genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19899305--19899570	47	5.7	48	76	13	193	23	28	18	28	1.98
19899357--19899567	46	4.5	46	76	14	182	23	28	18	29	1.98
19899310--19899567	140	1.8	140	86	4	378	23	28	18	29	1.98
19905801--19905961	43	3.8	43	78	0	162	34	23	13	28	1.92
19905881--19905960	42	1.9	42	94	0	142	35	23	13	27	1.93
19910697--19910743	23	2.1	21	88	7	67	76	2	0	21	0.89
19910832--19910918	18	4.6	17	75	20	68	63	1	2	33	1.15
19910832--19910918	19	4.6	18	75	13	77	63	1	2	33	1.15
19910834--19910932	19	5.3	18	70	15	58	59	1	2	37	1.16
19911087--19911145	19	3.1	19	75	4	64	40	0	1	57	1.09
19911228--19911252	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
19911203--19911352	74	2.0	74	97	0	282	27	8	10	54	1.63
19911302--19911326	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
19912649--19912711	30	2.1	30	93	0	108	26	4	9	58	1.49
19913251--19913276	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
19913330--19913590	41	6.4	41	88	2	382	32	20	26	19	1.97
19914202--19914250	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
19914543--19914574	15	2.2	14	94	5	55	21	0	28	50	1.49
19914578--19914643	21	3.1	22	79	14	59	15	0	43	40	1.46
19914607--19914651	7	6.4	7	92	0	72	15	0	48	35	1.45
19914613--19914654	21	2.0	21	100	0	84	14	0	52	33	1.42
19915016--19915079	22	2.9	23	77	15	71	64	3	3	29	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19915084--19915192	38	2.8	40	91	5	186	40	20	22	17	1.91
19915418--19915501	35	2.4	34	78	9	98	32	36	4	26	1.77
19919025--19919699	241	2.8	241	97	0	1278	33	18	14	33	1.91
19919698--19919756	27	2.2	27	87	0	91	45	22	1	30	1.62
19919698--19919756	9	6.6	9	82	7	75	45	22	1	30	1.62
19924882--19924976	46	2.1	46	93	0	163	33	5	4	56	1.41
19930640--19930681	21	2.0	21	85	4	57	66	2	16	14	1.35
19933598--19933631	15	2.3	15	94	0	59	32	5	0	61	1.20
19934537--19934727	83	2.3	84	90	5	284	39	3	5	51	1.42
19934567--19934734	83	2.0	83	100	0	336	36	3	8	51	1.49
19935423--19935464	16	2.6	16	88	0	57	38	4	4	52	1.44
19942195--19942259	30	2.1	31	83	13	82	55	9	0	35	1.32
19949468--19949500	7	4.7	7	92	0	57	63	0	12	24	1.28
19949467--19949507	19	2.0	19	86	13	55	63	0	12	24	1.28
19954086--19954257	46	3.7	44	79	10	175	28	19	29	22	1.98
19954087--19954309	46	4.8	46	77	13	167	29	18	28	23	1.98
19954091--19954348	140	1.8	140	83	4	342	29	18	28	23	1.97
19954086--19954352	47	5.7	47	78	9	217	29	18	28	23	1.98
19956525--19956691	82	2.0	82	92	0	280	31	17	21	29	1.96
19959044--19959137	47	2.0	47	100	0	188	29	8	14	46	1.74
19961821--19961894	36	2.1	36	97	0	139	32	9	22	35	1.87
19970779--19971003	47	4.8	47	74	7	190	28	17	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19970778--19971003	94	2.4	94	84	2	283	27	17	30	23	1.97
19974758--19975120	47	7.8	45	76	11	286	22	29	21	26	1.99
19974757--19975117	94	3.9	93	82	8	412	22	29	20	27	1.98
19974758--19975120	141	2.6	135	80	8	370	22	29	21	26	1.99
19982494--19982634	27	5.2	27	82	11	173	35	23	23	17	1.95
19982494--19982634	54	2.6	54	92	2	230	35	23	23	17	1.95
19984256--19984363	26	4.2	26	93	0	171	36	22	7	34	1.82
19985493--19985936	41	10.9	41	81	2	446	36	25	16	21	1.94
19985493--19985989	123	4.1	123	78	7	386	36	24	16	22	1.94
19986821--19986874	21	2.6	21	81	0	81	11	1	33	53	1.47
19987250--19987294	20	2.1	21	88	8	65	44	0	4	51	1.21
19987239--19987328	26	3.0	29	69	21	87	44	1	3	51	1.25
19987239--19987340	32	3.3	32	67	19	99	45	0	2	50	1.23
19988308--19988345	9	4.4	9	80	12	53	28	0	7	63	1.23
19991138--19991176	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
19991719--19992119	104	3.9	104	95	0	678	35	5	3	56	1.38
19992393--19992632	9	26.0	9	68	19	106	46	14	2	36	1.57
19992373--19992540	56	3.0	56	93	0	282	48	14	1	35	1.54
19992473--19992652	74	2.4	74	92	1	299	46	15	1	36	1.55
19992573--19992665	27	3.5	27	76	16	79	46	16	1	36	1.54
19998434--19998499	31	2.1	31	91	0	105	19	10	18	51	1.75
19998549--19998760	43	4.9	42	82	6	203	32	27	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19998571--19998760	43	4.4	43	84	4	231	31	29	15	23	1.95
20001348--20001426	40	2.0	40	89	0	122	15	17	32	34	1.91
20012234--20012290	11	5.2	11	74	16	55	54	1	1	42	1.21
20028798--20029454	330	2.0	330	94	0	1145	28	22	14	34	1.93
20044706--20044738	17	2.0	17	88	5	50	30	0	15	54	1.41
20044925--20044963	8	4.8	8	87	6	51	79	0	0	20	0.73
20044925--20044963	17	2.4	17	82	4	53	79	0	0	20	0.73
20052054--20052093	21	2.0	20	85	5	53	10	35	27	27	1.89
20056079--20056169	24	3.8	24	97	0	164	35	27	17	19	1.95
20059665--20059713	4	12.2	4	82	8	64	73	0	2	24	0.94
20061184--20061218	18	1.9	18	88	11	54	31	14	0	54	1.40
20064917--20065149	49	4.7	49	82	4	288	29	28	17	24	1.97
20064917--20065148	100	2.4	97	84	5	295	29	28	17	25	1.97
20075582--20075606	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
20076969--20077013	22	2.0	22	100	0	90	22	8	31	37	1.85
20088305--20088442	40	3.5	40	84	4	138	24	29	21	23	1.99
20088279--20088496	79	2.7	79	79	8	212	25	27	22	24	1.99
20093040--20093093	26	2.1	26	96	0	99	48	12	16	22	1.80
20098346--20098374	13	2.2	13	100	0	58	6	6	20	65	1.40
20100555--20100786	92	2.6	91	83	5	281	35	18	13	32	1.90
20100942--20101025	19	4.4	18	69	8	51	60	1	2	35	1.17
20100972--20101121	67	2.2	66	80	10	153	63	0	5	30	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20101306--20101335	14	2.1	14	93	0	51	23	0	3	73	0.98
20101333--20101382	19	2.8	17	77	16	57	40	0	2	58	1.10
20101595--20101763	89	1.9	89	80	7	200	35	9	18	36	1.83
20101577--20101763	90	2.1	90	79	6	200	39	9	18	33	1.82
20102042--20102071	12	2.5	12	88	0	51	56	16	16	10	1.66
20107650--20107713	29	2.2	29	91	0	110	31	17	26	25	1.97
20107738--20107834	28	3.4	28	85	7	106	30	13	25	29	1.94
20109387--20109450	32	2.0	32	93	0	110	40	18	6	34	1.76
20112467--20112912	224	2.0	224	95	0	813	25	27	17	29	1.97
20116271--20116314	18	2.4	19	81	14	56	38	9	18	34	1.82
20116529--20116567	15	2.6	15	91	0	60	35	35	12	15	1.86
20119472--20119625	42	3.6	42	81	3	148	27	20	18	34	1.95
20119511--20119627	42	2.7	43	86	3	157	29	21	16	32	1.95
20121430--20121673	40	6.1	40	87	1	292	24	20	26	27	1.99
20122118--20122246	64	2.0	64	100	0	258	20	10	24	44	1.83
20126272--20126304	15	2.2	15	100	0	66	39	24	12	24	1.89
20129462--20129542	42	1.9	42	97	0	153	29	23	16	30	1.96
20135084--20135157	37	2.0	37	97	0	139	17	16	22	43	1.88
20142515--20142625	22	5.0	22	77	0	105	27	15	20	36	1.93
20142515--20142624	44	2.5	44	78	0	121	27	15	20	36	1.93
20145820--20145970	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
20145857--20145986	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20153832--20153982	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
20153869--20153998	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
20157972--20158035	24	2.5	26	73	14	71	56	0	4	39	1.20
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20158405--20158458	9	5.4	10	72	24	51	57	0	3	38	1.17
20158380--20158463	22	3.5	22	76	15	62	57	0	7	35	1.26
20162068--20162194	46	2.8	46	92	0	200	20	20	29	29	1.98
20169551--20169679	46	2.8	46	95	0	222	19	21	29	29	1.98
20172934--20173035	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
20180784--20180885	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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