genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  211  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64442733--64442949	119	1.8	119	86	5	314	24	23	27	24	2.00
64447005--64447091	37	2.3	36	90	5	138	25	33	20	20	1.97
64447160--64447705	49	11.2	49	94	3	940	29	28	9	32	1.88
64455144--64455355	40	5.3	40	89	5	306	24	22	27	25	2.00
64458924--64459300	101	3.8	97	75	9	321	31	25	16	26	1.97
64458909--64459300	151	2.6	152	85	2	531	31	25	17	26	1.97
64458917--64459306	50	7.8	50	75	4	309	31	24	16	26	1.97
64459702--64459748	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
64461354--64461379	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
64462058--64462131	29	2.6	30	78	8	91	27	36	14	21	1.93
64462054--64462140	28	3.1	28	78	3	102	27	32	13	26	1.94
64462364--64462410	24	2.0	24	95	0	85	12	17	23	46	1.82
64462946--64464157	406	3.0	404	94	1	2187	40	20	13	25	1.89
64468535--64468569	18	1.9	18	88	0	52	71	2	11	14	1.25
64468842--64468882	21	2.0	21	90	9	66	39	2	24	34	1.69
64471279--64471429	40	3.8	39	77	8	126	21	27	23	27	1.99
64473484--64473642	39	4.1	39	90	0	210	27	20	27	24	1.99
64480040--64480080	21	2.0	21	90	9	66	39	2	24	34	1.69
64481357--64481515	39	4.1	39	90	0	228	27	20	28	23	1.99
64483775--64483993	40	5.5	40	93	2	354	22	22	28	25	1.99
64485438--64485550	43	2.6	43	84	5	149	25	18	23	32	1.97
64485441--64485550	42	2.6	42	84	4	150	25	19	22	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64491889--64491972	42	2.0	42	100	0	168	38	28	9	23	1.86
64492610--64492732	42	2.9	44	76	8	121	34	23	13	28	1.93
64496055--64496088	18	1.9	17	88	5	50	38	11	8	41	1.73
64505546--64505712	40	4.2	40	79	5	187	25	21	27	25	1.99
64505546--64505721	79	2.2	80	81	5	205	25	21	27	25	1.99
64513091--64513128	19	2.0	19	85	10	51	39	18	2	39	1.65
64516619--64516683	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
64516789--64516876	25	3.2	27	82	14	110	19	25	23	31	1.98
64517340--64517378	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
64517960--64517993	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
64524993--64525175	24	7.6	24	95	0	276	33	25	19	21	1.97
64524971--64525175	48	4.3	47	88	3	248	33	24	19	23	1.97
64527392--64527456	28	2.3	28	89	0	94	32	29	7	30	1.85
64527562--64527652	28	3.2	28	84	4	121	19	24	21	34	1.97
64527562--64527663	28	3.6	28	77	9	100	20	25	20	33	1.97
64527562--64527677	56	2.1	55	82	12	139	18	24	20	36	1.95
64528116--64528154	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
64530112--64530247	43	3.2	42	79	8	134	33	27	14	25	1.95
64534670--64534884	46	4.6	47	79	8	190	25	26	19	28	1.98
64534711--64534884	46	3.7	46	82	8	201	24	28	18	28	1.98
64534670--64534881	94	2.3	93	82	4	248	25	26	18	29	1.98
64541752--64541918	46	3.6	45	78	12	169	20	29	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64548819--64548941	55	2.3	55	79	1	131	29	27	25	17	1.98
64554139--64554363	49	4.5	49	84	2	261	29	26	18	25	1.98
64554182--64554363	99	1.8	101	87	2	278	29	26	18	26	1.98
64556501--64556558	30	2.0	29	89	3	89	58	17	15	8	1.61
64556500--64556553	15	3.7	15	78	11	58	59	18	14	7	1.58
64559531--64559752	50	4.5	48	86	7	277	29	28	17	24	1.97
64559518--64559760	101	2.5	96	85	4	326	28	28	18	25	1.98
64562904--64563004	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
64570863--64570963	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
64576071--64576141	35	2.0	35	100	0	142	25	8	33	32	1.86
64577055--64577079	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
64579279--64579396	43	2.8	42	77	1	110	30	16	21	31	1.96
64583747--64583803	30	1.9	30	92	0	96	22	40	26	10	1.86
64588084--64588260	40	4.5	40	90	2	261	24	22	28	24	2.00
64593274--64593317	6	7.3	6	100	0	88	15	0	0	84	0.63
64594334--64594374	4	10.2	4	100	0	82	51	24	0	24	1.49
64597736--64597821	39	2.2	40	93	2	147	27	16	25	30	1.97
64599295--64599340	20	2.3	20	100	0	92	26	10	26	36	1.89
64599960--64600089	37	3.2	43	79	11	116	31	17	21	29	1.96
64600025--64600108	37	2.3	37	97	0	159	33	19	19	28	1.96
64607962--64608064	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
64612112--64612214	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64620128--64620230	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
64629333--64629488	43	3.7	42	78	8	140	27	20	24	27	1.99
64634213--64634237	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
64635346--64635502	43	3.7	43	72	15	119	26	17	25	30	1.97
64647714--64647786	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
64654935--64655007	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
64662560--64662714	39	3.9	39	92	0	247	23	20	32	23	1.98
64662563--64662745	39	4.6	39	88	0	240	23	22	32	21	1.98
64664625--64664673	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
64665495--64665661	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
64672621--64672669	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
64673491--64673657	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
64676694--64676743	24	2.1	24	92	0	82	40	26	16	18	1.90
64679297--64679485	40	4.7	40	88	4	256	25	28	21	23	1.99
64679281--64679485	82	2.5	80	87	6	290	27	28	20	22	1.99
64682336--64682582	40	6.2	40	91	2	374	23	21	29	26	1.99
64682336--64682582	119	2.1	120	90	3	383	23	21	29	26	1.99
64682336--64682582	79	3.1	80	91	2	374	23	21	29	26	1.99
64690564--64690769	39	5.2	40	88	4	285	23	21	29	26	1.99
64690564--64690769	79	2.6	78	88	4	290	23	21	29	26	1.99
64704701--64704946	49	4.9	50	82	2	298	25	19	26	28	1.98
64707548--64707648	31	2.8	37	75	21	115	23	22	14	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64707572--64707665	31	3.0	31	98	0	179	23	22	15	38	1.93
64707857--64707975	24	5.0	24	87	5	161	26	22	22	28	1.99
64707857--64707975	47	2.5	48	87	5	161	26	22	22	28	1.99
64708026--64708085	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
64708026--64708080	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
64709887--64710096	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
64719979--64720107	40	3.2	40	81	5	156	23	24	27	24	2.00
64721928--64722004	21	3.8	19	77	14	66	44	0	1	54	1.08
64721949--64721991	22	2.0	21	86	4	59	41	0	0	58	0.98
64721946--64722002	18	3.5	17	75	18	59	45	0	0	54	0.99
64722310--64722389	28	2.9	25	77	18	70	32	1	11	55	1.43
64723026--64723056	15	2.1	15	94	5	55	12	0	0	87	0.55
64729714--64730113	137	2.9	137	92	1	635	36	20	17	26	1.94
64730047--64730249	73	2.8	71	84	4	264	33	24	15	26	1.95
64730303--64730460	58	2.8	57	87	8	243	37	17	15	29	1.91
64730214--64730579	201	1.8	200	87	8	555	37	18	16	27	1.92
64730608--64730978	159	2.4	156	95	3	669	32	22	16	28	1.96
64730826--64730991	88	1.9	88	85	3	228	35	20	16	27	1.94
64743671--64743797	63	2.0	63	100	0	254	14	19	12	53	1.72
64743830--64743859	13	2.2	14	94	5	53	13	0	0	86	0.57
64744934--64744960	6	4.5	6	100	0	54	62	0	0	37	0.95
64746397--64746464	29	2.3	30	82	5	77	48	4	1	45	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64749944--64750297	93	3.9	93	87	3	538	23	18	27	30	1.98
64750085--64750250	47	3.6	47	75	8	185	23	16	28	31	1.96
64752987--64753067	41	2.0	41	100	0	162	34	13	14	37	1.86
64754051--64754075	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
64755584--64756045	48	9.6	48	98	0	870	32	8	27	32	1.86
64756090--64756175	37	2.3	37	95	0	154	26	19	30	23	1.98
64762350--64762388	20	2.0	20	84	0	51	20	17	20	41	1.91
64762380--64762457	39	2.0	40	87	2	113	23	12	21	42	1.87
64762379--64762471	39	2.4	39	81	1	96	23	13	20	41	1.88
64765761--64765824	9	6.9	9	71	7	56	32	1	0	65	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410