14	1.95
97508656--97508796	72	2.0	72	88	2	212	36	13	9	39	1.78
97511766--97511834	26	2.6	27	76	19	74	40	0	2	56	1.14
97512682--97512725	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
97513227--97513260	10	3.4	10	87	0	50	44	5	0	50	1.26
97514304--97514361	29	2.0	29	96	0	107	25	39	17	17	1.91
97517806--97517841	19	1.9	19	88	5	56	30	2	8	58	1.42
97518253--97518354	27	3.8	26	77	10	89	63	4	3	27	1.32
97518239--97518426	26	7.3	26	73	5	112	59	5	6	28	1.44
97520066--97520472	44	9.0	44	74	8	318	27	21	18	32	1.97
97520124--97520373	137	1.8	137	91	1	412	28	22	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97520339--97520532	93	2.1	94	80	2	212	26	19	20	34	1.96
97521204--97521233	15	2.0	15	100	0	60	33	6	26	33	1.83
97532191--97532331	27	5.4	25	72	15	90	58	5	7	28	1.47
97535727--97535926	38	5.3	38	88	4	296	21	22	27	29	1.99
97535727--97535926	77	2.6	75	85	5	276	21	22	27	29	1.99
97535919--97536026	42	2.6	43	92	7	188	10	25	34	30	1.89
97536355--97536462	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
97541629--97541792	38	4.3	38	86	3	220	21	21	26	29	1.99
97542183--97542290	45	2.5	42	83	8	119	24	24	25	25	2.00
97547132--97547174	21	2.0	21	82	8	52	48	6	27	16	1.71
97550902--97550940	18	2.2	18	100	0	78	12	30	0	56	1.37
97554605--97554651	15	3.1	15	100	0	94	46	12	12	27	1.78
97554872--97554916	16	2.8	17	75	18	51	0	37	0	62	0.96
97560506--97560634	46	2.7	48	86	5	165	29	20	26	24	1.99
97560509--97560816	49	6.5	48	73	10	165	27	18	27	25	1.98
97560509--97560773	142	1.9	138	80	9	313	28	18	27	24	1.98
97567158--97567214	25	2.2	25	82	14	71	61	1	3	33	1.23
97568020--97568077	30	2.0	30	82	3	73	46	10	8	34	1.69
97571490--97571712	39	5.6	39	86	5	254	26	28	21	23	1.99
97571490--97571712	118	1.9	119	84	6	301	26	28	21	23	1.99
97579567--97579789	39	5.6	39	86	5	254	26	28	21	23	1.99
97579567--97579789	118	1.9	119	84	6	301	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97584943--97585073	47	2.8	47	87	2	174	30	29	18	21	1.97
97587780--97587901	43	2.9	42	83	2	163	30	23	14	31	1.95
97589522--97589671	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
97589546--97589729	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
97590813--97590841	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
97593975--97594124	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
97593999--97594182	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
97595267--97595293	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
97597432--97597521	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
97597432--97597537	54	2.0	53	81	9	126	38	19	10	31	1.86
97597527--97597843	27	11.8	27	86	0	395	29	21	8	41	1.82
97597822--97597907	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
97597527--97597843	54	5.9	54	90	0	440	29	21	8	41	1.82
97597836--97597962	54	2.4	53	79	11	141	43	19	9	27	1.82
97597836--97597934	27	3.7	27	87	5	121	45	20	7	27	1.76
97597861--97597980	27	4.4	27	83	4	109	40	18	13	27	1.88
97602123--97602225	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
97616775--97616913	56	2.5	56	90	1	206	27	15	23	33	1.95
97616778--97616943	56	2.9	55	81	11	160	27	15	25	31	1.96
97617790--97617841	2	26.0	2	96	0	95	50	1	0	48	1.12
97618263--97618296	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
97619311--97619452	43	3.3	43	71	14	123	35	27	15	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97633476--97633717	40	6.1	40	94	1	382	23	22	28	26	1.99
97637848--97637990	54	2.6	54	76	1	133	27	26	27	17	1.98
97644661--97644813	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
97651385--97651534	39	3.8	39	93	0	246	24	32	20	22	1.98
97659324--97659490	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
97666757--97666858	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
97674630--97674731	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
97682840--97682944	42	2.5	42	79	3	104	26	18	24	30	1.98
97704526--97704590	28	2.4	28	84	7	80	38	23	20	18	1.93
97705399--97705432	17	1.9	17	88	5	50	14	38	32	14	1.87
97707941--97707996	26	2.2	26	100	0	112	37	28	10	23	1.88
97712908--97712996	37	2.4	38	83	5	119	12	10	33	43	1.76
97722296--97722348	26	2.1	26	82	10	65	22	20	20	35	1.96
97729071--97729120	17	3.1	16	81	16	59	40	2	2	56	1.22
97730163--97730231	35	1.9	35	85	5	93	37	1	4	56	1.28
97730203--97730265	20	3.3	18	80	14	65	36	0	4	58	1.19
97730212--97730259	18	2.6	19	83	9	64	37	0	2	60	1.09
97731780--97731821	21	2.0	21	100	0	84	28	14	28	28	1.95
97749695--97749861	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
97757677--97757843	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
97759156--97759316	69	2.3	71	92	5	283	34	18	28	19	1.95
97765161--97765292	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97765161--97765292	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
97772723--97772854	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
97772723--97772854	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
97776884--97777189	127	2.4	126	84	1	405	37	20	16	26	1.93
97777641--97777687	20	2.3	20	88	3	67	63	6	4	25	1.36
97777634--97777718	23	3.8	21	73	20	66	62	3	4	29	1.32
97779160--97779212	22	2.3	23	87	9	74	79	0	3	16	0.88
97779155--97779184	14	2.1	14	93	0	51	80	0	3	16	0.85
97779160--97779190	14	2.3	13	94	5	53	83	0	0	16	0.64
97780415--97780439	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
97780406--97780439	10	3.0	12	83	16	54	41	0	0	58	0.98
97780406--97780447	15	3.0	14	83	16	52	38	0	2	59	1.10
97781638--97781710	31	2.4	31	80	0	92	21	15	10	52	1.73
97782117--97782186	24	3.0	23	83	6	77	70	0	2	27	1.02
97782146--97782188	16	2.7	15	79	13	50	69	0	2	27	1.00
97782715--97782822	49	2.2	49	80	6	121	25	16	29	28	1.97
97787978--97788080	29	3.6	29	89	0	152	25	32	15	27	1.96
97787949--97788080	58	2.3	58	81	0	156	25	33	15	25	1.95
97795918--97796049	27	4.9	26	84	5	165	34	22	24	18	1.96
97795918--97796049	54	2.5	54	88	3	187	34	22	24	18	1.96
97798816--97798842	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
97800835--97800942	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97801375--97801497	44	2.9	44	81	6	119	24	17	25	33	1.96
97801430--97801539	43	2.6	43	82	4	134	25	18	25	30	1.98
97808817--97809076	26	10.0	25	70	17	106	58	3	5	33	1.38
97808989--97809084	42	2.3	41	80	8	104	60	3	5	31	1.34
97810204--97810236	15	2.1	16	94	5	59	69	0	0	30	0.88
97811287--97811331	17	2.5	19	75	17	51	73	4	13	8	1.23
97812609--97812692	10	8.5	10	77	22	65	0	25	0	75	0.81
97812611--97812683	4	19.2	4	80	19	70	0	26	0	73	0.83
97812609--97812688	16	5.4	14	78	21	83	0	26	0	73	0.83
97815690--97815727	19	2.0	20	89	5	60	42	7	23	26	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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