genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  87  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25358431--25358533	53	1.9	55	81	15	126	56	1	11	30	1.46
25358641--25358705	19	3.4	18	81	8	76	61	0	6	32	1.21
25358811--25358840	5	5.8	5	96	4	51	80	0	0	20	0.72
25361745--25361916	45	3.7	46	77	13	201	30	27	19	22	1.98
25361750--25361919	93	1.8	92	94	1	304	29	28	20	22	1.98
25361747--25361927	46	4.0	43	74	15	150	29	28	19	22	1.98
25363273--25363502	44	5.2	44	72	6	223	26	20	26	27	1.99
25363271--25363512	88	2.8	88	93	0	394	26	19	25	28	1.98
25363563--25364253	44	15.8	43	64	15	148	24	23	20	31	1.98
25363521--25363793	131	2.1	129	79	8	295	27	24	19	27	1.99
25363862--25364286	88	4.8	88	89	2	604	21	23	21	33	1.97
25364142--25364286	44	3.3	44	69	14	127	22	21	22	33	1.97
25364208--25364711	131	3.9	130	86	5	660	26	23	21	28	1.99
25364208--25364702	262	1.9	261	88	2	742	26	23	21	28	1.99
25371297--25371377	3	27.0	3	100	0	162	66	0	0	33	0.92
25371497--25371695	3	66.3	3	70	16	85	63	4	7	25	1.38
25371627--25371695	34	2.0	35	94	2	122	60	0	7	31	1.24
25371801--25371835	5	6.8	5	96	3	61	80	0	0	20	0.72
25375766--25375829	26	2.5	26	84	0	92	35	23	6	34	1.80
25378455--25378627	94	1.8	94	82	0	220	28	19	28	23	1.98
25388725--25388851	49	2.6	49	84	2	157	29	20	27	22	1.99
25397170--25397429	27	9.7	27	88	0	369	26	13	21	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25397170--25397462	81	3.6	80	86	4	383	26	13	20	39	1.89
25397170--25397462	54	5.4	54	86	3	358	26	13	20	39	1.89
25410048--25410188	54	2.6	54	92	3	221	19	24	21	34	1.96
25410048--25410206	27	5.9	27	80	12	166	20	24	20	34	1.96
25410048--25410206	81	2.0	81	85	7	216	20	24	20	34	1.96
25416934--25416995	32	1.9	32	100	0	124	33	17	29	19	1.95
25418163--25418301	27	5.1	28	77	11	137	20	23	20	35	1.96
25418163--25418301	54	2.6	54	86	3	181	20	23	20	35	1.96
25419743--25419813	16	4.4	16	73	8	54	49	1	1	47	1.18
25419683--25419800	62	2.0	62	89	5	188	44	2	3	50	1.32
25419684--25419820	59	2.3	62	84	6	174	45	2	3	48	1.32
25420701--25420734	11	2.8	12	86	13	52	23	0	8	67	1.18
25425962--25426077	48	2.4	48	89	2	171	29	18	31	20	1.97
25429289--25429321	12	2.8	12	95	4	59	36	0	9	54	1.32
25429789--25429845	27	2.1	27	96	0	105	36	8	19	35	1.83
25430703--25430752	18	2.5	20	84	15	77	46	0	10	44	1.37
25432499--25432826	50	6.7	49	75	11	321	27	17	25	29	1.98
25432499--25432826	145	2.2	149	87	3	468	27	17	25	29	1.98
25451366--25451409	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
25453226--25453294	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
25454703--25454749	20	2.5	18	83	16	60	38	6	17	38	1.75
25454704--25454741	18	2.2	18	86	9	53	39	7	15	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25454722--25454775	20	2.7	20	85	0	72	40	9	16	33	1.80
25454828--25455057	26	8.8	26	86	4	302	25	21	23	29	1.99
25454828--25455057	52	4.4	52	92	4	374	25	21	23	29	1.99
25454828--25455057	107	2.2	103	92	3	381	25	21	23	29	1.99
25455275--25455353	31	2.5	31	93	0	140	27	18	25	27	1.98
25456699--25456733	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
25457365--25457460	45	2.2	45	88	1	140	39	17	17	25	1.91
25457425--25457491	31	2.2	31	97	0	125	32	13	23	29	1.93
25457380--25457533	76	2.0	76	89	2	238	36	15	19	28	1.92
25457456--25457607	45	3.4	45	85	2	207	38	15	19	26	1.91
25457504--25457651	45	3.3	45	82	3	120	39	15	18	25	1.90
25457462--25457651	90	2.1	90	80	5	206	38	15	20	26	1.92
25458063--25458129	32	2.1	32	100	0	134	17	8	13	59	1.59
25461592--25461642	22	2.3	22	96	0	93	35	19	17	27	1.94
25466002--25466031	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
25466424--25466561	27	5.1	27	80	11	167	18	23	22	34	1.96
25466424--25466561	54	2.6	54	92	2	224	18	23	22	34	1.96
25466431--25466579	27	5.5	26	81	7	138	20	24	20	34	1.96
25468687--25468712	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
25470680--25470710	16	1.9	16	93	0	53	80	0	3	16	0.83
25470676--25470711	11	3.3	11	88	0	54	80	0	2	16	0.83
25470719--25470764	20	2.2	21	92	3	76	78	2	2	17	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25470721--25470764	7	6.7	6	82	17	52	79	2	2	15	0.93
25472672--25472696	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
25482195--25482237	21	2.0	22	86	4	61	55	2	0	41	1.12
25489852--25489958	41	2.6	41	85	7	119	20	22	30	26	1.98
25497825--25497974	41	3.7	41	83	1	212	21	23	27	28	1.99
25502543--25502753	40	5.2	40	87	3	298	21	28	24	25	1.99
25502543--25502753	81	2.6	79	90	2	305	21	28	24	25	1.99
25510674--25510883	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
25517378--25517472	42	2.2	43	79	5	104	31	25	17	25	1.97
25518978--25519002	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25522144--25522360	46	4.7	46	77	10	196	22	29	19	28	1.98
25522144--25522367	93	2.4	91	81	8	249	22	29	19	27	1.98
25533275--25533383	55	2.0	55	85	7	150	28	25	31	14	1.95
25539685--25539751	28	2.4	28	89	0	107	19	41	17	20	1.90
25549140--25549196	29	2.0	29	96	3	107	31	28	22	17	1.97
25551974--25552007	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
25553767--25553805	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
25554254--25554351	24	3.6	28	78	12	105	30	22	25	21	1.99
25554457--25554521	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
25561623--25561661	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
25562124--25562214	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
25562323--25562379	27	2.1	27	93	0	96	31	8	26	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25568711--25568758	7	6.9	7	92	0	78	54	12	4	29	1.56
25569878--25569940	29	2.2	29	80	8	74	38	4	22	34	1.75
25570355--25570528	46	3.8	45	76	15	185	21	21	28	28	1.99
25577904--25578078	46	3.8	45	76	10	174	23	21	26	29	1.99
25577902--25578071	93	1.8	93	88	0	259	23	21	25	28	1.99
25584297--25584338	19	2.1	21	86	8	61	23	30	0	45	1.53
25585533--25585573	19	2.2	19	95	0	73	36	29	4	29	1.78
25589333--25589599	43	6.2	43	79	6	238	32	25	16	25	1.96
25589314--25589573	86	3.0	84	77	8	272	33	24	16	25	1.96
25589314--25589561	129	1.9	129	82	4	311	33	25	16	25	1.96
25591677--25591715	21	1.9	20	89	5	60	66	5	0	28	1.12
25594735--25594791	28	1.9	31	82	10	75	61	5	1	31	1.28
25599259--25599492	27	8.7	27	79	5	222	40	21	10	27	1.86
25599472--25599722	27	9.4	25	77	11	191	34	19	21	25	1.96
25599472--25599722	54	4.7	53	77	9	233	34	19	21	25	1.96
25599547--25599722	81	2.2	80	83	5	219	34	19	22	24	1.97
25599858--25599949	27	3.4	27	81	1	105	20	19	20	39	1.93
25607457--25607536	42	1.9	42	97	0	151	36	27	13	22	1.92
25607618--25607710	43	2.2	43	90	0	141	31	16	21	31	1.95
25607799--25607950	38	4.0	37	81	4	144	30	19	17	32	1.95
25607800--25607952	76	2.0	76	80	2	173	30	18	18	32	1.95
25612204--25612257	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25612634--25612664	16	1.9	16	100	0	62	70	9	6	12	1.31
25618921--25618969	15	3.5	15	72	16	50	12	57	0	30	1.36
25620054--25620182	7	18.1	7	69	12	66	37	41	0	21	1.54
25620220--25620317	7	13.4	7	72	8	61	47	25	1	25	1.58
25620225--25620309	21	3.9	21	77	11	98	45	27	1	25	1.61
25620213--25620302	46	2.0	46	97	0	171	44	27	1	26	1.61
25620475--25620672	41	4.9	40	88	5	168	18	22	23	35	1.95
25620475--25620651	41	4.3	41	89	4	252	17	22	23	36	1.94
25620706--25620731	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
25636674--25636883	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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